Метаболическая сеть

Метаболическая сеть представляет собой полный набор метаболических и физических процессов, которые определяют физиологические и биохимические свойства клетки. Таким образом, эти сети включают химические реакции метаболизма, метаболические пути, а также регуляторные взаимодействия, которые направляют эти реакции.

С секвенированием полных геномов теперь возможно реконструировать сеть биохимических реакций во многих организмах, от бактерий до человека. Некоторые из этих сетей доступны в Интернете: Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG), EcoCyc, BioCyc и metaTIGER. Метаболические сети - мощные инструменты для изучения и моделирования метаболизма.

Фиксация углерода Фото- дыхание Пентозы фосфатный путь Цикл лимонной кислоты Глиоксилатный цикл Цикл мочевины Синтез жирных кислот Удлинение жирных кислот Бета- окисление Пероксисомальный бета- окисление глико- genolysis глико- генеза глико- лизис Gluconeo- генеза Пируват decarb- oxylation Ферментация кето лизис кет генез питатели к gluconeo- генеза Прямой впуск углерода / C4 / CAM Легкая реакция Окислительное фосфорилирование Аминокислотное дезаминирование Цитратный шаттл Липогенез Липолиз Стероидогенез Путь MVA Путь MEP Путь Шикимата Транскрипция и репликация Перевод Протеолиз Glycosyl- ция Сахарные кислоты Двойные / множественные сахара и гликаны Простые сахара Инозитол-П Аминосахара и сиаловые кислоты Нуклеотидные сахара Гексоза-П Триоза-П Глицерин P-глицераты Пентоза-П Тетроза-П Propionyl -КоА Сукцинат Ацетил- CoA Пентоза-П P-глицераты Глиоксилат Фотографиисистемы Пируват Лактат Ацетил- CoA Цитрат Oxalo- ацетат Малат Сукцинил- CoA α- кетоглутарат Кетоновые тела Дыхательная цепь Сериновая группа Аланин Аминокислоты с разветвленной цепью Аспартатная группа Группа гомосерина и лизин Группа глутамата и пролин Аргинин Креатин и полиамины Кетогенные и глюкогенные аминокислоты Аминокислоты Shikimate Ароматические аминокислоты кислота и гистидин Аскорбат ( витамин С ) δ-ALA Желчные пигменты Hemes Кобаламины ( витамин B 12 ) Различные витамины группы B Кальциферолы ( витамин D ) Ретиноиды ( витамин А ) Хиноны ( витамин K ) и каротиноиды ( витамин E ) Кофакторы Витамины и минералы Антиоксиданты PRPP Нуклеотиды Нуклеиновые кислоты Белки Гликопротеины и протеогликаны Хлорофиллы MEP МВА Ацетил- CoA Поликетиды Терпеноидный позвоночник Терпеноиды и каротиноиды ( витамин А ) Холестерин Желчные кислоты глицеро фосфолипиды Глицеролипиды Ацил-КоА Жирные кислоты Глико- сфинголипиды Сфинголипиды Воски Полиненасыщенные жирные кислоты Нейротрансмиттеры и гормоны щитовидной железы Стероиды эндо- каннабиноиды Эйкозаноиды Основные метаболические пути на карте в стиле метро. Щелкните любой текст (название пути или метаболитов) для ссылки на соответствующую статью. Одиночные линии: пути, общие для большинства форм жизни. Двойные линии: пути не у человека (встречаются, например, в растениях, грибах, прокариотах). Оранжевые узлы: углеводный обмен. Фиолетовые узлы: фотосинтез. Красные узлы: клеточное дыхание. Розовые узлы: сигнализация клеток. Синие узлы: метаболизм аминокислот. Серые узлы: метаболизм витаминов и кофакторов. Коричневые узлы: метаболизм нуклеотидов и белков. Зеленые узлы: липидный обмен.

• 1 Использование
• 2 примера метаболических сетей
• 3 См. Также
• 4 ссылки

Метаболические сети можно использовать для выявления моделей коморбидности у больных. Некоторые заболевания, такие как ожирение и диабет, могут одновременно присутствовать у одного и того же человека, иногда одно заболевание является значительным фактором риска для другого заболевания. Сами фенотипы болезни обычно являются следствием неспособности клетки разрушаться или продуцировать необходимый субстрат. Однако дефект фермента в одной реакции может повлиять на потоки других последующих реакций. Эти каскадные эффекты сочетаются с метаболическими заболеваниями, связанными с последующими реакциями, приводящими к коморбидным эффектам. Таким образом, сети метаболических заболеваний могут использоваться для определения того, связаны ли два расстройства из-за их коррелированных реакций.

• Моделирование метаболической сети
• Метаболический путь

• v
• т
• е