SARS-CoV-2 Эпсилон вариант

редактировать

Страны с подтвержденными случаями варианта Эпсилон по состоянию на 1 июля 2021 г. (GISAID) Легенда:   10000+ подтвержденных последовательностей   1000–9999 подтвержденных последовательностей   100–999 подтвержденных последовательностей   10–99 подтвержденных последовательностей   2–9 подтвержденных последовательностей   1 подтвержденная последовательность   Нет или данные отсутствуют

Эпсилон вариант, также известный как CAL.20C и со ссылкой на два PanGo линий B.1.427 и B.1.429, является одним из вариантов по SARS-COV-2, вирус, который вызывает COVID-19. Впервые он был обнаружен в Калифорнии, США, в июле 2020 года.

С июля 2021 года Эпсилон больше не рассматривается ВОЗ как вариант, представляющий интерес.

СОДЕРЖАНИЕ
  • 1 Мутации
  • 2 История
  • 3 Статистика
  • 4 См. Также
  • 5 ссылки
Мутации

Вариант имеет пять определяющих мутаций (I4205V и D1183Y в гене ORF1ab и S13I, W152C, L452R в S-гене белка-шипа ), из которых L452R (ранее также обнаруженный в других неродственных клонах) вызывал особую озабоченность.. B.1.429, возможно, более передается, чем предыдущие варианты, распространяющиеся на местном уровне, но для подтверждения этого необходимы дальнейшие исследования. Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC) перечислили B.1.429 и связанный с ним B.1.427 как « варианты, вызывающие беспокойство », и цитируют препринт, в котором говорится, что они демонстрируют ~ 20% увеличение вирусной передачи, что у них есть " Значительное влияние на нейтрализацию некоторых, но не всех терапевтических средств, получивших разрешение на экстренное использование (EUA) Управления по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) для лечения или профилактики COVID-19, и что они умеренно снижают нейтрализацию плазмой, собранной люди, которые ранее были инфицированы этим вирусом или получили вакцину против вируса. В мае 2021 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) дала этому варианту новое название «вариант Эпсилон».

  • Аминокислотные мутации варианта SARS-CoV-2 Epsilon нанесены на карту генома SARS-CoV-2 с акцентом на спайке.

История

Эпсилон (CAL.20C) впервые был обнаружен в июле 2020 года исследователями Медицинского центра Сидарс-Синай, Калифорния, в одном из 1230 образцов вируса, собранных в округе Лос-Анджелес с начала эпидемии COVID-19. Он не был обнаружен снова до сентября, когда он снова появился среди образцов в Калифорнии, но численность оставалась очень низкой до ноября. В ноябре 2020 года на вариант Эпсилон приходилось 36 процентов проб, собранных в Cedars-Sinai Medical Center, а к январю 2021 года на вариант Эпсилон приходилось 50 процентов проб. В совместном пресс - релизе Калифорнийского университета, Сан - Франциско, штат Калифорния департамента здравоохранения и департамента округа Санта - Клара общественного здравоохранения, было объявлено, что вариант был также обнаружен в нескольких округах в Северной Калифорнии. С ноября по декабрь 2020 года частота этого варианта в секвенированных случаях из Северной Калифорнии выросла с 3% до 25%. В препринте CAL.20C описывается как принадлежащий к кладе 20C Nextstrain и составляющий примерно 36% образцов, в то время как новый вариант из клады 20G составляет около 24% образцов в исследовании, сосредоточенном на Южной Калифорнии. Однако обратите внимание, что в США в целом по состоянию на январь 2021 года преобладает клада 20G. После увеличения количества Epsilon в Калифорнии, этот вариант был обнаружен с разной частотой в большинстве штатов США. Небольшие количества были обнаружены в других странах Северной Америки, а также в Европе, Азии и Австралии. По данным GISAID, по состоянию на июль 2021 года вариант Эпсилон был обнаружен в 45 странах. После первоначального увеличения его частота резко упала с февраля 2021 года, поскольку он уступал более распространенному варианту Alpha. В апреле Эпсилон оставался относительно частым в некоторых частях северной Калифорнии, но он практически исчез с юга штата и так и не смог закрепиться где-либо еще; только 3,2% всех случаев в США были эпсилонами, тогда как к тому времени более двух третей были альфа.

Статистика
Кейсы по странам (обновлено по состоянию на 1 июля 2021 г.) GISAID
Страна Подтвержденные случаи [заболевания Последний зарегистрированный случай
Соединенные Штаты Америки 50 723 23 июня 2021 г.
Мексика 474 8 июня 2021 г.
Канада 326 07 мая 2021
Южная Корея 103 26 апреля 2021 г.
Аруба 57 год 24 апреля 2021 г.
Дания 37 22 марта 2021 г.
Чили 30 07 июня 2021 г.
Аргентина 28 год 12 мая 2021 г.
Объединенное Королевство 21 год 10 мая 2021 г.
Япония 20 16 апреля 2021 г.
Австралия 20 12 апреля 2021 г.
Коста-Рика 12 05 мая 2021
Германия 10 8 июня 2021 г.
Израиль 10 25 февраля 2021 г.
Гуам 8 27 марта 2021 г.
Тайвань 8 31 января 2021 г.
Гватемала 7
Франция 7 01 марта 2021 г.
Ирландия 7 28 апреля 2021 г.
Нидерланды 5 10 марта 2021 г.
Испания 5 3 июня 2021 г.
Новая Зеландия 4 28 декабря 2020 г.
Сингапур 4 27 марта 2021 г.
Швейцария 4 01 марта 2021 г.
Камерун 3 05 февраля 2021 г.
Гваделупа 3 30 января 2021 г.
Норвегия 3 12 апреля 2021 г.
Камбоджа 2 20 января 2021 г.
Финляндия 2 06 февраля 2021
Италия 2 11 февраля 2021 г.
Перу 2 24 февраля 2021 г.
Швеция 2 28 января 2021 г.
Турция 2 11 февраля 2021 г.
Острова Теркс и Кайкос 2 22 марта 2021 г.
Колумбия 2 8 января 2021 г.
Ангилья 1 19 марта 2021 г.
Антигуа и Барбуда 1 24 апреля 2021 г.
Барбадос 1 12 апреля 2021 г.
Бельгия 1 18 января 2021 г.
Британские Виргинские острова 1 07 января 2021 г.
Кюрасао 1 19 марта 2021 г.
Индия 1 02 марта 2021
Северная Македония 1 26 января 2021 г.
Северные Марианские острова 1 16 января 2021 г.
Синт-Мартен 1 16 февраля 2021 г.
Доминиканская Республика 1
Мир (46 стран) Итого: 51 966 Всего на 1 июля 2021 г.
Смотрите также
использованная литература
Последняя правка сделана 2023-04-21 09:50:34
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте