Войти
Общее количество последовательностей P.1 по странам по состоянию на 21 апреля 2021 г. Условные обозначения: 1000+ подтвержденных последовательностей 500–999 подтвержденных последовательностей 100–499 подтвержденных последовательностей 2–99 подтвержденных последовательностей 1 подтвержденная последовательность Нет или данные отсутствуют Гамма-вариант, также известный как линия P.1, является одним из вариантов SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19. Этот вариант из SARS-COV-2 был назван род Ч.1 и имеет 17 аминокислотных замен, десять из которых находятся в ее шип белка, в том числе этих трех назначенных быть особый интерес: N501Y, E484K и K417T. Этот вариант SARS-CoV-2 был впервые обнаружен Национальным институтом инфекционных заболеваний (NIID) Японии 6 января 2021 года у четырех человек, прибывших в Токио после посещения Амазонаса, Бразилия, четырьмя днями ранее. Впоследствии было объявлено, что он находится в обращении в Бразилии. В соответствии с упрощенной схемой именования, предложенной Всемирной организацией здравоохранения, P.1 был обозначен как вариант гамма и в настоящее время считается вариантом, вызывающим озабоченность.
Gamma вызвало широкую инфекцию в начале 2021 года в городе Манаус в столице Амазонаса, хотя город уже пережил широкую инфекцию в мае 2020 года, с исследованием, указывающим высокие серораспространенностями антител к SARS-CoV-2. Исследовательская статья, опубликованная в Научном журнале, показывает, что у людей, инфицированных P.1, больше шансов на передачу инфекции и смерти, чем у людей, инфицированных B.1.1.28.
Вариант Gamma включает два различных подварианта 28-AM-1 и 28-AM-2, которые оба несут мутации K417T, E484K, N501Y и оба развивались независимо друг от друга в одном и том же бразильском регионе Амазонас.
Гамма заметно отличается от варианта Зетов (линия передачи P.2), который также широко распространен в Бразилии. В частности, Zeta несет только мутацию E484K и не имеет ни одной из двух других вызывающих озабоченность мутаций, N501Y и K417T.
Первоначальные отчеты утверждали, что и P.1, и P.2 были двумя отдельными и разными потомками бразильской линии B.1.1.248. Однако позже B.1.1.248 потерял свой статус отдельной линии и был реклассифицирован в B.1.1.28. P.1 также назывался B.1.1.28.1, а P.2 - B.1.1.28.2 или VUI-202101/01. Поскольку в номенклатуре PANGO Lineage разрешены только три подуровня, отсюда обозначение от B.1.1.28.1 до P.1 и от B.1.1.28.2 до P.2.
После его обнаружения данные генома для четырех образцов нового варианта были переданы в GISAID с присвоением диапазона идентификаторов: EPI_ISL_792680до EPI_ISL_792683.
Аминокислотные мутации варианта SARS-CoV-2 Gamma нанесены на карту генома SARS-CoV-2 с акцентом на Спайка.
| Ген | Аминокислота |
|---|---|
| ORF1ab | synT733C |
| synC2749T | |
| S1188L | |
| K1795Q | |
| del11288-11296 (3675-3677 SGF) | |
| synC12778T | |
| synC13860T | |
| E5665D | |
| Шип | L18F |
| T20N | |
| P26S | |
| D138Y | |
| R190S | |
| K417T | |
| E484K | |
| N501Y | |
| H 655Y | |
| T1027I | |
| ORF8 | E92K |
| ins28269-28273 | |
| N | P80R |
| Источник: Faria et al. (2021 г.), рисунок 1.B | |
Варианты SARS-CoV-2 Помимо наличия восьми мутаций (четыре из этих синонимичных генетических мутаций ) в его открытых рамках считывания (ORF1a и ORF1b), одна из которых представляет собой набор делеций, у Gamma есть 10 определяющих мутаций в своем спайковом белке., в том числе N501Y и E484K. У него также есть две мутации - одна вставка - в области ORF8 и одна - в области N.
Линия коронавируса B.1.1.28 произошла от четырех известных линий, классифицированных как представляющий интерес вариант (VOI) или вариант, вызывающий озабоченность (VOC): линии P.1, P.2, P.3 и P.4.
Линия P.2 (B.1.1.28.2, вариант Зета), впервые обнаруженная в октябре 2020 года в штате Рио-де-Жанейро, Бразилия, разделяет только одну вызывающую озабоченность мутацию с P.1, а именно E484K. Другие мутации P.2 не вызывают беспокойства и редко встречаются для других вариантов. Пятью специфичными для P.2 мутациями являются: E484K в S-гене, A119S в N-гене, 5'UTR C100U, плюс L3468V и synC11824U в ORF1ab-гене. Другие мутации, обычно обнаруживаемые в P.2: 3'UTR C29754U, F120F (synC28253U) в ORF8, M234I в N-гене, плюс L3930F и synA12964G в ORF1ab.
Линия P.3 ( вариант Theta ) была впервые идентифицирована на Филиппинах 18 февраля 2021 года, когда в Центральных Висайских островах были обнаружены две вызывающие озабоченность мутации.
Остающийся производный вирус B.1.1.28 относится к линии P.4. Хотя исследователи не установили его точное происхождение, он был впервые секвенирован в Итирапине, Бразилия, и уже циркулировал в различных муниципалитетах штата Сан-Паулу той же страны. Он несет вызывающую озабоченность мутацию в шиповом белке под названием L452R, который также присутствует в линии B.1.617 ( варианты Delta и Kappa ), обнаруженной в Индии, вариант Epsilon (линии B.1.427 и B.1.429) из Калифорнии, США. Ветвь этого рода является п.4.1 (VUI-NP13L) -suspected возникшими в Гояс, Бразилия, вокруг июне-июле 2020- также быстро распространился на юго - востоке страны, где, например, Taquara имел свою первую последовательность генома, и к северо-востоку от страны. Он был обнаружен на международном уровне, с зарегистрированными случаями в Японии, Нидерландах и Англии. P.4.1 имеет мутации V1176F и D614G в шиповом белке.
| Развитие гамма-варианта (доля проанализированных положительных тестов на SARS-CoV-2 за данную неделю) | |||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Страна | Область | Сектор | Тестовое задание | Неделя 12 | Неделя 13 | Неделя 14 | Неделя 15 | Неделя 16 | Неделя 17 | ||||||||||||||
 Перу | Лима | Лима Метрополитана | 39,70% | ||||||||||||||||||||
| Лима Эсте | 63,20% | ||||||||||||||||||||||
| Лима Норте | 50,00% | ||||||||||||||||||||||
| Лима Сур | 41,90% | ||||||||||||||||||||||
| Центральная Лима | 25,00% | ||||||||||||||||||||||
| Кахамарка | Неизвестный | 75,00% | |||||||||||||||||||||
| Куско | Неизвестный | 70,00% | |||||||||||||||||||||
| Мадре-де-Диос | Неизвестный | 52,50% | |||||||||||||||||||||
| Укаяли | Неизвестный | 47,60% | |||||||||||||||||||||
| Piura | Неизвестный | 25,00% | |||||||||||||||||||||
| La Libertad | Неизвестный | 25,00% | |||||||||||||||||||||
| Аякучо | Неизвестный | 20,00% | |||||||||||||||||||||
| Лорето | Неизвестный | 08,10% | 08,10% | ||||||||||||||||||||
| Ancash | Неизвестный | 02,50% | |||||||||||||||||||||
| Случаи по странам (PANGO) | ||||
|---|---|---|---|---|
| Страна | Подтвержденные случаи [заболевания | Подозреваемые случаи | Первое обнаружение | использованная литература |
 Канада | 19 643 | 0 | 7 февраля 2021 г. | |
 Бразилия | 10,556 | 0 | 14 января 2021 г. | |
 Италия | 838 | 0 | 25 января 2021 г. | |
 Германия | 276 | 0 | 22 января 2021 г. | |
 Япония | 96 | 0 | 6 января 2021 г. | |
 Дания | 40 | 0 | 3 марта 2021 г. | |
 Южная Корея | 3 | 0 | 18 января 2021 г. | |
 Фарерские острова | 1 | 0 | 18 января 2021 г. | |
 Финляндия | 2 | 0 | 18 февраля 2021 г. | |
 Ирландия | 25 | 0 | 19 февраля 2021 г. | |
 Соединенные Штаты | 15 786 | 0 | 25 января 2021 г. | |
| Перу | 103 | 0 | 4 февраля 2021 г. | |
 Нидерланды | 499 | 0 | 29 января 2021 г. | |
 Колумбия | 165 | 0 | 30 января 2021 г. | |
 Хорватия | 2 | 0 | 18 февраля 2021 г. | |
 Турция | 166 | 0 | 3 февраля 2021 г. | |
 Франция | 219 | 0 | 4 февраля 2021 г. | |
 Аргентина | 230 | 0 | 8 февраля 2021 г. | |
 Португалия | 148 | 0 | 11 февраля 2021 г. | |
 Бельгия | 1,333 | 0 | 16 февраля 2021 г. | |
| Французская Гвиана | 225 | 0 | 16 февраля 2021 г. | |
 Испания | 635 | 0 | 16 февраля 2021 г. | |
 Швейцария | 153 | 0 | 16 февраля 2021 г. | |
 Мексика | 814 | 0 | 28 января 2021 г. | |
 Швеция | 68 | 0 | 20 февраля 2021 г. | |
 Объединенное Королевство | 155 | 0 | 28 февраля 2021 г. | |
 Индия | 2 | 0 | 17 февраля 2021 г. | |
 Австралия | 5 | 0 | 6 марта 2021 г. | |
 Румыния | 5 | 0 | 8 марта 2021 г. | |
 Синт-Мартен | 1 | 0 | 10 марта 2021 г. | |
 Филиппины | 2 | 0 | 13 марта 2021 г. | |
 Новая Зеландия | 7 | 0 | 18 марта 2021 г. | |
 Словения | 4 | 0 | 21 марта 2021 г. | |
 Уругвай | 112 | 0 | 22 марта 2021 г. | |
 Чили | 975 | 0 | 24 марта 2021 г. | |
 Парагвай | 53 | 0 | 25 марта 2021 г. | |
 Аруба | 96 | 0 | 29 марта 2021 г. | |
 Люксембург | 43 год | 0 | 30 марта 2021 г. | |
 Иордания | 5 | 0 | 4 апреля 2021 г. | |
 Коста-Рика | 32 | 0 | 11 апреля 2021 г. | |
 Суринам | 106 | 0 | 11 апреля 2021 г. | |
 Эквадор | 27 | 0 | 14 апреля 2021 г. | |
 Сингапур | 8 | 0 | 16 апреля 2021 г. | |
 Норвегия | 4 | 0 | 24 февраля 2021 г. | |
 Польша | 5 | 0 | 13 апреля 2021 г. | |
 Таиланд | 1 | 0 | 5 апреля 2021 г. | |
| Guyane | 1 | 0 | 3 мая 2021 г. | |
 Бангладеш | 1 | 0 | 3 мая 2021 г. | |
 Китай | 2 | 0 | 10 мая 2021 г. | |
 Литва | 3 | 0 | 10 мая 2021 г. | |
 Кюрасао | 6 | 0 | 24 апреля 2021 г. | |
 Мальта | 22 | 0 | 18 апреля 2021 г. | |
 Австрия | 17 | 0 | 15 апреля 2021 г. | |
 Тринидад и Тобаго | 14 | 0 | 23 апреля 2021 г. | |
 Гаити | 46 | 0 | 15 мая 2021 г. | |
 Каймановы острова | 1 | 0 | 17 июня 2021 г. | |
 Боливия | 10 | 0 | 19 марта 2021 г. | |
 Чехия | 9 | 0 | 21 апреля 2021 г. | |
 Доминиканская Республика | 4 | 0 | 11 марта 2021 г. | |
 Израиль | 9 | 0 | 11 апреля 2021 г. | |
 Венесуэла | 17 | 0 | 10 февраля 2021 г. | |
 Тайвань | 4 | 0 | 20 февраля 2021 г. | |
 Венгрия | 1 | 0 | 22 июля 2021 г. | |
| Мир Всего: 63 страны | Итого: 52079 | Итого: 0 | Всего на 27 июня 2021 г. | |
| Кейсы по странам (обновлено 9 августа 2021 г.) GISAID | ||
|---|---|---|
| Страна | Подтвержденные случаи [заболевания | Дата сбора |
| Соединенные Штаты Америки | 23 373 | 29 июня 2021 г. |
| Бразилия | 16 200 | 13 июня 2021 г. |
| Канада | 8 070 | 5 июля 2021 г. |
| Бельгия | 1 974 | 1 июля 2021 г. |
| Мексика | 2,278 | 24 июня 2021 г. |
| Чили | 2,522 | 13 июня 2021 г. |
| Испания | 957 | 26 июня 2021 г. |
| Италия | 2 181 | 29 июня 2021 г. |
| Нидерланды | 566 | 17 июня 2021 г. |
| Колумбия | 346 | 1 июня 2021 г. |
| Германия | 806 | 22 июня 2021 г. |
| Франция | 577 | 23 июня 2021 г. |
| Тринидад и Тобаго | 255 | 15 июня 2021 г. |
| Аргентина | 329 | 12 мая 2021 г. |
| Французская Гвиана | 318 | 11 июня 2021 г. |
| Объединенное Королевство | 224 | 23 июня 2021 г. |
| Португалия | 190 | 23 июня 2021 г. |
| Уругвай | 173 | 15 апреля 2021 г. |
| Швейцария | 187 | 21 июня 2021 г. |
| Аруба | 121 | 20 июня 2021 г. |
| Япония | 118 | 13 июня 2021 г. |
| Суринам | 117 | 25 мая 2021 г. |
| Швеция | 141 | 14 июня 2021 г. |
| Парагвай | 54 | 4 мая 2021 г. |
| Дания | 63 | 29 июня 2021 г. |
| Гаити | 47 | 20 мая 2021 г. |
| Люксембург | 2 | 19 апреля 2021 г. |
| Финляндия | 7 | 23 мая 2021 г. |
| Бангладеш | 1 | 18 февраля 2021 г. |
 Барбадос | 3 | 22 мая 2021 г. |
| Каймановы острова | 1 | 17 июня 2021 г. |
| Фарерские острова | 1 | 12 января 2021 г. |
 Гуам | 1 | 30 апреля 2021 г. |
 Гайана | 3 | 18 января 2021 г. |
| Филиппины | 2 | 21 февраля 2021 г. |
 Пуэрто-Рико | 1 | 9 июня 2021 г. |
| Коста-Рика | 69 | 29 июня 2021 г. |
| Эквадор | 145 | 21 июля 2021 г. |
| Турция | 88 | 29 июня 2021 г. |
| Перу | 42 | 14 июня 2021 г. |
| Доминиканская Республика | 38 | 10 июня 2021 г. |
| Мальта | 32 | 22 июня 2021 г. |
| Ирландия | 29 | 21 июня 2021 г. |
| Австрия | 28 год | 18 июня 2021 г. |
| Польша | 24 | 14 июля 2021 г. |
| Чехия | 20 | 22 июня 2021 г. |
| Израиль | 19 | 6 июля 2021 г. |
| Боливия | 17 | 2 июня 2021 г. |
| Венесуэла | 17 | 26 мая 2021 г. |
| Кюрасао | 14 | 24 июня 2021 г. |
| Румыния | 12 | 12 июня 2021 г. |
| Южная Корея | 10 | 3 июля 2021 г. |
| Норвегия | 9 | 1 июля 2021 г. |
| Австралия | 8 | 25 апреля 2021 г. |
| Сингапур | 8 | 11 июня 2021 г. |
| Словения | 7 | 4 июня 2021 г. |
| Новая Зеландия | 7 | 31 мая 2021 г. |
| Хорватия | 6 | 29 июня 2021 г. |
| Литва | 6 | 30 июня 2021 г. |
| Иордания | 5 | 28 апреля 2021 г. |
| Тайвань | 4 | 28 января 2021 г. |
| Индия | 3 | 12 мая 2021 г. |
 Босния и Герцеговина | 3 | 5 июля 2021 г. |
| Китай | 2 | 17 апреля 2021 г. |
 Пакистан | 1 | 17 мая 2021 г. |
 Ангола | 1 | 22 марта 2021 г. |
 Латвия | 1 | 1 апреля 2021 г. |
| Таиланд | 1 | 5 апреля 2021 г. |
 Россия | 1 | 21 мая 2021 г. |
 Греция | 1 | 14 мая 2021 г. |
 Бонайре | 1 | 7 июля 2021 г. |
| Мир (71 страна) | Всего: 63 769 | Всего на 9 августа 2021 г. |
12 января 2021 года Бразильско-британский центр CADDE подтвердил 13 местных случаев заболевания линии P.1 в Манаусе, штат Амазонас, крупнейшем городе тропических лесов Амазонки. Новая линия отсутствовала в 27 образцах, собранных с марта по ноябрь 2020 г. в Манаусе, но была идентифицирована для того же города в 42% (n = 13/31) образцов, собранных 15–23 декабря 2020 г., за которыми следовали 52,2% ( n = 35/67) в течение 15–31 декабря 2020 года и 85,4% (n = 41/48) в течение 1–9 января 2021 года. В частности, P.2 быстро уступил P1 со второй половины декабря до 1 –9 января, когда доля линии P.2 для Манауса снизилась с 25,4% до 6,3%.
Исследование 180 секвенированных бразильских образцов, собранных в штате Рио-де-Жанейро в течение 2020 года, выявило появление новой линии P.2 SARS-CoV-2 (происходящей из B.1.1.28). P.2 был впервые обнаружен путем секвенирования генома в октябре 2020 года, но, по оценкам, он появился в начале июля 2020 года. По состоянию на декабрь 2020 года, хотя частота его значительного увеличения по всему штату значительно увеличилась, он по-прежнему в основном ограничивался столицей штата Рио. де Жанейро. В мае 2020 года основными линиями передачи вирусов COVID-19 были B.1.1.33 (70%) и B.1.1.28 (20%), тогда как к сентябрю основными линиями были B.1.1.33 (50%) и B.1.1.28 (40%) без обнаруженного присутствия P.2, в то время как в октябре и ноябре P.2 была наиболее распространенной линией с долей, близкой к 50% (согласно инструменту Pangolin ). Исследование также показало, что мутация E484K «широко распространена» во всех проанализированных образцах P.2 (36 из 38).
Исследователи из Фонда Освальдо Круза опубликовали препринт геномного эпидемиологического исследования 250 собранных геномов из разных мест в Амазонке и обнаружили, что инфекции P.1 могут вызывать почти в 10 раз большую вирусную нагрузку, чем у других инфицированных COVID-19 людей, относящихся к линиям B.1.1..28 и B.1.195. Линия также показала в 2,2 раза более высокую трансмиссивность с одинаковой способностью инфицировать как взрослых (18-59 лет), так и пожилых людей (60 лет и старше), что позволяет предположить, что P.1 и его подлинии более успешны при заражении молодых людей без гендерный дифференциал.
Центр открытия, диагностики, геномики и эпидемиологии арбовирусов (CADDE) опубликовал в журнале статью об образцах, собранных в Манаусе в период с ноября 2020 года по январь 2021 года. Исследование показало, что происхождение P.1 ≈2,0 раза (50% CrI,1,7 -В 2,4 раза) более передаваема и показала способность уклоняться ≈32% (50% CrI,21 -46%) унаследованного иммунитета от предыдущих коронавирусных заболеваний, что приводит к возможности повторного заражения. Эта увеличенная статистика также имела такое же отражение в летальности, поскольку инфекции P.1 могут быть ≈50% (50% CrI,20 -90%) более смертоносны. В рамках продолжающихся исследований способность варианта нейтрализовать антитела была оценена учеными в опубликованном препринте, демонстрирующем, что 8 человек, иммунизированных CoronaVac, имели плохой ответ плазмы крови против линии P.1. Поскольку в исследовании участвовало лишь небольшое количество участников, невозможно было сделать какой-либо статистический вывод, поскольку необходимо было изучить большее количество вакцинированных людей. Ученые Массачусетского технологического института, Гарварда и Кембриджа, а также врачи больниц в Бостоне подтвердили, что люди, полностью вакцинированные вакцинами Pfizer и Moderna, значительно снизили нейтрализацию P.1 - в препринте.
