SARS-CoV-2 вариант Каппа

редактировать
Для происхождения B.1.617.2 см. Вариант SARS-CoV-2 Delta.

Каппа вариант представляет собой вариант из SARS-COV-2, на вирус, который вызывает COVID-19. Это одна из трех подлиний линии передачи Панго B.1.617. Вариант каппа SARS-CoV-2 также известен как линия B.1.617.1 и был впервые обнаружен в Индии в декабре 2020 года. К концу марта 2021 года на подвариант каппа приходилось более половины представленных последовательностей. из Индии. 1 апреля 2021 года Общественное здравоохранение Англии присвоило ему статус «Вариант, находящийся на рассмотрении» ( VUI-21APR-01).

СОДЕРЖАНИЕ

  • 1 Мутации
  • 2 История
    • 2.1 Международное обнаружение
    • 2.2 Передача от сообщества
  • 3 Статистика
  • 4 См. Также
  • 5 ссылки

Мутации

  • Аминокислотные мутации варианта SARS-CoV-2 Kappa нанесены на карту генома SARS-CoV-2 с акцентом на спайке.

Определение мутаций в варианте SARS-CoV-2 Kappa
Ген Нуклеотид Аминокислота
ORF1ab C3457T -
C4957T T1567I
A11201G T3646A
G17523T M5753I
A20396G K6711R
P314L
G1129C
M1352I
K2310R
S2312A
Шип T21895C -
T21895C E154K
T22917G L452R
G23012C E484Q
D614G
C23604G P681R
Q1071H
N G28881T R203M
D377Y
M I82S
ORF3a C25469T S26L
ORF1a T1567I
T3646A
ORF7a T27638C V82A
Источник: covariants.org и Технический брифинг PHE 9

Вариант Каппа имеет три заметных изменения в аминокислотных последовательностях, все из которых находятся в коде белка шипа вируса.

Три заметные замены: L452R, E484Q, P681R.

  • L452R. Замена в положении 452, замена лейцина на аргинин. Этот обмен обеспечивает более сильное сродство белка-шипа к рецептору ACE2 наряду со сниженной способностью иммунной системы распознавать.
  • E484Q. Замена в положении 484, замена глутаминовой кислоты на глутамин. Это изменение придает варианту более сильный потенциал связывания с ангиотензин-превращающим ферментом 2, а также лучшую способность уклоняться от иммунной системы хозяина.
  • P681R. Замена в положении 681, замена пролина на аргинин.

Европейский центр по профилактике и контролю заболеваний (ECDC) также перечисляет четвертую представляющую интерес мутацию шипа:

  • D614G. Это замена в положении 614, замена аспарагиновой кислоты на глицин. Другие варианты, которые имеют мутацию D614G, включают варианты бета и дельта, и эта мутация связана с повышенной инфекционностью.

Две другие мутации, которые можно найти ближе к любому концу области шипа, - это T95I и Q1071H.

История

Международное обнаружение

Вариант Каппа был впервые обнаружен в Индии в декабре 2020 года.

К 11 мая 2021 года Еженедельный эпидемиологический отчет ВОЗ сообщил о 34 странах с обнаружением субварианта, однако к 25 мая 2021 года количество стран возросло до 41. По состоянию на 19 мая 2021 года в Соединенном Королевстве было обнаружено в общей сложности 418 подтвержденные случаи варианта SARS-CoV-2 Kappa. 6 июня 2021 года группа из 60 случаев, выявленных в австралийском городе Мельбурн, была связана с вариантом Каппа.

Передача сообщества

В техническом информационном документе общественного здравоохранения Англии от 22 апреля 2021 года сообщается, что в Англии было выявлено 119 случаев подварианта, причем концентрация случаев сосредоточена в районе Лондона, а также в регионах северо-запада и востока Англии. Из 119 случаев 94 имели установленную связь с поездками, 22 дела все еще расследуются, но оставшиеся 3 случая были определены как не имеющие какой-либо известной связи с поездками.

2 июня Guardian сообщила, что по крайней мере 1 из 10 случаев вспышки в австралийском штате Виктория был вызван контактом с незнакомцами и что передача инфекции в сообществе была связана с кластерами варианта Каппа. Однако эксперт по инфекционным заболеваниям профессор Грег Дор сказал, что вариант Каппа ведет себя «так же, как мы видели раньше» по отношению к другим вариантам в Австралии.

Статистика

Кейсы по странам (обновлено 13 сентября 2021 г.) GISAID
Страна Подтвержденные случаи [заболевания Дата сбора
 Индия 4 437 26 мая 2021 г.
 Объединенное Королевство 545 31 мая 2021 г.
 Соединенные Штаты Америки 308 24 июня 2021 г.
 Канада 372 12 мая 2021 г.
 Ирландия 206 8 июня 2021 г.
 Австралия 128 15 июня 2021 г.
 Германия 102 22 июня 2021 г.
 Сингапур 59 13 мая 2021 г.
 Дания 28 год 31 мая 2021 г.
 Нидерланды 27 12 июня 2021 г.
 Япония 27 7 мая 2021 г.
 Ангола 6 20 апреля 2021 г.
 Франция 16 20 мая 2021 г.
 Бельгия 17 13 мая 2021 г.
 Китай 13 18 апреля 2021 г.
 Катар 7 17 мая 2021 г.
 Южная Корея 12 27 апреля 2021 г.
  Швейцария 10 4 мая 2021 г.
 Португалия 9 4 мая 2021 г.
 Италия 19 24 мая 2021 г.
 Бахрейн 8 10 апреля 2021 г.
 Мексика 7 2 июня 2021 г.
 Южная Африка 15 18 июня 2021 г.
 Финляндия 11 23 мая 2021 г.
 Люксембург 10 26 апреля 2021 г.
 Испания 5 19 мая 2021 г.
 Швеция 5 17 апреля 2021 г.
 Гана 5 20 апреля 2021 г.
 Кения 7 29 апреля 2021 г.
 Чехия 4 4 мая 2021 г.
 Иордания 4 25 апреля 2021 г.
 Мьянма 4 2 июня 2021 г.
 Новая Зеландия 4 8 апреля 2021 г.
 Малайзия 4 1 июня 2021 г.
 Индонезия 2 29 апреля 2021 г.
 Гваделупа 2 10 марта 2021 г.
   Непал 2 9 мая 2021 г.
 Синт-Мартен 2 3 апреля 2021 г.
 Австрия 2 1 августа 2021 г.
 Кюрасао 1 23 апреля 2021 г.
 Греция 1 6 апреля 2021 г.
 Словакия 1 19 апреля 2021 г.
 Словения 2 6 апреля 2021 г.
 Таиланд 1 26 апреля 2021 г.
 Уганда 1 26 марта 2021 г.
 Замбия 1 2 мая 2021 г.
 Румыния 1 5 мая 2021 г.
 Марокко 1 22 апреля 2021 г.
 Каймановы острова 3 16 апреля 2021 г.
 Польша 1 6 мая 2021 г.
 Турция 1 12 марта 2021 г.
 Бразилия 2 10 февраля 2021 г.
 Израиль 2 2 января 2021 г.
 Саудовская Аравия 1 14 апреля 2021 г.
 Россия 1 11 апреля 2021 г.
 Габон 1 14 апреля 2021 г.
 Оман 2 16 мая 2021 г.
 Нигерия 1 21 апреля 2021 г.
Мир (58 стран) Всего: 6 476 Всего на 13 сентября 2021 г.

Смотрите также

использованная литература

Последняя правка сделана 2023-04-21 09:50:42
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте