HMGA1

HMGA1
Доступные структуры PDB Поиск по ортологу: PDBe RCSB Список id-кодов PDB 2EZD, 2EZE, 2EZF, 2EZG
Идентификаторы
Псевдонимы	HMGA1, HMG-R, HMGA1A, HMGIY, AT-hook 1 группы высокой мобильности
Внешние идентификаторы	OMIM : 600701 MGI: 96160 HomoloGene : 128226 Генные карты: HMGA1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 6 (человек) Полоса 6p21.31 Начало 34 236 873 bp Конец 34 246 231 bp
Расположение гена (мышь) Chr. Хромосома 17 (mous д) Полоса 17 A3.3 | 17 14,5 см Начало 27,556,497 bp Конец 27,563,674 bp
Экспрессия РНК паттерн .. Дополнительные эталонные данные по экспрессии
Онтология гена Молекулярная функция •Связывание с рецептором ретиноида X. •Связывание с рецептором ретиноевой кислоты. •связывание с ферментом. •связывание с рецептором, активированным пролифератором пероксисом. •Связывание с ДНК. •GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Активность ДНК-связывающего активатора транскрипции, РНК-полимераза II-специфическая. •лиганд-зависимая активность коактиватора транскрипции ядерного рецептора. •GO: 0001948 связывание с белком. •связывание с хроматином. •GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции. •Активность 5'-дезоксирибозо-5-фосфатлиазы. •фактор транскрипции связывание. •ДНК- (апуриновый или апиримидиновый сайт) лиазная активность. •GO: 0001158 проксимальная область корового промотора, специфичная для последовательности Связывание ДНК. •AT связывание с ДНК. •GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 ДНК -вяжущий транс активность фактора кририпции, специфическая к РНК-полимеразе II. •GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции. •структурный компонент хроматина. клеточный компонент •ядро ​​клетки. •нуклеоплазма. •цитозоль. •гетерохроматин, связанный со старением фокус. •хромосома. •фокальная адгезия. •комплекс регуляторов транскрипции. •хроматин. •комплекс факторов транскрипции РНК-полимераза II. Биологический процесс •негативная регуляция пролиферации клеток. •старение клеток, вызванное онкогеном. •установление интегрированной задержки провируса. •разборка нуклеосом. •регуляция транскрипции, ДНК-шаблон. •позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон. •позитивная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II. •позитивный регуляция клеточного старения. •связанная со старением сборка фокуса гетерохроматина. •негативная регуляция транскрипции, ДНК-шаблонный. •ответ на вирус. •негативная регуляция молчания хроматина. •раскручивание ДНК i участвует в репликации ДНК. •транскрипция, ДНК-шаблонная. •транскрипция с промотора РНК-полимеразы II. •ядерный транспорт. •GO: 0022415 вирусный процесс. •эксцизионная репарация оснований. •сборка макромолекулярного комплекса. Источники: Amigo / QuickGO
Orthologs
Species	Human	Mouse
Entrez	3159	15361
Ensembl	ENSG00000137309	ENSMUSG00000046711
UniProt	P17096	P17095
RefSeq (мРНК)	NM_002131. NM_145899 NM_145901. NM_145902. . NM_145>NM_145905. NM_001319077. NM_001319078. NM_001319079. NM_001319080. NM_001319081. NM_001319082	NM_001025427. NM_00103900_116113 391>NM_001166540. NM_001166541. NM_001166542. NM_001166543. NM_001166544. NM_001166545. NM_001166546. NM_016660
NP307001 NP600_RF30700800 NP600 (белок). NP_001306009. NP_001306010.
NP_0013060 11. NP_002122. NP_665906. NP_665908. NP_665909. NP_665910. NP_665912

Групповой белок с высокой подвижностью HMG-I / HMG-Y представляет собой белок, который у человека кодируется геном HMGA1 .

Содержание

• 1 Функция
• 2 Взаимодействия
• 3 См. также
• 4 Ссылки
• 5 Дополнительная литература
• 6 Внешние ссылки

Функция

Этот ген кодирует негистоновый белок хроматина, участвующий во многих клеточных процессах, включая регуляцию транскрипции индуцибельных генов, Репликация ДНК, гетерохроматин организация, интеграция ретровиру ses в хромосомы и метастатическое прогрессирование раковых клеток.

Белки HMGA1 - это довольно маленькие (~ 10-12 кДа) и основные молекулы, они состоят из трех АТ-крючков с ядром RGRP (Arg-Gly-Arg-Pro) мотив, новый сшивающий домен, расположенный между вторым и третьим АТ-крючком, и характеристика С-конца кислотного хвоста для HMG семейство, включающее белки HMGA, HMGB и HMGN.

Слитые белки HMGA1-GFP обладают высокой динамикой in vivo (определено с помощью анализа FRAP ), но, напротив, также демонстрируют наномолярное сродство к AT-богатой ДНК in vitro (определяется биохимически), что может можно объяснить обширными посттранскрипционными модификациями in vivo. HMGA1 предпочтительно связывается с малой бороздкой АТ-богатых областей в двухцепочечной ДНК с помощью своих АТ-крючков. Он имеет небольшую вторичную структуру в растворе, но принимает различные конформации при связывании с субстратами, такими как ДНК или другие белки. Белки HMGA1 имеют большое количество разнообразных посттрансляционных модификаций и расположены в основном в ядре, особенно в гетерохроматине, но также в митохондриях и цитоплазме.

Недавно было показано, что белки HMGA1, HMGA1a и HMGA1b, могут сшивать волокна ДНК in vitro и вызывать кластеризацию хроматина in vivo, что свидетельствует о структурной роли белков HMGA1 в организации гетерохроматина.

По крайней мере, семь вариантов транскриптов, кодирующих две разные изоформы (HMGA1a, HMGA1b), были обнаружены для этого гена. Вариант сплайсинга HMGA1c только с двумя AT-крючками и без кислотного хвоста обсуждается как настоящий член семейства HMGA.

Мыши, у которых отсутствует свой вариант HMGA1, т.е. мыши Hmga1 - / -, диабетики, демонстрируют гипертрофию сердца и выражают низкие уровни рецептора инсулина.

Взаимодействия

HMGA1 взаимодействует с CEBPB и фактором транскрипции Sp1.

См. Также

• HMGA
• AT-hook

Ссылки

Дополнительная литература

Внешние ссылки

• HMGA1 + белок, + человеческий в Национальной медицинской библиотеке США Медицинские предметные заголовки (MeSH)
• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P17096 (белок группы высокой мобильности HMG-I / HMG-Y) на the PDBe-KB.

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США, которая находится в общественном достоянии.