Orthologous MAtrix

редактировать

OMA

Контент
Описание	ортология вывод среди 1000 полных геномов.
Связаться
Лаборатория	ETH Zurich
Авторы	Кристоф Дессимоз. Адриан Шнайдер. Адриан Альтенхофф. Гастон Х. Гонне
Основная ссылка	Альтенхофф и др.
Дата выпуска	2004
Доступ
Веб-сайт	omabrowser.org
URL для загрузки	http://omabrowser.org/All/download.html
Веб-сервис URL	wsdl
Разное
Выпуск данных. частота	2 выпуска в год

OMA (Orthologous MAtrix ) представляет собой базу данных ортологов, извлеченных из доступных полных геномов. Прогнозы ортологии OMA доступны в нескольких формах:

Пары OMA: для данного гена предоставляется список предсказанных ортологов у других видов..
Группы OMA: набор генов различных видов, которые все ортологичны.
Иерархические группы OMA: набор всех генов, которые произошли от одного предкового гена в заданном таксономическом диапазоне.
Представление пары генома OMA: список всех предсказанных ортологов между двумя видами.

См. также

Ссылки

^ Альтенхофф, Адриан М; Шнайдер Адриан; Гонне Гастон Н; Дессимоз Кристоф (январь 2011 г.). «OMA 2011: вывод ортологии среди 1000 полных геномов». Nucleic Acids Res. Англия. 39 (Проблема с базой данных): D289-94. doi : 10.1093 / nar / gkq1238. PMC 3013747. PMID 21113020.
^Альтенхофф, Адриан М; Гловер, Наташа М; Поезд, Клеман-Мари; Калеб, Клара; Уорвик Вестроци, Алекс; Дилус, Дэвид; де Фариас, Tarcisio M; Зиле, Карина; Стивенсон, Чарльз; Лонг, Цзяо; Редестиг, Хеннинг; Gonnet, Gaston H; Дессимоз, Кристоф (2018). «Ортологическая база данных OMA в 2018 году: поиск эволюционных взаимосвязей между всеми сферами жизни с помощью более богатых веб-интерфейсов и программных интерфейсов». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (D1): D477 – D485. doi : 10.1093 / nar / gkx1019. ISSN 0305-1048. PMC 5753216. PMID 29106550.