Энтрес

редактировать
Логотип Entrez

Entrez (произносится ɒnˈtreɪ) Global Query Cross-Database Search System - это система федеративного поиска, или веб-портал, который позволяет пользователям выполнять поиск по множеству дискретных медицинских наук баз данных на веб-сайте Национального центра биотехнологической информации (NCBI). NCBI является частью Национальной медицинской библиотеки (NLM), которая сама является отделом Национальных институтов здравоохранения (NIH), который, в свою очередь, является частью Министерство здравоохранения и социальных служб США. Название «Entrez» (приветствие, означающее «войдите» на французском языке) было выбрано, чтобы отразить дух приветствия публики к поиску контента, доступного на NLM.

Entrez Global Query - это интегрированная система поиска и извлечения, которая обеспечивает доступ ко всем базам данных одновременно с помощью единой строки запроса и пользовательского интерфейса. Entrez может эффективно извлекать связанные последовательности, структуры и ссылки. Система Entrez может предоставлять изображения последовательностей гена и белка и карты хромосомы. Некоторые учебники также доступны в Интернете через систему Entrez.

Содержание

  • 1 Возможности
  • 2 Базы данных
  • 3 Доступ
  • 4 История
  • 5 Ссылки
  • 6 Внешние ссылки

Возможности

На первой странице Entrez, по умолчанию доступ к глобальному запросу. Все базы данных, проиндексированные Entrez, можно искать с помощью одной строки запроса, поддерживая логические операторы и теги условий поиска, чтобы ограничить части поискового запроса определенными полями. Это возвращает унифицированную страницу результатов, которая показывает количество совпадений для поиска в каждой из баз данных, которые также являются ссылками на фактические результаты поиска для этой конкретной базы данных.

Entrez также предоставляет аналогичный интерфейс для поиска в каждой конкретной базе данных и для уточнения результатов поиска. Функция ограничений позволяет пользователю сузить область поиска в интерфейсе веб-форм. Функция «История» предоставляет пронумерованный список недавно выполненных запросов. На результаты предыдущих запросов можно ссылаться по номеру и объединять с помощью логических операторов. Результаты поиска можно временно сохранить в буфере обмена. Пользователи с учетной записью MyNCBI могут сохранять запросы на неопределенный срок, а также получать обновления с новыми результатами поиска по электронной почте для сохраненных запросов большинства баз данных. Он широко используется в области биотехнологии в качестве справочного пособия как для студентов, так и для профессионалов.

Базы данных

Entrez выполняет поиск в следующих базах данных:

  • PubMed : цитаты и отрывки из биомедицинской литературы, включая Medline - статьи из (в основном медицинских ) журналы, часто с рефератами. Ссылки на PubMed Central и другие полнотекстовые ресурсы предоставляются для статей 1990-х годов.
  • PubMed Central : бесплатные полнотекстовые журнальные статьи
  • Поиск по сайту: веб-сайты NCBI и FTP
  • Книги: электронные книги
  • Онлайн-менделевское наследование у человека (OMIM)
  • Нуклеотид: база данных последовательностей (GenBank )
  • Белок: база данных последовательностей
  • Геном: полногеномные последовательности и картирование
  • Структура: трехмерные макромолекулярные структуры
  • Таксономия: организмы в GenBank Таксономия
  • dbSNP : однонуклеотидный полиморфизм
  • : информация, ориентированная на ген
  • HomoloGene: группы гомологии эукариот
  • PubChem Соединение: уникальные химические структуры малых молекул
  • Субстанция PubChem: депонированные записи о химических веществах
  • Проект генома : информация о геномном проекте
  • UniGene : ген-ориентированные кластеры последовательностей транскриптов
  • CDD : база данных консервативных белковых доменов
  • PopSet: наборы данных популяционных исследований (эпидемиология )
  • G Профили EO: экспрессия и профили молекулярного содержания
  • Наборы данных GEO: экспериментальные наборы данных GEO
  • Архив считывания последовательностей: данные высокопроизводительного секвенирования
  • Раковые хромосомы: цитогенетические базы данных
  • PubChem BioAssay: скрининг биоактивности химических веществ
  • Зонд: реагенты, специфичные для последовательности
  • Каталог NLM: библиографические данные NLM для более чем 1,2 миллиона журналов, книг, аудиовизуальных материалов, компьютерного программного обеспечения, электронных ресурсы и другие материалы, хранящиеся в LocatorPlus (обновляется каждый будний день).

Доступ

Помимо использования форм поисковой системы для запроса данных в Entrez, NCBI предоставляет Entrez Programming Утилиты (eUtils) для более прямого доступа к результатам запроса. Доступ к eUtils осуществляется путем отправки специально сформированных URL-адресов на сервер NCBI и анализа ответа XML. Также был интерфейс eUtils SOAP, работа которого была прекращена в июле 2015 года.

История

В 1991 году Entrez был представлен на компакт-диске. В 1993 году версия программы клиент-сервер обеспечивала подключение к Интернету. В 1994 году NCBI создала веб-сайт, и Entrez стал частью этого первоначального выпуска. В 2001 году была выпущена книжная полка Entrez, а в 2003 году была разработана база данных Entrez Gene.

Ссылки

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-05-19 11:37:49
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте