PubMed

Онлайн-база данных с рефератами медицинских статей, размещенная в Национальной медицинской библиотеке США

PubMed

Контакт
Исследовательский центр	Национальная медицинская библиотека США (NLM)
Дата выпуска	январь 1996 г.; 24 года назад (1996-01)
Access
Веб-сайт	pubmed.ncbi.nlm.nih.gov

PubMed является бесплатным поисковая система обращается в основном к MEDLINE базе данных ссылок и рефератов по наукам о жизни и биомедицине. Национальная медицинская библиотека США (NLM) в Национальных институтах здравоохранения поддерживает базу данных как часть Entrez системы поиска информации.

С 1971 по 1997 год онлайн-доступ к базе данных MEDLINE был в основном через институциональные средства, такие как университетские библиотеки. PubMed, впервые выпущенный в январе 1996 года, положил начало эре частного, бесплатного поиска в MEDLINE на дому и в офисе. Система PubMed была предложена общественности бесплатно с июня 1997 года.

• 1 Содержание
• 2 Характеристики
  • 2.1 Дизайн веб-сайта
    • 2.1.1 PubMed для карманных / мобильных устройств
  • 2.2 Поиск
    • 2.2.1 Стандартный поиск
    • 2.2.2 Комплексный поиск
  • 2.3 Параметры статьи журнала
    • 2.3.1 Тип публикации: клинические запросы / систематические обзоры
    • 2.3.2 Вторичный идентификатор
  • 2.4 См. также
  • 2.5 Сопоставление с MeSH
  • 2.6 My NCBI
  • 2.7 LinkOut
  • 2.8 PubMed Commons
  • 2.9 askMEDLINE
  • 2.10 Идентификатор PubMed
• 3 Альтернативные интерфейсы
• 4 Анализ данных PubMed
• 5 См. Также
• 6 Ссылки
• 7 Внешние ссылки

Помимо MEDLINE, PubMed предоставляет доступ к:

• более ранним ссылкам из печатной версии Index Medicus, с 1951 года и ранее
• ссылки на некоторые журналы до того, как они были проиндексированы в Index Medicus и MEDLINE, например, Science, BMJ и Annals of Surgery
• самые свежие записи в записи для статьи до того, как она будет проиндексирована с помощью Medical Subject Headings (MeSH) и добавлена ​​в MEDLINE
• коллекцию книг, доступных полнотекстовых и других подмножеств записей NLM
• PMC цитаты
• Книжная полка NCBI

Многие записи PubMed содержат ссылки на полнотекстовые статьи, некоторые из которых находятся в свободном доступе, часто в PubMed Central и локальных зеркалах, таких как Europe PubMed Central.

Информация о журналах, проиндексированных в MEDLINE и доступных через PubMed, находится в каталоге NLM.

По состоянию на 27 января 2020 года PubMed имеет более 30 миллионов ссылок и рефератов, датированных 1966 годом, выборочно год 1865, и очень выборочно до 1809. На ту же дату 20 миллионов записей PubMed перечислены вместе с их рефератами, и 21,5 миллиона записей имеют ссылки на полнотекстовые версии (из которых 7,5 миллионов статей доступны, полнотекстовые бесплатно). За последние 10 лет (до 31 декабря 2019 г.) ежегодно добавлялось в среднем около 1 миллиона новых записей. Приблизительно 12% записей в PubMed соответствуют записям, связанным с раком, которые выросли с 6% в 1950-х годах до 16% в 2016 году. Другая значительная часть записей соответствует «химии» (8,69%), «терапии» (8,39%). %) и «заражение» (5%).

В 2016 году NLM изменила систему индексирования, чтобы издатели могли напрямую исправлять опечатки и ошибки в статьях, проиндексированных PubMed.

В PubMed есть Сообщалось, что в него были включены некоторые статьи, опубликованные в хищных журналах. Политики MEDLINE и PubMed при выборе журналов для включения в базу данных немного отличаются. Слабые места в критериях и процедурах индексации журналов в PubMed Central могут привести к попаданию публикаций из хищнических журналов в PubMed.

Дизайн веб-сайта

Был запущен новый интерфейс PubMed в октябре 2009 г. и поощрял использование таких быстрых поисковых формулировок, подобных Google; их также называют поисками «телеграмм». По умолчанию результаты сортируются по самым последним, но это можно изменить на «Лучшее совпадение», «Дата публикации», «Первый автор», «Последний автор», «Журнал» или «Заголовок».

Дизайн и домен веб-сайта PubMed были обновлены в январе 2020 г. и стал по умолчанию 15 мая 2020 года с обновленными и новыми функциями. Многие исследователи, которые часто используют этот сайт, вызвали критическую реакцию.

PubMed для портативных / мобильных устройств

Доступ к PubMed / MEDLINE можно получить через портативные устройства, например, с помощью "PICO « вариант (для конкретных клинических вопросов), созданный NLM. Также доступна опция «PubMed Mobile», обеспечивающая доступ к удобной для мобильных устройств упрощенной версии PubMed.

Поиск

Стандартный поиск

Можно выполнять простой поиск в PubMed путем ввода ключевых аспектов темы в окно поиска PubMed.

PubMed переводит эту исходную формулировку поиска и автоматически добавляет имена полей, соответствующие термины MeSH (медицинские предметные заголовки), синонимы, логические операторы и соответствующим образом «вкладывает» полученные термины, значительно улучшая формулировку поиска, в частности, за счет регулярное комбинирование (с использованием оператора ИЛИ) текстовых слов и терминов MeSH.

Примеры, приведенные в учебном пособии PubMed, демонстрируют, как работает этот автоматический процесс:

вызывает ходьбу во сне переводится как ("этиология" [подзаголовок] ИЛИ "этиология" [Все поля] ИЛИ "причины «[Все поля] ИЛИ« причинность »[термины MeSH] ИЛИ« причинность »[Все поля]) И (« сомнамбулизм »[термины MeSH] ИЛИ« сомнамбулизм »[Все поля] ИЛИ (« сон » [Все поля] И «ходьба» [Все поля]) ИЛИ «ходьба во сне» [Все поля])

Аналогично,

мягкая предотвращение приступов аспирина переводится как («инфаркт миокарда» [ Термины MeSH] ИЛИ («миокард» [Все поля] И «инфаркт» [Все поля]) ИЛИ «инфаркт миокарда» [Все поля] ИЛИ («сердце» [Все поля] И «атака» [Все поля]) ИЛИ » сердечный приступ »[Все поля]) И (« аспирин »[Термины MeSH] ИЛИ« аспирин »[Все поля]) И (« профилактика и контроль »[Подзаголовок] ИЛИ ( «предотвращение» [Все поля] И «контроль» [Все поля]) ИЛИ «предотвращение и контроль» [Все поля] ИЛИ «предотвращение» [Все поля])

Комплексный поиск

Для оптимального поиска В PubMed необходимо понимать его основной компонент, MEDLINE, и особенно контролируемый словарь MeSH (Medical Subject Headings), используемый для индексации статей MEDLINE. Они также могут потребовать сложных стратегий поиска, использования имен полей (тегов), правильного использования ограничений и других функций; Справочные библиотеки и специалисты по поиску предлагают услуги поиска.

Поиск в окне поиска PubMed рекомендуется только для поиска однозначных тем или новых вмешательств, для которых еще не создан заголовок MeSH, а также для поиска торговые марки лекарств и имена собственные. Это также полезно, когда нет подходящего заголовка или дескриптор представляет собой частичный аспект. Поиск с использованием тезауруса MeSH более точен и дает меньше нерелевантных результатов. Кроме того, это избавляет от недостатка поиска по произвольному тексту, при котором необходимо учитывать орфографию, различия в единственном / множественном числе или сокращениях. С другой стороны, не будут обнаружены статьи, недавно включенные в базу данных, дескрипторы которой еще не были присвоены. Следовательно, чтобы гарантировать исчерпывающий поиск, необходимо использовать комбинацию контролируемых языковых заголовков и терминов с произвольным текстом.

Параметры статьи журнала

При индексировании статьи журнала извлекаются многочисленные параметры статьи и хранится как структурированная информация. Такими параметрами являются: тип статьи (термины MeSH, например, «Клиническое испытание»), вторичные идентификаторы (термины MeSH), язык, страна журнала или история публикации (дата электронной публикации, дата публикации печатного журнала).

Тип публикации: клинические запросы / систематические обзоры

Параметр типа публикации позволяет выполнять поиск по типу публикации, включая отчеты о различных видах клинических исследований.

Вторичный идентификатор

С июля 2005 года процесс индексации статей в MEDLINE извлекает идентификаторы из аннотации статьи и помещает их в поле, называемое вторичным идентификатором (SI). Поле вторичного идентификатора предназначено для хранения номеров доступа к различным базам данных данных молекулярных последовательностей, экспрессии генов или химических соединений, а также идентификаторов клинических испытаний. Для клинических испытаний PubMed извлекает идентификаторы испытаний для двух крупнейших регистров испытаний: ClinicalTrials.gov (идентификатор NCT) и Международного стандартного регистра номеров рандомизированных контролируемых испытаний (идентификатор IRCTN).

См. Также

Ссылка, которая считается особенно актуальной, может быть помечена, а «статьи по теме» могут быть идентифицированы. При необходимости можно выбрать несколько исследований и создать соответствующие статьи для всех из них (в PubMed или любой другой базе данных NCBI Entrez) с помощью опции «Найти связанные данные». Связанные статьи затем перечислены в порядке «родства». Чтобы создать эти списки связанных статей, PubMed сравнивает слова из заголовка и аннотации каждой цитаты, а также присвоенные заголовки MeSH, используя мощный алгоритм взвешивания слов. Функция «связанных статей» была признана настолько точной, что авторы статьи предложили использовать ее вместо полного поиска.

Сопоставление с MeSH

PubMed автоматически ссылается на MeSH термины и подзаголовки. Примеры: «неприятный запах изо рта» ссылается на (и включает в поиск) «галитоз», «сердечный приступ» на «инфаркт миокарда», «рак груди» на «новообразования груди». В соответствующих случаях эти термины MeSH автоматически «расширяются», то есть включают более конкретные термины. Такие термины, как «уход» автоматически связываются с «уходом [MeSH]» или «уходом [подзаголовок]». Эта функция называется автоматическим сопоставлением терминов и активируется по умолчанию при поиске по произвольному тексту, но не при поиске точной фразы (т. Е. Поисковый запрос заключен в двойные кавычки). Эта функция делает поиск в PubMed более чувствительным и позволяет избежать ложноотрицательных (пропущенных) совпадений, компенсируя разнообразие медицинской терминологии.

PubMed не применяет автоматическое сопоставление термина в следующих случаях: путем написания цитируемой фразы (например, «аллотрансплантат почки») при усечении на звездочке (например, аллотрансплантат почки *) и при просмотре с полевыми метками (например, Рак [ti]).

Мой NCBI

Дополнительное средство PubMed «My NCBI» (с бесплатной регистрацией) предоставляет инструменты для

• сохранения результатов поиска
• фильтрации результатов поиска
• настройки автоматических обновлений, отправляемых по электронной почте
• сохранение наборов ссылок, полученных как часть поиска PubMed
• , настройка форматов отображения или выделение условий поиска

, а также широкий спектр других параметров. В раздел «Мой NCBI» можно попасть с любого компьютера, имеющего доступ в Интернет. Более ранняя версия «My NCBI» называлась «PubMed Cubby».

LinkOut

LinkOut, средство NLM для связывания (и предоставления полнотекстовых) локальных журналов. Около 3200 сайтов (в основном академические учреждения) участвуют в этой программе NLM (по состоянию на март 2010 г.), от Ольборгского университета в Дании до ZymoGenetics в Сиэтле. Пользователи в этих учреждениях видят логотип своего учреждения в результатах поиска PubMed (если журнал ведется в этом учреждении) и могут получить доступ к полному тексту. Link Out объединяется с Outside Tool в связи с крупным обновлением платформы, которое ожидается летом 2019 года.

PubMed Commons

В 2016 году PubMed позволяет авторам статей комментировать статьи, проиндексированные PubMed. Эта функция изначально тестировалась в пилотном режиме (с 2013 г.) и стала постоянной в 2016 г. В феврале 2018 г. поддержка PubMed Commons была прекращена из-за того, что «использование осталось минимальным».

askMEDLINE

askMEDLINE, инструмент запросов на естественном языке с произвольным текстом для MEDLINE / PubMed, разработанный NLM, также подходит для портативных устройств.

идентификатор PubMed

A PMID (идентификатор PubMed или уникальный идентификатор PubMed идентификатор) - это уникальное целочисленное значение, начиная с 1, присвоенное каждой записи PubMed. PMID не то же самое, что PMCID (PubMed C entral id entifier), который является идентификатором для всех работ, опубликованных в свободном доступе PubMed Central.

Назначение PMID или PMCID публикации ничего не говорит читателю о типе или качестве контента. PMID присваиваются, редакционным мнениям, столбцам op-ed и любой другой части, которую редактор решает включить в журнал, а также рецензируемым статьям. Наличие идентификационного номера также не является доказательством того, что документы не были отозваны за мошенничество, некомпетентность или неправомерное поведение. Сообщению о любых исправлениях оригинальных статей может быть присвоен PMID.

Каждый номер, который вводится в окне поиска PubMed, по умолчанию обрабатывается как PMID. Следовательно, любую ссылку в PubMed можно найти с помощью PMID.

MEDLINE - одна из баз данных, доступных через PubMed. Несколько компаний предоставляют доступ к MEDLINE через свои платформы.

Национальная медицинская библиотека предоставляет информацию MEDLINE в аренду ряду частных поставщиков, таких как Embase, Ovid, Dialog, EBSCO и многие другие коммерческие, некоммерческие и академические поставщики. По состоянию на октябрь 2008 г. было выдано более 500 лицензий, более 200 из них - поставщикам за пределами США. Поскольку лицензии на использование данных MEDLINE доступны бесплатно, NLM, по сути, предоставляет бесплатную площадку для тестирования широкого спектра альтернативных интерфейсов и сторонних дополнений к PubMed, одной из очень немногих крупных профессионально контролируемых баз данных, предлагающих эту возможность.

Лу определяет выборку из 28 текущих и бесплатных веб-версий PubMed, не требующих установки или регистрации, которые сгруппированы в четыре категории:

1. Ранжирование результатов поиска, например: eTBLAST ; MedlineRanker; MiSearch;
2. Кластеризация результатов по темам, авторам, журналам и т. Д., Например: Энн О'Тейт ; ClusterMed;
3. Улучшение семантики и визуализации, например: EBIMed; MedEvi.
4. Улучшенный интерфейс поиска и возможности поиска, например, askMEDLINE BabelMeSH; и PubCrawler.

Поскольку большинство этих и других альтернатив в основном полагаются на данные PubMed / MEDLINE, арендованные по лицензии от NLM / PubMed, был предложен термин «производные PubMed». Без необходимости хранить около 90 ГБ исходных наборов данных PubMed, любой может писать приложения PubMed, используя программный интерфейс eutils-application, как описано в статье Эрика Сэйерса, доктора философии, «Подробное описание электронных утилит: параметры, синтаксис и многое другое». Различные генераторы форматов цитирования, принимающие в качестве входных данных номера PMID, являются примерами веб-приложений, использующих программный интерфейс eutils-application. Примеры веб-страниц включают Citation Generator - Mick Schroeder, Pubmed Citation Generator - Ultrasound of the Week, PMID2cite и Cite this for me.

Альтернативные методы анализа данных в PubMed используют среды программирования, такие как Matlab, Python или R. В этих случаях запросы PubMed записываются в виде строк кода и передаются в PubMed, а затем ответ обрабатывается непосредственно в среде программирования. Код можно автоматизировать для систематических запросов с различными ключевыми словами, такими как болезнь, год, органы и т. Д. Недавняя публикация (2017 г.) показала, что доля связанных с раком записей в PubMed выросла с 6% в 1950-х годах до 16% в 2016 году..

Данные, доступные в PubMed, могут быть отражены локально с помощью неофициального инструмента, такого как MEDOC.

Миллионы записей PubMed дополняют различные открытые данные наборы данных о открытых доступ к, например Unpaywall. Инструменты анализа данных, такие как Unpaywall Journals, используются библиотеками для помощи в больших сделках отмен: библиотеки могут избежать подписки на материалы, уже обслуживаемые мгновенным открытым доступом через открытые архивы, например PubMed Central.

• PubMed Central
• Europe PubMed Central
• PubMed Central Canada
• JournalReview.org

Викиданные имеют свойство: PubMed ID (P698) (см. использует )

• Официальный сайт
• Устаревший PubMed, предыдущий интерфейс
• теги поиска PubMed и квалификаторы полей