Войти
 | |
| Аббревиатура | NCBI |
|---|---|
| Основана | 1988 г.; 32 года назад (1988) |
| Штаб-квартира | Бетесда, Мэриленд, США |
| Координаты | 38 ° 59′45 ″ с.ш., 77 ° 05′56 ″ з.д. / 38,9959 ° N 77.0989 ° W / 38.9959; -77.0989 Координаты : 38 ° 59'45 ″ N 77 ° 05′56 ″ W / 38,9959 ° N 77,0989 ° W / 38,9959; -77.0989 |
| Веб-сайт | www.ncbi.nlm.nih.gov |
Национальный центр биотехнологической информации (NCBI ) является частью Национальной медицинской библиотеки США (NLM), филиала Национальных институтов здравоохранения (NIH). NCBI находится в Бетесде, штат Мэриленд и был основан в 1988 году на основании закона, спонсированного сенатором Клодом Пеппером.
NCBI содержит ряд баз данных, относящихся к биотехнологиям и биомедицина и является важным источником инструментов и услуг в области биоинформатики. Основные базы данных включают GenBank для последовательностей ДНК и PubMed, библиографическую базу данных по биомедицинской литературе. Другие базы данных включают базу данных NCBI Epigenomics. Все эти базы данных доступны онлайн через поисковую систему Entrez. NCBI был направлен Дэвидом Липманом, одним из первых авторов программы выравнивания последовательностей BLAST и широко уважаемым деятелем в биоинформатике. Он также руководил внутренней исследовательской программой, в которую входили группы под руководством Стивена Альтшула (еще один соавтор BLAST ), Дэвида Ландсмана, Юджина Кунина, Джона Уилбура, Терезы Пржитицка и Чжийонг Лу. Дэвид Липман покинул свой пост в мае 2017 года.
NCBI несет ответственность за предоставление доступа к GenBank ДНК база данных последовательностей с 1992 года. GenBank координирует работу с отдельными лабораториями и другими базами данных последовательностей, такими как Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) и банк данных ДНК Японии (DDBJ).
С 1992 года NCBI расширилась, чтобы предоставить другие базы данных в дополнение к GenBank. NCBI предоставляет: Онлайн-менделевское наследование в человеке, базу данных молекулярного моделирования (трехмерные структуры белков), dbSNP (база данных однонуклеотидных полиморфизмов ), справочную Sequence Collection, карта генома человека и браузер таксономии, и координируются с Национальным институтом рака для обеспечения проекта анатомии генома рака. NCBI присваивает уникальный идентификатор (идентификационный номер таксономии) каждому виду организмов.
NCBI имеет программные инструменты, которые доступны через интернет-браузеры или по FTP. Например, BLAST - программа поиска сходства последовательностей. BLAST может выполнять сравнение последовательностей с базой данных ДНК GenBank менее чем за 15 секунд.
Книжная полка NCBI - это собрание свободно доступных загружаемых онлайн-версий избранных биомедицинских книг. Книжная полка охватывает широкий круг тем, в том числе молекулярная биология, биохимия, клеточная биология, генетика, микробиология, болезненные состояния с молекулярной и клеточной точки зрения, методы исследования и вирусология. Некоторые книги являются онлайн-версиями ранее опубликованных книг, тогда как другие, такие как Coffee Break, написаны и отредактированы сотрудниками NCBI. Книжная полка является дополнением к репозиторию Entrez PubMed рецензий рецензируемых публикаций, в котором содержание Книжной полки обеспечивает устоявшиеся взгляды на развивающиеся области исследования и контекст, в котором множество разрозненных отдельных частей могут быть организованы заявленные исследования.
BLAST - это алгоритм, используемый для вычисления сходства последовательностей между биологическими последовательностями, такими как нуклеотидные последовательности ДНК и аминокислотные последовательности белков. BLAST - это мощный инструмент для поиска последовательностей, похожих на последовательность запроса, в одном и том же организме или в разных организмах. Он ищет последовательность запросов в базах данных и на серверах NCBI и отправляет результаты обратно в браузер пользователя в выбранном формате. Последовательности ввода в BLAST в основном имеют формат FASTA или Genbank, в то время как выходные данные могут быть доставлены в различных форматах, таких как HTML, форматирование XML и простой текст. HTML - это формат вывода по умолчанию для веб-страницы NCBI. Результаты NCBI-BLAST представлены в графическом формате со всеми найденными совпадениями, таблицей с идентификаторами последовательностей для совпадений, имеющих соответствующие данные для оценки, а также сопоставления для интересующей последовательности и совпадений, полученных с аналогичными оценками BLAST для этих
Entrez Система поиска между базами данных Global Query используется в NCBI для всех основных баз данных, таких как последовательности нуклеотидов и белков, структуры белков, PubMed, систематизация, полная Genomes, OMIM и ряд других. Entrez - это система индексации и поиска, содержащая данные из различных источников для биомедицинских исследований. NCBI распространила первую версию Entrez в 1991 году, состоящую из нуклеотидных последовательностей из PDB и GenBank, белковых последовательностей из SWISS-PROT, транслированных GenBank, PIR, PRF, PDB и связанных с ними отрывков. и цитаты из PubMed. Entrez специально разработан для интеграции данных из нескольких различных источников, баз данных и форматов в единую информационную модель и поисковую систему, которая может эффективно извлекать соответствующие ссылки, последовательности и структуры.
Ген был внедрен в NCBI для характеристики и организации информации о генах. Он служит основным узлом в связке геномной карты, экспрессии, последовательности, функции белка, структуры и данных гомологии. Каждой записи гена присваивается уникальный GeneID, за которым можно следить в циклах пересмотра. Гены записи для известных или предсказанных генов устанавливаются здесь и разграничиваются положениями на карте или нуклеотидными последовательностями. Gene имеет несколько преимуществ по сравнению со своим предшественником, LocusLink, включая лучшую интеграцию с другими базами данных в NCBI, более широкий таксономический охват и расширенные возможности для запроса и поиска, предоставляемые системой Entrez.
База данных белков поддерживает текстовые записи для отдельных последовательностей белков, полученные из множества различных ресурсов, таких как проект NCBI Reference Sequence (RefSeq), GenBank, PDB и UniProtKB / SWISS-Prot. Записи белков представлены в различных форматах, включая FASTA и XML, и связаны с другими ресурсами NCBI. Protein предоставляет пользователям релевантные данные, такие как гены, последовательности ДНК / РНК, биологические пути, данные об экспрессии и вариациях, а также литературу. Он также предоставляет заранее определенные наборы подобных и идентичных белков для каждой последовательности, вычисленные с помощью BLAST. База данных структур NCBI содержит наборы трехмерных координат для экспериментально определенных структур в PDB, которые импортируются NCBI. База данных консервативных доменов (CDD ) белков содержит профили последовательностей, которые характеризуют высококонсервативные домены в белковых последовательностях. Он также содержит записи из внешних ресурсов, таких как SMART и Pfam. В белке есть еще одна база данных, известная как база данных белковых кластеров, которая содержит наборы последовательностей белков, которые сгруппированы в соответствии с максимальным выравниванием между отдельными последовательностями, рассчитанным с помощью BLAST.
PubChem База данных NCBI - это общедоступный ресурс, посвященный молекулам и их активности в отношении биологических тестов. PubChem доступен для поиска и доступен с помощью информационно-поисковой системы Entrez.
 | Викиданные имеют свойство: |
