Войти
Этот список секвенированных геномов протистов содержит все простейшие виды, известные как имеющие общедоступные полные последовательности генома, которые были собраны, аннотированы и опубликованы; не включены ни черновики геномов, ни последовательности только органелл.
Alveolata представляют собой группу простейших, в которую входят Ciliophora, Apicomplexa и Dinoflagellata. Члены этой группы представляют особый интерес для науки как причины серьезных заболеваний человека и домашнего скота.
| Организация | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год завершения | Статус сборки | Ссылки | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Babesia bovis | Apicomplexan | Патоген крупного рогатого скота | 8,2 Mb | 3,671 | 2007 | ||||
| Breviolum minutim ( Symbiodinium minutum; clade B1) | Dinoflagellate | Коралловый симбионт | 1,5 Гб | 47,014 | Окинавский институт науки и технологий | 2013 | Проект | Морская геномика OIST | |
| Cladocopium goreaui (Symbiodinium goreaui; Clade C1) | Динофлагеллята | Коралловый симбионт | 1,19 Гб | 35,913 | Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / Университет Квинсленда | 2018 | Проект | ReFuGe 2020 | |
| Cladocopium C92 штамм Y103 (Symbiodinium sp. Clade C; предполагаемый тип C92) | Динофлагеллят | Симбионт фораминифер | Неизвестно (размер сборки 0,70 Гб) | 65 832 | Окинавский институт науки и технологий ology | 2018 | Проект | OIST Marine Genomics | |
| Cryptosporidium hominis. Штамм: TU502 | Apicomplexan | Патоген человека | 10,4 Mb | 3,994 | Университет Содружества Вирджинии | 2004 | |||
| Cryptosporidium parvum. C- или изолят генотипа 2 | Apicomplexan | Человеческий патоген | 16,5 Mb | 3,807 | UCSF и Университет Миннесоты | 2004 | |||
| Eimeria tenella. штамм Houghton | Apicomplexan | Кишечный паразит домашней птицы | 55-60 Мб | The Wellcome Trust Sanger Institute | Доступно для скачивания; 2007 для Chr 1 | ||||
| Fugacium kawagutii CS156 = CCMP2468 (Symbiodinium kawagutii; clade F1) | Динофлагеллята | Коралловый симбионт? | 1.07 Gb | 26 609 | Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / Университет Квинсленда | 2018 | Проект | ReFuGe 2020 | |
| Fugacium kawagutii CCMP2468 (Symbiodinium kawagutii; clade F1) | Динофлагеллята | Коралловый симбионт? | 1,18 Гб | 36,850 | Университет Коннектикута / Университет Сямэня | 2015 | Проект | S. проект генома kawagutii | |
| Neospora caninum | Apicomplexan | Патоген для крупного рогатого скота и собак | 62 Mb | The Wellcome Trust Sanger Institute | Доступно для загрузки | ||||
| Ciliate | Модельный организм | 72 Mb | 39,642 | Genoscope | 2006 | ||||
| Polarella glacialis CCMP1383 | Dinoflagellate | Психрофил, Антарктика | 3,02 Гб (диплоид), 1,48 Гб (гаплоид) | 58,232 | Университет Квинсленда | 2020 | Проект | UQ eSpace | |
| Polarella glacialis CCMP2088 | Динофлагеллята | Психрофил, арктический | 2,65 Гб (диплоид), 1,30 Гб (гаплоид) | 51,713 | Университет Квинсленда | 2020 | Проект | UQ eSpace | |
| Plasmodium berghei. Штамм: Anka | Apicomplexan | Кроличья малярия | 18,5 МБ | 4,900; 11 654 (UniProt) | |||||
| Plasmodium chabaudi | Apicomplexan | Малярия грызунов | 19,8 Mb | 5000 | |||||
| Plasmodium falciparum. Клон: 3D7 | Apicomplexan | Человеческий патоген (малярия ) | 22.9 Mb | 5,268 | Консорциум проекта генома малярии | 2002 | |||
| Plasmodium knowlesi | Apicomplexan | Primate возбудитель (малярия) | 23,5 Mb | 5,188 | 2008 | ||||
| Plasmodium vivax | Apicomplexan | Патоген человека (малярия) | 26,8 Mb | 5,433 | 2008 | ||||
| Plasmodium yoelii yoelii. Штамм: 17XNL | Apicomplexan | Патоген грызунов (малярия) | 23,1 Mb | 5,878 | TIGR и NMRC | 2002 | |||
| Symbiodinium microadriaticum (клада A) | Dinoflagellate | Коралловый симбионт | 1,1 ГБ | 49,109 | Университет науки и технологий имени короля Абдаллы | 2016 | Проект | Reef Genomics | |
| Симбиодиниум штамм A3 Y106 (Symbiodinium sp. Clade A3) | Динофлагеллят | симбионт | Неизвестно (размер сборки e 0,77 Гб) | 69,018 | Окинавский институт науки и технологий | 2018 | Проект | Морская геномика OIST | |
| Tetrahymena thermophila | Инфузорий | Модельный организм | 104 Mb | 27000 | 2006 | ||||
| Theileria annulata. Клон C9 Анкары | Apicomplexan | Патоген крупного рогатого скота | 8,3 Mb | 3,792 | Sanger | 2005 | |||
| Theileria parva. Штамм: Muguga | Apicomplexan | возбудитель крупного рогатого скота () | 8,3 Mb | 4,035 | TIGR и Международный научно-исследовательский институт животноводства | 2005 | |||
| Toxoplasma gondii. GT1, ME49, штаммы VEG | Apicomplexan | Млекопитающий патоген | 63 Mb (RefSeq) | 8100 (UniProt) - 9000 (EuPathDB) | J. Craig Venter Inst., ТИГР, UPenn. | 2008 |
Amoebozoa - это группа подвижных амебоидных протистов, члены этой группы перемещаются или питаются посредством временных выступов, называемых псевдопод. Наиболее известным представителем этой группы является слизистая плесень, которая изучалась веками; другие члены включают Archamoebae, Tubulinea и Flabellinea. Некоторые амебозы вызывают заболевание.
| Организация | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год завершения |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Dictyostelium discoideum. Штамм: AX4 | Слизистая плесень | Модельный организм | 34 Mb | 12,500 | Консорциум из Кельнского университета, Медицинский колледж Бейлора и Центр Сэнгера | 2005 |
| Entamoeba histolytica. HM1: IMSS | Паразитарные простейшие | Патоген человека (амебная дизентерия ) | 23,8 МБ | 9,938 | ТИГР, Институт Сэнгера и Лондонская школа гигиены и тропической медицины | 2005 |
| Polysphondylium pallidum. Штамм: PN500 | Слизистая плесень | Модельный организм | 12,939, 12,350 (UniProt) | Институт исследований возраста Лейбница | 2009 |
Chromista группа простейших, которая включает филы водорослей Heterokontophyta (stramenopiles ), Haptophyta и Cryptophyta. Члены этой группы в основном s изучен для эволюционного интереса.
| Организация | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год завершенность |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Albugo laibachii | Oomycete | Arabidopsis parasite, biotroph | 37 Mb | 13,032 | 2011 | |
| Aureococcus anophagefferens. Штамм: CCMP1984 | Pelagophyte | Объединенный институт генома DOE | 2011 | |||
| Bigelowiella natans | Chlorarachniophyte | Модельный организм | нуклеоморф : 0,331 Mb. ядерный: 95 Mb | нуклеоморф : 373. ядерный:>21000 | нуклеоморф : Институт Холла Австралия, Univ. Мельбурн, Univ. BC. ядерная: Университет Далхаузи, Галифакс, Новая Шотландия, Канада | 2006, 2012 |
| Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 | Cryptophyta | 2012 | ||||
| Cryptomonas парамеций | Cryptophyta | 2010 | ||||
| Emiliania huxleyi. CCMP1516 | Coccolithophore (фитопланктон ) | 141,7 Mb | 30,569 | Объединенный институт генома | 2013 | |
| Emiliania huxleyi. RCC1217 | Coccolithophore (фитопланктон ) | Доступен для загрузки | ||||
| cylindrus | Diatom | 61,1 Мб | 21,066 | Объединенный институт генома | 2017 | |
| Guillardia theta | Cryptomonad | Модельный организм | 0,551 Mb (нуклеоморф только геном). 87 Mb (ядерный геном) | нуклеоморф: 465 513, 598 (UniProt). ядерный:>21 000 | нуклеоморф: Канадский институт перспективных исследований, Филиппский университет в Марбурге и Университет Британской Колумбии. ядерный: Университет Далхаузи, Галифакс, Новая Шотландия, Канада | 2001, 2012 |
| Хемисельмис и rsenii. CCMP7644 | Cryptomonad | Модельный организм | 0,572 Mb. (нуклеоморф только геном) | 472, 502 (UniProt) | Канадский институт перспективных исследований | 2007 |
| Hyaloperonospora arabidopsidis | Oomycete | , Arabidopsis патоген | WUGSC | 2010 | ||
| gaditana. Штамм: CCMP526 | Eustigmatophyte | Липидпродуцирующие, биотехнологические приложения | Институт биоинформатики Вирджинии | 2012 | ||
| Phaeodactylum tricornutum. Штамм: CCAP1055 / 1 | Diatom | 27,4 Mb | 10,402 | Объединенный институт генома | 2008 | |
| Phytophthora infestans. Штамм: T30-4 | Oomycete | Великий голод Ирландии возбудитель | Институт Броада | 2009 | ||
| Phytophthora ramorum | Оомицет | Внезапная смерть дуба патоген | 65 Mb (7x) | 15,743 | Объединенный институт генома et al. | 2006 |
| Phytophthora sojae | Oomycete | Соя патоген | 95 Mb (9x) | 19027 | Объединенный институт генома и др. | 2006 |
| Диатомия | Объединенный институт генома | |||||
| Plasmodiophora brassicae | Plasmodiophorid | патоген | 25,5 Mb | 9,730 | и др. | 2015 |
| Pythium ultimum | Oomycete | повсеместный патоген растений | 42,8 Mb | 15,290 | Университет штата Мичиган и др. | 2010 |
| Thalassiosira pseudonana. Штамм: CCMP 1335 | Diatom | 34,5 Mb | 11,242 | Объединенный институт генома и университет Вашингтон | 2004 |
Excavata - группа родственных свободноживущих и симбиотических протистов; он включает Metamonada, Loukozoa, Euglenozoa и Percolozoa. Они исследуются на предмет их роли в болезнях человека.
| Организация | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год завершение |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Giardia enterica (G. duodenalis Assemblage B) | Паразитические простейшие | Человеческий патоген (Лямблиоз ) | 11,7 Mb | 4 470 | многоцентровое сотрудничество | 2009 |
| Giardia duodenalis. ATCC 50803. (комплекс A Giardia duodenalis). | Паразитарные простейшие | Человеческий патоген (Лямблиоз ) | 11,7 Mb | 6,470, 7,153 (UniProt) | Каролинский институт, Морская биологическая лаборатория | 2007 |
| Leishmania braziliensis. MHOM / BR / 75M2904 | Паразитические простейшие | Человеческий патоген (Leishmaniasis ) | 33 Mb | 8,314 | Институт Сангера, Университет Сан-Паулу, Имперский колледж | 2007 |
| Leishmania infantum. JPCM5 | Паразитарные простейшие | Человеческий патоген (Висцеральный лейшманиоз ) | 33 Mb | 8,195 | Институт Сэнгера, Империал Колле ge и Университет Глазго | 2007 |
| Leishmania major. Штамм: Friedlin | Паразитарные простейшие | Человеческий патоген (Кожный лейшманиоз ) | 32,8 Mb | 8272 | Институт Сэнгера и Сиэтлский институт биомедицинских исследований | 2005 |
| Naegleria gruberi | Отколовшиеся от других эукариот более 1 миллиарда лет назад | 41 Mb | 15,727 | 2010 | ||
| Trichomonas vaginalis | Паразитарные простейшие | Патоген человека (Трихомониаз ) | 160 Mb | 59,681 | ТИГР | 2007 |
| Trypanosoma brucei. Штамм: TREU927 / 4 GUTat10.1 | Паразитарные простейшие | Патоген человека (Сонная болезнь ) | 26 Mb | 9,068 | Институт Сэнгера и ТИГР | 2005 |
| Trypanosoma cruzi. Штамм: CL Brener TC3 | Паразитарные простейшие | Человеческий патоген ( Болезнь Шагаса ) | 34 Mb | 22,570 | TIGR, Сиэтлский институт биомедицинских исследований и Упсальский университет | 2005 |
Опистоконты являются группа эукариот, которая включает как животные, и грибы, так и базальные группы, которые не классифицируются в этих группах. Эти базальные опистоконты обоснованно классифицируются как протисты и включают хоанофлагелляты, которые являются сестринской или близкородственной группой животных.
| Организация | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество прогнозируемых генов | Организация | Год завершенности |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Choanoflagellate | близкий родственник многоклеточных животных | 41,6 Mb | 9,200 | Объединенный институт генома | 2007 |
