Войти
Бывший дом Объединенный институт генома Министерства энергетики (1999-2019) в Уолнат-Крик, Калифорния. 
Здание интегративной геномики (IGB) в Национальной лаборатории Лоуренса Беркли (лаборатория Беркли), где размещаются Объединенный институт генома Министерства энергетики и База знаний по системной биологии Министерства энергетики ( KBase). Расширенный источник света (ALS) находится выше на заднем плане. JGI и KBase завершили переход на IGB в декабре 2019 года. The США Министерство энергетики (DOE ) Объединенный институт генома (JGI ), сначала расположенный в Уолнат-Крик, затем в Беркли, Калифорния, была создана в 1997 году для объединения опыта и ресурсов в области картирования генома, секвенирования ДНК, развития технологий и информационных наук, впервые применявшихся в центрах генома Министерства энергетики в Национальная лаборатория Лоуренса Беркли (Лаборатория Беркли) Ливерморская национальная лаборатория Лоуренса (LLNL) и Национальная лаборатория Лос-Аламоса (LANL). Штат JGI, который является офисом научного пользователя DOE Lab Berkeley Lab, состоит из сотрудников Berkeley Lab, LLNL и Института биотехнологии HudsonAlpha. JGI также сотрудничает с другими программами и учреждениями, поддерживаемыми Министерством энергетики, такими как Лаборатория молекулярных наук об окружающей среде в Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории (PNNL), Национальный вычислительный центр исследований в области энергетики (NERSC) и Департамент биоэнергетики. Исследовательские центры.
В 1999 г. Университет Калифорния, которая управляет тремя национальными лабораториями Министерства энергетики, арендовала лабораторию и офисные помещения в небольшом промышленном парке в Уолнат-Крик, Калифорния, чтобы консолидировать деятельность по исследованию генома. Министерство энергетики JGI, возглавляемое ветераном биотехнологической индустрии Найджелом Маунси, занявшим пост директора в марте 2017 года, получает финансирование от Управления биологических и экологических исследований в Управлении науки Министерства энергетики.
Первоначально созданная для работы над Проектом генома человека - JGI сгенерировала полные последовательности хромосом 5, 16 и 19 - JGI с тех пор переключила свое внимание на нечеловеческие компоненты биосферы, особенно те, которые имеют отношение к научной миссии Министерства энергетики. С 2004 года JGI является пользовательским центром, который продвигает исследования в области геномики в широком спектре дисциплин, в которых информация о последовательностях ДНК может способствовать научным открытиям.
В феврале 2004 года JGI запустила программу Community Sequencing Program (CSP), известную как Community Science Program, которая предоставляет научному сообществу в целом доступ к высокопроизводительному, высококачественному секвенированию, синтезу ДНК, метаболомика и возможности анализа. В проектах задействовано множество важных многоклеточных организмов, микробов и сообществ микробов, называемых метагеномами (или микробиомами), связанных с областями миссии Министерства энергетики биоэнергетика, понимание глобальных циклов, таких как углерод цикл и биогеохимия и выбираются в первую очередь на основе научных достоинств, определенных внешней проверкой.
В 2019 году у JGI было 1933 активных основных пользователя по всему миру и более 10 000 пользователей данных (тех, кто входит в систему и загружает наборы данных или использует онлайн-инструменты).
Геномы растений и геномы грибов, которые могут помочь в разработке экологически безопасных видов биотоплива и биопродуктов, а также микроорганизмов, которые процветают в экстремальных условиях, таких как высокая кислотность, радиация и загрязнение металлами представляют особый интерес для Министерства энергетики. Исследования JGI и его пользователей проливают свет на механизмы распада биомассы растений и клеточные механизмы микробов, а также на то, как их можно использовать для очистки загрязненной почвы или воды, улавливания углерода из атмосферы и производства потенциально важных источников энергии, таких как водород. и метан.
В 2006 году JGI опубликовала геном первого секвенированного дерева - тополя (Populus trichocarpa ). В сотрудничестве с другими федеральными учреждениями и университетами JGI также опубликовала последовательности генома сорго; микробное сообщество в кишечнике термитов, которое может обеспечить ферменты, полезные для производства биотоплива; микробы, такие как бактерии Desulfovibrio, которые очищают участки, загрязненные радиоактивными или токсичными соединениями; и водоросли, участвующие в глобальном углеродном цикле.
В 2009 году JGI достигла рубежа в производительности секвенирования, генерируя более триллиона оснований (ТБ) ежегодно. В 2011 году JGI сгенерировал почти 30 терабаз последовательности, а в 2019 году JGI сгенерировал более 326 Tb последовательности. JGI делает высококачественные данные секвенирования генома, синтеза ДНК и метаболомики бесплатно доступными для более широкого научного сообщества на своем веб-сайте и в других общедоступных базах данных.
JGI также поддерживает программы, посвященные функциональной и эволюционной геномике, связанной с секвенируемыми организмами и окружающей средой, а также разработку вычислительных и биоинформатических инструментов для управления данными и интеллектуального анализа данных. Эти системы анализа генома и метагенома / микробиома включают Genome Portal, Phytozome, IMG и базу данных Genomes OnLine.
Интегрированная система микробных геномов (IMG), которая обеспечивает основу для сравнительного анализа преимущественно микробных геномов, хотя система также поддерживает эукариотические геномы и образцы окружающей среды. Его цель - облегчить визуализацию и исследование геномов с функциональной и эволюционной точки зрения.
