Список секвенированных геномов растений

Этот список секвенированных геномов растений содержит виды растений известно, что у них есть общедоступные полные последовательности генома, которые были собраны, аннотированы и опубликованы. Несобранные геномы не включены, как и последовательности органелл. Для всех царств см. список секвенированных геномов.

Содержание

• 1 Водоросли
• 2 Мошеобразные
• 3 Высшие растения (сосудистые растения)
  • 3.1 Папоротники
  • 3.2 Голосеменные растения
  • 3.3 Покрытосеменные
    • 3.3.1 Amborellales
    • 3.3.2 Eudicots
      • 3.3.2.1 Proteales
      • 3.3.2.2 Ranunculales
      • 3.3.2.3 Trochodendrales
      • 3.3.2.4 Caryophyllales
      • 3.3.2.5 Росиды
      • 3.3.2.6 Астериды
    • 3.3.3 Однодольные
      • 3.3.3.1 Травы
      • 3.3.3.2 Другие не травяные растения
• 4 Пресс-релизы с объявлением о секвенировании
• 5 См. Также
• 6 Внешние ссылки
• 7 Источники

Водоросли

Одноклеточные фотосинтезирующие эукариоты. Для получения более полного списка см. Список секвенированных геномов водорослей.

Организм штамм	Клэйд	Актуальность	Размер генома	Количество прогнозируемых генов	Организация	Год завершения	Состояние сборки	Ссылки
Aureococcus anophagefferens	Heterokont	Вредные водоросли Блум	50,1 МБ	11522	Объединенный институт генома	2011		Теплица
	Зеленые водоросли	Биотопливо	22,9 Mb	7,039	Университет Цинхуа	2014		Теплица
Bathycoccus prasinos RCC1105	Зеленые водоросли	Сравнительный анализ	15 Mb		Объединенный институт генома	2012
Bigelowiella natans	SAR (Rhizaria)		91,4 МБ	21708	Университет Далхаузи	2012		The Greenhouse
Chlamydomonas reinhardtii CC-503 cw92 mt +	Зеленые водоросли	Модельный организм	111 Mb	17,737	Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе	2007		"Chlamydomonas reinhardtii". Национальный центр биотехнологической информации (NCBI). ENA GCA_000002595
Chlorella sorokiniana str. 1228	Зеленые водоросли	Биотопливо	61,4 Mb		Национальная лаборатория Лос-Аламоса	2018		Теплица
Chlorella sorokiniana UTEX 1230	Зеленые водоросли	Биотопливо	58,5 МБ		Национальная лаборатория Лос-Аламоса	2018		Теплица
Chlorella sorokiniana DOE1412	Зеленые водоросли	Биотопливо	57,8 МБ		Национальная лаборатория Лос-Аламоса	2018		Теплица
Chlorella variabilis NC64A	Зеленые водоросли					2010
Chlorella vulgaris	Зеленые водоросли	Биотопливо	37,3 МБ		Университет Нагоя	1997		Теплица
Chondrus crispus	Красные водоросли (родофит)		105 МБ	9,606	Genoscope / Station Biologique de Roscoff	2013
	Haptophyte	Biofuels	65,8 Mb		Национальная лаборатория Лос-Аламоса	2018		Теплица
	Гаптофит	Модельный организм, биотопливо	59 Mb	16,777	Национальная лаборатория Лос-Аламоса	2015		Теплица
Coccomyxa subellipsoidea sp. C-169	Зеленые водоросли	Модель биотопливо			Объединенный институт генома	2007
Cyanidioschyzon merolae Штамм: 10D	Красные водоросли (Rhodophyte)	Фотоавтотрофный	16,73 Mb	5,017		2004, 2007
Cyanophora paradoxa	Glaucophyte				Университет Рутгерса	2012
Dunaliella salina CCAP19 / 18	Зеленые водоросли	Галофильные, биотопливо и бета-каротин производство	343,7 Mb	16,697	Объединенный институт генома	2017		Портал генома Dunaliella Salina. Фитозом
Ectocarpus siliculosus	Бурые водоросли (Heterokontophyta )	, отдаленно родственные растениям			Station Biologique de Roscoff	2010
Emiliania huxleyi	Haptophyte	Морской фитопланктон	167,7 Mb	39,126	Объединенный институт генома	2013		Теплица
Eudorina sp.	Зеленые водоросли	Многоклеточная водоросль, модельный организм	184 Mb (самка) 168 Mb (самец)		Токийский университет	2018
Galdieria sulphuraria	Красные водоросли (Rhodophyte)	Термоацидофильный (экстремофильный)	13,7 МБ	6,623		2005 2005 2013
Guillardia theta	Криптомонад	Эукариот Эндосимбиоз	87,1 МБ		Университет Далхаузи	2012		Теплица
Micromonas pusilla CCMP1545	Зеленые водоросли	Морской фитопланктон			Объединенный институт генома	2007
Micromonas pusilla RCC299 / NOUM17	Зеленые водоросли	Морские фитопланктон			Объединенный институт генома	2007
Monora phidium neglectum	Зеленые водоросли	Биотопливо	69,7 Mb		Объединенный институт генома	2017		Теплица
	SAR (Heterokont )	Biofuels	34,0 МБ		Колорадская горная школа	2012		Теплица
	SAR (Гетероконт )	Биотопливо	31,5 МБ		Китайская академия наук, Циндаоский институт биоэнергетики и биотехнологий	2016		Теплица
CCMP1776	SAR (Heterokont )	Биотопливо, сырье	24,4 Mb		Китайская академия наук, Циндаоский институт биоэнергетики и биотехнологий	2016		Теплица
Ostreococcus lucimarinus CCE9901	Зеленые водоросли	Простой эукариот, маленький геном	13,2 Mb	7,796		2007
Ostreococcus tauri OTH95	Зеленые водоросли	Простой эукариот, малый геном				2006
Ostreococcus sp. RCC809	Зеленые водоросли			7,773	Объединенный институт генома	2008
Phaeodactylum tricornutum	SAR (Heterokont )		27,4 Mb	10,402		2008		Теплица
DOE101	Зеленые водоросли	Биотопливо	15,3 Mb		Национальная лаборатория Лос-Аламоса	2017		Теплица
	Зеленые водоросли	Биотопливо	13,3 МБ	7,367	Университет Рутгерса	2014		Теплица
	Красные водоросли (родофит)		19,7 МБ	8,355		2013
	Красные водоросли (Rhodophyte)		43 Mb	10,327		2013
Saccharina japonica	SAR (Heterokont ) Бурые водоросли	Урожай	543,4 МБ		Китайская академия наук, Пекинский институт наук о жизни	2015		Теплица
Scenedesmus obliquus штамм DOE0152Z	Зеленые водоросли	Биотопливо	210,3 МБ		Бруклинский колледж	2017		Теплица
Tetraselmis sp.	Зеленые водоросли	Биотопливо	228 Mb		Национальная лаборатория Лос-Аламоса	2018		The Greenho используйте
CCMP1005	SAR (Heterokont )	модель организма	92.2 Mb	34,642	The Future Ocean	2012
Thalassiosira pseudonana	SAR (Гетероконт )		32,4 Mb			2009		Теплица
Volvox carteri	Зеленые водоросли	Многоклеточные водоросли, модельный организм	~ 131,2 МБ	14,971		2010
	Зеленые водоросли	Многоклеточные водоросли, модельный организм	~ 140 МБ		Токийский университет	2018

Мохообразные

Организм штамм	Подразделение	Актуальность	Размер генома	Количество предсказанных генов	Организация	Год выполнения	Состояние сборки
Physcomitrella patens ssp. Patens str. Gransden 2004	Bryophytes	Раннее расходящиеся наземные растения				2008
Marchantia polymorpha	Bryophytes	Ранние расходящиеся наземные растения	225,8 Mb	19,138		2017
Ceratodon purpureus	Bryophytes	Наземное растение с ранним расхождением
	Bryophytes	Наземное растение с ранним расхождением

Высшие растения (сосудистые растения)

Папоротники

Организм штамм	Деление	Актуальность	Геном размер	Количество прогнозируемых генов	Организация	Год завершения	Статус сборки
Azolla filiculoides	Polypodiophyta	Папоротник	0,75 ГБ	20,201		2018
Salvinia cucullata	Polypodiophyta	Папоротник	0,26 ГБ	19,914		2018

Голосеменные

Организм штамм	Подразделение	Актуальность	Размер генома	Количество прогнозируемых генов	Количество хромосом	Организация	Год сдачи	Состояние сборки
Picea abies (Ель обыкновенная)	Пиналес	Пиломатериалы, тонвуд, декоративные такие as Рождественская елка	19,6 Гб	26,359	12	Центр растениеводства Умео / SciLifeLab, Швеция	2013
Picea glauca (ель белая)	Пиналес	Древесина, Целлюлоза	20,8 Гб	14,462	12	Институциональное сотрудничество	2013
Pinus taeda (сосна лоблолли)	Pinales	Timber	20,15 Gb	9,024	12		2014	Размер строительных лесов N50 : 66,9 kbp
Pinus lambertiana (Сахарная сосна)	Pinales	Древесина; с самыми большими геномами среди сосен; самая крупная порода сосны	31 Gb	13,936	12		2016	Охват последовательности 61,5X, используемые платформы: Hiseq 2000, Hiseq 2500, GAIIx, MiSeq
Ginkgo biloba	Ginkgoales		11,75 Gb	41840			2016	Размер каркаса N50: 48,2 kbp
Pseudotsuga menziesii	Pinales		16 Gb	54,830	13		2017	Размер скаффолда N50: 340,7 kbp
Gnetum monatum	Gnetales		4.07 Gb	27,491			2018
Larix sibirica	Pinales		12.34 Gbp				2019	каркас N50 6440 п.н.
Abies alba	Pinales		18,16 ГБ	94,205			2019	каркас N50 из 14 051 п.н.

Покровосеменные

Amborellales

Организм штамм	Семья	Актуальность	Размер генома	Количество прогнозируемых генов	Организация	Год завершения	Состояние сборки
Amborella trichopoda	Amborellaceae	Базальные покрытосеменные				2013

Eudicots

Proteales

Организм stra в	Семья	Актуальность	Размер генома	Количество прогнозируемых генов	Организация	Год завершения	Статус сборки
Nelumbo nucifera (священный лотос)	Nelumbonaceae	Basal eudicot	929 Mbp			2013	contig N50 38,8 kbp и каркас N50 из 3,4 Мбит / с

Ranunculales

Организм штамм	Семья	Актуальность	Размер генома	Количество предсказанных генов	Организация	Год завершения	Статус сборки
Aquilegia coerulea	Ranunculaceae	Basal eudicot				Неопубликованный

Trochodendrales

Организм штамм	Семья	Актуальность	Размер генома	Количество прогнозируемых генов	Организация	Год завершения	Состояние сборки
Trochodendron aralioides (Колесное дерево)	Trochodendrales	Базальный эвдикот с вторичной ксилемой без сосудистых элементов	1,614 Гб	35,328	Университет Гуанси	2019	19 каркасов, соответствующих 19 хромосомам

Caryophyllales

Организм штамм	Семья	Актуальность	Размер генома	Количество предсказанных генов	Организация	Год завершения	Состояние сборки
Beta vulgaris (сахарная свекла)	Chenopodiaceae	Растениеводство	714– 758 Мбит / с	27,421		2013
Chenopodium quinoa	Chenopodiaceae	Растениеводство	1,39–1,50 Гб	44,776		2017	3486 каркасов, каркас N50 размером 3,84 Мб, 90% собранного генома содержится в 439 каркасах
Amaranthus hypocondriacus	Amaranthaceae	Культурное растение	403,9 Мб	23 847		2016	16 больших строительных лесов от 16,9 до 38,1 Мб. N50 и L50 сборки составляли 24,4 МБ и 7 соответственно.
Carnegiea gigantea	Cactaceae	Дикое растение	1,40 ГБ	28,292		2017	57 409 каркасов, каркас N50 размером 61,5 т.п.н.
Suaeda aralocaspica	Amaranthaceae	Осуществляет полный фотосинтез C 4 в отдельных клетках (SCC 4)	467 МБ	29 604	ABLife Inc.	2019	4033 каркаса, длина каркаса N50 1,83 Мб
Simmondsia chinensis (жожоба)	Simmondsiaceae	Масличные культуры	887 Mb	23,490		2020	994 скаффолда, скаффолд N50, длина 5,2 Mb

Rosids

Организм штамм	Семья	Соответствие	Размер генома	Количество предсказанных генов	Количество хромосом	Организация	Год завершения	Статус сборки
Sclerocarya birrea (Marula)	Anacardiaceae	Используется в пищу		18,397			2018
Betula pendula (береза ​​серебристая)	Betulaceae	Boreal для дерево эст, модель лесной биотехнологии	435 Мбит / с	28,399	14	Университет Хельсинки	2017	454 / Illumina / PacBio. Размер сборки 435 Мбп. Контиг N50: 48 209 п.н., каркас N50: 239 796 п.н. 89% сборки сопоставлено с 14 псевдомолекулами. Дополнительно секвенировано 150 особей березы.
Betula nana (карликовая береза)	Betulaceae	Арктический кустарник	450 Mbp			QMUL / SBCS	2013
	Brassicaceae	Сравнительный анализ крестоцветных геномы					2013
Arabidopsis lyrata ssp. lyrata штамм MN47	Brassicaceae	Модельное растение	206,7 Mbp	32,670	8		2011	Покрытие последовательности 8,3X, проанализировано на капиллярных секвенаторах ABI 3730XL
Arabidopsis thaliana Экотип: Columbia	Brassicaceae	Модельное растение	135 Mbp	27,655	5	AGI	2000
Barbarea vulgaris G-тип	Brassicaceae	Модельное растение для специализированных метаболитов и защиты растений	167,7 Mbp	25,350	8		2017	66,5 X покрытие с использованием технологии Illumina GA II
Brassica rapa ssp. pekinensis (китайская капуста), образец Chiifu-401-42	Brassicaceae	Ассорти сельскохозяйственных культур и модельный организм	485 Mbp	41,174 (трипликация генома)	10	Консорциум проекта по секвенированию генома Brassica rapa	2011	72-кратный охват парных коротких последовательностей считывания, созданных с помощью технологии Illumina GA II
Brassica napus (Oilseed рапс или рапс) Европейский сорт озимых масличных семян 'Дармор-бж'	Brassicaceae	Зерновые	1130 Mbp	101,040	19	Институциональное сотрудничество	2014	454 GS-FLX + Titanium (Roche, Базель, Швейцария) и секвенирование по Сэнгеру. Для коррекции и заполнения пробелов использовалась последовательность HiSeq Illumina (Сан-Диего, Калифорния) 79 Гб.
Capsella rubella	Brassicaceae	Близкий родственник Arabidopsis thaliana	130 Mbp	26,521		JGI	2013? 2013
Cardamine hirsuta (волосатый горький кресс) штамм 'Oxford'	Brassicaceae	Модельная система для изучения эволюции развития растений	198 Mbp	29,458	8	Институт исследований селекции растений им. Макса Планка, Кельн, Германия	2016	Стратегия секвенирования с дробовиком, комбинирующая парные считывания с конца (охват собранных последовательностей 197 раз) и считывания пар спариваний (собранные 66 раз) от Illumina HiSeq (всего 52 Гбит / с необработанных считываний)..
Erysimum cheiranthoides (червячный цветок), штамм 'Elbtalaue'	Brassicaceae	Модельное растение для изучения защитной химии, включая сердечные гликозиды	175 Мбит / с	29,947	8	Институт Бойса Томпсона, Итака, штат Нью-Йорк	2020	Последовательности PacBio 39,5 ГБ (средняя длина 10,603 п.н.), однополосное секвенирование Illumina MiSeq (2 х 250 пар оснований), каркас Phase Genomics Hi-C, секвенирование транскриптомов PacBio и Illumina
	Brassicaceae	Родственник арабидопсиса с высокой солеустойчивостью	240 Мбит / с	26,351		JGI	2013
	Brassicaceae	Сравнительный анализ геномов крестоцветных					2013
	Brassicaceae	Сравнительный анализ геномов крестоцветных					2013
Sisymbrium irio	Brassicaceae	Сравнительный анализ геномов крестоцветных					2013
Thellungiella parvula	Brassicaceae	Родственник арабидопсиса с высокой солеустойчивостью					2011
Cannabis sativa (конопля)	Cannabaceae	Производство конопли и марихуаны	около 820 Mbp	30 074 на основе сборки транскриптома и кластеризации			2011	Illumina / 454 каркас N50 16,2 тыс. Баррелей
Carica papaya (папайя)	Caricaceae	плодовый урожай	372 млн баррелей в секунду	28,629			2008	contig N50 11kbp scaffold N50 1Mbp общее покрытие ~ 3x (Sanger) 92,1% unigenes mapped 235Mbp anchored ( из этих 161 Мбит / с также ориентированы)
Casuarina equisetifolia (Австралийская сосна)	Casuarinaceae	субъект бонсай	300 Мбит / с	29,827			2018
Kalanchoë fedtschenkoi Raym.-Hamet H. PerrierKalanchoe	Crassulaceae	Молекулярно-генетическая модель облигатных видов САМ у эвдикотов	256 Мбит / с	30 964	34		2017	~ 70 × считываний на парном конце и ~ 37 × считываний на сопряженных парах, сгенерированных с использованием платформы Illumina MiSeq.
(тибетское лекарственное растение)	Crassulaceae	Использование в медицине и продуктах питания	344,5 Mb	35,517			2017
Citrullus lanatus (арбуз)	Cucurbitaceae	Овощные культуры	ca 425 Mbp	23,440		BGI	2012	Illumina охват 108,6x contig N50 26,38 kbp Scaffold N50 2,38 Mbp покрытый геном 83,2% ~ 97% картированных EST
Cucumis melo (Muskmelon) DHL92	Cucurbitaceae	Овощные культуры	450 Мбит / с	27,427			2012	454 13,5x покрытие contig N50: 18,1kbp каркас N50: 4,677 Mbp WGS
Cucumis sativus (огурец) «китайская длинная» инбредная линия 9930	Cucurbitaceae	Овощные культуры	350 Мбит / с (глубина Кмера) 367 Мбит / с (проточная цитометрия)	26,682			2009	contig N50 19,8kbp каркас N50 1,140kbp общий охват ~ 72,2 (Sanger + Ilumina) 96,8% картированных унигенов 72,8% якоря генома красный
Cucurbita argyrosperma (Silver-seed goud)	Cucurbitaceae	Овощные культуры	228,8 Mbp	28,298	20	Национальный автономный университет Мексики	2019	contig N50 463 kbp scaffold N50 620 kbp общее покрытие ~ 151x (PacBio + Illumina)
Siraitia grosvenorii (плоды монаха)	Cucurbitaceae	Китайская медицина / подсластитель	456,5 Mbp	30,565		Аньхойский сельскохозяйственный университет	2018
Hevea brasiliensis (каучуковое дерево)	Euphorbiaceae	самый экономически важный представитель рода Hevea					2013
Jatropha curcas Палаван	Euphorbiaceae	урожай биодизеля					2011
Manihot esculenta (Cassava)	Euphorbiaceae	Гуманитарное значение	~ 760 Mb	30,666		JGI	2012
Ricinus communis (Castor bean)	Euphorbiaceae	Масличные культуры	320 Mbp	31,237		JCVI	2010	Охват по Сэнгеру ~ 4,6x контиг N5 0 21,1 kbp каркас N50 496.5kbp
	Fabaceae	Единственный род вечнозеленого широколистного кустарника	889 Mb	37,188			2018
Cajanus cajan (Pigeon pea) вар. Asha	Fabaceae	Модельные бобовые					2012
Arachis duranensis (диплоидный геном дикого арахиса) образец V14167	Fabaceae	Дикий предок арахиса, масличных семян и зерна бобовые культуры					2016	покрытие Illumina 154x, contig N50 22 kbp, скаффолд N50 948 kbp
Arachis ipaensis (диплоид генома B дикий арахис) образец K30076	Fabaceae	Дикий предок арахиса, масличных и зернобобовых культур					2016	Охват Illumina 163x, contig N50 23 kbp, каркас N50 5,343 kbp
Cicer arietinum (нут)	Fabaceae	начинка					2013
(нут)	Fabaceae						2013
Dalbergia odorifera (ароматный палисандр)	Fabaceae	Древесина (сердцевина) и народная медицина	653 Мб	30,310	10	Китайская академия лесного хозяйства	2020	Contig N50: 5.92Mb Леса N50: 56.1 6Mb
Faidherbia albida (Яблочно-кольцевая акация)	Fabaceae	Importante в Сахеле для разведения пчел		28,97 9			2018
Глицин макс (соя) вар. Williams 82	Fabaceae	Белковые и масличные культуры	1115 Mbp	46,430			2010	Contig N50: 189,4kbp Scaffold N50: 47,8 Мбит / с Покрытие по Сэнгеру ~ 8x WGS 955,1 Мбит / с в собранном виде
Lablab purpureus (Hyacinth Bean)	Fabaceae	Crop для употребления в пищу человеком		20,946			2018
Lotus japonicus (Трилистник из птичьей лапки)	Fabaceae	Модельные бобовые					2008
Medicago truncatula (Barrel Medic)	Fabaceae	Модельный боб					2011
Phaseolus vulgaris (фасоль обыкновенная)	Fabaceae	Модельный боб	520 Мбит / с	31 638		JGI	2013?
Vigna subterranea (Bambara Groundnut)	Fabaceae	аналогично арахису		31,707			2018
Castanea mollissima (китайский каштан)	Fagaceae	культивируемый орех	785,53 Mb	36,479		Пекинский сельскохозяйственный университет	2019	Illumina: ∼42,7 × PacBio: ∼87 × contig N50: 944,000 пн
Carya illinoinensis Пекан	Junglandaceae	снеки в различных рецептах	651.31 Mb				2019
Juglans regia (персидский орех)	Junglandaceae	культивируемый орех	540 Mb			Китайская академия лесоводства	2020
Juglans sigillata (железный орех)	Junglandaceae	культивируемый орех	536,50 Mb			Нанкинский лесной университет	2020	Illumina + Nanopore + bionano каркас N50: 16,43 МБ, contig N50: 4,34 МБ
Linum usitatissimum (лен)	Linaceae	Crop	~ 350 Мбит / с	43,384		BGI и др.	2012
Bombax ceiba (красный шелковый хлопок tree)	Malvaceae	капсулы с белыми волокнами, как хлопок	895 Mb				2018
Durio zibethinus (Durian)	Malvaceae	Тропическое фруктовое дерево	~ 738 Mbp				2017
Gossypium raimondii	Malvaceae	Один из предполагаемых видов-прародителей тетраплоидного хлопка					2013?
Theobroma cacao (дерево какао)	Мальвовые	Ароматизаторы					2010
Теобро ma cacao (дерево какао) cv. Matina 1-6	Malvaceae	Наиболее широко культивируемый тип какао					2013
Theobroma cacao (200 образцов)	Malvaceae	история одомашнивания какао					2018
Azadirachta indica (neem)	Meliaceae	Источник ряда терпеноидов, включая биопестицид азадирахтин, используемый в традиционной медицине	364 Мбит / с	~ 20000		GANIT Labs	2012 и 2011 гг.	Illumina GAIIx, каркас N50 из 452028bp, данные транскриптома из побегов, корней, листьев, цветов и семян
Moringa oleifera (дерево хрена)	Moringaceae	традиционная медицина травами		18,451			2018
Eucalyptus grandis (розовая камедь)	Myrtaceae	Волокна и древесина	691,43 Mb				2011
Eucalyptus pauciflora (Snow gum)	Myrtaceae	Волокна и древесина	594,87 Mb			ANU	2020	Nanopore + Illumina; contig N50: 3,23 Мб
C. cathayensis (гикори китайский)	Rosaceae	плодовые культуры	706,43 Mb				2019
Eriobotrya japonica (мушмула)	Rosaceae	плодовое дерево	760,1 Mb	45,743		Шанхайская академия сельскохозяйственных наук	2020	Illumina + Nanopore + Hi-C 17 хромосом, каркас N50 : 39,7 МБ
Fragaria vesca (земляника)	Rosaceae	Плодовые культуры	240 МБ / с	34,809			2011	каркас N50: 1,3 Мбит / с 454 / Illumina / solid охват 39x WGS
Malus domestica (яблоко) «Golden Delicious»	Rosaceae	Плодовый урожай	~ 742,3 Мбит / с	57,386			2010	contig N50 13,4 (kbp ??) каркас N50 1,542,7 (kbp ??) общий охват ~ 16,9x (Sanger + 454) 71,2% закреплен
Prunus amygdalus (миндаль)	Rosaceae	Плодовые культуры					2013?
Prunus avium (черешня) cv. Stella	Rosaceae	Плодовые культуры					2013?
Prunus mume (китайская слива или японский абрикос)	Rosaceae	Плодовые культуры					2012
Prunus persica (персик)	Rosaceae	Фруктовый урожай	265 Mbp	27,852			2013	Покрытие по Сэнгеру: 8,47x WGS около 99% EST сопоставлено 215,9 Мбит / с в псевдомолекулах
Pyrus bretschneideri (ya pear или китайская белая груша) cv. Dangshansuli	Rosaceae	Плодовые культуры					2012
Pyrus communis (груша европейская) cv. Doyenne du Comice	Rosaceae	Плодовые культуры					2013?
Rubus occidentalis (Черная малина)	Rosaceae	Плодовые культуры	290 Mbp				2018
Citrus clementina (Clementine)	Rutaceae	Плодовые культуры					2013?
Citrus sinensis (Сладкий апельсин)	Rutaceae	Плодовые культуры					2013 ?, 2013
Populus trichocarpa (тополь)	Salicaceae	Секвестрация углерода, модельное дерево, древесина	510 Мбит / с (цитогенетический) 485 Мбит / с (охват)	73013 [Фитозом]			2006	Каркас N50: 19,5 Мбит / с Contig N50: 552,8 Кбит / с [фитозома] WGS >= 95% обнаружена кДНК
(пустынное дерево)	Salicaceae	выращивание и выращивание	479,3 Mbp	35,131			2017
Acer truncatum (пурпурный клен)	Sapindaceae	Дерево, продуцирующее нервоновую кислоту	633,28 Mb	28,438			2020	contig N50 = 773,17 Kb; скаффолд N50 = 46.36 Mb
Acer yangbiense	Sapindaceae	Виды растений с чрезвычайно малочисленными популяциями	110 Gb	28,320	13		2019	каркас N50 = 45 Mb
Dimocarpus longan (Longan)	Sapindaceae	Плодовые культуры	471,88 Mb				2017
Xanthoceras sorbifolium Bunge (Yellowhorn)	Sapindaceae	Fruit Crop	504,2 Mb	24672			2019
Aquilaria sinensis (Agarwood)	Thymelaeaceae	Ароматная древесина	726,5 Mb	29,203			2020	Illumina + nanopore + Hi-C, каркас N50: 88,78 Mb
Vitis vinifera (виноград) генотип PN40024	Vitaceae	плодовая культура					2007

Asterids

Организм штамм	Семья	Актуальность	Размер генома	Количество прогнозируемых генов	Организация	Год завершения	Статус сборки
Asclepias syriaca, (молочай обыкновенный)	Apocynaceae	Излучает молочный латекс	420 Mbp	14,474	руда gon State University	2019	80,4 × глубина N50 = 3415 п.н.
(китайский травяной блохабан)	Asteraceae	Китайская медицина		37505		2017
Helianthus annuus (подсолнечник)	Asteraceae	Масличные культуры	3,6 Gbb	52,232	INRA и База данных генома подсолнечника	2017	N50 contig: 13,7 kb
Lactuca sativa (салат)	Asteraceae	Овощные культуры	2,5 Gbb	38,919		2017	Контиг N50: 12 кб; Каркас N50: 476 kb
(Pink Ipê)	Bignoniaceae	Обычное дерево	503,7 Mb	31,668		2017
Diospyros oleifera Cheng ( Хурма или Каки)	Ebenaceae	Фруктовое дерево	849,53 Mb	28,580	Университет Чжэцзян и Китайская академия лесоводства	2019 и 2020 гг.	Два генома по шкале хромосом и отнесены к 15 псевдохромосомам
Salvia miltiorrhiza Bunge (китайский красный шалфей)	Lamiaceae	ТКМ для лечения ХОБЛ	641 Mb	34,598		2015
Callicarpa americana (American beautyberry)	Lamiaceae	Декоративный кустарник и средство от насекомых	506 Mb	32 164	Университет штата Мичиган	2020	17 псевдомолекул Contig N50: 7,5 МБ скаффолд N50: и 29,0 МБ
Mentha x piperita (мята перечная)	Lamiaceae	Масличные	353 Mb	35,597	Университет штата Орегон	2017
Tectona grandis (Тик)	Lamiaceae	Прочность и водостойкость nce		31,168		2019
Utricularia gibba (горбатый пузырчатка)	Lentibulariaceae	модельная система для изучения эволюции размера генома; хищное растение	81,87 Mb	28,494	LANGEBIO, CINVESTAV	2013	Scaffold N50: 80,839 Kb
Camptotheca acuminata Decne (китайское счастливое дерево)	Nyssaceae	химические препараты для лечения рака	403 Mb	31,825		2017
Davidia invucrata Baill (Голубь)	Nyssaceae	Живое ископаемое	1,169 Mb	42,554		2020
Mimulus guttatus	Phrymaceae	модельная система для изучения экологическая и эволюционная генетика	около 430 Мбит / с	26,718	JGI	2013?	Scaffold N50 = 1,1 Мбит / с Contig N50 = 45,5 Kbp
Primula vulgaris (Примула обыкновенная)	Primulaceae	Используется для приготовления	474 Mb			2018
Solanum lycopersicum (помидор) cv. Heinz 1706	Solanaceae	Продовольственные культуры	ок. 900 Mbp	34,727	SGN	2011 2012	Sanger / 454 / Illumina / Solid Псевдомолекулы, охватывающие 91 каркас (760 Мбит / с, из которых ориентировано 594 Мбит / с) более 98% сопоставимых EST
Solanum aethiopicum (эфиопский баклажан)	Solanaceae	Продовольственная культура	1.02 Gbp	34,906	BGI	2019	Illumina scaffold N50: 516,100bp contig N50: 25 200 п.н. ∼109 × покрытие
Solanum pimpinellifolium (смородиновый помидор)	Solanaceae	ближайший дикий родственник томата				2012	Illumina contig N50: 5100bp ~ 40x покрытие
Solanum tuberosum (Potato)	Solanaceae	Продовольственные культуры	726 Mbp	39,031	Консорциум по секвенированию генома картофеля (PGSC)	2011	Sanger / 454 / Illumina Охват 79,2x contig N50: 31,429 п.н. эшафот N50: 1,318,511bp
(паслен коммерсона)	Solanaceae	дикий картофель r elative	838 Мбит / с kmer (840 Мбит / с)	37,662	UNINA, UMN, UNIVR, Sequentia Biotech, CGR	2015	Illumina 105x покрытие contig N50: 6,506bp каркас N50: 44,298bp
Cuscuta campestris (повилика)	Solanaceae	модельная система для паразитических растений	556 Мбит / с кмер (581 Мбит / с)	44 303	RWTH Ахенский университет, Исследовательский центр Юлих, UiT Арктический университет Норвегии, Helmholtz Zentrum München, Мюнхенский технический университет, Венский университет	2018	каркас N50 = 1,38 Мбит / с
Cuscuta australis (южная повилика)	Solanaceae	модельная система для паразитических растений	265 Mbp kmer (273 Mbp)	19 671	Институт ботаники Куньмина, Китайская академия наук	2018	каркас N50 = 5,95 Мбит / с contig N50 = 3,63 Мбит / с
Nicotiana benthamiana	Solanaceae	Близкий родственник табака	около 3 Гбит			2012	Illumina 63x покрытие contig N50: 16,480bp scaffold N50: 89,778bp >Найдено 93% унигенов
Nicotiana sylvestris (Tobacco plant)	Solanaceae	model system for studies of terpenoid production	2.636 Gbp		Philip Morris International	2013	94x coverage scaffold N50: 79.7 kbp 194kbp superscaffolds using physical Nicotiana map
Nicotiana tomentosiformis	Solanaceae	Tobacco progenitor	2.682 Gb		Philip Morris International	2013	146x coverage scaffold N50: 82.6 kb 166kbp superscaffolds using physical Nicotiana map
Capsicum annuum (Pepper) (a) cv. CM334 (b) cv. Zunla-1	Solanaceae	Food crop	~3.48 Gbp	(a) 34,903 (b) 35,336		(a) 2014 (b) 2014	N50 contig: (a) 30.0 kb (b) 55.4 kb N50 scaffold: (a) 2.47 Mb (b) 1.23 Mb
Capsicum annuum var. glabriusculum (Chiltepin)	Solanaceae	Progenitor of cultivated pepper	~3.48 Gbp	34,476		2014	N50 contig: 52.2 kb N50 scaffold: 0.45 Mb
Petunia hybrida	Solanaceae	Economically important flower				2011

Monocots

Grasses

Другие виды, не относящиеся к злакам

Пресс-релизы с объявлением о секвенировании

Несоответствие критериям первого абзаца этой статьи в виде почти полных последовательностей с высоким качеством, опубликованных, собранных и общедоступных. В этот список входят виды, последовательности которых объявляются в пресс-релизах или на веб-сайтах, но не в публикации с большим объемом данных в рецензируемом рецензируемом журнале с DOI.

• Corchorus olitorius (Мальва джутовая), волокнистое растение 2017
• Corchorus capsularis 2017
• Fraxinus excelsior, ясень обыкновенный (проект 2013 г.)

См. также

• Список секвенированных геномов эукариот
• Список секвенированных геномов животных
• Список секвенированных геномов архей
• Список секвенированных геномов бактерий
• Список секвенированных геномов грибов
• Список секвенированных пластом
• Список секвенированных геномов протистов

Внешние ссылки

• http://plabipd.de/timeline_view.ep
• http://genomevolution.org/w/index.php/Sequenced_plant_genomes
• https: // phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
• https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

Ссылки