Список секвенированных геномов бактерий

Этот список секвенированных геномов эубактерий содержит большую часть эубактерии, о которых известно, что они имеют общедоступные полные последовательности генома. Большинство этих последовательностей было помещено в Международную базу данных нуклеотидных последовательностей Collaboration, общедоступную базу данных, поиск в которой можно найти в сети. Некоторые из перечисленных геномов могут находиться не в базе данных INSDC, а в других общедоступных базах данных.

Геномы, перечисленные как «неопубликованные», находятся в базе данных, но не в рецензируемой научной литературе.

Для геномов архей см. список секвенированных геномов архей.

.

Содержание

• 1 Abditibacteriota
• 2 Actinobacteria
• 3 Aquificae
• 4 Armatimonadetes
• 5 Bacteroidetes / Группа хлороби
• 6 Caldiserica
• 7 Группа Chlamydiae / Verrucomicrobia
• 8 Chloroflexi
• 9 Chrysiogentes
• 10 Цианобактерии
• 11 Deferribacteres
• 12 Deinococcus-Thermus <888omi13 Dictyogl>14 Elusimicrobia
• 15 Fibrobacteres / Acidobacteria group
• 16 Firmicutes
• 17 Fusobacteria
• 18 Gemmatimonadetes
• 19 Nitrospirae
• 20 Planctomycetes
• 21 Proteobacteria
  • 21.1 Alpha8roteobacteria
  • 21.3 Gammaproteobacteria
  • 21.4 Подразделения Delta / epsilon
  • 21.5 Zetaproteobacteria
• 22 Spirochaetes
• 23 Synergistetes
• 24 Tenericutes
• 25 Thermodesulfobacteria
• 26 Thermotogae <901868>28 Ссылки
• 29 Внешние ссылки

Виды	Штамм	Тип	пары оснований	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank
	LMG 29911		3,606,330	3,240		NZ_NIGF00000000.1

АктинобактерииActinobacterium

Виды	Штамм	Тип	Базовые пары	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank
Corynebacterium diphtheriae	C7 (beta)	Actinobacteridae	2,499,189		Неопубликованное	CP003210
Corynebacterium diphtheriae	PW8	Actinobacteridae	2,530,683		Неопубликованное	CP003216
Bifidobacterium longum	NCC2705	2,256,640	1,727
Corynebacterium diphtheriae	NCTC13129	Актинобактерии	2,488,635	2,320
Corynebacterium efficiens	YS314	Актинобактерии	3,147,090	2,942
Corynebacterium glutamicum	ATCC13032	Актинобактерии	3,309,401	3,099	Неопубликованные
Corynebacterium jeikeium	K411	Актинобактерии	2,462,499	2,104
Frankia виды	CcI3	Актинобактерии	5,433,628	4,499	Неопубликованные
Mycobacterium avium	k10	Актинобактерии	4,829,781	4,350
Mycobacterium bovis	AF212297	Актинобактерии	4,345,492	3,953
Mycobacterium leprae	TN	Актинобактерии	3,268,203	2,720
Mycobacterium tuberculosis	CDC1551	Актинобактерии	4,403,837	4,189	Неопубликовано
Mycobacterium tuberculosis	H37Rv	Actinobacteria	4,411,532	3,999
Nocardia farcinica	IFM10152	Актинобактерии	6,021,225	5,683
Streptomyces avermitilis	MA4680	Актинобактерии	9,025,608	7,577
Streptomyces coelicolor	A3	Actinobacteria	8,667,507	7,825
Symbiobacterium thermophilum	Штамм	Actinobacteria	3,566,135	3,337
	YX	Актино бактерии	3,642,249	3,110	Неопубликованные

Aquificae

Виды	Штамм	Тип	Базовые пары	Гены	Ссылка	Идентификатор GenBank
Aquifex aeolicus	VF5	Aquificae	1,551,335	1,522		Хромосома NC_000918. Плазмида ece1 NC_001880

Armatimonadetes

Bacteroidetes / Группа Chlorobi

Caldiserica

Chlamydiae / Verrucomicrobia группа

Chloroflexi

Виды	Штамм	Тип	Базовые пары	Гены	Ссылка
	195	Dehalococcoidetes	1,469,720	1,580
	CBDB1	Dehalococcoidetes	1,395,502	1,458
	DCMB5	Dehalococcoidetes	1,431,902	1,526
	BTF08	Dehalococcoidetes	1,452,335	1,580

Chrysiogentes

Cyanobacteria

Виды	Штамм	Тип	Базовые пары	Гены	Ссылка
Anabaena	PCC7120	Nostocales	6,413, 771	5,368
Анабаена variabilis	ATCC29413	Nostocales	6,365,727	5,039	Объединенный институт генома Министерства энергетики США
Cyanobacteria бактерия	YellowstoneA	Chroococcales	2,932,766	2,760
Cyanobacteria бактерия	YellowstoneB	Chroococcales	3,046,682	2,862
Gloeobacter violaceus	PCC7421	Gloeobacteria	4,659,019	4,430
Prochlorococcus marinus	MED4		1,657,990	1,716
Prochlorococcus marinus	MIT9312		1,709,204	1,809	Неопубликованные
Prochlorococcus marinus	MIT9313		2,410,873	2,273
Prochlorococcus marinus	NATL2A		1,842,899	1,890	Неопубликованные
Prochlorococcus marinus	SS120		1,751,080	1,882
Synechococcus elongatus	PCC6301	Chroococcales	2,696,255	2,525	Неопубликованные
Synechococcus elongatus	PCC7942 12 75>Chroococcales	2,695,903	2,611	Неопубликованные
Synechococcus виды	WH8102	Chroococcales	2,434,428	2,526
Synechococcus виды	CC9605	Chroococcales	2,510,659	2,638	Неопубликованные
Synechococcus виды	CC9902	Chroococcales	2,234,828	2304	Неопубликованные
Synechocystis виды	PCC6803	Chroococcales	3,573,470	3,167
elongatus	bp1	Chroococcales	2,593,857	2,475	Неопубликованные

Deferribacteres

Виды	Штамм	Тип	Базовые пары	Гены	Ссылка
Geovibrio sp.		Deferribacteres	2,971,658	2,415	Объединенный институт генома DOE
Mucispirillum schaedleri	ASF457	Deferribacteres	2,319,180	2,144	Broad Institute
	DSM 12809	Deferribacteres	3,222,077	3,068
	DSM 19672	Deferribacteres	2,157,835	2,117
Deferribacter desulfuricans	SSM1	Deferribacteres	2,234,389	2,184
	DSM 4947	Deferribacteres	2,526,590	2,397

Deinococcus - Thermus24>Хромосома CP002777.

Плазмида pTHTHE1601 CP002778

Виды	Штамм	Тип	Базовые пары	Гены	Ссылка	GenBank Идентификатор
Deinococcus deserti	VCD115	Deinococcales	2,819,842			Хромосома NC_012526. Плазмида 1 NC_012528. Плазма 129>NC_012529. Плазмида 3 NC_012528
Deinococcus geothermalis	DSM 11300	Deinococcales	2,467,205	2,335	Объединенный институт генома Министерства энергетики США	Хромосома e CP000359. Плазмида pDGEO01 CP000358. Плазмида pDGEO02 CP000856.
Deinococcus	I-0	Deinococcales	3,137,147			Хромосома>CP002191. Плазмида P1 CP002192. Плазмида P2 CP002193. Плазмида P3 CP002194. Плазмида P4 CP002195. Плазмида P5 CP002196. Плазмида P6 CP002197
Дейнококк	DSM 21211	Deinococcales	3,498,530		Объединенный институт генома Министерства энергетики США	CP0024
Deinococcus	MRP	Deinococcales	2 147060		Объединенный институт генома Министерства энергетики США	Хромосома CP002536. Плазмида pDEIPR01 CP002537. Плазмида pDEIPR02 CP002538. Плазмида pDEIPR03 CP002539. Плазмида pDEIPR04 CP002540
Deinococcus radiodurans	R1	Deinocromos48: 2,69. Хромосома 2: 412,348	Хромосома 1: 2,579. Хромосома 2: 357		Хромосома 1 NC_001263. Хромосома 2 NC_001264. Плазма id CP1 NC_000959. Плазмида MP1 NC_000958
	DSM 14884	Thermales	2,269,167		Объединенный институт генома DOE	CP002630
Meiothermus	DSM 1279	Thermales	3,097,457		DOE Объединенный институт генома	CP001743
Meiothermus	DSM 9946	Thermales	3,249,394			Хромосома CP002042. Plasmid p CP002043. Плазмида pMESIL02 CP002044
	DSM 14977	Thermales	2,303,940		Объединенный институт генома DOE	Хромосома CP002361. Плазмида pOCEPR01
Thermus	SA-01	Thermales	2,346,803			Хромосома CP001962. Плазмида pTSC8 CP001963
Thermus виды	CCB_US3_UF1	Thermales	2,243,772		Universiti Sains Malaysia	Хромосома CP003126. Плазмида pTCCB09 CP003127
Thermus thermophilus	>Thermales	1,894,877	1,982		Хромосома AE017221. Плазмида pTT27 AE017222
Thermus thermophilus	H B8	Термалес	1849742	1973	Институт науки и технологий Нара	Хромосома NC_006461. Плазмида pTT27 NC_006462. Плазмида pTT8 NC_006463
Thermus thermophilus	JL-18	Thermales	1,902,595		Объединенный институт генома Министерства энергетики США	Хромосома CP003252. Плазмида pTTJL1801 CP003253. Плазмида pTTJL1802 CP003254
Thermus thermophilus	SG0.5JP17-16	Thermales	1,863,201		DOE Joint Genome Institute
Truepera	DSM 17093	Deinococcales	3,260,398		Объединенный институт генома DOE	CP002049 <551omi	CP002049 <551omi>Dictyogl>Elusimicrobia Fibrobacteres / Acidobacteria группа Виды Штамм Тип пары оснований Гены Ссылка Acidobacteria bacterium Ellin345 Acidobacteria 5,650,368 4,777 Неопубликованные Leifsonia xyli CTCB07 Acidobacteria 2,584,158 2,030 Propionibacterium acnes KPA171202 Acidobacteria 2,560,265 2,297 Rubrobacter xylanophilus DSM9941 Acidobacteria 3,225,748 3140 Объединенный институт генома Министерства энергетики США Tropheryma whippelii TW08 / 27 Acidobacteria 925,938 784 Tropheryma whippelii Twist Acidobacteria 927,303 808 Firmicutes1,8642,673>Staphylococcus aureus2,619hy aureus24>2134 Виды Штамм Тип Базовые пары Гены Ссылка Bacillus anthracis Ames Bacilli 5,227,293 5,311 Bacillus anthracis Sterne Bacilli 5,228,663 5,287 Неопубликовано Bacillus cereus ATCC10987 Bacilli 5,224,283 5,603 Bacillus cereus ATCC14579 Bacilli 5,411,809 5,234 Bacillus cereus ZK Bacilli 5,300,915 5,134 U npublished Bacillus clausii KSMK16 Bacilli 4,303,871 4,108 Bacillus halodurans C125 Bacilli 4,202,352 4,202,352 4 645>Bacillus licheniformis ATCC14580 Бациллы 4,222,334 4,152 Bacillus licheniformis Неуточненные Bacilli 4,222,645 4,196 <645 Bacillus licheniformis DSM13 Bacilli 4,222,645 4,196 Bacillus subtilis 168 Bacillus 4,214,630 4,106 Bacillus thuring 9727 Бациллы 5,237,682 5,117 Carboxydothermus Hydroformans Z2901 Clostridia 2,401,520 2,620 Clostridium acetobutylicum>ATCC824 Clostridia 3,940,880 3,672 Clostridium difficile QCD-32g58 Clostridia 3,840,681 Неопубликованные Clostridium perfringens 13 Clostridia 3,031,430 2,660 Clostridium tetani E88 Clostridia 2,799,251 2,373 Desu lfitobacterium hafniense Y51 Clostridia 5,727,534 5,060 Enterococcus faecalis V583 Bacilli 3,218,031 3,11342 HTA 951>Бациллы 3,544,776 3,498 Lactobacillus acetotolerans NCFM Bacilli Lactobacillus acidophilus NCFM Bacilli 1,993,524> Lactobacillus delbrueckii bulgaricus Бациллы 1,864,998 2,096 Неопубликованные Lactobacillus johnsonii NCC533 Bacilli <1,976,6980>401> 1,821 Lactobacillus plantarum WCFS1 Бациллы 3,308,274 3,051 Lactobacillus sakei 23K Бациллы 1,884,661 1885 Неопубликовано Lactobacillus sakei sakei23K Бациллы 1884661 1885 Неопубликовано Lactobacillus salivarius UCC118 Бациллы 1,827,111 1,717 Неопубликованные Lactococcus lactis IL1403 Бациллы 2,365,589 2,266 Лис teria innocua Clip11262 Bacilli 3,011,208 2,981 Listeria monocytogenes EGD Bacilli 2,944,528 2,855 Listeria monocytogen 4b Бациллы 2,905,187 2,821 Moorella thermoacetica ATCC39073 Clostridia 2,628,784 2,465 Неопубликовано Oceanobacillus iheyensis HTE831 Бациллы 3,630,528 3,496 Staphylococcus aureus COL Бациллы 2,809,422 MRSA252 Бациллы 2,902,619 2,744 Staphylococcus aureus MSSA476 Bacilli 2,799,802 Mu50 Бациллы 2,878,529 2,699 Staphylococcus aureus MW2 Бациллы 2,820,462 2,632 Staphylococcus aureus 980>N315 Бациллы 2,814,816 2,593 Staphylococcus aureus NCTC8325 Бациллы 2,821,361 2,892 Неопубликовано Стафий lococcus aureus RF122 Bacilli 2,742,531 2,589 Неопубликованные Staphylococcus aureus USA300 Bacilli 2,872,769 2,560 Staphylococcus epidermidis ATCC12228 Bacilli 2,499,279 2,419 Неопубликованные Staphylococcus epidermidis RP62A Bacilli <93080>2 2,494 Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 Bacilli 2,685,015 2,678 Staphylococcus saprophyticus saprophyticus 401>Bacilli > 2,446 Streptococcus agalactiae A909 Бациллы 2,127,839 1,996 Streptococcus agalactiae NEM316 Бациллы 2,211,485 Streptococcus agalactiae 2603 V / R Бациллы 2,160,267 2,124 Streptococcus mutans UAB159 Бациллы 2,030,921 1960 Streptococcus pneumoniae R6 Bacilli 2038615 2043 Streptococcus pneumoniae TIGR4 Bacill i 2,160,842 2,125 Streptococcus pyogenes M5Manfredo Bacilli 1,841,271 Неопубликованные Streptococcus pyogenes MGAS10270 <95180>1 Bacilli 1987 Streptococcus pyogenes MGAS10394 Бациллы 1,899,877 1,886 Streptococcus pyogenes MGAS10750 Бациллы 1,937,111 1979 Streptococcus pyogenes MGAS2096 Бациллы 1860355 1898 Streptococcus pyogenes MGAS315 Бациллы 1,900,521 1865 Streptococcus pyogenes MGAS5005 Бациллы 1838,554 1865 Streptococcus pyogenes MGAS6180 Бациллы 1,897,573 1,894 Streptococcus pyogenes MGAS8232 Бациллы 1,895,017 1,845 Streptococcus pyogenes MGAS9429 Бациллы 1,836,467 1,877 Streptococcus pyogenes SF370 Bacilli 1,852,441 1,696 Streptococcus pyogenes SSI1 Bacilli 1,894,275 1,861 Streptococcus thermophilus CNRZ1066 Бациллы 1,796,226 1,915 Streptococcus thermophilus LMG18311 1,796,846980>401> 1,889 MB4T Clostridia 2,689,445 2,588 Неопубликованные Fusobacteria Виды Штамм Тип Базовые пары Гены Ссылка Идентификатор GenBank Fusobacterium nucleatum ATCC25586 Fusobacteria 2 174 500 2 067 Fusobacterium sp. 11_3_2 Fusobacteria Неопубликованные ACUO00000000 Fusobacterium sp. 21_1A Fusobacteria Неопубликованные ADEE00000000 Gemmatimonadetes Nitrospirae Planctomycetes Виды Штамм Тип Базовые пары Гены Ссылка Rhodopirellula baltica штамм1 Planctomycetes Planctomycetacia 7,145,576 7,325 Неопубликовано Протеобактерии Alphaproteobacteria24>1,6123,791> Виды Штамм Тип Пары оснований Гены Ссылка Agrobacterium tumefaciens C58 Alphaproteobacteria 2,841,581 2,722 StMaries Alphaproteobacteria 1,197,687 949 Anaplasma phagocytophilum HZ Alphaproteobacteria 1,471,282 1,264 Bartonella henselae Houston-1 Alphaproteobacteria 1,931,047 Bartonella quintana Тулуза Alphaproteobacteria 1,581,384 1,308 Bradyrhizobium japonicum USDA110 Alphaproteobacter ia 9,105,828 8,317 Brucella abortus 2308 (хромосома I) Alphaproteobacteria 1,156,948 1,164 2308 (хромосома II) Alphaproteobacteria 2,121,359 2,186 Brucella abortus 9-941 (хромосома I) Alphaproteobacteria 2,124,241 2,030 9-941 ( хромосома II) Alphaproteobacteria 1,162,204 1,055 Brucella melitensis 16M (хромосома I) Alphaproteobacteria 2,117,144 2,059 16M (хромосома II) Alphaproteobacteria 1,177,787 1,139 Brucella suis 1330 (хромосома I) Alphaproteobacteria 2,107,794 2,123 1330 (хромосома II) Alphaproteobacteria 1,207,381 1,150 Caulobacter crescentus CB15 Alphaproteobacteria 4,016,947 3,737 Ehrlichia canis Джейк Alphaproteobacteria 1,315,030 925 Неопубликованные Ehrlichia chaffeensis Арканзас Alphaprote obacteria 1,176,248 1,105 Ehrlichia ruminantium Gardel Alphaproteobacteria 1,499,920 950 Неопубликованный Ehrlichia ruminantium Welgevonden Alphaproteobacteria 1,512,977 958 Неопубликовано Не указано Не указано Alphaproteobacteria 1,516,355 920 Erythrobacter litoralis HTCC2594 Alphaproteobacteria 3,052,398 3,011 Неопубликованные 621H Alphaproteobacteria 2,702,173 2,432 Jannaschia виды CCS1 Alphaproteobacteria 4,317,977 4,212 Неопубликованные Magnetospirillum Magnetospirillum Magneticum AMB1 Alphaproteobacteria 4,967,148 4,559 Mesorhizobium loti MAFF303099 Alphaproteobacteria 7,036071 6,752 Neorickettsia Alphaproteobacteria 859 006 932 Nitrobacter hamburgensis X14 Alphaproteob acteria 4,406,967 3,804 Неопубликовано Nitrobacter winogradskyi Nb255 Alphaproteobacteria 3,402,093 3,122 Неопубликовано Novosphingobium aromaticivorans DSM12444 Alphaproteobacteria 3,561,584 3,324 Неопубликованные Pelagibacter ubique HTCC1062 401,759>Alphaproteobacteria > 1,354 Rhizobium etli CFN42 Alphaproteobacteria 4,381,608 4,067 Rhizobium leguminosarum viciae3841 Alphaproteobacteria 7,751>,30 7,751>,30 7,751>,30 24>4746 Неопубликовано Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 Alphaproteobacteria 3,188,609 3,022 Неопубликовано Не указано Не указано Alphaproteobacteria 943016 835 Неопубликованные Rhodopseudomonas palustris BisB18 Alphaproteobacteria 5,513,844 4,886 Неопубликовано Rhodopseudomonas palustris BisB5 Alphaproteobacteri a 4,892,717 4,397 Неопубликовано Rhodopseudomonas palustris CGA009 Alphaproteobacteria 5,459,213 4,833 Rhodopseudomonas palustris>HaA2 Alphaproteobacteria 5,331,656 4,683 Неопубликованные Rhodospirillum rubrum ATCC11170 Alphaproteobacteria 4,352,825 Неопубликованные RML369-C Alphaproteobacteria 1,522,076 1,429 Неопубликованные Rickettsia conorii Malish7 Alphaproteobacteria 1,268,755 1,374 Rickettsia felis URRWXCal2 Alphaproteobacteria 1,485,148 1,400 Rickettsia prowazekii Madrid-E Alphaproteobacteria 1,111,53 834 Rickettsia typhi Wilmington Alphaproteobacteria 1,111,496 838 Silicibacter pomeroyi DSS3 Alphaproteobacteria 4,109,442 3,810 Silicibacter виды TM1040 Alphaproteobacteria 3,200,938 3,030 Неопубликовано Sinorhizobium medicae WSM419 Alphaproteobacteria 3,781,904 3,635 Sinorhizobium meliloti Rm1021 Alphaproteobacteria 3,654,135 3,341 Sphingopyxis alaskensis RB2256 Alphaproteobacteria 3,345,170 3,165 Неопубликовано <75093>Wolbachia эндосимбионт TRS Alphaproteobacteria 1,080,084 805 Wolbachia pipientis wMel Alphaproteobacteria 1,267,782 1,195 Zymomonas mobilis ZM4 Alphaproteobacteria 2,056,416 1,998 Betaproteobacteria Виды Штамм Тип Основание Пары Гены Ссылка Azoarcus sp. EbN1 Betaproteobacteria 4,296,230 4,128 2002 Bordetella bronchiseptica RB50 Бетапротеобактерии 5,339,179 5,006 Неопубликованные Bordetella parapertussis 12822 Бетапротеобактерии 4,773,551 4,402 Неопубликовано Bordetella pertussis TohamaI Бетапротеобактерии 4,086,189 3,806 Неопубликовано Burkholderia cenocepacia AU1054 Бетапротеобактерии 3,294,563 2,965 Неопубликованные Неопределенные Неуказанные Бетапротеобактерии 2,788,459 2,472 Неопубликовано Не указано Не указано Бетапротеобактерии 1,196,094 1,040 Неопубликовано Burkholderia mallei ATCC23344 Бетапротеобактерии 3,510,148 2,996 Неопубликовано Не указано Не указано Betaproteobacter ia 2,325,379 2,029 2004 Burkholderia pseudomallei 1710b Betaproteobacteria 4,126,292 3736 Неопубликовано Не указано Не указано Бетапротеобактерии 3,181,762 2,611 Неопубликовано Burkholderia pseudomallei K96243 Бетапротеобактерии 4,074,542 (хромосома I). 3,173,005 (хромосома II) 3,460 (хромосома I). 2395 (хромосома II) 2004 Burkholderia виды 383 Betaproteobacteria 3,694,126 3,334 Неопубликовано Не указано Не указано Бетапротеобактерии 3,587,082 3,174 Неопубликовано Не указано Не указано Бетапротеобактерии 1,395,069 1,209 Неопубликованные Burkholderia thailandensis E264 Бетапротеобактерии 3,809,201 3,276 2005 Не указано Не указано Бетапротеобактерии 2,914,771 2358 2005 Burkholderia xenovorans LB400 Бетапротеобактерии 4,895,836 4,430 Неопубликовано Не указано Не указано Бетапротеобактерии 3,363,523 2,960 Неопубликовано Не указано Не указано Бетапротеобактерии 1,471,779 1,312 Неопубликовано Chromobacterium violaceum ATCC12472 Бетапротеобактерии 4,751,080 4,407 2003 Dechloromonas aromatica RCB Бетапротеобактерии 4,501,104 4,171 Неопубликовано Methylobacillus flagellatus KT Betaproteobacteria 2,971,517 2,753 Неопубликованные Neisseria gonorrhoeae FA1090 Бетапротеобактерии 2,153,922 2002 Неопубликованные Neisseria meningitidis штамм серогруппы A Z2491 Bet апротеобактерии 2,184,406 2,121 2000 Neisseria meningitidis штамм MC58 серогруппы B Бетапротеобактерии 2,272,360 2,063 2000 Nitrosomonas europaea Schmidt Betaproteobacteria 2,812,094 2,574 2003 ATCC25196 Бетапротеобактерии 3,184,243 2,757 Неопубликованные Polaromonas виды JS666 Бетапротеобактерии 5,200,264 4,817 Неопубликованные Ralstonia eutropha JMP134 Бетапротеобактерии 3,806,533 3,439 Неопубликовано Не указано Не указано Бетапротеобактерии 2,726,152 2407 Неопубликовано Ralstonia metallidurans CH34 Betaproteobacteria 3,928,089 3,601 Unpublished Unspecified Unspecified Betaproteobacteria 2,580,084 2,313 Unpu blished Ralstonia solanacearum GMI1000 Betaproteobacteria 3,716,413 3,441 2002 Unspecified Unspecified Betaproteobacteria 2,094,509 1,679 Rhodoferax ferrireducens DSM15236 Betaproteobacteria 4,712,337 4,170 Unpublished Thiobacillus denitrificans ATCC25259 Betaproteobacteria 2,909,809 2,827 Unpublished Gammaproteobacteria Species Strain Type Base Pairs Genes Reference Acinetobacter sp. ADP1 Gammaproteobacteria 3,598,621 3,325 2004 Hc Gammaproteobacteria 686,194 595 Unpublished Strain Gammaproteobacteria 705,557 589 2003 bpEN Gammaproteobacteria 791,654 610 2005 Buchnera aphidicola APS Gammaproteobacteria 640,681 564 2000 Buchnera aphidicola B Gammaproteobacteria 615,980 504 2003 Buchnera aphidicola Sg Gammaproteobacteria 641,454 545 2002 Carsonella ruddii PV Gammaproteobacteria 159,662 182 2006 Chromohalobacter salexigens DSM3043 Gammaproteobacteria 3,696,649 3,298 Unpublished 34H Gammaproteobacteria 5,373,180 4,910 Unpublished Coxiella burnetii RSA493 Gammaproteobacteria 1,995,281 2,016 2003 Erwinia carotovora SCRI1043 Gammaproteobacteria 5,064,019 4,492 Unpublished Escherichia coli 536 Gammaproteobacteria 4,938,920 4,685 Unpublished Escherichia coli CFT073 Gammaproteobacteria 5,231,428 5,379 2002 Escherichia coli K-12 Gammaproteobacteria 4,639,675 (4,646,332) 4,331 (4,337) 1997, 2005 Escherichia coli O157:H7 Gammaproteobacteria 5,528,445 (5,498,450) 5,349 (5,361) 2001, 1999 Escherichia coli UTI89 Gammaproteobacteria 5,065,741 5,066 Unpublished Francisella tularensis LVS Gammaproteobacteria 1,895,994 1,967 Unpublished Francisella tularensis SCHUS4 Gammaproteobacteria 1,892,819 1,804 2005 Haemophilus ducreyi 3500HP Gammaproteobacteria 1,698,955 1,717 Unpublished Haemophilus influenzae 86-028NP Gammaproteobacteria 1,913,428 1,792 2005 Haemophilus influenzae Rd Gammaproteobacteria 1,830,138 1,709 1995 Hahella chejuensis KCTC2396 Gammaproteobacteria 7,215,267 6,782 2005 Idiomarina loihiensis L2TR Gammaproteobacteria 2,839,318 2,628 2004 Legionella pneumophila Lens Gammaproteobacteria 3,345,687 2,947 2004 Legionella pneumophila Paris Gammaproteobacteria 3,503,610 3,082 2004 Legionella pneumophila Philadelphia1 Gammaproteobacteria 3,397,754 2,942 Unpublished MBEL55E Gammap roteobacteria 2,314,078 2,384 Unpublished Methylococcus capsulatus Bath Gammaproteobacteria 3,304,561 2,960 2004 ATCC19707 Gammaproteobacteria 3,481,691 2,976 Unpublished Pasteurella multocida Pm70 Gammaproteobacteria 2,257,487 2,014 2001 Photobacterium profundum SS9 Gammaproteobacteria 4,085,304 3,416 Неопубликовано Не указано Не указано Gammaproteobacteria 2,237,943 1,997 Неопубликовано Photorhabdus luminescens laumondiiTTO1 Gammaproteobacteria 5,688,987 4,905 Неопубликовано Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125 Gammaproteobacteria 3,214,944 2,941 2005 Не указано Не указано Gammaproteobacteria 635,328 546 Pseudomonas aeruginosa VRFPA04 Gammaproteobacteria 6,818,030 5,939 2016 Pseudomonas entomophila L48 Гаммапротеобактерии 5,888,780 5,168 Неопубликованное Pseudomonas fluorescens Pf-5 Gammaproteobacteria 7,074,893 6,137 2005 Pseudomonas fluorescens PfO- 1 гаммапротеобактерии 6,438,405 5736 Неопубликовано Pseudomonas putida KT2440 Gammaproteobacteria 6,181,863 5,350 2002 Pseudomonas syringae B728a Gammaproteobacteria 6,093,698 5,136 2005 Pseudomonas syringae DC3000 Gammaproteobacteria 6,397,126 5,470 2003 Pseudomonas syringae phaseolicola1448A Gammaproteobacteria 5,928,787 4,983 Неопубликованные 273-4 Gammaproteobacteria 2,650,701 2,147 Неопубликованные Psychrobacter cryohalolentis K5 Gammaproteobacteria ~ 3,1Mb 2,575 Не указано Не указано Gammaproteobacteria 3,059,876 2,467 Неопубликовано Saccharophagus degradans Фев-40 Gammaproteobacteria 5,057,531 4,008 Неопубликовано Salmonella enterica ATCC9150 Gammaprote obacteria 4,585,229 4,093 2004 Salmonella enterica SCB67 Gammaproteobacteria 4,755,700 4,445 2005 Salmonella enterica Ty2 Gammaproteobacteria 4,791,961 4,323 2003 Salmonella enterica typhiCT18 Gammaproteobacteria 4,809,037 4,600 2001 Salmonella typhimurium LT2 Gammaproteobacteria 4,857,432 4,452 2001 Shewanella denitrificans OS217 Gammaproteobacteria 4,545,906 3,754 Неопубликованные Shewanella oneidensis MR1 Gammaproteobacteria 4,969,803 4,630 2002 Shigella boydii Sb227 Gammaproteobacteria 4,519,823 4,142 2005 Shigella dysenteriae Sd197 Gammaproteobacteria 4,369,232 4,277 2005 Shigella flexneri 2457T G ammaproteobacteria 4,599,354 4,073 2003 Shigella flexneri 2a301 Gammaproteobacteria 4,607,203 4,436 2002 Shigella sonnei Ss046 Gammaproteobacteria 4,825,265 4,224 2005 Sodalis glossinidius morsitans Gammaproteobacteria 4,171,146 2,432 2006 Thiomicrospira crunogena XCL2 Gammaproteobacteria 2,427,734 2,192 Неопубликовано Vibrio cholerae N16961 Gammaproteobacteria 2,961,149 (хромосома I). 1,072,315 (хромосома II) 2,736 (хромосома I). 1,092 (хромосома II) 2000 Vibrio fischeri ES114 Gammaproteobacteria 2906179 (хромосома I). 1332.022 (хромосома II) 2575 (хромосома I). 1172 (хромосома II) 2005 Vibrio parahaemolyticus RIMD2210633 Гаммапротеобактерии 3 288 558 (хромосома I). 1877212 (хромосома II) 3,080 (хромосома I). 1,752 (хромосома II) 2000 Vibrio vulnificus CMCP6 Гаммапротеобактерии 3,281,944 (хромосома I). 1,844,853 (хромосома II) 2,973 (хромосома I). 1565 (хромосома II) 2003 Vibrio vulnificus YJ016 Gammaproteobacteria 3,354,505 (хромосома I). 1,857,073 (хромосома II) 3,262 (хромосома I). 1,697 ( хромосома II) 2003 Wigglesworthia glossinidia Штамм Gammaproteobacteria 697,724 611 2002 Xanthomonas axonopodis citri306 Gammaproteobacteria 5,175,554 4,312 2002 Xanthomonas campestris 8004 Gammaproteobacteria 5,148,708 4,273 2005 Xanthomonas campestris 8510 Gammaproteobacteria 5,178,466 4 487 2005 Xanthomonas campestris ATCC33 913 Gammaproteobacteria 5,076,188 4,181 2002 Xanthomonas oryzae KACC10331 Gammaproteobacteria 4,941,439 4,637 2005 Xanthomonas oryzae MAFF311018 Gammaproteobacteria 4,940,217 4,372 Неопубликованные Xylella fastidiosa 9a5c Gammaproteobacteria 2,679,306 2,766 2000 Xylella fastidiosa Temecula1 Gammaproteobacteria 2,519,802 2,034 2003 Yersinia pestis Antiqua Gammaproteobacteria 4,702,289 4,167 2006 Yersinia pestis CO-92BiovarOrientalis Gammaproteobacteria 4,653,728 4,008 2001 Yersinia pestis KIM Gammaproteobacteria 4,600,755 4,090 2002 Yersinia pestis Mediaevalis гаммапротеобактерии 4,595,065 3,895 2004 Йерсин ia pseudotuberculosis IP32953 Gammaproteobacteria 4,744,671 3,974 2004 Подразделения дельта / эпсилон Виды Штамм Тип Основные пары Гены Ссылка Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C дельта- epsilon 5,013,479 4,346 Неопубликованные Bdellovibrio bacteriovorus HD100 дельта-эпсилон 3,782,950 3,583 2004 Campylobacter jejuni NCTC11168 дельта-эпсилон 1,641,481 1,643 2000 Campylobacter jejuni RM1221 дельта-эпсилон 1,777,831 1838 2005 LSv54 дельта -epsilon 3,523,383 3,118 Неопубликованные Desulfovibrio desulfuricans G20 дельта-эпсилон 3,730,232 3,775 Неопубликовано Desulfovibrio vulgaris Hildenborough дельта-эпсилон 3,570,858 3,379 2004 Geobacter Metallireducens GS15 дельта-эпсилон 3,997,420 3,519 Неопубликовано Geobacter sulfate PCA дельта-эпсилон 3,814,139 3,447 2003 Helicobacter hepaticus ATCC51449 дельта -псилон 1,799,146 1,875 2003 Helicobacter pylori 26695 дельта-эпсилон 1,667,867 1,566 1997 Helicobacter pylori HPAG1 дельта-эпсилон 1,596,366 1,536 Неопубликованное Helicobacter pylori J99 дельта-эпсилон 1,643831 1,491 1999 Lawsonia intracellularis PHEMN1- 00 дельта-эпсилон 1,719,014 1,344 Неопубликованные Lawsonia intracellularis PHE / MN1-00 дельта-эпсилон 1,457,619 (хромосома). 27,048 (плазмида A). 39,794 (плазмида B). 194,553 (плазмида C) 1,187. 29 (плазмида А). 24 (плазмида B). 104 (плазмида C) 2013 Myxococcus xanthus DK1622 дельта-эпсилон 9,139,763 7,331 Неопубликовано Pelobacter carbinolicus DSM2380 дельта-эпсилон 3,665,893 3,119 Неопубликовано Sorangium cellulosum So ce56 дельта-эпсилон 13,033,779 9,367 2007 DSM1251 дельта-эпсилон 2,201,561 2,104 2007 Syntrophus aciditrophicus SB дельта-эпсилон 3,179,300 3,168 Неопубликованные ATCC33889 дельта-эпсилон 2,201,561 2,097 Неопубликованные DSMZ1740 дельта-эпсилон 2,110,355 2,044 2003 Zetaproteobacteria Spirochaetes Виды Штамм Тип Базовые пары Гены Ссылка Borrelia burgdorferi B31 Спирохеты 910,724 850 Borrelia garinii P Bi Спирохеты 904,246 832 Leptospira interrogans 56601 Спирохеты 4,332,241 4,358 Не указано Не указано Спирохеты 358,943 367 Leptospira interrogans FiocruzL1130 Спирохеты 4,277,185 3,394 Не указано Не указано Спирохеты 350,181 264 Трепонема denticola ATCC35405 Спирохеты 2,843,201 2,767 Treponema pallidum Nichols Спирохеты 1,138,011 1,031 Synergistetes Виды Штамм Тип Базовые пары Гены Ссылка Идентификатор GenBank Cas60314, DSM 17291 Synergistia 1,967,774 Объединенный институт генома Министерства энергетики CP003096 Tenericutes Виды Штамм Тип Базовые пары Гены Ссылка Идентификатор GenBank r L1 Mollicutes 793,224 683 Неопубликованный 1340, ATCC 25524 Mollicutes AFVJ00000000 Mycoplasma capricolum ATCC273 Mollicutes 1,010,023 812 Неопубликованные Mycoplasma gallisepticum R Mollicutes 996422 726 Mycoplasma genitalium G37 Mollicutes 580,076 476 Illinois Mollicutes 919,992 Неопубликованные CP003199 Mycoplasma hyopneumoniae 232 Mollicutes 892,758 691 Mycoplasma hyopneumoniae 7448 Mollicutes 920,079 663 Mycoplasma hyopneumoniae J Mollicutes 897,405 665 Mycoplasma hyorhinis GDL-1 Mollicutes 837,480 Неопубликованные CP003231 99/014/6 Mollicutes 1,017,232 Неопубликованные FR668087 Mycoplasma mobile 163K Mollicutes 777,079 635 Mycoplasma mycoides SC Mollicutes 1,211,703 1,016 Myc oplasma Penetrans HF2 Mollicutes 1,358,633 1,037 Mycoplasma pneumoniae M129 Mollicutes 816,394 688 UAB Mollicutes 963,879 782 Mycoplasma synoviae 53 Mollicutes 799,476 672 AYWB Mollicutes 706,569 671 Неопубликовано OY Mollicutes 860,631 754 Ureaplasma urealyticum серовар3 Mollicutes 751,719 611 Thermodesulfobacteria Виды Штамм Тип Базовые пары Гены Ссылка CIR29812 (T) Thermodesulfobacteria 2,322,224 2,291 2012 OPF15 (T) Thermodesulfobacteria 1,634,377 1,635 2013 Thermotogae Виды Штамм Тип Базовые пары Гены Ссылка Rt17-B1 Thermotogae 1,950,000 1,750 2009 TBF 19.5.1 Thermotogae 2,302,126 2,118 2011 MesG1.Ag.4.2 Thermotogae 2,974,229 хромосомы. 1,724 плазмиды 2,736 2012 TCF52B Thermotogae 2,016,657 2,000 2009 BI429 Thermotogae 1,920,000 1,879 2009 Thermotoga lettingae TMO Thermotogae 2,140,000 2,040 2009 Thermotoga maritima MSB8 Thermotogae 1,860,725 1846 1999, 2013 Thermotoga petrophila RKU-1 Thermotogae 1820,000 1,785 2009 См. Также Проект генома Проект микробиома человека Список секвенированных геномов эукариот Список секвенированных геномов архей Список секвенированных пластом Ссылки Внешние ссылки BacMap - современный электронный атлас аннотированных бактериальных геномов Сравнительная геномная база данных SUPERFAMILY Включает геномы полностью секвенированных прокариот и сложную систему сбора данных плюс vi инструменты суализации для анализа Последняя правка сделана 2021-05-28 12:57:47 Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное). Обратная связь: support@alphapedia.ru Соглашение О проекте