Войти
 логотип UGENE | |
 | |
| Оригинальный автор (ы) | Фурсов М. |
|---|---|
| Разработчик (и) | Unipro |
| Первый выпуск | 2008 г.; 12 лет назад (2008 г.) |
| Стабильный выпуск | 35/17 июня 2020 г.; 4 месяца назад (2020-06-17) |
| Написано на | C ++, Qt |
| Операционная система | Windows, macOS, Linux |
| Доступно в | Английский, Русский |
| Тип | Биоинформатика инструментарий |
| Лицензия | GPLv 2 |
| Веб-сайт | ugene.net |
UGENE - компьютерное программное обеспечение для биоинформатики. Он работает в операционных системах персональных компьютеров, таких как Windows, macOS или Linux. Он выпущен как бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом под Стандартной общественной лицензией GNU (GPL) версии 2.
UGENE помогает биологам анализировать различные биологические генетические данные, такие как последовательности, аннотации, множественные сопоставления, филогенетические деревья, сборки NGS и другие. Данные могут храниться как локально (на персональном компьютере), так и в общем хранилище (например, в лабораторной базе данных).
UGENE объединяет десятки хорошо известных биологических инструментов, алгоритмов и оригинальных инструментов в контексте геномики, эволюционной биологии, вирусологии, и другие отрасли наук о жизни. UGENE предоставляет графический пользовательский интерфейс (GUI) для предварительно созданных инструментов, поэтому биологам, не имеющим навыков компьютерного программирования, легче получить доступ к этим инструментам.
Используя UGENE Workflow Designer, можно упростить многоэтапный анализ. Рабочий процесс состоит из таких блоков, как считыватели данных, блоки, выполняющие встроенные инструменты и алгоритмы, и средства записи данных. Блоки можно создавать с помощью инструментов командной строки или сценария. В конструкторе рабочих процессов доступен набор примеров рабочих процессов для аннотирования последовательностей, преобразования форматов данных, анализа данных NGS и т. Д.
Помимо графического интерфейса, UGENE также имеет интерфейс командной строки. Таким образом также могут выполняться рабочие процессы.
Для повышения производительности UGENE использует многоядерные процессоры (CPU) и графические процессоры (GPU) для оптимизации нескольких алгоритмов.
Программа поддерживает следующие функции:
Просмотр последовательностей используется для визуализации, анализа и модификации последовательностей нуклеиновой кислоты или белка. В зависимости от типа последовательности и выбранных опций, в окне просмотра последовательности могут быть представлены следующие виды:
Редактор выравнивания позволяет работать с несколькими нуклеиновыми кислотами или белковые последовательности - выравнивание их, редактирование выравнивания, анализ его, сохранение консенсусной последовательности, построение филогенетического дерева и т. д.
Программа просмотра филогенетических деревьев помогает визуализировать и редактировать филогенетические деревья. Можно синхронизировать дерево с соответствующим множественным выравниванием, используемым для построения дерева.
Обозреватель сборок Проект обозревателя сборок был начат в 2010 году как вход для Illumina iDEA Challenge 2011. Браузер позволяет пользователям визуализировать и просматривать большие (до сотен миллионов коротких читает) сборки последовательности следующего поколения. Он поддерживает форматы SAM, BAM (двоичная версия SAM) и ACE. Перед просмотром данных сборки в UGENE входной файл автоматически преобразуется в файл базы данных UGENE. У этого подхода есть свои плюсы и минусы. Плюсы в том, что это позволяет просматривать всю сборку, перемещаться по ней и быстро переходить в хорошо освещенные области. Минусы в том, что преобразование может занять время для большого файла и требует достаточно места на диске для хранения базы данных.
UGENE Workflow Designer позволяет создавать и запускать сложные вычислительные схемы рабочего процесса.
Отличительная особенность конструктора рабочих процессов по сравнению с другими системы управления рабочими процессами биоинформатики заключается в том, что рабочие процессы выполняются на локальном компьютере. Это помогает избежать проблем с передачей данных, в то время как другие инструменты полагаются на удаленное хранилище файлов и подключение к Интернету.
Элементы, из которых состоит рабочий процесс, соответствуют большей части алгоритмов, интегрированных в UGENE. Использование Workflow Designer также позволяет создавать собственные элементы рабочего процесса. Элементы могут быть основаны на инструменте командной строки или сценарии.
Рабочие процессы хранятся в специальном текстовом формате. Это позволяет их повторно использовать и передавать между пользователями.
Рабочий процесс можно запустить с помощью графического интерфейса или запустить из командной строки. Графический интерфейс также позволяет контролировать выполнение рабочего процесса, сохранять параметры и т. Д.
Имеется встроенная библиотека образцов рабочего процесса для преобразования, фильтрации и аннотирования данных с несколькими конвейерами для анализа данных NGS, разработанными в сотрудничестве с NIH NIAID. Мастер доступен для каждого примера рабочего процесса.
UGENE в основном разрабатывается ООО «Юнипро» со штаб-квартирой в Академгородке Новосибирска, Россия. Каждая итерация длится около 1-2 месяцев, после чего следует новый выпуск. Также можно загрузить снимки состояния разработки.
Функции, которые должны быть включены в каждый выпуск, в основном инициируются пользователями.
