UGENE

редактировать
UGENE
Темно-синий, почти квадратный прямоугольник, внутри которого находится светло-серая заглавная буква U без засечек. логотип UGENE
UGENE 1 4 1 screenshot.png
Оригинальный автор (ы) Фурсов М.
Разработчик (и) Unipro
Первый выпуск2008 г.; 12 лет назад (2008 г.)
Стабильный выпуск 35/17 июня 2020 г.; 4 месяца назад (2020-06-17)
Написано наC ++, Qt
Операционная система Windows, macOS, Linux
Доступно вАнглийский, Русский
Тип Биоинформатика инструментарий
Лицензия GPLv 2
Веб-сайтugene.net

UGENE - компьютерное программное обеспечение для биоинформатики. Он работает в операционных системах персональных компьютеров, таких как Windows, macOS или Linux. Он выпущен как бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом под Стандартной общественной лицензией GNU (GPL) версии 2.

UGENE помогает биологам анализировать различные биологические генетические данные, такие как последовательности, аннотации, множественные сопоставления, филогенетические деревья, сборки NGS и другие. Данные могут храниться как локально (на персональном компьютере), так и в общем хранилище (например, в лабораторной базе данных).

UGENE объединяет десятки хорошо известных биологических инструментов, алгоритмов и оригинальных инструментов в контексте геномики, эволюционной биологии, вирусологии, и другие отрасли наук о жизни. UGENE предоставляет графический пользовательский интерфейс (GUI) для предварительно созданных инструментов, поэтому биологам, не имеющим навыков компьютерного программирования, легче получить доступ к этим инструментам.

Используя UGENE Workflow Designer, можно упростить многоэтапный анализ. Рабочий процесс состоит из таких блоков, как считыватели данных, блоки, выполняющие встроенные инструменты и алгоритмы, и средства записи данных. Блоки можно создавать с помощью инструментов командной строки или сценария. В конструкторе рабочих процессов доступен набор примеров рабочих процессов для аннотирования последовательностей, преобразования форматов данных, анализа данных NGS и т. Д.

Помимо графического интерфейса, UGENE также имеет интерфейс командной строки. Таким образом также могут выполняться рабочие процессы.

Для повышения производительности UGENE использует многоядерные процессоры (CPU) и графические процессоры (GPU) для оптимизации нескольких алгоритмов.

Содержание

  • 1 Ключевые особенности
  • 2 Просмотр последовательности
  • 3 Редактор выравнивания
  • 4 Средство просмотра филогенетического дерева
  • 5 Браузер сборок
  • 6 Дизайнер рабочего процесса
  • 7 Поддерживаемые форматы биологических данных
  • 8 Цикл выпуска
  • 9 См. Также
  • 10 Ссылки
  • 11 Внешние ссылки

Основные возможности

Программа поддерживает следующие функции:

Просмотр последовательностей

Просмотр последовательностей используется для визуализации, анализа и модификации последовательностей нуклеиновой кислоты или белка. В зависимости от типа последовательности и выбранных опций, в окне просмотра последовательности могут быть представлены следующие виды:

Редактор выравнивания

Редактор выравнивания позволяет работать с несколькими нуклеиновыми кислотами или белковые последовательности - выравнивание их, редактирование выравнивания, анализ его, сохранение консенсусной последовательности, построение филогенетического дерева и т. д.

Программа просмотра филогенетических деревьев

Программа просмотра филогенетических деревьев помогает визуализировать и редактировать филогенетические деревья. Можно синхронизировать дерево с соответствующим множественным выравниванием, используемым для построения дерева.

Обозреватель сборок

Обозреватель сборок

Проект обозревателя сборок был начат в 2010 году как вход для Illumina iDEA Challenge 2011. Браузер позволяет пользователям визуализировать и просматривать большие (до сотен миллионов коротких читает) сборки последовательности следующего поколения. Он поддерживает форматы SAM, BAM (двоичная версия SAM) и ACE. Перед просмотром данных сборки в UGENE входной файл автоматически преобразуется в файл базы данных UGENE. У этого подхода есть свои плюсы и минусы. Плюсы в том, что это позволяет просматривать всю сборку, перемещаться по ней и быстро переходить в хорошо освещенные области. Минусы в том, что преобразование может занять время для большого файла и требует достаточно места на диске для хранения базы данных.

Конструктор рабочих процессов

UGENE Workflow Designer позволяет создавать и запускать сложные вычислительные схемы рабочего процесса.

Отличительная особенность конструктора рабочих процессов по сравнению с другими системы управления рабочими процессами биоинформатики заключается в том, что рабочие процессы выполняются на локальном компьютере. Это помогает избежать проблем с передачей данных, в то время как другие инструменты полагаются на удаленное хранилище файлов и подключение к Интернету.

Элементы, из которых состоит рабочий процесс, соответствуют большей части алгоритмов, интегрированных в UGENE. Использование Workflow Designer также позволяет создавать собственные элементы рабочего процесса. Элементы могут быть основаны на инструменте командной строки или сценарии.

Рабочие процессы хранятся в специальном текстовом формате. Это позволяет их повторно использовать и передавать между пользователями.

Рабочий процесс можно запустить с помощью графического интерфейса или запустить из командной строки. Графический интерфейс также позволяет контролировать выполнение рабочего процесса, сохранять параметры и т. Д.

Имеется встроенная библиотека образцов рабочего процесса для преобразования, фильтрации и аннотирования данных с несколькими конвейерами для анализа данных NGS, разработанными в сотрудничестве с NIH NIAID. Мастер доступен для каждого примера рабочего процесса.

Поддерживаемые форматы биологических данных

Цикл выпуска

UGENE в основном разрабатывается ООО «Юнипро» со штаб-квартирой в Академгородке Новосибирска, Россия. Каждая итерация длится около 1-2 месяцев, после чего следует новый выпуск. Также можно загрузить снимки состояния разработки.

Функции, которые должны быть включены в каждый выпуск, в основном инициируются пользователями.

См. Также

Ссылки

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-06-20 06:00:32
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте