Войти
| Расширения имени файла | обычно .nexили .nxs |
|---|---|
| Magic number | '#NEXUS \ n' |
| Разработано | Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP |
| Первоначальный выпуск | декабрь 1997 г. (22 года назад) (1997-12) |
| Тип формата | биоинформатика |
| Открытый формат ? | Да |
Расширяемый формат файла NEXUS широко используется в биоинформатике. Он хранит информацию о таксонах, морфологических и молекулярных признаках, расстояниях, генетических кодах, допущениях, наборах, деревьях и т. Д. Несколько популярных филогенетических программ, таких как PAUP *, MrBayes, Mesquite, MacClade и SplitsTree используют этот формат.
Файл NEXUS состоит из фиксированного заголовка # NEXUS, за которым следуют несколько блоков. Каждый блок начинается с BEGIN имя_блока;и заканчивается END;. Ключевые слова нечувствительны к регистру. Комментарии заключены в квадратные скобки [...].
Есть несколько предопределенных имен блоков для общих типов данных. Примеры включают:
((A, B), C);:В следующем примере используются три вышеуказанных типа блоков:
#NEXUS Begin TAXA; Размеры ntax = 4; TaxLabels SpaceDog SpaceCat SpaceOrc SpaceElf End; Начните данные; Размеры nchar = 15; Формат данных тип = отсутствует ДНК =? пробел = - matchchar =.; Матрица [Когда позиция - это «matchchar», это означает, что она такая же, как первая запись в той же позиции. ] SpaceDog atgctagctagctcgSpaceCat ...... ??...-. A.SpaceOrc ... t.......-. G.[то же, что и atgttagctag-tgg] SpaceElf ... t.......-. A.; Конец; НАЧАТЬ ДЕРЕВЬЯ; Дерево tree1 = (((SpaceDog, SpaceCat), SpaceOrc, SpaceElf); END;
