Войти
| Расширения имени файла | .gff |
|---|---|
| Тип интернет-носителя | text / x- gff3 |
| Разработано | Sanger Center (v2), Sequence Ontology Project (v3) |
| Тип формата | Биоинформатика |
| Расширенный из | значений, разделенных табуляцией |
| Открыть формат ? | да |
| Веб-сайт | github.com / The-Sequence-Ontology / Спецификации / blob / master / gff3.md |
В биоинформатике : общий формат признаков (формат поиска генов, формат общих признаков, GFF ) - это формат файла, используемый для описания генов и других характеристик ДНК, РНК и белка <118.>последовательности.
Существуют следующие версии GFF:
GFF2 / GTF имел номер недостатков, особенно то, что он может представлять только двухуровневую иерархию признаков и, таким образом, не может обрабатывать трехуровневую иерархию ген → транскрипт → экзон. GFF3 устраняет этот и другие недостатки. Например, он поддерживает произвольное количество иерархических уровней и придает определенные значения определенным тегам в поле атрибутов.
GTF идентичен GFF, версия 2.
Все форматы GFF (GFF2, GFF3 и GTF) tab с разделителями по 9 полей в строке. Все они имеют одинаковую структуру для первых 7 полей, но отличаются содержанием и форматом девятого поля. Общая структура выглядит следующим образом:
| Индекс позиции | Имя позиции | Описание |
|---|---|---|
| 1 | последовательность | Имя последовательности, в которой функция расположена. |
| 2 | источник | Ключевое слово, идентифицирующее источник функции, например программу (например, Augustus или) или организацию (например, TAIR ). |
| 3 | особенность | Название типа признака, например "ген" или "экзон". В хорошо структурированном файле GFF все дочерние функции всегда следуют за своими родителями в едином блоке (поэтому все экзоны транскрипции помещаются после характерной строки их родительской «транскрипции» и перед любой другой родительской строкой транскрипции). В GFF3 все функции и их взаимосвязи должны быть совместимы со стандартами , выпущенными Sequence Ontology Project. |
| 4 | start | Геномное начало функции с смещением на 1 базу . Это контрастирует с другими полуоткрытыми форматами последовательностей с нулевым смещением, такими как BED. |
| 5 | end | Геномный конец признака с смещением на 1 базу . Это та же конечная координата, что и в полуоткрытых форматах последовательности с нулевым смещением, например, BED. |
| 6 | score | Числовое значение, которое обычно указывает на достоверность источника аннотированного объекта. Значение "." (точка) используется для определения нулевого значения. |
| 7 | цепочка | Одиночный символ, обозначающий цепочку признака; он может принимать значения «+» (положительный, или 5 '->3'), «-», (отрицательный, или 3 '->5'), «.» (не определено). |
| 8 | этап | этап функций CDS; это может быть одно из значений 0, 1, 2 (для функций CDS) или "." (для всего остального). См. Раздел ниже для подробного объяснения. |
| 9 | атрибуты | Вся прочая информация, относящаяся к этой функции. Формат, структура и содержание этого поля больше всего различаются между тремя конкурирующими форматами файлов. |
Проще говоря, CDS означает «Последовательность кодирования». Точное значение термина определяется онтологией последовательностей (SO). В соответствии со спецификацией GFF3 :
Для характеристик типа «CDS» фаза указывает, где элемент начинается, относительно рамки считывания. Фаза - это одно из целых чисел 0, 1 или 2, указывающих количество оснований, которые должны быть удалены из начала этой функции, чтобы достичь первой основы следующего кодона.
В файлы GFF может быть включена дополнительная метаинформация, которая следует за директивой ##. Эта метаинформация может содержать подробные сведения о версии GFF, области последовательности или виде (полный список типов метаданных можно найти в Спецификации онтологии последовательности ).
Серверы, которые генерируют этот формат:
| Сервер | Пример файла |
|---|---|
| UniProt | [1] |
Клиенты, использующие этот формат:
| Имя | Описание | Ссылки |
|---|---|---|
| GBrowse | Программа просмотра генома GMOD | GBrowse |
| IGB | Интегрированный браузер генома | Интегрированный браузер генома |
| Jalview | Редактор и средство просмотра множественного выравнивания последовательностей | Jalview |
| STRAP | Подчеркивание особенностей последовательности в нескольких выравниваниях. Пример вывода: [2pting | [3pting |
| JBrowse | JBrowse - это быстрый встраиваемый браузер генома, полностью построенный на JavaScript и HTML5 | JBrowse.org |
| ZENBU | Совместная система интеграции данных и интерактивной визуализации omics | [4] |
В проекте modENCODE размещен онлайн-инструмент проверки GFF3 с щедрыми лимитами 286,10 МБ и 15 миллионами строк.
Коллекция программного обеспечения Genome Tools содержит инструмент gff3validator, который можно использовать в автономном режиме для проверки и, возможно, очистки файлов GFF3. Также доступна услуга онлайн-проверки .
