Тандемный повтор

редактировать

Тандемный повтор встречается в ДНК, когда образец состоит из одного или нескольких нуклеотидов повторяется, и повторения непосредственно примыкают друг к другу. Некоторые белковые домены также образуют тандемные повторы в своей аминокислотной первичной структуре, такие как повторы броненосца. Однако в белках идеальные тандемные повторы маловероятны в большинстве белков in vivo, и наиболее известные повторы находятся в разработанных белках.

Примером может быть:

ATTCG ATTCG ATTCG

, в котором последовательность ATTCG повторяется трижды.

Содержание
  • 1 Терминология
  • 2 Механизм
  • 3 Использует
  • 4 См. Также
  • 5 Ссылки
  • 6 Внешние ссылки
Терминология

Когда от 10 до 60 нуклеотидов повторяются, это называется минисателлит. Те, у которых меньше, известны как микросателлиты или короткие тандемные повторы.

. Когда повторяются ровно два нуклеотида, это называется динуклеотидным повтором (например: ACACACAC...). микросателлитная нестабильность чаще всего влияет на такие области.

Когда три нуклеотида повторяются, это называется тринуклеотидным повтором (например: CAGCAGCAGCAG...), и аномалии в таких областях могут вызывают нарушения тринуклеотидных повторов..

Когда количество копий повторяющейся единицы является переменным в рассматриваемой популяции, это называется тандемным повтором (VNTR). MeSH классифицирует тандемные повторы с переменным числом в мини-сателлитах.

Механизм

Тандемные повторы могут происходить посредством различных механизмов. Например, ошибочное спаривание соскальзывания цепи (SSM) (также известное как проскальзывание репликации ) - это процесс мутации, который происходит во время репликации ДНК. Он включает денатурацию и смещение цепей ДНК, что приводит к неправильному спариванию комплементарных оснований. Неправильное спаривание со скользящей цепью - одно из объяснений происхождения и эволюции повторяющихся последовательностей ДНК.

Другие механизмы включают неравный кроссовер и преобразование гена.

Использование

Тандемный повтор описывает паттерн, который помогает определить унаследованные черты человека.

Тандемные повторы могут быть очень полезны при определении происхождения. Короткие тандемные повторы используются для некоторых генеалогических тестов ДНК. ДНК исследуют с микросателлитов в хромосомной ДНК. Отцовство можно определить по сходству в этих регионах.

Полиморфные тандемные повторы (псевдонимы VNTR) также присутствуют в микроорганизмах и могут использоваться для отслеживания происхождения вспышки. Соответствующий анализ, в котором набор VNTR типизирован для характеристики штамма, чаще всего называют MLVA (анализ множественных локусов VNTR).

В области информатики тандемные повторы в строках (например, последовательности ДНК) могут быть эффективно обнаружены с помощью деревьев суффиксов или массивов суффиксов.

Исследования 2004 года связали необычную генетическую пластичность собак с мутациями в тандемных повторах.

См. Также
Ссылки
Внешние ссылки
Последняя правка сделана 2021-06-09 09:21:10
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте