Войти
Этот список программного обеспечения для выравнивания последовательностей является компиляцией программных средств и веб-порталов, используемых для попарного выравнивания последовательностей и множественного выравнивания последовательностей. См. программное обеспечение структурного выравнивания для структурного выравнивания белков.
| Имя | Описание | Тип последовательности * | Авторы | Год |
|---|---|---|---|---|
| BLAST | Локальный поиск с быстрой эвристикой k-кортежей (инструмент Basic Local Alignment Search Tool) | Оба | Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ | 1990 |
| многоузловая и многоядерная оболочка BLAST, совместимая с NCBI. Распространяемая с последней версией BLAST, эта оболочка облегчает распараллеливание алгоритма на современных гибридных архитектурах с множеством узлов и множеством ядер в каждом узле. | Белок | , | 2017 | |
| CS-BLAST | BLAST, зависящий от контекста последовательности, более чувствительный, чем BLAST, FASTA и SSEARCH. Позиционно-зависимая итерационная версия CSI-BLAST более чувствительна, чем PSI-BLAST | Protein | Angermueller C, Biegert A, Soeding J | 2013 |
| CUDASW ++ | Алгоритм Смита-Ватермана с ускорением на GPU для нескольких GPU с общим хостом | Protein | Liu Y, Maskell DL and Schmidt B | 2009/2010 |
| DIAMOND | BLASTX и выравниватель BLASTP на основе двойной индексации | Protein | Buchfink B, Xie, C и Huson DH | 2015 |
| FASTA | Локальный поиск с быстрая эвристика из k кортежей, медленнее, но более чувствительна, чем BLAST | Оба | ||
| GGSEARCH, GLSEARCH | Global: Global (GG), Global: Local (GL) согласование со статистикой | Protein | ||
| Genome Magician | Программное обеспечение для сверхбыстрого поиска локальных мотивов последовательности ДНК и попарного выравнивания данных NGS (FASTA, FASTQ). | ДНК | Hepperle D (www.sequentix.de) | 2020 |
| Genoogle | Genoogle использует методы индексирования и параллельной обработки для поиска последовательностей ДНК и белков. Он разработан на Java и с открытым исходным кодом. | Оба | Albrecht F | 2015 |
| HMMER | Локальный и глобальный поиск с профилем Скрытые модели Маркова, более чувствительные чем PSI-BLAST | Оба | Дурбин Р., Эдди SR, Крог А., Митчисон Дж. | 1998 |
| HH-suite | Попарное сравнение профильных скрытых марковских моделей; очень чувствительный | белок | Söding J | 2005/2012 |
| IDF | обратная частота документа | оба | ||
| адский | Профиль SCFG поиск | РНК | Eddy S | |
| KLAST | Высокопроизводительный инструмент поиска сходства последовательностей общего назначения | Оба | 2009/2014 | |
| LAMBDA | Высокопроизводительный локальный выравниватель, совместимый с BLAST, но намного быстрее; поддерживает SAM / BAM | Protein | Hannes Hauswedell, Jochen Singer, Knut Reinert | 2014 |
| MMseqs2 | Программный пакет для поиска и кластеризации огромных последовательностей наборы. Аналогичная чувствительность к BLAST и PSI-BLAST, но на несколько порядков быстрее | Protein | Steinegger M, Mirdita M, Galiez C, Söding J | 2017 |
| USEARCH | Сверхбыстрый инструмент анализа последовательности | Оба | Эдгар Р.К. (2010). «Поиск и кластеризация на порядки быстрее, чем BLAST». Биоинформатика. 26 (19): 2460–2461. doi : 10.1093 / bioinformatics / btq461. PMID 20709691.публикация | 2010 |
| OSWALD | OpenCL Smith-Waterman на FPGA Altera для больших баз данных белков | Протеин | Руччи Э., Гарсия К., Ботелла Дж., Де Джусти А., Найуф М., Прието-Матиас М. | 2016 |
| водный парашют | Фаст Смит- Поиск Waterman с использованием распараллеливания SIMD | Оба | Daily J | 2015 |
| PSI-BLAST | Итеративный BLAST, зависящий от позиции, локальный поиск с позицией- специальные оценочные матрицы, намного более чувствительные, чем BLAST | Protein | Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ | 1997 |
| PSI-Search | Сочетание алгоритма поиска Смита-Уотермана со стратегией построения профиля PSI-BLAST для поиска отдаленно связанных белковых последовательностей и предотвращения гомологичные ошибки избыточного удлинения. | Protein | Li W, McWilliam H, Goujon M, Cowley A, Lopez R, Pearson WR | 2012 |
| ScalaBLAST | Высокопараллельный Scalab le BLAST | Оба | Oehmen et al. | 2011 |
| Sequilab | Связывание и профилирование данных выравнивания последовательностей из результатов NCBI-BLAST с основной последовательностью серверы / службы анализа | Нуклеотид, пептид | 2010 | |
| SAM | Локальный и глобальный поиск с профилем Скрытые модели Маркова, более чувствительные, чем PSI-BLAST | Оба | Karplus K, Krogh A | 1999 |
| SSEARCH | Поиск по Смиту-Уотерману, медленнее, но более чувствителен, чем FASTA | Оба | ||
| Сначала параллельный алгоритм, использующий разрабатываемый Intel Xeon Phis для ускорения поиска в базе данных белков Смита-Ватермана | Protein | Лю И и Шмидт Б. | 2014 | |
| Первый параллельный алгоритм Смита-Ватермана использование кластеров Intel Xeon Phi для ускорения выравнивания длинных последовательностей ДНК | ДНК | Liu Y, Tran TT, Lauenroth F, Schmidt B | 2014 | |
| SWIMM | Реализация Смита-Ватермана для архитектур Intel Multicore и Manycore | Protein | Rucci E, García C, Botel la G, De Giusti A, Naiouf M и Prieto-Matías M | 2015 |
| SWIMM2.0 | Enhanced Smith-Waterman на архитектурах Intel Multicore и Manycore на основе векторных расширений AVX-512 | Белок | Руччи Э., Гарсия С., Ботелла Дж., Де Джусти А., Найуф М. и Прието-Матиас М. | 2018 |
| SWIPE | Быстрый поиск Смита-Уотермана с использованием распараллеливания SIMD | Оба | Rognes T | 2011 |
*Тип последовательности: белок или нуклеотид
| Имя | Описание | Тип последовательности * | Тип соответствия ** | Автор | Год |
|---|---|---|---|---|---|
| ACANA | Попарное выравнивание на основе быстрой эвристической привязки | Оба | Оба | Хуанг, Умбах, Ли | 2005 |
| AlignMe | Выравнивания для последовательностей мембранных белков | Белок | Оба | M. Штамм, К. Хафизов, Р. Старицбихлер, Л. Forrest | 2013 |
| ALLALIGN | Для молекул ДНК, РНК и белков размером до 32 МБ выравнивает все последовательности размером K или больше. Подобные сопоставления группируются для анализа. Автоматический фильтр повторяющейся последовательности. | Оба | Локальный | E. Wachtel | 2017 |
| Bioconductor Biostrings :: pairwiseAlignment | Динамическое программирование | Оба | Оба + без концов | П. Aboyoun | 2008 |
| BioPerl dpAlign | Динамическое программирование | Оба | Оба + без концов | Y. M. Chan | 2003 |
| BLASTZ, LASTZ | Посеянное сопоставление с образцом | Нуклеотид | Локальный | Schwartz et al. | 2004,2009 |
| CUDAlign | Выравнивание последовательностей ДНК неограниченного размера в одном или нескольких графических процессорах | Нуклеотид | Локальный, полуглобальный, глобальный | Э. Sandes | 2011-2015 |
| DNADot | Веб-инструмент для построения точечных графиков | Nucleotide | Global | R. Bowen | 1998 |
| DNASTAR Lasergene Molecular Biology Suite | Программное обеспечение для выравнивания последовательностей ДНК, РНК, белка или ДНК + белок с помощью алгоритмов попарного и множественного выравнивания последовательностей, включая MUSCLE, Mauve, MAFFT, Clustal Omega, Jotun Hein, Wilbur-Lipman, Martinez Needleman-Wunsch, Lipman-Pearson и анализ Dotplot. | Оба | Оба | DNASTAR | 1993-2016 |
| DOTLET | Инструмент точечной печати на основе Java | Оба | Global | M. Пагни и Т. Джунье | 1998 |
| ПИР | Локальное расширение на основе заднего плана с описательной моделью эволюции | Нуклеотид | Локальный | А. К. Худек и Д. Г. Браун | 2010 |
| Компилятор генома Компилятор генома | Выровняйте файлы хроматограмм (.ab1,.scf) по шаблонной последовательности, обнаруживайте ошибки и мгновенно исправляйте их. | Нуклеотид | Локальный | Genome Compiler Corporation | 2014 |
| G-PAS | Динамическое программирование на базе графического процессора с обратным отслеживанием | Оба | локальный, полуглобальный, глобальный | W. Frohmberg, M. Kierzynka et al. | 2011 |
| GapMis | Выполняет попарное выравнивание последовательностей с одним пробелом | Оба | SemiGlobal | К. Frousios, T. Flouri, CS Iliopoulos, K. Park, SP Pissis, G. Tischler | 2012 |
| Genome Magician | Программное обеспечение для сверхбыстрого поиска локальных мотивов последовательности ДНК и попарного выравнивания для Данные NGS (FASTA, FASTQ). | DNA | Local, SemiGlobal, Global | Hepperle D (www.sequentix.de) | 2020 |
| GGSEARCH, GLSEARCH | Глобальное: Глобальное (GG), Глобальное: Локальное (GL) выравнивание со статистикой | Белок | Глобальное в запросе | W. Pearson | 2007 |
| JAligner | Java с открытым исходным кодом реализация Smith-Waterman | Оба | Local | А. Moustafa | 2005 |
| K * Sync | Выравнивание последовательности белка со структурой, которое включает вторичную структуру, структурную консервативность, профили последовательностей, производных от структуры, и оценки согласованного выравнивания | Белок | Оба | D. Chivian D. Baker | 2003 |
| LALIGN | Множественное неперекрывающееся локальное сходство (тот же алгоритм, что и SIM) | Оба | Локальный неперекрывающиеся | W. Пирсон | 1991 (алгоритм) |
| NW-align | Стандартный алгоритм динамического программирования Нидлмана-Вунша | Protein | Global | Y Zhang | 2012 |
| mAlign | выравнивание моделирования; моделирует информационное содержание последовательностей | Нуклеотид | Оба | D. Пауэлл, Л. Эллисон и Т.И. Дикс | 2004 |
| сопоставитель | Локальное выравнивание Уотермана-Эггерта (на основе LALIGN) | Оба | Локальное | И. Лонгден (модифицировано из У. Пирсона) | 1999 |
| MCALIGN2 | явные модели эволюции indel | ДНК | Global | Дж. Wang et al. | 2006 |
| MUMmer | суффиксное дерево на основе | Nucleotide | Global | S. Курц и др. | 2004 |
| игла | Needleman-Wunsch динамическое программирование | Оба | SemiGlobal | A. Bleasby | 1999 |
| Ngila | затраты на логарифмический и аффинный разрыв и явные модели эволюции indel | Оба | Global | R. Cartwright | 2007 |
| NW | Needleman-Wunsch динамическое программирование | Оба | Global | A.C.R. Мартин | 1990-2015 |
| parasail | Библиотека динамического программирования C / C ++ / Python / Java SIMD для SSE, AVX2 | Оба | Global, Без концов, местное | J. Daily | 2015 |
| Путь | Смит-Уотерман на protein назад-перевод график (обнаруживает сдвигов рамки на уровне белка) | Белок | Локальный | M. Gîrdea et al. | 2009 |
| PatternHunter | Посеянное сопоставление с образцом | Нуклеотид | Локальный | B. Ма и др. | 2002–2004 гг. |
| ProbA (также propA) | Выборка стохастической функции распределения с помощью динамического программирования | Оба | Global | У. Mückstein | 2002 |
| PyMOL | Команда "align" выравнивает последовательность и применяет ее к структуре | Protein | Global (по выбору) | В. Л. ДеЛано | 2007 |
| REPuter | суффиксное дерево на основе | Нуклеотид | Локальный | S. Kurtz et al. | 2001 |
| SABERTOOTH | Выравнивание с использованием предсказанных профилей связности | Protein | Global | F. Тейхерт, Дж. Миннинг, У. Бастолла и М. Порто | 2009 |
| Сацума | Параллельные выравнивания синтении всего генома | ДНК | Локальный | MG Grabherr et al. | 2010 |
| SEQALN | Различное динамическое программирование | Оба | Локальное или глобальное | M.S. Уотерман и П. Харди | 1996 |
| SIM, GAP, NAP, LAP | Локальное сходство с различной обработкой пробелов | Оба | Локальное или глобальное | Х. Хуан и У. Миллер | 1990-6 |
| SIM | Локальное сходство | Оба | Локальное | X. Хуанг и В. Миллер | 1991 |
| SPA: Супер-парное выравнивание | Быстрое попарное глобальное выравнивание | Нуклеотид | Глобальное | Шен, Ян, Яо, Хван | 2002 |
| SSEARCH | Локальное (Смит-Уотерман ) сопоставление со статистикой | Белок | Местное | W. Пирсон | 1981 (алгоритм) |
| Sequences Studio | Java-апплет, демонстрирующий различные алгоритмы из | Generic sequence | Local и global | А.Мескаускас | 1997 (справочник) |
| SWIFOLD | Ускорение Смита-Ватермана на ПЛИС Intel с OpenCL для длинных последовательностей ДНК | Нуклеотид | Местный | E. Rucci | 2017-2018 |
| иск SWIFT | Fast Local Alignment Searching | DNA | Local | K. Расмуссен, В. Герлах | 2005,2008 |
| носилки | Оптимизация памяти Needleman-Wunsch динамическое программирование | Оба | Глобальный | I. Longden (модифицировано из G. Myers and W. Miller) | 1999 |
| tranalign | Выравнивает последовательности нуклеиновых кислот с учетом белкового выравнивания | Нуклеотид | NA | G. Williams (модифицировано из Б. Пирсона) | 2002 |
| UGENE | Смит-Ватерман с открытым исходным кодом для SSE / CUDA, поиск повторов на основе суффиксного массива и точечная диаграмма | Оба | Оба | UniPro | 2010 |
| вода | Динамическое программирование Смита-Ватермана | Оба | Локальное | А. Bleasby | 1999 |
| wordmatch | k-кортежное попарное соответствие | Оба | NA | I. Лонгден | 1998 |
| YASS | Посеянное сопоставление с образцом | Нуклеотид | Локальный | L. Ноэ и Г. Кучеров | 2004 |
*Тип последовательности: белок или нуклеотид ** Тип выравнивания: локальное или глобальное
| Имя | Описание | Тип последовательности * | Тип согласования ** | Автор | Год | Лицензия |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ABA | Выравнивание A-Брейна | Белок | Глобальный | B.Raphael et al. | 2004 | Собственный, бесплатное ПО для образования, исследований, некоммерческих организаций |
| ALE | выравнивание вручную; некоторая помощь в программном обеспечении | Нуклеотиды | Локальные | J. Blandy and K. Fogel | 1994 (последняя версия 2007) | Free, GPL 2 |
| ALLALIGN | Для молекул ДНК, РНК и белков размером до 32 МБ, выравнивает все последовательности размера K или больше, MSA или внутри одной молекулы. Подобные сопоставления группируются для анализа. Автоматический фильтр повторяющейся последовательности. | Оба | Локальный | E. Wachtel | 2017 | Бесплатно |
| AMAP | Последовательный отжиг | Оба | Глобальный | A. Шварц и Л. Пачтер | 2006 | |
| анон. | быстрое оптимальное выравнивание трех последовательностей с использованием линейных затрат на разрыв | нуклеотидов | Global | D. Пауэлл, Л. Эллисон и Т. И. Дикс | 2000 | |
| Бали-Фи | Дерево + множественное выравнивание; вероятностно-байесовский; совместная оценка | Оба + Codons | Global | BD Redelings и MA Suchard | 2005 (последняя версия 2018) | Бесплатно, GPL |
| Base-By-Base | Редактор множественного выравнивания последовательностей на основе Java со встроенными инструментами анализа | Оба | Локальный или глобальный | Р. Brodie et al. | 2004 | Собственное, бесплатное ПО, необходимо зарегистрировать |
| CHAOS, DIALIGN | Итеративное выравнивание | Оба | Локальный (предпочтительно) | M. Брудно и Б. Моргенштерн | 2003 | |
| Clustal W | Прогрессивное выравнивание | Оба | Локальное или глобальное | Томпсон и др. | 1994 | Бесплатно, LGPL |
| CodonCode Aligner | Мульти-выравнивание; Поддержка ClustalW и Phrap | Нуклеотиды | Локальные или глобальные | P. Richterich et al. | 2003 (последняя версия 2009 г.) | |
| Compass | Сравнение множественных выравниваний последовательностей белков с оценкой статистической значимости | Белок | Глобальный | RI Садреев и др. | 2009 | |
| DECIPHER | Прогрессивно-итеративное выравнивание | Оба | Глобальное | Эрик С. Райт | 2014 | Бесплатно, GPL |
| DIALIGN-TX и DIALIGN-T | Метод на основе сегментов | Оба | Локальный (предпочтительно) или Global | ARSubramanian | 2005 (последняя версия 2008 г.) | |
| Выравнивание ДНК | Метод на основе сегментов для внутривидового выравнивания | Оба | Локальный (предпочтительно) или Глобальный | A.Roehl | 2005 (последняя версия 2008 г.) | |
| Ассемблер ДНК Baser Sequence Assembler | Множественное выравнивание; Полное автоматическое выравнивание последовательностей; Автоматическая коррекция неоднозначности; Внутренний базовый вызывающий абонент; Выравнивание последовательностей в командной строке | Нуклеотиды | Локальные или глобальные | Heracle BioSoft SRL | 2006 (последняя версия 2018) | Коммерческие (некоторые модули являются бесплатными) |
| DNADynamo | связал ДНК с белком множественное выравнивание с MUSCLE, Clustal и Smith-Waterman | Оба | Локальный или глобальный | DNADynamo | 2004 (новейшая версия 2017 г.) | |
| DNASTAR Lasergene Molecular Biology Suite | Программное обеспечение для выравнивания ДНК, РНК, белок или ДНК + белковые последовательности с помощью алгоритмов попарного и множественного выравнивания последовательностей, включая MUSCLE, Mauve, MAFFT, Clustal Omega, Jotun Hein, Wilbur-Lipman, Martinez Needleman-Wunsch, Lipman-Pearson и анализ Dotplot. | Оба | Локальное или глобальное | DNASTAR | 1993-2016 | |
| EDNA | Энергетическое выравнивание множественных последовательностей для сайтов связывания ДНК | Нуклеотиды | Локальный или глобальный | Салама, РА. и др. | 2013 | |
| FAMSA | Прогрессивное выравнивание для чрезвычайно больших семейств белков (сотни тысяч членов) | Белок | Глобальный | Деорович и др. | 2016 | |
| FSA | Отжиг последовательности | Оба | Глобальный | R. К. Брэдли и др. | 2008 | |
| Прогрессивно-итеративное выравнивание; Плагин ClustalW | Оба | Локальный или глобальный | A.J. Drummond et al. | 2005 (последняя версия 2017) | ||
| Kalign | Прогрессивное выравнивание | Оба | Global | T. Лассманн | 2005 | |
| MAFFT | Прогрессивно-итеративное выравнивание | Оба | Локальное или глобальное | K. Katoh et al. | 2005 | Free, BSD |
| MARNA | Множественное выравнивание РНК | РНК | Местный | С. Siebert et al. | 2005 | |
| MAVID | Прогрессивное выравнивание | Оба | Global | N. Брей и Л. Pachter | 2004 | |
| MSA | Динамическое программирование | Оба | Локальное или глобальное | D.J. Lipman et al. | 1989 (изменено в 1995 г.) | |
| MSAProbs | Динамическое программирование | Protein | Global | Y. Лю, Б. Шмидт, Д. Маскелл | 2010 | |
| MULTALIN | Динамическое программирование-кластеризация | Оба | Локальные или глобальные | F. Corpet | 1988 | |
| Multi-LAGAN | Выравнивание прогрессивного динамического программирования | Оба | Global | M. Brudno et al. | 2003 | |
| MUSCLE | Прогрессивно-итеративное выравнивание | Оба | Локальное или глобальное | R. Эдгар | 2004 | |
| Opal | Прогрессивно-итеративное выравнивание | Оба | Локальное или глобальное | T. Уиллер и Дж. Кесечиоглу | 2007 (последняя стабильная версия 2013 г., последняя бета-версия 2016 г.) | |
| Пекан | Вероятностная согласованность | ДНК | Глобальная | Б. Paten et al. | 2008 | |
| Phylo | Человеческая вычислительная среда для сравнительной геномики для решения множественного выравнивания | Нуклеотидов | Локальные или глобальные | McGill Bioinformatics | 2010 | |
| PMFastR | Прогрессивное выравнивание с учетом структуры | РНК | Глобальное | D. DeBlasio, J Braund, S Zhang | 2009 | |
| Praline | Выравнивание с прогрессивной итеративной последовательностью и расширенным гомологическим анализом с предварительным профилированием и прогнозированием вторичной структуры | Белок | Global | Дж. Heringa | 1999 (последняя версия 2009 г.) | |
| PicXAA | Непрогрессивное выравнивание с максимальной ожидаемой точностью | Оба варианта | Global | S.M.E. Сахрейян и Б.Дж. Юн | 2010 | |
| POA | Модель Маркова с частичным порядком / скрытая | Белок | Локальный или глобальный | C. Ли | 2002 | |
| Probalign | Вероятность / согласованность с вероятностями функции распределения | Protein | Global | Рошан и Ливси | 2006 | Бесплатно, общественное достояние |
| ProbCons | Вероятность / согласованность | Белок | Локальный или глобальный | C. Do et al. | 2005 | Бесплатно, общественное достояние |
| PROMALS3D | Прогрессивное выравнивание / скрытая марковская модель / Вторичная структура / 3D-структура | Протеин | Глобал | J. Pei et al. | 2008 | |
| PRRN / PRRP | Итерационное выравнивание (особенно уточнение) | Белок | Локальное или глобальное | Y. Тотоки (на основе О. Гото) | 1991 и позже | |
| PSAlign | Неэвристическое сохранение выравнивания | Оба | Локальное или глобальное | Ш Sze, Y. Lu, Q. Yang. | 2006 | |
| RevTrans | Объединяет выравнивание ДНК и белка путем обратного преобразования выравнивания белка в ДНК. | ДНК / Белок (специальный) | Локальный или глобальный | Вернерссон и Педерсен | 2003 (новейшая версия 2005 г.) | |
| SAGA | Выравнивание последовательностей с помощью генетического алгоритма | Белок | Локальный или глобальный | C. Notredame et al. | 1996 (новая версия 1998) | |
| SAM | Скрытая марковская модель | Белок | Локальный или глобальный | А. Krogh et al. | 1994 (последняя версия 2002) | |
| Se-Al | Ручное выравнивание | Оба | Местное | А. Rambaut | 2002 | |
| StatAlign | Байесовская совместная оценка выравнивания и филогении (MCMC) | Оба | Global | A. Новак и др. | 2008 | |
| Stemloc | Множественное выравнивание и предсказание вторичной структуры | РНК | Локальное или глобальное | I. Холмс | 2005 | Бесплатно, GPL 3 (parte de) |
| T-Coffee | Более чувствительное прогрессивное выравнивание | Оба | Локальный или глобальный | C. Notredame et al. | 2000 (новейшая версия 2008) | Бесплатно, GPL 2 |
| UGENE | Поддерживает множественное выравнивание с MUSCLE, KAlign, Clustal и MAFFT плагины | Оба | Локальный или глобальный | Команда UGENE | 2010 (новейшая версия 2020) | Бесплатно, GPL 2 |
| VectorFriends | VectorFriends Aligner, MUSCLE плагин и Clustal W плагин | Оба | Локальный или глобальный | Команда BioFriends | 2013 | Собственное, бесплатное ПО для академического использования |
| GLProbs | Подход на основе адаптивной пары-скрытой модели Маркова | Protein | Global | Y. Ye et al. | 2013 |
*Тип последовательности: белок или нуклеотид. ** Тип сопоставления: локальный или глобальный
| Имя | Описание | Тип последовательности * | |
|---|---|---|---|
| EAGLE | An сверхбыстрый инструмент для поиска относительных отсутствующих слов в геномных данных | Нуклеотид | |
| ACT (Artemis Comparison Tool) | Синтения и сравнительная геномика | Нуклеотид | |
| AVID | Попарное глобальное выравнивание с целыми геномами | Нуклеотид | |
| BLAT | Выравнивание последовательностей кДНК с геномом. | Нуклеотид | |
| DECIPHER | Выравнивание реаранжированных геномов с использованием 6-рамочной трансляции | Нуклеотид | |
| FLAK | Нечеткое выравнивание и анализ всего генома | Нуклеотид | |
| GMAP | Выравнивание последовательности кДНК в геном. Идентифицирует соединения сайтов сплайсинга с высокой точностью. | Нуклеотид | |
| Splign | Выравнивание последовательностей кДНК с геномом. С высокой точностью определяет стыки в местах соединения. Способен распознавать и разделять дупликации генов. | Нуклеотид | |
| Сиреневый | Множественное выравнивание реаранжированных геномов | Нуклеотид | |
| MGA | Множественный выравниватель генома | Нуклеотид | |
| Mulan | Локальное множественное выравнивание последовательностей длины генома | Нуклеотид | |
| Multiz | Множественное выравнивание геномов | Нуклеотид | |
| PLAST-ncRNA | Поиск ncRNA в геномах по локальному выравниванию функции распределения | Нуклеотид | |
| Sequerome | Профилирование данных выравнивания последовательностей с основными серверами / службами | Нуклеотид, пептид | |
| Sequilab | Профилирование данных выравнивания последовательностей из результатов NCBI-BLAST с основными серверами-службами | Нуклеотид, пептид | |
| Shuffle-LAGAN | Попарное глокальное выравнивание завершенных участков генома | Нуклеотид | |
| SIBsim4, Sim4 | Программа, разработанная для выравнивания экспрессированной последовательности ДНК с геномной последовательностью, позволяющей использовать интроны | Нуклеотид | |
| SLAM | Поиск генов, выравнивание t, аннотация (идентификация гомологии человека и мыши) | Нуклеотид | |
| SRPRISM | Эффективный выравниватель для сборок с явными гарантиями, выравнивание считываний без сплайсов | Нуклеотид |
*Тип последовательности: белок или нуклеотид
.
| Имя | Описание | Тип последовательности * |
|---|---|---|
| PMS | Поиск и обнаружение мотива | И |
| FMM | Поиск и обнаружение мотивов (можно также получать положительные и отрицательные последовательности в качестве входных данных для поиска расширенных мотивов) | Нуклеотид |
| БЛОКИРОВКИ | Идентификация незаполненных мотивов из базы данных BLOCKS | Оба |
| eMOTIF | Извлечение и идентификация более коротких мотивов | Оба |
| семплер мотивов Гиббса | Стохастический извлечение мотива по статистической вероятности | И |
| HMMTOP | Прогноз трансмембранных спиралей и топологии белков | Белок |
| I-сайты | Локальный библиотека структурных мотивов | Белок |
| JCoils | Прогнозирование Coiled-coil и d Leucine Zipper | Protein |
| MEME / MAST | Обнаружение и поиск мотивов | Оба |
| CUDA-MEME | с ускорением на GPU Алгоритм MEME (v4.4.0) для кластеров GPU | Оба |
| MERCI | Обнаружение дискриминационных мотивов и поиск | Оба |
| PHI-Blast | Инструмент поиска и совмещения мотивов | Оба |
| Phyloscan | Инструмент поиска мотивов | Нуклеотид |
| PRATT | Генерация шаблона для использования с ScanProsite | Protein |
| ScanProsite | Инструмент поиска по базе данных мотивов | Protein |
| TEIRESIAS | Извлечение мотивов и поиск по базе данных | Оба |
| BASALT | Поиск по множественным мотивам и регулярным выражениям | Оба |
*Тип последовательности: белок или нуклеотид
.
| Имя | Авторы |
|---|---|
| PFAM 30.0 (2016) | |
| SMART (2015) | Летуник, Копли, Шмидт, Чиккарелли, Доеркс, Шульц, Понтинг, Борк |
| BAliBASE 3 (2015) | Томпсон, Плевняк, Поч |
| Oxbench (2011) | Рагхава, Сирл, Одли, Ба rber, Barton |
| Коллекция тестов (2009) | Эдгар |
| HOMSTRAD (2005) | Mizuguchi |
| PREFAB 4.0 (2005) | Эдгар |
| SABmark (2004) | Van Walle, Lasters, Wyns |
См. Список программного обеспечения для визуализации выравнивания.
| Имя | Описание | опция парного конца | Использовать качество FASTQ | Gapped | Многопоточная | Лицензия | Ссылка | Год |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Arioc | Вычисляет выравнивания по Смиту-Ватерману и качество сопоставления на одном или нескольких графических процессорах. Поддерживает выравнивание по BS-seq. Обрабатывает от 100 000 до 500 000 операций чтения в секунду (зависит от данных, оборудования и настроенной чувствительности). | Да | Нет | Да | Да | Бесплатно, BSD | 2015 | |
| BarraCUDA | Ускоренная программа GPGPU преобразование Барроуза-Уиллера (FM-индекс) программа выравнивания короткого чтения на основе BWA, поддерживает выравнивание отступов с отверстиями и расширениями зазоров. | Да | Нет | Да | Да, POSIX Threads и CUDA | Free, GPL | ||
| BBMap | Использует короткие kmers для быстрой индексации генома; нет ограничений по размеру или количеству строительных лесов. Более высокая чувствительность и специфичность, чем у выравнивателей Берроуза-Уиллера, с аналогичной или большей скоростью. Выполняет глобальное выравнивание, оптимизированное для аффинного преобразования, которое медленнее, но точнее, чем Смит-Ватерман. Обрабатывает данные Illumina, 454, PacBio, Sanger и Ion Torrent. С учетом стыковки; способен обрабатывать длинные индели и RNA-seq. Чистая Java; работает на любой платформе. Используется Объединенным институтом генома. | Да | Да | Да | Да | Бесплатно, BSD | 2010 | |
| BFAST | Явный компромисс времени и точности с априорной оценкой точности, поддерживаемый индексированием эталонных последовательностей. Оптимально сжимает индексы. Может обрабатывать миллиарды коротких чтений. Может обрабатывать вставки, удаления, SNP и цветовые ошибки (может отображать чтение цветового пространства ABI SOLiD). Выполняет полное выравнивание по Smith Waterman. | Да, POSIX Threads | бесплатно, GPL | 2009 | ||||
| BigBWA | Запускает Burrows-Wheeler Aligner -BWA на Hadoop кластер. Он поддерживает алгоритмы BWA-MEM, BWA-ALN и BWA-SW, работая с парными и одиночными чтениями. Это подразумевает значительное сокращение времени вычислений при работе в кластере Hadoop, добавляя масштабируемость и отказоустойчивость. | Да | Обрезка низкокачественной основы | Да | Да | Бесплатно, GPL 3 | 2015 | |
| BLASTN | Программа нуклеотидного выравнивания BLAST, медленная и неточная для коротких считываний, и использует базу данных последовательностей (EST, последовательность Сэнгера), а не эталонный геном. | |||||||
| BLAT | Сделано Джимом Кентом. Может справиться с одним несоответствием на начальном этапе выравнивания. | Да, клиент-сервер | Собственное, бесплатное программное обеспечение для академического и некоммерческого использования | 2002 | ||||
| Bowtie | Использует преобразование Барроуза-Уиллера для создания постоянного многоразового индекса генома; Объем памяти 1,3 ГБ для генома человека. Выполняет согласование более 25 миллионов операций чтения Illumina за 1 час ЦП. Поддерживает Maq-подобные и SOAP-подобные политики выравнивания | Да | Да | Нет | Да, POSIX Threads | Бесплатно, Художественный | 2009 | |
| BWA | Использует преобразование Барроуза-Уиллера для создания индекса генома. Он немного медленнее, чем Bowtie, но позволяет выравнивать отступы. | Да | Обрезка баз низкого качества | Да | Да | Бесплатно, GPL | 2009 | |
| BWA-PSSM | Вероятностный выравниватель короткого чтения, основанный на использовании оценочных матриц, зависящих от позиции (PSSM). Выравниватель можно адаптировать в том смысле, что он может учитывать показатели качества считываний и модели систематических ошибок данных, например, наблюдаемых в Ancient DNA, данных PAR-CLIP или геномах со смещенными нуклеотидными составами. | Да | Да | Да | Да | Бесплатно, GPL | 2014 | |
| CASHX | Количественно и управлять большими объемами данных последовательности короткого чтения. CASHX pipeline содержит набор инструментов, которые можно использовать вместе или по отдельности как модули. Этот алгоритм оченьточен для идеальных совпадений с эталонным геномом. | Нет | Собственное, бесплатное ПО для академического и некоммерческого использования | |||||
| Cloudburst | Кратковременное отображение с использованием Hadoop MapReduce | Да, Hadoop MapReduce | Free, Artistic | |||||
| CUDA-EC | Коррекция ошибок выравнивания при кратковременном чтении с использованием графических процессоров. | Да, с поддержкой графического процессора | ||||||
| CUSHAW | Совместимый с CUDA выравниватель короткого чтения для больших геномов на основе преобразования Барроуза-Уиллера | Да | Да | Нет | Да (включен графический процессор) | Бесплатно, GPL | 2012 | |
| CUSHAW2 | На основе выравнивания короткого и длинного чтения с пропусками по семенам точного совпадения. Этот выравниватель поддерживает выравнивание по базовому пространству (например, от секвенсоров Illumina, 454, Ion Torrent и PacBio), так и по цветому пространству ABI SOLiD. | Да | Нет | Да | Да | Бесплатно, GPL | 2014 | |
| CUSHAW2-GPU | Устройство выравнивания короткого чтения CUSHAW2 с ускорением на GPU. | Да | Нет | Да | Да | Бесплатно, GPL | ||
| CUSHAW3 | Чувствительное и точное выравнивание кратковременного чтения по базовому и цветовому пространству с гибридным заполнением | Да | Нет | Да | Да | Бесплатно, GPL | 2012 | |
| drFAST | Программное обеспечение для выравнивания отображения чтения, которое реализует игнорирование кеша для минимизации передачи / кэш-памяти, например, mrFAST и mrsFAST, однако разработано для платформы секвенирования SOLiD ( цвет пробел читает). Он также возвращает все возможные местоположения на карте для более точного обнаружения структурных вариаций. | Да | Да, для структурных изменений | Да | Нет | Бесплатно, BSD | ||
| ELAND | Реализовано Иллюмина. Включает выравнивание без пробелов с конечной длиной чтения. | |||||||
| ERNE | Расширенный рандомизированный числовой выравниватель для точного выравнивания показаний NGS. Он может отображать чтения, обработанные бисульфитом. | Да | Низкое качество обрезки баз | Да | Многопоточность и поддержка MPI | Бесплатно, GPL 3 | ||
| GASSST | Находит глобальное выравнивание коротких последовательностей ДНК с банками ДНК. | Лицензия CeCILL версия 2. | 2011 | |||||
| GEM | Высококачественный механизм выравнивания (полный дисплей с заменами и отступами). Точнее и в несколько раз быстрее, чем BWA или Bowtie 1/2. Предоставляется множество автономных биологических приложений (картограф, сплит-картограф, картографирование и другие). | Да | Да | Да | Да | Двойное, бесплатное ПО для некоммерческого использования; Исходный код GEM в настоящее время недоступен | 2012 | |
| Genalice MAP | Сверхбыстрый и комплексный выравниватель чтения NGS с высокой точностью и небольшим объемом памяти. | Да | Обрезка низкокачественных баз | Да | Да | Собственный, коммерческий | ||
| Geneious Assembler | Быстрый и точный ассемблер перекрытия с возможностью обработки любой комбинации технологии секвенирования, длины считывания, любых ориентаций спаривания, с любым размером спейсера для спаривания, с референсным геномом или без него. | Да | Собственный, коммерческий | |||||
| GensearchNGS | Полная среда с удобным графическим интерфейсом для анализа данных NGS. Он объединяет высококачественный алгоритм выравнивания и возможности расширения для распространения различных общедоступных выравнивателей в форматах, позволяющих импортировать короткие чтения, выравнивать их, воспроизводить варианты и отчеты. Это сделано для переупорядочения проектов, а именно в диагностической установке. | Да | Нет | Да | Да | Собственный, коммерческий | ||
| GMAP и GSNAP | Надежное и быстрое выравнивание по короткому чтению. GMAP: более длинные чтения с множественными вставками и сращиваниями (см. Запись выше в разделе «Геномический анализ»); GSNAP: более короткие чтения, с одной вставкой или до двух соединений за одно чтение. Полезно для цифрового экспрессии генов, SNP и генотипирования инд. Разработано Томасом Ву из Genentech. Используется Национальным центром геномных ресурсов (NCGR) в Alpheus. | Да | Да | Да | Да | Собственное, бесплатное ПО для академического и некоммерческого использования | ||
| GNUMAP | Точно выполняет выравнивание с разрывом данных последовательностей, полученных с помощью секвенирующих машин следующего поколения (в частности, Solexa-Illumina), с геномом любого размера. Включает обрезку адаптера, вызов SNP и Анализ бисульфитной исходной. | Да, также поддерживает файлы Illumina * _int.txt и * _prb.txt со всеми 4 показателями качества для каждой базы | Многопоточность и MPI-совместимый | 2009 | ||||
| HIVE-hexagon | Использует хэш-таблицу и матрица Блума для создания и установки позиций в геноме. Для более высокой эффективности используется перекрестное сходство между короткими считываниями и позволяет избежать повторного совмещения неуникальных избыточных последовательностей. Он работает быстрее, чем Bowtie и BWA, и позволяет проводить инсерции и дивергентные чувствительные выравнивания вирусов, бактерий и более консервативные выравнивания эукариот. | Да | Да | Да | Да | Собственное, бесплатное ПО для академических и некоммерческих пользователей, Зарегистрированный на Экземпляр развертывания HIVE | 2014 | |
| IMOS | Улучшенный мета-выравниватель и Minimap2 On Spark. Распределенный выравниватель для длительного чтения на платформе Apache Spark с линейной масштабируемостью w.r.t. одноузловое исполнение. | Да | Да | Да | Бесплатно | |||
| Исаак | Полностью использует всю вычислительную мощность, доступную на одном серверном узле; таким образом, он хорошо масштабируется в широком диапазоне аппаратных архитектур, обеспечение согласования возможностей оборудования | Да | Да | Да | Да | Бесплатно, GPL | ||
| LAST | Использует адаптивные семена и более эффективно справляется с последовательностями, богатыми повторами (например, геномами). Например: он может выравнивать чтение по геному без повторной маскировки. | Да | Да | Да | Нет | Бесплатно, GPL | 2011 | |
| MAQ | Выравнивание без пробелов, учитывающее показатели качества для каждой базы. | Бесплатное, GPL | ||||||
| mrFAST, mrsFAST | Программное обеспечение для выравнивания с пробелами (mrFAST) и без пробелов (mrsFAST), которое реализует игнорирование кеша для минимизации передачи / кэш-памяти. Они разработаны для платформы секвенирования Illumina и могут возвращать все возможные местоположения на карте для более точного обнаружения структурных вариаций. | Да | Да, для структурных вариаций | Да | Нет | Бесплатно, BSD | ||
| MOM | MOM или максимальный охват олигонуклеотидов - это инструмент сопоставления запросов, который фиксирует совпадение максимальной длины в коротком считывании. | Да | ||||||
| Устройство для выравнивания с быстрым зазором и сборщик с ориентирами. Выравнивает использование с использованием полосатого алгоритма Смита-Уотермана, засеянного схемы хеширования k-mer. Поддерживает чтение размером от очень короткого до очень длинного. | Да | |||||||
| MPscan | Быстрый выравниватель на основе стратегии фильтрации (без индексации, использование q-граммов и обратное недетерминированное DAWG сопоставление) | 2009 | ||||||
| Novoalign NovoalignCS | Выравнивание одинарного и парного концов с промежутками. Illumina GA I и II, цветовое пространство ABI и показания ION Torrent. Высокая специфичность, использование базовых качеств на всех этапах выравнивания. Включает подгонку адаптера, калибровку базового качества, выравнивание Bi-Seq и опции для отчета о нескольких выравниваниях за одно положение. Неоднозначных кодов IUPAC для общего SNP может улучшить вспоминание SNP и устранить аллельное смещение. | Да | Да | Да | Многопоточные версии и версии MPI доступны с платной лицензией | Собственное, бесплатное ПО однопоточная версия для академического и некоммерческого использования | ||
| NextGENe | Разработана для использования биологами, выполняющими анализ данных секвенирования следующего поколения с помощью Roche Genome Sequencer FLX, Illumina GA / HiSeq, SOLiD System от Life Technologies Applied BioSystems, Платформы PacBio и Ion Torrent. | Да | Да | Да | Да | Собственный, коммерческий | ||
| NextGenMap | Гибкая и быстрая программа картографирования (в два раза быстрее, чем BWA), обеспечивает чувствительность картографирования, сопоставимую с Stampy. Внутренне использует эффективную с точки зрения памяти индекс (хеш-таблицу) для хранения позиций всех 13-меров, присутствующих в эталонном геноме. Области отображения, где требуется попарное выравнивание, динамическое положение для каждого считывания. Использует быстрые инструкции SIMD (SSE) для ускорения вычислений выравнивания на ЦП. Если возможно, выравнивает вычисление на GPU (с использованием OpenCL / CUDA), что сокращает время выполнения на 20-50%. | Да | Нет | Да | Да, POSIX Threads, OpenCL / CUDA, SSE | Бесплатно | 2013 | |
| Variant Toolkit | Включает высокочувствительные и высокоточные инструменты для обнаружения SNP и индексов. Он предлагает решение для картирования коротких чтений NGS на умеренном расстоянии (до 30% расхождения последовательностей) от эталонных геномов. Он не накладывает ограничений на размер ссылок, что в сочетании с его высокой чувствительностью делает Variant Toolkit хорошим подходом для целевых проектов секвенирования и диагностики. | Да | Да | Да | Да | Собственный, коммерческий | ||
| PALMapper | Эффективно вычисляет совмещение со сращиванием и без сращивания с высокой точностью. Опираясь на стратегию машинного обучения в сочетании с быстрым отображением на основе ленточного алгоритма, подобного алгоритму Смита-Уотермана, он выравнивает около 7 миллионов операций чтения в час на одном процессоре. Он уточняет используемый предложенный подход QPALMA. | Да | Бесплатно, GPL | |||||
| Partek Flow | Для использования биологами и биоинформатиками. Он поддерживает выравнивание без зазоров, зазоров и сплайс-стыков из одинарных и парных считываний из необработанных данных Illumina, Life technologies Solid TM, Roche 454 и Ion Torrent (с информацией о качестве или без нее). Он объединяет мощный контроль качества на уровне FASTQ / Qual и согласованных данных. Дополнительные функции включают обрезку и проверку необработанных считываний, определение SNP и InDel, количественное определение мРНК и микроРНК и обнаружение гибридных генов. | Да | Да | Да | Возможна многопроцессорная установка клиент-сервер | Собственный, коммерческий, бесплатная пробная версия | ||
| PASS | Индексирует геном, затем расширяет семена, используя вычисленное выравнивание слов. Работает с базовым пространством, цветовым пространством (SOLID) и может выравнивать геномные и сплайсированные чтения РНК-seq. | Да | Да | Да | Да | Собственное, бесплатное ПО для академического и некоммерческого использования | ||
| PerM | Индексирует геном с помощью периодических семян для быстрого поиска совпадений с полной чувствительностью до четырех несовпадений. Он может отображать показания Illumina и SOLiD. Скорость чтения картографических изображений размера чтения. | Да | Бесплатно, GPL | |||||
| PRIMEX | Индексирует геном с помощью таблицы поиска к-мер с полной чувствительностью до регулируемого количества несовпадений. Лучше всего для картирования последовательностей 15-60 пар оснований на геном. | Нет | Нет | Да | Нет, несколько процессов на поиск | [1] | 2003 | |
| QPalma | Может использовать оценки качества, длины интронов и предсказания места склейки вычислений для выполнения и выполнения беспристрастного выравнивания. Может быть обучен специфике эксперимента по РНК-секвенированию и геному. Полезно для открытия сайтов сплайсинга / интронов и для построения генных моделей. (См. Более быструю версию в PALMapper). | Да, клиент-сервер | Бесплатно, GPL 2 | |||||
| RazerS | Без ограничения длины чтения. Хэмминга или редактирование карт расстояний с настраиваемой ошибки. Настраиваемая и предсказуемая чувствительность (компромисс между временем выполнения и чувствительностью). Поддерживает отображение парного чтения. | Free, LGPL | ||||||
| REAL, cREAL | REAL - это эффективный, точный и чувствительный инструмент для согласования коротких считываний, полученных в результате секвенирования следующего поколения. Программа может обрабатывать огромное количество односторонних считываний, генерируемого анализатором генома Illumina / Solexa следующего поколения. cREAL - это простое расширение REAL для сопоставления коротких считываний, полученных в результате секвенирования следующего поколения, с геномом с круговой структурой. | Да | Да | Бесплатно, GPL | ||||
| RMAP | Может отображать считывание с информацией о вероятности ошибки или без нее (оценки качества) и поддерживает считывание на парном конец или считывания, обработанного бисульфитом. Нет ограничений на длину чтения или количество несовпадений. | Да | Да | Да | Бесплатно, GPL 3 | |||
| rNA | Рандомизированный числовой выравниватель для точного выравнивания NGS читает | Да | Низкое качество обрезки баз | Да | Многопоточность и поддержка MPI | Бесплатно, GPL 3 | ||
| RTG Investigator | Чрезвычайно быстрый, устойчивый к большому количеству инделей и замен. Включает полное выравнивание чтения. Продукт включает в себя комплексные конвейеры для обнаружения вариантов и метагеномного анализа с любой комбинацией данных Illumina, Complete Genomics и Roche 454. | Да | Да, для варианта вызова | Да | Да | Собственное, бесплатное ПО для индивидуального исследователя использовать | ||
| Segemehl | Может обрабатывать вставки, удаление, несоответствия; использует расширенные массивы суффиксов | Да | Нет | Да | Да | Собственное, бесплатное ПО для некоммерческого использование | 2009 | |
| SeqMap | До 5 смешанных замен и вставок-удалений; различные параметры настройки и форматы ввода-вывода | Собственное, бесплатное ПО для академического и некоммерческого использования | ||||||
| Shrec | Коррекция ошибок краткого чтения с суффикснымом структура данных | Да, Java | ||||||
| SHRiMP | Индексирует эталонный геном, начиная с версии 2. Использует маски для генерации ключей ключей. Может отображать цветовое пространство ABI SOLiD читает. | Да | Да | Да | Да, OpenMP | Бесплатно, [[лицензии BSD | style = "background: # 9FF; color: black; vertical-align: middle; text-align: center;" class = "бесплатный стол без стола" | Бесплатно, BSD ]] производная | 2009 -2011 | |
| SLIDER | Slider - это приложение для вывода результатов анализа последовательности Illumina, которое использует файлы «вероятности» вместо файлов последовательностей в качестве файлов последовательностей в качестве исходной последовательности. входных данных для выравнивания с эталонной последовательностью или набором эталонных последовательностей. | Да | Да | Нет | Нет | 2009-2010 | ||
| SOAP, SOAP2, SOAP3, SOAP3-dp | МЫЛО: надежный с небольшим (1-3) пробелов и несоответствий. Повышение скорости по сравнению с BLAT, использует хеш-таблицу из 12 букв. SOAP2: двунаправленного BWT для индекса ссылок, использования и быстрее, чем первая версия. SOAP3: версия с ускорением на графическом процессоре, которая может находить все выравнивания с 4 несоответствиями за десятки секунд на миллион чтений. SOAP3-dp, а также ускорение на графическом процессоре, поддерживает количество несоответствий и пропусков в соответствии с оценками штрафа аффинных пробелов. | Да | Нет | Да, SOAP3-dp | Да, POSIX Threads ; SOAP3, SOAP3-dp требуется графический процессор с поддержкой CUDA | Бесплатно, GPL | ||
| SOCS | для технологий ABI SOLiD. Значительное увеличение времени считывания карты с несоответствием (или ошибками цвета). Использует итеративную версию алгоритма поиска строки Рабина-Карпа. | Да | Бесплатно, GPL | |||||
| SparkBWA | Интегрирует Burrows-Wheeler Aligner —BWA на Apache Spark фреймворк, работающий поверх Hadoop. Версия 0.2 от октября 2016 г. Поддерживает алгоритмы BWA-MEM, BWA-backtrack и BWA-ALN. Все они работают с однократным и парным чтением. | Да | Обрезка баз низкого качества | Да | Да | Бесплатно, GPL 3 | 2016 | |
| SSAHA, SSAHA2 | Fast для небольшого количества вариантов | Собственное, бесплатное ПО для академического и некоммерческого использования | ||||||
| Stampy | Для Illumina читает. Высокая специфичность и чувствительность к считыванию индексами, структурными вариантами или множеством SNP. Медленно, но быстро увеличилась за счет использования BWA для первого прохода выравнивания. | Да | Да | Да | Нет | Собственное, бесплатное ПО для академического и некоммерческого использования | 2010 | |
| STORM | Для чтения Illumina или ABI SOLiD с SAM собственным выводом. Высокая чувствительность к чтению с большим количеством ошибок, индексам (полное от 0 до 15, в состоянии расширенная поддержка). Использует разнесенные начальные числа (одиночное совпадение) и очень быстрый полосовой фильтр выравнивания SSE - SSE2 - AVX2 - AVX-512. В случае авторы рекомендуют SHRiMP2 только для чтения фиксированной обратной прочности. | Нет | Да | Да | Да, OpenMP | Бесплатно | 2010 | |
| Subread, Subjunc | Сверхбыстрое и точное считывание выравнивателей. Подпрочитать сообщение для картирования чтения как gDNA-seq, так и RNA-seq. Subjunc открывает соединение экзон-экзон и отображает чтение РНК-seq. Они используют новую парадигму картографирования под названием «семя и голосование». | Да | Да | Да | Да | Бесплатно, GPL 3 | ||
| Тайпан | Ассемблер De-novo для Illumina читает | Собственное, бесплатное ПО для академического и некоммерческого использования | ||||||
| UGENE | Визуальный интерфейс для Bowtie и BWA, а также встроенный выравниватель | Да | Да | Да | Да | Бесплатно, GPL | ||
| VelociMapper | Эталонное ускорение FPGA инструмент сопоставления выравнивания последовательностей из TimeLogic. Быстрее, чем алгоритмы преобразования Барроуза-Уиллера на основе, такие как BWA и Bowtie. Поддерживает 7 несовпадений и / или несоответствий до потерь производительности. Обеспечивает чувствительное выравнивание по Смиту-Уотерману с зазором. | Да | Да | Да | Да | Собственный, коммерческий | ||
| XpressAlign | Средство выравнивания короткого считывания на основе скользящего окна на основе ПЛИС, которое использует неловко параллельное считывание выравнивания при коротком считывании. Производительность линейно масштабируется с транзисторов на кристалле (т.е. производительность гарантированно удваивается с каждой итерацией закона Мура без модификации алгоритма). Низкое энергопотребление полезно для оборудования центра обработки данных. Прогнозируемое время выполнения. Лучшее соотношение цена / производительность, чем программные выравнивающие окна на текущем оборудовании, но не лучше, чем программные выравниватели на основе BWT в настоящее время. Может управлять большим количеством (>2) несоответствий. Найдет все позиции попадания для всех семян. Экспериментальная версия с одной ПЛИС, требуется доработка, чтобы превратить ее в производственную версию с использованием ПЛИС. | Собственное, бесплатное программное обеспечение для академического и некоммерческого использования | ||||||
| ZOOM | 100% чувствительность для считываний между 15–240 п.о. с практическими несоответствиями. Очень быстро. Поддержка вставки и удаления. Работает с инструментами Illumina и SOLiD, а не с 454. | Да (GUI), нет (CLI) | Собственный, коммерческий |
