GROMOS

GROningen MOlecular Simulation ( GROMOS) - это название силового поля для молекулярной динамики моделирования и связанного с ним компьютерного программного обеспечения. Оба они разработаны в университете Гронингена и в группе компьютерной химии в лаборатории физической химии Швейцарского федерального технологического института (ETH Zurich ). В Гронингене Герман Берендсен принимал участие в его разработке.

Силовое поле единого атома было оптимизировано с учетом свойств конденсированной фазы алканов.

• 1 Версии
  • 1.1 GROMOS87
  • 1.2 GROMOS96
  • 1.3 GROMOS05
  • 1.4 GROMOS11
• 2 набора параметров
  • 2.1 54
  • 2.2 53
  • 2.3 45
  • 2.4 43
• 3 См. Также
• 4 Ссылки
• 5 Внешние ссылки

GROMOS87

Алифатические и ароматические атомы водорода были включены неявно, представляя атом углерода и присоединенные атомы водорода как одна группа с центром на атоме углерода, единое силовое поле атома. Параметры силы Ван-дер-Ваальса были получены из расчетов кристаллических структур углеводородов и аминокислот с использованием коротких (0,8 нм) несвязанных радиусов отсечки.

GROMOS96

В 1996 году была выпущена существенная переработка программного пакета. Силовое поле также было улучшено, например, следующим образом: алифатические группы CH n были представлены в виде объединенных атомов с перепараметризованными ван-дер-ваальсовыми взаимодействиями на основе серии молекулярно-динамических симуляций модельной жидкости алканы с использованием длинных (1,4 нм) несвязанных радиусов отсечки. Эта версия постоянно совершенствуется, и доступно несколько различных наборов параметров. GROMOS96 включает исследования молекулярной динамики, стохастической динамики и минимизации энергии. Энергетический компонент также был частью предыдущего GROMOS, названного GROMOS87. GROMOS96 был спроектирован и задуман в течение 20 месяцев. Пакет состоит из 40 различных программ, каждая из которых выполняет свои основные функции. Примером двух важных программ в GROMOS96 являются PROGMT, отвечающий за построение молекулярной топологии, а также PROPMT, изменяющий классическую молекулярную топологию на молекулярную топологию с интегралом по путям.

GROMOS05

Обновленная версия программного пакета была представлена ​​в 2005 году.

GROMOS11

Текущий выпуск GROMOS датирован маем 2011 года.

Некоторые из наборов параметров силового поля, основанные на силовом поле GROMOS. Версия A применяется к водным или аполярным растворам белков, нуклеотидов и сахаров. Версия B применяется к изолированным молекулам (газовая фаза).

54

• 54A7 - 53A6 взяты и скорректированы члены крутильного угла для лучшего воспроизведения винтовых наклонностей, измененное отталкивание N – H, C = O, новая группа зарядов CH 3, параметризация Na и Cl для улучшения свободной энергии гидратации и новых неправильных двугранных углов.
• 54B7 - 53B6 в вакууме взяты и изменены таким же образом, как 53A6 - 54A7.

53

• 53A5 - оптимизированы путем первой подгонки для воспроизведения термодинамические свойства чистых жидкостей ряда малых полярных молекул и энтальпии свободной сольватации аналогов аминокислот в циклогексане представляют собой расширение и перенумерацию 45A3.
• 53A6 - 53A5 взяты и скорректированы частичные заряды для воспроизведения гидратации свободная энтальпия в воде, рекомендуется для моделирования биомолекул в чистой воде.

45

• 45A3 - подходит для липидных агрегатов, таких как мембраны и мицеллы, для смешанных систем алифатических соединений с водой или без нее, для полимеров и других неполярных систем, которые могут взаимодействовать с различными различных биомолекул.
• 45A4 - 45A3 изменено для улучшения представления ДНК.

43

• 43A1
• 43A2

• GROMACS
• Ascalaph Designer
• Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
• Сравнение реализаций силового поля

• Официальный сайт