Войти
 | |
| Разработчик (и) | Университет Гронингена. Королевский технологический институт. Университет Упсалы |
|---|---|
| Первый выпуск | 1991 г.; 29 лет назад (1991 г.) |
| Стабильный выпуск | 2020.4 / 6 октября 2020 г.; 14 дней назад (2020-10-06) |
| Репозиторий |  |
| Написано на | C ++, C, CUDA, OpenCL |
| Операционная система | Linux, macOS, Windows, любые другие Unix разновидности |
| Платформа | Многие |
| Доступны на | английском |
| Типе | Молекулярная динамика моделирование |
| Лицензия | LGPL версии>= 4.6,. GPL версии < 4.6 |
| Веб-сайт | www.gromacs.org |
GROMACS - это пакет молекулярной динамики, в основном разработанный для моделирования белки, липиды и нуклеиновые кислоты. Первоначально он был разработан на кафедре биофизической химии Университета Гронингена, а теперь поддерживается участниками в университетах и исследовательских центрах по всему миру. GROMACS - один из самых быстрых и популярных доступных пакетов программного обеспечения, который может работать на центральных процессорах (CPU) и графических процессорах (GPU). Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, выпущенное под Стандартной общественной лицензией GNU (GPL), а начиная с версии 4.6, Стандартная общественная лицензия ограниченного применения GNU ( LGPL).
Проект GROMACS первоначально начался в 1991 году на кафедре биофизической химии Университета Гронингена, Нидерланды (1991–2000). Первоначально его название произошло с того времени (GROningen MAchine for Chemical Simulations ), хотя в настоящее время GROMACS не является аббревиатурой для чего-либо, так как в последние десятилетия в Гронингене было мало активных разработок. Первоначальной целью было создание специализированной параллельной компьютерной системы для молекулярного моделирования, основанной на кольцевой архитектуре (с тех пор, как ее заменили современные конструкции оборудования). Процедуры, специфичные для молекулярной динамики, были переписаны на языке программирования C из программы на основе Fortran 77 GROMOS, которая была разработана в той же группе.
С 2001 года GROMACS разрабатывается группами разработчиков GROMACS в Королевском технологическом институте и Упсальском университете, Швеция.
GROMACS управляется через интерфейс командной строки и может использовать файлы для ввода и вывода. Он предоставляет информацию о ходе вычислений и расчетное время прибытия (ETA), средство просмотра траектории и обширную библиотеку для анализа траектории. Кроме того, поддержка различных силовых полей делает GROMACS очень гибким. Он может выполняться параллельно с использованием интерфейса передачи сообщений (MPI) или потоков. Он содержит скрипт для преобразования молекулярных координат из файлов Protein Data Bank (PDB) в форматы, которые он использует для внутренних целей. После того, как файл конфигурации для моделирования нескольких молекул (возможно, включая растворитель ) создан, запуск моделирования (который может занять много времени) создает файл траектории, описывающий движения атомов во времени. Затем этот файл можно проанализировать или визуализировать с помощью нескольких прилагаемых инструментов. OpenCL и CUDA возможны для реальных графических процессоров AMD, Intel и Nvidia с большим ускорением по сравнению с запусками на базе ЦП, начиная с версии 5 или выше.
По состоянию на январь 2010 года исходный код GROMACS содержит около 400 альтернативных сокращений для GROMACS в качестве шуток разработчиков и исследователей биохимии. К ним относятся «Gromacs работает на большинстве компьютерных систем», «Gromacs работает за одну микросекунду со скоростью пушечного ядра», «Хороший металлический алтарь для хронического грешника», «Работа над Gowing Old MAkes el Chrono Sweat» и «Great Red Owns Many» ACres of Sand ». Они выбираются случайным образом, чтобы они могли появиться в выходном потоке GROMACS. В одном случае такой акроним вызвал оскорбление.
В рамках лицензии, отличной от GPL, GROMACS широко используется в [email#160;protected] распределенных вычислениях. проект для моделирования сворачивания белков, где он является базовым кодом для самой большой и наиболее часто используемой серии расчетных ядер в проекте. EvoGrid, проект распределенных вычислений для развития искусственной жизни, также использует GROMACS.
Портал бесплатного программного обеспечения с открытым исходным кодом 