Войти
 Скриншот VMD 1.8.3. | |
| Автор (ы)) | Уильям Хамфри, Эндрю Далк, Клаус Шультен, Джон Стоун |
|---|---|
| Разработчик (и) | Университет Иллинойса в Урбане-Шампейн |
| Первый выпуск | июль 4, 1995; 25 лет назад (1995-07-04) |
| Стабильный выпуск | 1.9.3 / ноябрь 2016 г.; 4 года назад (2016-11) |
| Написано в | C |
| Операционной системе | macOS, Unix, Windows |
| Доступно на | английском языке |
| Тип | Молекулярное моделирование |
| Лицензия | Распространение |
| Веб-сайт | www.ks.uiuc.edu / Research / vmd |
Visual Molecular Dynamics (VMD ) - это компьютерная программа молекулярного моделирования и визуализации . VMD разработан в основном как инструмент для просмотра и анализа результатов моделирования молекулярной динамики. Он также включает инструменты для работы с объемными данными, данными последовательности и произвольными графическими объектами. Молекулярные сцены можно экспортировать во внешние инструменты визуализации, такие как POV-Ray, RenderMan, Tachyon, язык моделирования виртуальной реальности (VRML ), и много других. Пользователи могут запускать свои собственные сценарии Tcl и Python в VMD, поскольку он включает встроенные интерпретаторы Tcl и Python. VMD работает на Unix, Apple Mac macOS и Microsoft Windows. VMD доступен некоммерческим пользователям по лицензии для конкретного распространения, которая разрешает как использование программы, так и модификацию ее исходного кода бесплатно.
Спутниковая молекулярная графика вируса табачной мозаики, созданная в VMD и визуализированная с использованием Tachyon. Сцена показана с комбинацией молекулярных поверхностей, окрашенных радиальным расстоянием, и нуклеиновыми кислотами, показанными на ленте. В рендеринге Tachyon используется как прямое освещение, так и окружающее освещение, чтобы улучшить видимость карманов и полостей. Оси VMD показаны как простой пример визуализации немолекулярной геометрии. VMD был разработан под эгидой главного исследователя Клауса Шультена в группе теоретической и вычислительной биофизики на Институт передовых наук и технологий Бекмана, Университет Иллинойса в Урбане-Шампейн. Программа-предшественник, получившая название VRChem, была разработана в 1992 году Майком Крогом, Уильямом Хамфри и Риком Куфрином. Первоначальная версия VMD была написана Уильямом Хамфри, Эндрю Далком, Кеном Хамером, Джоном Личем и Джеймсом Филлипсом. Он был выпущен в 1995 году. Самые ранние версии VMD были разработаны для рабочих станций Silicon Graphics и также могли работать в автоматической виртуальной среде пещеры (CAVE) и взаимодействовать с наномасштабной молекулярной динамикой ( NAMD ) моделирование. Дальнейшее развитие VMD получили А. Далке, У. Хамфри, Дж. Ульрих в 1995–1996 гг., Затем Сергей Израилев и Дж. Стоун в 1997–1998 гг. В 1998 году Джон Стоун стал главным разработчиком VMD, портировав VMD на многие другие операционные системы Unix и завершив первую полнофункциональную версию OpenGL. Первая версия VMD для платформы Microsoft Windows была выпущена в 1999 году. В 2001 году Джастин Гуллингсрад, Пол Грейсон и Джон Стоун добавили поддержку устройств тактильной обратной связи и продолжили разработку интерфейс между VMD и NAMD для выполнения интерактивного моделирования молекулярной динамики. В последующих разработках Джорди Коэн, Гуллингсруд и Стоун полностью переписали графические пользовательские интерфейсы, добавили встроенную поддержку для отображения и обработки объемных данных и использование языка шейдинга OpenGL.
VMD может связываться с другими программами через Tcl /Tk. Это взаимодействие позволяет разрабатывать несколько внешних плагинов, которые работают вместе с VMD. Эти плагины расширяют набор функций и инструментов VMD, делая его одним из наиболее часто используемых программ в вычислительной химии, биологии и биохимии.
Вот список некоторых плагинов VMD, разработанных с использованием Tcl / Tk:
 | На Викискладе есть носители, связанные с VMD. |
