Список систем молекулярной графики

редактировать
Статья списка Викимедиа

Это список программных систем, которые используются для визуализация макромолекул.

В таблицах ниже указано, какие типы данных могут быть визуализированы в каждой системе:

Содержание
  • 1 Автономные системы
  • 2 Веб-системы
  • 3 См. Также
  • 4 Ссылки
  • 5 Внешние ссылки
Автономные системы
ИмяДанныеЛицензияТехнологияЦитатыКомментарии
Amira EM MM MRI Оптический SMI XRC Собственный Windows, Linux, MacНа основе OpenInventor / OpenGL; уделяя особое внимание биомедицинским наукам и биологии.
Ascalaph Designer MM MD QM Собственный C ++ Графика, построение моделей, молекулярная механика, квантовая химия.
Avizo EM MM МРТ Оптический SMI XRC Собственный Windows, Linux, MacAvizo является производным от Amira и ориентирован на материаловедение.
Avogadro MM XRC MD Бесплатно с открытым исходным кодом, GPLC ++, Qt, расширяемый с помощью модулей Python
Cn3D Free с открытым исходным кодом Автономная программа В наборе инструментов NCBI C ++
XRC MM Бесплатно с открытым исходным кодом C
Jmol Бесплатно с открытым исходным кодом Java апплет или автономная программа Поддерживает расширенные возможности, такие как загрузка нескольких молекул с независимым движением, поверхностями и молекулярными орбиталями, визуализацией полости, симметрией кристалла
MDL Chime Собственная, бесплатное использование некоммерческогоC++ плагин браузера для Windows толькоСоздание и визуализация молекулярных и периодических систем (кристаллов, структур, жидкостей...), анимируйте траектории, визуализируйте молекулярные орбитали, плотность, электростатический потенциал... визуализируйте графики, такие как ИК, ЯМР, диэлектрические и оптические тензоры.
Molden MM XRC Собственная, бесплатное использование академической
Молекулярная операционная среда (MOE)HM MD MM NA QM SMI XRC Собственная Windows, Linux, OS X; Язык программирования SVLСоздавайте, редактируйте и визуализируйте небольшие молекулы, макромолекулы, комплексы белок-лиганд, кристаллические решетки, поверхности молекул и свойств. Платформа для обширного набора приложений для молекулярного моделирования / открытия лекарств.
Molekel MM XRC Бесплатная с открытым исходным кодом Java 3D апплет или отдельная программа
PyMOL XRC SMI EM open-source, Python Python По словам автора, почти 1/4 всех опубликованных изображений трехмерных белковых структур в научной литературе было сделано с помощью PyMOL.
RasMol Бесплатная программа с открытым исходным кодом C отдельная программа
SAMSON MM MD SMI БесплатнаяWindows, Linux, Mac. C ++ (Qt)Вычислительная нанонаука: науки о жизни, материалы и т. Д. Модульная архитектура, модули, называемые элементами SAMSON.
Sirius Бесплатная с открытым исходным кодом Java 3D апплет или автономная программа
Scigress MM QM Собственная программа Отдельная программа Редактируйте, визуализируйте и запускайте моделирование различных молекулярных систем.
Spartan MM QM Собственная Автономная программа Визуализируйте и редактируйте биомолекулы, извлекайте связанные лиганды из файлов PDB для дальнейшего вычислительного анализа, полной молекулярной механики и пакета квантово-химических расчетов с оптимизированным графическим интерфейсом пользователя.
UCSF Chimera XRC SMI EM MD Собственный, бесплатное использование, некоммерческоеPython Включает просмотрщик одиночных / множественных последовательностей, выравнивание последовательностей на основе структуры, автоматическое перекрестные помехи структуры для комплексного анализа.
VMD EM MD MM Собственное, бесплатное использование, некоммерческоеC ++
ЧТО ЕСЛИ HM XRC Запатентованное, условно-бесплатное для академикиFortran, C, OpenGL, автономныйСтаромодный интерфейс; очень хорошее программное обеспечение для опытного биоинформатика; около 2000 вариантов, связанных со структурой белка; поставляется с описанием 500 страниц.
YASARA HM NMR XRC Собственная, ограниченная бесплатная версияC -сборка, Windows, Linux, MacПолнофункциональная программа молекулярного моделирования и моделирования, вкл., прогнозирование структуры и стыковка. Графический или текстовый режим (кластеры), интерфейс Python.
Веб-системы
ИмяДанныеЛицензияТехнологияЦитированиеКомментарии
EzMol MM Проприетарный, бесплатное использованиеJavaScript, WebGL, 3Dmol.jsЭтот инструмент, созданный поверх программы просмотра 3dmol.js, использует интерфейс в стиле мастера.
См. Также
Ссылки
Внешние ссылки
На Wikimedia Commons есть материалы, связанные с программным обеспечением для молекулярной визуализации.
Последняя правка сделана 2021-05-28 11:05:16
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте