Имя | Данные | Лицензия | Технология | Цитаты | Комментарии |
---|
Amira | EM MM MRI Оптический SMI XRC | Собственный | Windows, Linux, Mac | | На основе OpenInventor / OpenGL; уделяя особое внимание биомедицинским наукам и биологии. |
Ascalaph Designer | MM MD QM | Собственный | C ++ | | Графика, построение моделей, молекулярная механика, квантовая химия. |
Avizo | EM MM МРТ Оптический SMI XRC | Собственный | Windows, Linux, Mac | | Avizo является производным от Amira и ориентирован на материаловедение. |
Avogadro | MM XRC MD | Бесплатно с открытым исходным кодом, GPL | C ++, Qt, расширяемый с помощью модулей Python | | |
Cn3D | | Free с открытым исходным кодом | Автономная программа | | В наборе инструментов NCBI C ++ |
| XRC MM | Бесплатно с открытым исходным кодом | C | | |
Jmol | | Бесплатно с открытым исходным кодом | Java апплет или автономная программа | | Поддерживает расширенные возможности, такие как загрузка нескольких молекул с независимым движением, поверхностями и молекулярными орбиталями, визуализацией полости, симметрией кристалла |
MDL Chime | | Собственная, бесплатное использование некоммерческого | C++ плагин браузера для Windows только | | Создание и визуализация молекулярных и периодических систем (кристаллов, структур, жидкостей...), анимируйте траектории, визуализируйте молекулярные орбитали, плотность, электростатический потенциал... визуализируйте графики, такие как ИК, ЯМР, диэлектрические и оптические тензоры. |
Molden | MM XRC | Собственная, бесплатное использование академической | | | |
Молекулярная операционная среда (MOE) | HM MD MM NA QM SMI XRC | Собственная | Windows, Linux, OS X; Язык программирования SVL | | Создавайте, редактируйте и визуализируйте небольшие молекулы, макромолекулы, комплексы белок-лиганд, кристаллические решетки, поверхности молекул и свойств. Платформа для обширного набора приложений для молекулярного моделирования / открытия лекарств. |
Molekel | MM XRC | Бесплатная с открытым исходным кодом | Java 3D апплет или отдельная программа | | |
PyMOL | XRC SMI EM | open-source, Python | Python | | По словам автора, почти 1/4 всех опубликованных изображений трехмерных белковых структур в научной литературе было сделано с помощью PyMOL. |
RasMol | | Бесплатная программа с открытым исходным кодом | C отдельная программа | | |
SAMSON | MM MD SMI | Бесплатная | Windows, Linux, Mac. C ++ (Qt) | | Вычислительная нанонаука: науки о жизни, материалы и т. Д. Модульная архитектура, модули, называемые элементами SAMSON. |
Sirius | | Бесплатная с открытым исходным кодом | Java 3D апплет или автономная программа | | |
Scigress | MM QM | Собственная программа | Отдельная программа | | Редактируйте, визуализируйте и запускайте моделирование различных молекулярных систем. |
Spartan | MM QM | Собственная | Автономная программа | | Визуализируйте и редактируйте биомолекулы, извлекайте связанные лиганды из файлов PDB для дальнейшего вычислительного анализа, полной молекулярной механики и пакета квантово-химических расчетов с оптимизированным графическим интерфейсом пользователя. |
UCSF Chimera | XRC SMI EM MD | Собственный, бесплатное использование, некоммерческое | Python | | Включает просмотрщик одиночных / множественных последовательностей, выравнивание последовательностей на основе структуры, автоматическое перекрестные помехи структуры для комплексного анализа. |
VMD | EM MD MM | Собственное, бесплатное использование, некоммерческое | C ++ | | |
ЧТО ЕСЛИ | HM XRC | Запатентованное, условно-бесплатное для академики | Fortran, C, OpenGL, автономный | | Старомодный интерфейс; очень хорошее программное обеспечение для опытного биоинформатика; около 2000 вариантов, связанных со структурой белка; поставляется с описанием 500 страниц. |
YASARA | HM NMR XRC | Собственная, ограниченная бесплатная версия | C -сборка, Windows, Linux, Mac | | Полнофункциональная программа молекулярного моделирования и моделирования, вкл., прогнозирование структуры и стыковка. Графический или текстовый режим (кластеры), интерфейс Python. |