UCSF Chimera

редактировать

UCSF Chimera
Главное окно Chimera (FSH и рецептор, 1xwd) и последовательность окно (выравнивание рецепторов ФСГ разных видов).
Разработчик (и)	Ресурс для биокомпьютинга, визуализации и информатики (RBVI), UCSF

Стабильная версия	1.14 / 12 ноября 2019 г.; 11 месяцев назад (12.11.2019)

Операционная система	Microsoft Windows, OS X, Linux
Тип	Молекулярное моделирование
Лицензия	Бесплатно для некоммерческого использования
Веб-сайт	www.rbvi.ucsf.edu / chimera /

UCSF Chimera (или просто Chimera ) - это расширяемая программа для интерактивной визуализации и анализа молекулярных структур и связанных данных, включая карты плотности, супрамолекулярные сборки, выравнивание последовательностей, результаты стыковки, траектории и конформационные ансамбли. Можно создавать высококачественные изображения и видеоролики. Chimera включает полную документацию и может быть загружена бесплатно для некоммерческого использования.

Химера разработана Ресурсом для биокомпьютеров, визуализации и информатики (RBVI) в Калифорнийском университете, Сан-Франциско. Разработка частично поддерживается Национальными институтами здравоохранения (грант NIGMS P41-GM103311). Программа следующего поколения - UCSF ChimeraX.

Содержание

1 Анализ общей структуры
2 Презентационные изображения и видеоролики
3 Инструменты объемных данных
4 Инструменты структуры последовательностей
5 См. Также
6 Ссылки
7 Внешние ссылки

Анализ общей структуры

автоматическая идентификация атома
присоединение водорода и присвоение частичного заряда
высококачественная водородная связь, обнаружение контакта и коллизии
измерения: расстояния, углы, площадь поверхности, объем
вычисление центроидов, осей, плоскостей и связанные измерения
библиотеки ротамеров аминокислот, белок график Рамачандрана, белок карта контакта
построение структуры и вращение связей
молекулярная динамика воспроизведение траектории (многие форматы), графики расстояний и углов
морфинг между конформациями белка или даже разных белков
отображение атрибутов (B-фактор, гидрофобность и т. д.) с помощью цветов, радиусов, «черви»
простое создание настраиваемого атрибута s с простым вводом текстовых файлов
Инструмент ViewDock для облегчения интерактивного просмотра результатов стыковки
богатый набор команд, мощный синтаксис спецификаций
чтение множества форматов, запись PDB и Mol2
Интернет и выборка из Protein Data Bank, CATH или SCOP (домены), EDS (карты плотности), EMDB (карты плотности), ModBase (сравнительные модели), CASTp (измерения карманов белков), Pub3D (структуры малых молекул), VIPERdb (капсиды икосаэдрических вирусов), UniProt (последовательности белков с аннотациями признаков), другие
взаимодействует с PDB2PQR назначением заряда / радиуса, APBS расчетами электростатики, AutoDock Vina однолигандным стыковкой

Презентационные изображения и видеоролики

изображения с высоким разрешением
визуальные эффекты, включая определение глубины, интерактивные тени, края силуэтов, многоцветный фон
стандартные молекулярные представления (палочки, сферы, ленты, молекулярные поверхности)
трубы и план кс для спиралей и прядей; нуклеотидные объекты, включая леденцы и ступеньки
эллипсоиды для отображения анизотропных B-факторов
немолекулярные геометрические объекты
визуализации карт плотности и других объемных данных (см. ниже)
надписи с текстом, символами, стрелками, цветовыми клавишами
разные структуры могут быть обрезаны по-разному и под любым углом
дополнительная трассировка лучей с объединенным экспортом сцены POV-Ray
в X3D и другие форматы
простой графический интерфейс для создания фильмов в интерактивном режиме
сцены могут быть размещены в качестве ключевых кадров на временной шкале анимации
, в качестве альтернативы, контент фильма и запись может быть написана по сценарию; богатый набор связанных команд
запись видео интегрирована с морфингом и воспроизведением MD траектории

Инструменты объемных данных

чтение многих форматов карт объемных данных (электронная плотность, электростатический потенциал и др.), несколько записанных
интерактивная регулировка пороговых значений, несколько изоповерхностей (сетка или твердое тело), прозрачные визуализации
сопоставление атомных координат с картами и сопоставления с картами
карты плотности могут быть созданы из атомарных координат
маркеры могут быть размещены на картах и соединены плавными путями
отображение отдельных плоскостей данных или нескольких ортогональных плоскостей
воспроизведение временных рядов объемных данных и морфинг
множество инструментов для сегментирования и редактирования карт
сглаживание по Гауссу, преобразование Фурье, другие измерения фильтрации и нормализации
: площадь поверхности, объем, ограниченный поверхностью, симметрия карты, другие

инструменты структуры последовательности

многие выравнивания последовательностей считываются, записываются, могут быть созданы выравнивания последовательностей
, e Отмеченные последовательности
автоматически связываются со структурами
перекрестная помеха структура-последовательность: выделение в одной выделяет другую
белок BLAST поиск через веб-службу
множественное выравнивание последовательностей через Clustal Omega и MUSCLE Web-сервисы
взаимодействуют с MODELLER для моделирования гомологии и построения петель
наложение структур с ранее существовавшим выравниванием последовательностей или без него
генерация основанных на структуре выравниваний последовательностей из множественных суперпозиций
несколько методов для расчета консервации и отображения значений на связанных структурах
Заголовок RMSD (гистограмма над последовательностями), показывающий пространственную изменчивость связанных структур
определяемые пользователем заголовки, включая гистограммы и цветные символы
UniProt и CDD аннотации признаков, показанные как цветные ящики на последовательностях
деревья в формате Newick прочитаны / отображены

См. также

Викискладе есть медиафайлы, относящиеся к UCSF Химера.