Войти
Химинформатика (также известная как химиоинформатика ) относится к использованию физической химии теория с компьютером и информацией научными методами - так называемыми методами "in silico" - в применении к ряду описательных и предписывающих задач в области химии, включая его приложения к биологии и связанным молекулярным областям. Такие методы in silico используются, например, фармацевтическими компаниями и в академических учреждениях для помощи и информирования процесса открытия лекарств, например, при разработке четко определенных комбинаторных библиотек синтетических соединений или для помощи в разработке лекарств на основе структуры. Эти методы также могут использоваться в химической и смежных отраслях промышленности, а также в таких областях, как экология и фармакология, где задействованы или изучаются химические процессы.
Химинформатика была активной областью в различных формах с 1970-х годов и ранее, с деятельностью в академические отделы и отделы коммерческих фармацевтических исследований и разработок. Термин хемоинформатика был определен в применении к открытию лекарств, например, Ф.К. Браун в 1998 году:
Хемоинформатика - это смешение этих информационных ресурсов для преобразования данных в информацию и информации в знания для предполагаемой цели быстрого принятия лучших решений в области идентификации и оптимизации лекарственных препаратов.
С тех пор оба использовались термины хеминформатика и хемоинформатика, хотя лексикографически хеминформатика, по-видимому, используется более часто, несмотря на то, что академики в Европе объявили о вариантной химиоинформатики в 2006 году. В 2009 году известный журнал Springer в этой области, Journal of Cheminformatics, был основан трансатлантическими исполнительными редакторами, что дало дополнительный импульс более короткому варианту.
Химинформатика объединяет научные рабочие области химии, информатика и информатика - например, в областях топологии, теории химических графов, поиска информации и интеллектуального анализа данных в химическое пространство д. Хеминформатика также может применяться для анализа данных в различных отраслях, таких как бумага и целлюлоза, красители и подобные отрасли.
Основное применение хеминформатики - хранение, индексация и поиск информации, относящейся к химическим соединениям. Эффективный поиск такой сохраненной информации включает темы, которые имеют дело с информатикой, такие как интеллектуальный анализ данных, поиск информации, извлечение информации и машинное обучение. Связанные темы исследований включают:
Для представления химических структур in silico используются специальные форматы, такие как Упрощенные спецификации ввода строки молекулярного ввода (SMILES) или XML на основе язык химической разметки. Эти представления часто используются для хранения в больших химических базах данных. В то время как некоторые форматы подходят для визуального представления в двух или трех измерениях, другие больше подходят для изучения физических взаимодействий, моделирования и стыковочных исследований.
Химические данные могут относиться к реальным или виртуальные молекулы. Виртуальные библиотеки соединений могут быть созданы различными способами, чтобы исследовать химическое пространство и выдвигать гипотезы о новых соединениях с желаемыми свойствами. Виртуальные библиотеки классов соединений (лекарства, натуральные продукты, синтетические продукты, ориентированные на разнообразие) были недавно созданы с использованием алгоритма FOG (оптимизированный по фрагментам рост). Это было сделано с использованием хеминформатических инструментов для обучения вероятностей перехода цепи Маркова на аутентичных классах соединений, а затем с использованием цепи Маркова для создания новых соединений, которые были аналогичны обучающей базе данных.
В отличие от высокопроизводительного скрининга, виртуальный скрининг включает в себя вычислительный скрининг in silico библиотек соединений с помощью различных методов, таких как стыковка, для идентификации членов, которые могут обладать желаемыми свойствами, такими как биологическая активность против данной мишени. В некоторых случаях комбинаторная химия используется при разработке библиотеки для повышения эффективности разработки химического пространства. Чаще всего проверяется разнообразная библиотека малых молекул или натуральных продуктов.
Используется расчет количественного отношения структура-активность и количественного отношения свойств структуры прогнозировать активность соединений по их структуре. В этом контексте также существует сильная связь с хемометрикой. Химические экспертные системы также актуальны, так как они представляют части химических знаний как представление in silico. Существует относительно новая концепция анализа пар молекул или MMPA, основанного на прогнозировании, которая сочетается с моделью QSAR для определения резкого скачка активности.
| format =требует | url =(). 8 (3): 296–302.