Наборы инструментов химинформатики

редактировать

Наборы инструментов химинформатики - это наборы для разработки программного обеспечения, которые позволяют специалистам по химинформатике разрабатывать собственные компьютерные приложения для использования в виртуальном скрининге, анализе химических баз данных и исследованиях структуры и активности. Наборы инструментов часто используются для экспериментов с новыми методологиями. Их наиболее важные функции связаны с манипулированием химическими структурами и сравнениями между структурами. Программный доступ предоставляется к свойствам отдельных связей и атомов.

Функциональные возможности

Наборы инструментов предоставляют следующие функциональные возможности:

Чтение и сохранение структур в различных форматах файлов химии.
Определение, является ли одна структура субструктурой другой (сопоставление субструктур).
Определить, равны ли две структуры (точное совпадение).
Идентификация подструктур, общих для структур в наборе (максимальная общая подструктура, MCS).
Разобрать молекулы, расщепление на фрагменты.
Соберите молекулы из элементов или субмолекул.
Применяйте реакции к входным структурам реагентов, в результате чего получаются структуры продуктов реакции.
Генерировать молекулярные отпечатки пальцев. Отпечатки пальцев - это битовые векторы, где отдельные биты соответствуют наличию или отсутствию структурных особенностей. Наиболее важное использование отпечатков пальцев - это индексирование баз данных по химии.

Список наборов инструментов химиноформатики

Имя	Лицензия	API	Домашняя страница	Примечания
CDK	Открытый исходный код	Java	https://cdk.github.io/
	Открытый исходный код	R, C ++	http : //manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/chemminer
	Открытый исходный код	KNIME	http://tech.knime.org/community/enalos-nodes
	Собственный	KNIME	http://enalosplus.novamechanics.com/
Indigo	Открытый исходный код	C, C #, Java, Python	http: // lifescience.opensource.epam.com/indigo
	Собственная	.NET	http://www.scilligence.com
Молекулярная операционная среда (MOE)	Собственный	научный векторный язык	https://web.archive.org/web/20160909172415/http://www.chemcomp.com/MOE-Cheminformatics_and_QSAR.htm
OpenBabel	Открытый исходный код	C, Python, Ruby	http://openbabel.org/	,
Helium	Открытый исходный код	C ++	https: // web.archive.org/web/2014040708 2845 / http: //www.moldb.net/helium.html
	Открытый исходный код	Python, C ++, Java, Knime	http://www.rdkit.org/
	Открыть источник	R	https://bioconductor.org/packages/Rcpi
хмурится	Открытый исходный код	Python	http://frowns.sourceforge.net/
OUCH	Открытый исходный код	Haskell	http://www.pharmash.com/posts/2010-08-02-ouch.html
	Открытый исходный код	Scala	https://github.com/stefan-hoeck/chemf
	Открытый исходный код	Python, Java, Knime	https://3d-e-chem.github.io/
SMSD	Creative Commons Attribution	Java	http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/SMSD/
	Собственный	VBA,.NET, PL / SQL	http://accelrys.com/products/datasheets/accord-software-development-kit.pdf
	Собственный, бесплатный для академических кругов, личное использование, общедоступные веб-службы	Tcl, C, C ++, Python, Knime	http://www.xemistry.com/academic
Daylight	Собственный	C, C ++, Java, Fortran	http://www.daylight.com/products/toolkit.html
OEChem	Собственный, бесплатно для acad emia	C ++, Python, C #, Java	http://eyesopen.com/
Marvin,	проприетарный, бесплатный для академических кругов	Java,. NET, Javascript	http://www.chemaxon.com
	Собственный	Java, Javascript	http://www.ichemlabs.com
	Открытый исходный код	Perl	https://web.archive.org/web/20120315121757/http://www.perlmol.org/
,	проприетарный, бесплатно для квалифицированных ученых	C ++, KNIME, Pipeline Pilot	http://www.simulations-plus.com
	Собственная, бесплатная для CDD Общедоступные данные только для чтения		https://www.collaborativedrug.com/cdd-vault
	Лицензия MIT	Юлия	https://github.com/mojaie/MolecularGraph.jl

Ссылки