Войти
 | |
 Экземпляр PyMOL с видимым средством просмотра и графическим интерфейсом. | |
| Автор (ы) | Уоррен Лайфорд DeLano |
|---|---|
| Разработчик (и) | Schrödinger, Inc. |
| Первоначальный выпуск | 2000; 20 лет назад (2000 г.) |
| Стабильный выпуск | 2.4.0 / 20 мая 2020 г.; 5 месяцев назад (2020-05-20) |
| Репозиторий |  |
| Написано на | C, C ++, Python |
| Операционная система | Кросс-платформенная : macOS, Unix, Linux, Windows |
| Платформа | IA-32, x86-64 |
| Доступно на | английском |
| Типе | Молекулярное моделирование |
| Лицензия | Python |
| Веб-сайт | pymol.org /2/ |
PyMOL - это система молекулярной визуализации с открытым исходным кодом, созданная Уорреном Лайфордом ДеЛано. Первоначально он был коммерциализирован DeLano Scientific LLC, частной компанией-разработчиком программного обеспечения, занимавшейся созданием полезных инструментов, которые стали бы общедоступными для научного и образовательного сообщества. В настоящее время его продает Schrödinger, Inc. PyMOL может создавать высококачественные трехмерные изображения небольших молекул и биологических макромолекул, таких как белков. Согласно первоначальному автору, к 2009 году почти четверть всех опубликованных изображений трехмерных белковых структур в научной литературе была сделана с использованием PyMOL.
PyMOL - одна из немногих моделей с открытым исходным кодом инструменты визуализации, доступные для использования в структурной биологии. Часть Py в имени программного обеспечения относится к программе, написанной на языке программирования Python.
PyMOL использует OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) и FreeGLUT и может решать уравнения Пуассона – Больцмана с помощью адаптивного решателя Пуассона-Больцмана. PyMOL использовал Tk для виджетов GUI и имел собственные двоичные файлы Aqua для macOS - Schrödinger, которые были заменены с пользовательским интерфейсом PyQt на всех платформах с выпуском версии 2.0.
Ранние версии PyMol были выпущены под лицензией Python. 1 августа 2006 г. DeLano Scientific приняла систему загрузки с контролируемым доступом для предварительно скомпилированных сборок PyMOL (включая бета-версии), распространяемых компанией. Доступ к этим исполняемым файлам теперь ограничен зарегистрированными пользователями, которые платят клиентам; образовательные сборки доступны для студентов и преподавателей бесплатно. Однако большая часть текущего исходного кода по-прежнему доступна бесплатно, как и более старые предварительно скомпилированные сборки. Хотя системы сборки для других платформ открыты, система сборки Windows API (WinAPI, Win32) - нет, хотя неофициальные двоичные файлы Windows доступны в Интернете. Любой желающий может либо скомпилировать исполняемый файл из исходного кода, лицензированного Python, либо оплатить подписку на службы поддержки, чтобы получить доступ к предварительно скомпилированным исполняемым файлам.
8 января 2010 года Schrödinger, Inc. достигла соглашения о приобретении PyMOL. Фирма взяла на себя разработку, обслуживание, поддержку и продажу PyMOL, включая все действующие на тот момент подписки. Они также продолжают активно поддерживать сообщество разработчиков открытого исходного кода PyMOL. В 2017 году Шредингер модернизировал систему распространения, чтобы унифицировать пользовательский интерфейс в Qt и управление пакетами в Anaconda, и выпустил его как PyMol v2. Эта версия ограничивает некоторые новые функции и добавляет водяной знак к визуализации, если используется без лицензии после 30-дневного пробного периода; общая лицензионная политика аналогична системе DeLano. Исходный код остается в основном доступным, на этот раз по лицензии типа BSD. Как и в предыдущем дистрибутиве, доступны неофициальные двоичные файлы Windows в формате колеса , и действительно, дистрибутивы Linux продолжают предоставлять свои собственные сборки открытого исходного кода.
Воспроизвести медиа Пример некоторых функций редактирования молекул в PyMOL, вращения двугранных связей и интерактивной молекулярной релаксации в режиме скульптинга. Это полезные функции для подготовки входной геометрии для программного обеспечения квантовой химии
Одна и та же структура белка (протеаза TEV - PDB : 1LVB ), отображаемая в разных режимах. Стандартный рисунок, поверхность, прорезь поверхности, выделенные цилиндры, «QuteMol », «Goodsell», глянцевая поверхность и b-фактор шпатлевка.
Портал бесплатного программного обеспечения с открытым исходным кодом  | На Викискладе есть материалы, связанные с PyMOL. |
