Войти
 | |
|---|---|
| Контент | |
| Описание | BioGRID - это онлайн-хранилище биологических взаимодействий с данными, собранными путем тщательного изучения |
| Типы данных. охватывают | взаимодействия белков, генетические взаимодействия, химические взаимодействия, посттрансляционные модификации. |
| организмы | 71 |
| контакты | |
| Исследовательский центр | Université de Montréal, Princeton University, Mount Sinai Hospital, University of Edinburgh |
| Laboratory | Institut de Recherche en Immunologie et al. en Cancérologie, Институт интегративной геномики Льюиса-Сиглера, Исследовательский институт Луненфельда-Таненбаума, Целевой центр клеточной биологии Wellcome |
| Авторы | Лорри Баучер, Эштон Брайткройц, Бобби-Джо Брайткройц, Кристи Чанг Эндрю Чатр-Арьямонтри, Кара Долински, Свен Хейнике, Надин Колас, Лара О'Доннелл, Сара Остер, Роуз Отред, Дженнифер Раст, Аднан Селлам, Крис Старк, Жан Та ng, Чандра Тисфельд, Майк Тайерс. |
| Основное упоминание | Stark al. (2006) |
| Доступ | |
| Формат данных | Пользовательские плоские файлы, PSI-MI, MITAB |
| Веб-сайт | thebiogrid.org |
| URL-адрес загрузки | thebiogrid. org / download.php |
| Web-сервис URL | Да - wiki.thebiogrid.org / doku.php / biogridrest |
| Инструменты | |
| Интернет | Расширенный поиск, встроенный сетевой просмотрщик, пользовательские загрузки, массовая загрузка / загрузка |
| Разное | |
| Управление версиями | Да |
| Выпуск данных. частота | Ежемесячно (4 недели) |
| Версия | 3.4.165; 25 сентября 2018 г.; 2 года назад (25.09.2018) |
| Политика курирования | Да - вручную; Также были сосредоточены усилия по курированию. |
| Добавляемые в закладки. объекты | Да - как отдельные результаты, так и поиск, |
Общий биологический репозиторий для наборов данных взаимодействия (BioGRID ) представляет собой тщательно подобранную биологическую базу данных о белок взаимодействиях белков, генетических взаимодействиях, химических взаимодействиях и посттрансляционных взаимодействиях. модификации, созданные в 2003 году (первоначально называвшиеся просто Общий репозиторий для наборов данных взаимодействия (GRID) Майком Тайерсом, Бобби-Джо Брейткройцем и Крисом Старком из Исследовательского института Луненфельда-Таненбаума в больнице Маунт-Синай. Он стремится предоставить исчерпывающий тщательно подобранный ресурс для всех основных модельных организмов видов, пытаясь при этом устранить избыточность для создания единого сопоставления. данных. Пользователи BioGRID могут искать интересующие их белки или публикации и получать аннотации, а также тщательно отобранные данные, предоставленные основным литература и собраны собственными крупномасштабными кураторскими усилиями. BioGRID размещен в Торонто, Онтарио, Канада и Даллас, Техас, США, и является партнером Saccharomyces База данных генома. BioGRID финансируется BBSRC, NIH и CIHR. BioGRID является членом Международного консорциума молекулярного обмена (IMEx).
The BioGRID изначально был опубликован и выпущен как просто Общий репозиторий для наборов данных взаимодействия, но позже был переименован в BioGRID, чтобы более кратко описать проект и помочь отличить его от нескольких GRID Computing проекты с аналогичным названием. Первоначально разделенная на базы данных по организмам, новейшая версия теперь предоставляет единый интерфейс, позволяющий выполнять поиск по нескольким организмам одновременно. Изначально BioGRID разрабатывался как проект в Исследовательском институте Луненфельда-Таненбаума в больнице на горе Синай, но с тех пор расширился, включив в него команды из Института исследований в области иммунологии и канцерологии. Университет Монреаля, Институт интегративной геномики Льюиса-Сиглера в Принстонском университете и Центр клеточной биологии Wellcome Trust в Университете Эдинбурга. Первоначальный фокус BioGRID был на курировании бинарных белок-белковых и генетических взаимодействий, но был расширен за несколько обновлений, чтобы включить кураторские данные посттрансляционной модификации, данные химического взаимодействия и сложные множественные -ген / белковые взаимодействия. Более того, на ежемесячной основе BioGRID продолжает расширять курируемые данные, а также разрабатывать и выпускать новые инструменты, данные из комплексных целевых проектов по курированию и выполнять целевой научный анализ.
Биологический Общий репозиторий для наборов данных взаимодействия (BioGRID) - это база данных с открытым доступом, в которой хранятся генетические и белковые взаимодействия, отобранные из первичной биомедицинской литературы для всех основных модельных видов организмов видов и людей. По состоянию на 1 сентября 2014 года BioGRID содержит 749 912 взаимодействий, взятых из 43 149 публикаций, которые представляют 30 модельных организмов. На начало 2019 года он уже содержал до 1,6 миллиона биологических взаимодействий из 55 809 публикаций по 71 виду. Данные BioGRID свободно распространяются через базы данных партнерских моделей организмов и мета-базы данных и напрямую загружаются в различных форматах. В дополнение к общему курированию опубликованной литературы по основным модельным видам, BioGRID выполняет тематические проекты по курированию в областях, имеющих особое значение для биомедицинских наук, таких как система убиквитин-протеасома и различные сети взаимодействия, связанные с заболеваниями человека. Курирование BioGRID координируется через систему управления взаимодействием (IMS), которая облегчает компиляцию записей взаимодействия с помощью структурированных кодов свидетельств, онтологий фенотипов и аннотаций генов. Архитектура BioGRID была улучшена для поддержки более широкого диапазона типов взаимодействия и посттрансляционных модификаций, чтобы обеспечить представление более сложных взаимодействий между несколькими генами и белками, для учета клеточных фенотипов с помощью структурированных онтологий, для ускорения курирования с помощью полу -автоматизированный поиск текста подходы, а также для улучшения контроля качества курирования. Благодаря комплексным усилиям по курированию BioGRID теперь включает практически полный набор взаимодействий, описанных на сегодняшний день в первичной литературе, для почкующихся дрожжей (Saccharomyces cerevisiae ), кресс-салата (Arabidopsis thaliana ) и деления дрожжи (Schizosaccharomyces pombe ).
Следующие организмы в настоящее время поддерживаются в BioGRID, и для каждого из них имеются тщательно отобранные данные о взаимодействии, доступные в соответствии с последней статистикой.
BioGRID финансируется за счет грантов Национальные институты здравоохранения, Канадские институты исследований в области здравоохранения и Совет по исследованиям в области биотехнологии и биологических наук.
