InterPro - это база данных семейств белков, доменов и функциональных сайтов, в которых идентифицируемые признаки, обнаруженные в известных белках, могут быть применены к новым последовательностям белков с целью их функциональной характеристики.
Содержимое InterPro состоит из диагностических сигнатур и белков, которым они существенно соответствуют. Сигнатуры состоят из моделей (простых типов, таких как регулярные выражения или более сложных, таких как Скрытые марковские модели ), которые описывают семейства белков, домены или сайты. Модели строятся из аминокислотных последовательностей известных семейств или доменов, и впоследствии они используются для поиска неизвестных последовательностей (например, возникающих в результате нового секвенирования генома) с целью их классификации. Каждая из баз данных-членов InterPro вносит свой вклад в свою нишу, от очень высокоуровневых структурных классификаций (SUPERFAMILY и CATH-Gene3D) до весьма специфических классификаций подсемейств (PRINTS и ПАНТЕРА ).
InterPro намерен предоставить единое окно для классификации белков, где все сигнатуры, созданные различными базами данных участников, помещаются в записи в базе данных InterPro. Подписи, представляющие эквивалентные домены, сайты или семейства, помещаются в одну и ту же запись, и записи также могут быть связаны друг с другом. Дополнительная информация, такая как описание, согласованные названия и термины Gene Ontology (GO), связаны с каждой записью, где это возможно.
Содержание
- 1 Данные, содержащиеся в InterPro
- 1.1 Базы данных участников InterPro
- 2 Доступ
- 3 См. Также
- 4 Ссылки
- 5 Внешние ссылки
Данные, содержащиеся в InterPro
InterPro содержит три основных объекта: белки, сигнатуры (также называемые «методами» или «моделями») и записи. Белки в UniProtKB также являются центральными белками в InterPro. Информация о том, какие сигнатуры в значительной степени соответствуют этим белкам, вычисляется по мере того, как последовательности выпускаются UniProtKB, и эти результаты становятся общедоступными (см. Ниже). Совпадения сигнатур с белками - вот что определяет, как сигнатуры интегрируются вместе в записи InterPro: сравнительное перекрытие совпадающих наборов протеинов и расположение совпадений сигнатур в последовательностях используются в качестве индикаторов родства. В InterPro интегрируются только подписи, которые считаются достаточно качественными.
InterPro также включает данные для вариантов сплайсинга и белков, содержащихся в базах данных UniParc и UniMES.
Членские базы данных InterPro
Сигнатуры InterPro поступают из 14 «членских баз данных», которые перечислены ниже.
- CATH-Gene3D
- описывает семейства белков и доменные архитектуры в полных геномах. Семейства белков формируются с использованием алгоритма кластеризации Маркова с последующей кластеризацией по множеству связей в соответствии с идентичностью последовательностей. Картирование доменов предсказанной структуры и последовательности выполняется с использованием скрытых библиотек моделей Маркова, представляющих домены CATH и Pfam. Функциональная аннотация предоставляется белкам из нескольких ресурсов. Функциональное прогнозирование и анализ доменных архитектур доступны на веб-сайте Gene3D.
- CDD
- Conserved_Domain_Database - это ресурс аннотации белков, который состоит из коллекции аннотированных моделей выравнивания нескольких последовательностей для древних доменов и полных длина белков. Они доступны в виде позиционно-зависимых матриц оценок (PSSM) для быстрой идентификации консервативных доменов в белковых последовательностях с помощью RPS-BLAST.
- HAMAP
- означает высококачественные автоматизированные и ручные аннотации микробов. Протеомы. Профили HAMAP создаются вручную экспертами-кураторами, которые идентифицируют белки, которые являются частью хорошо законсервированных семейств или подсемейств белков бактерий, архей и пластид (например, хлоропласты, цианеллы, апикопласты, нефотосинтетические пластиды).
- MobiDB
- представляет собой базу данных, содержащую аннотации внутреннего нарушения в белках.
- PANTHER
- - это большая коллекция семейств белков, которые были подразделены на функционально связанные подсемейства с использованием человеческого опыта. Эти подсемейства моделируют дивергенцию конкретных функций внутри семейств белков, обеспечивая более точную связь с функцией (контролируемые человеком молекулярные функции и классификации биологических процессов и схемы путей), а также вывод аминокислот, важных для функциональной специфичности. Скрытые марковские модели (HMM) создаются для каждого семейства и подсемейства для классификации дополнительных белковых последовательностей.
- Pfam
- - это большая коллекция множественных выравниваний последовательностей и скрытых марковских моделей, охватывающих многие общие белковые домены и семейства.
- PIRSF
- Система классификации белков представляет собой сеть с множеством уровней разнообразия последовательностей от суперсемейств до подсемейств, которая отражает эволюционные отношения полноразмерных белков и доменов. Основной единицей классификации PIRSF является гомеоморфное семейство, члены которого гомологичны (произошли от общего предка) и гомеоморфны (имеют сходство полноразмерных последовательностей и общую архитектуру домена).
- PRINTS
- - это сборник белков. отпечатки пальцев. Отпечаток пальца - это группа консервативных мотивов, используемых для характеристики семейства белков; его диагностические возможности улучшаются за счет итеративного сканирования UniProt. Обычно мотивы не перекрываются, а разделяются по последовательности, хотя в трехмерном пространстве они могут быть смежными. Отпечатки пальцев могут кодировать складки и функциональность белков более гибко и мощно, чем отдельные мотивы, их полная диагностическая эффективность определяется взаимным контекстом, предоставляемым соседями мотивов.
- База данных доменов ProDom
- состоит из автоматической компиляции гомологичных доменов. Текущие версии ProDom созданы с использованием новой процедуры, основанной на рекурсивном поиске PSI-BLAST.
- PROSITE
- - это база данных семейств и доменов белков. Он состоит из биологически значимых сайтов, паттернов и профилей, которые помогают надежно идентифицировать, к какому известному семейству белков (если таковое имеется) принадлежит новая последовательность.
- SMART
- позволяет идентифицировать и аннотировать генетически мобильные домены и анализировать домен архитектуры. Обнаруживается более 800 семейств доменов, обнаруженных в сигнальных, внеклеточных и связанных с хроматином белках. Эти домены подробно аннотированы в отношении филетических распределений, функционального класса, третичных структур и функционально важных остатков.
- SUPERFAMILY
- - это библиотека марковских моделей со скрытым профилем, которые представляют все белки известной структуры. Библиотека основана на классификации белков SCOP : каждая модель соответствует домену SCOP и предназначена для представления всего суперсемейства SCOP , к которому принадлежит домен. SUPERFAMILY использовался для выполнения структурных отнесений ко всем полностью секвенированным геномам.
- SFLD
- TIGRFAMs
- - это набор семейств белков, включающий тщательно подобранные множественные выравнивания последовательностей, скрытые марковские модели (HMM) и аннотации, который предоставляет инструмент для идентификации функционально связанных белков на основе гомологии последовательностей. Те записи, которые являются «эквивалентными», группируют гомологичные белки, которые сохранены в отношении функции.
Доступ
База данных доступна для поиска на основе текста и последовательностей через веб-сервер и для загрузки через анонимный FTP. Как и другие базы данных EBI, он находится в общественном достоянии, поскольку его содержимое может использоваться «любым лицом и для любых целей».
Пользователи также могут использовать программное обеспечение для сканирования сигнатур InterProScan, если они имеют новые последовательности, требующие характеризации. InterProScan часто используется в геномных проектах для получения «первичной» характеристики интересующего генома. По состоянию на февраль 2013 г. общедоступная версия InterProScan (v4.x) является на основе Perl, однако в стадии разработки находится новая архитектура на основе Java, которая станет ядром InterProScan v5.
InterPro стремится публиковать данные каждые 8 недель, обычно в течение дня после выпуска тех же белков UniProtKB.
См. Также
Ссылки
Внешние ссылки
