MobiDB

редактировать

MobiDB

Контент
Описание	База данных MobiDB с описаниями нарушений и подвижности белков
Типы данных. захваченных	Аннотации подвижностей и нарушений белков
Организмы	Все
Контакты
Исследовательский центр	Департамент биомедицинских наук Падуанского университета
Лаборатория	BioComputing UP
Первичное цитирование	PMID 29136219
Отн. Дата упрощения	декабрь 2017
Доступ
Формат данных	JSON
Веб-сайт	mobidb.org
Веб-сервис URL-адрес	REST API см. информацию здесь
Разное
Лицензия	CC BY 4.0
Версия	3.0.0
Политика курирования	Да - вручную и автоматически

В молекулярной биологии MobiDB - это тщательно подобранная биологическая база данных, разработанная для централизованного ресурса для аннотаций внутреннего нарушения белков. Нарушение белков - это структурная особенность, характеризующая большое количество белков с выдающимися членами, известными как внутренне неструктурированные (или неупорядоченные) белки. База данных имеет три уровня аннотации: вручную, косвенный и прогнозируемый. Комбинируя различные источники данных о белковом расстройстве в единую аннотацию, MobiDB стремится дать наилучшую возможную картину «ландшафта расстройств» данного интересующего белка.

Содержание

1 Источники данных MobiDB
- 1.1 Кураторские данные и дополнительная аннотация
- 1.2 Косвенные источники
- 1.3 Прогнозы
2 Консенсус MobiDB
3 Веб-сайт
4 Внешние ссылки
5 Ссылки

Источники данных MobiDB

Кураторские данные и дополнительная аннотация

Кураторские данные для MobiDB получены из базы данных DisProt с информацией и аннотациями о нарушениях, вручную извлеченными из литературы. Чтобы дополнить аннотацию о расстройствах, MobiDB содержит дополнительные аннотации из внешних источников:

UniProt : аннотации из базы данных UniProt включают организм, субклеточное расположение, тканевую специфичность, функцию, соответствующие сайты, соответствующие области, посттрансляционные модификации, и линейные мотивы.
Pfam : аннотации белковых доменов отображаются в графической форме и имеют ссылки, что позволяет пользователю посетить соответствующую страницу Pfam для получения дополнительной информации.
PDB : вторичная структура извлекается из PDB, когда это возможно, и отображается в графической форме и в 3D.
СТРОКА : Известные взаимодействия с доказательствами в «базе данных» и «экспериментальные» отображаются в сортируемой таблице.

Косвенные источники

PDB X-ray : Когда проводится кристаллографический эксперимент, чтобы попытаться определить структуру белка, бывают случаи, когда положение определенных остатков не может быть точно определено. Одна из возможных причин этого заключается в том, что остаток является частью гибкой / неупорядоченной области. По этой причине отсутствующие остатки в экспериментах с PDB считаются признаком внутреннего нарушения.
PDB ЯМР : Депонированные файлы экспериментов ЯМР для разрешения структуры белка часто содержат несколько моделей, представляющих разные конформации одного и того же белка. Вычисляя различия между позициями остатков каждой модели, можно измерить степень изменения этих позиций. Это изменение можно интерпретировать как меру гибкости или неупорядоченности белка. Веб-сервер MOBI (от которого было получено имя этой базы данных) автоматизирует эти вычисления, принимая в качестве входных данных файл в формате PDB.

Прогнозы

Большое количество Предикторы нарушений внутренних белков были обучены в последнее десятилетие. Большинство из них обучено имитировать характер ранее описанных аннотаций. Поскольку MobiDB в настоящее время охватывает полный набор последовательностей UniProt, включенные предикторы должны быть очень быстрыми. В настоящее время включены десять предикторов (ESpritz в трех его разновидностях, IUPred в двух разновидностях, DisEMBL в двух разновидностях, GlobPlot, VSL2b и JRONN ) позволяют MobiDB предоставлять аннотации нарушений для каждого белка, даже если нет доступных кураторских или косвенных данных.

Консенсус MobiDB

Чтобы обеспечить наилучшую возможную аннотацию для данного белка, MobiDB объединяет все свои источники данных в консенсусную аннотацию. Эта аннотация отличается от аннотаций, принадлежащих самим источникам, тем, что помимо «структурированного» и «неупорядоченного» содержит третье состояние: когда два авторитетных источника расходятся во мнениях, регион отображается как «неоднозначный». С доступными в настоящее время аннотациями этот конфликт возникает, когда вручную настроенный источник аннотирует определенную область как неупорядоченную, и все же для этой же области доступна структура PDB.

Веб-сайт

Веб-сайт MobiDB предоставляет пользователям интерфейс для поиска по идентификатору UniProt, названию белка или произвольному тексту. После отправки пользователям предоставляется список белков, каждый из которых снабжен аннотациями с информацией о расстройствах, интегрированной из различных источников, включая согласованный прогноз расстройства.

Веб-сервер MobiDB предоставляет некоторые конечные точки RESTful, позволяющие программный доступ к MobiDB и получение различных типов данных. Доступные маршруты GET обеспечивают доступ к UniProt, STRING, Pfam и данным о нарушениях в формате JSON.