FlyBase

редактировать

FlyBase - это онлайн-база данных биоинформатики и первичный репозиторий генетических и молекулярных данных для семейства насекомых Drosophilidae. Для наиболее изученных видов и модельных организмов, Drosophila melanogaster широкий спектр данных представлен в различных форматах.

Информация в FlyBase поступает из различных источников, от крупномасштабных геномных проектов до основной исследовательской литературы. Эти типы данных включают мутантные фенотипы ; молекулярная характеристика мутантных аллелей ; и другие отклонения, цитологические карты, паттерны экспрессии дикого типа,, анатомические изображения, трансгенные конструкции и инсерции, генные модели на уровне последовательности и молекулярная классификация функций генных продуктов. Инструменты запросов позволяют осуществлять навигацию FlyBase по последовательности ДНК или белка, по имени гена или мутанта или по терминам из нескольких онтологий, используемых для сбора функциональных, фенотипических и анатомических данных. База данных предлагает несколько различных инструментов запросов, чтобы обеспечить эффективный доступ к имеющимся данным и облегчить обнаружение важных взаимосвязей в базе данных. Связи между FlyBase и внешними базами данных, такими как BDGP или modENCODE, предоставляют возможность для дальнейшего изучения других баз данных моделей организмов и других источников биологической и молекулярной информации. Проект FlyBase осуществляется консорциумом исследователей дрозофилы и компьютерных ученых из Гарвардского университета и Университета Индианы в США, а также Кембриджского университета в США. Объединенное Королевство.

FlyBase - одна из организаций, вносящих вклад в Базу данных Generic Model Organism (GMOD).

Содержание

  • 1 Предпосылки
  • 2 Содержание
  • 3 Связанные исследования
  • 4 См. также
  • 5 Примечания и ссылки
  • 6 Внешние ссылки

Предыстория

Drosophila melanogaster является экспериментальным организмом с начала 1900-х годов и с тех пор находится в авангарде многих областей исследований. По мере того как эта область исследований распространилась и стала глобальной, исследователям, работающим над одними и теми же проблемами, требовался способ общения и отслеживания прогресса в этой области. Первоначально эта ниша была заполнена информационными бюллетенями сообщества, такими как Информационная служба по дрозофилам (DIS), которая восходит к 1934 году, когда эта область начала распространяться из лаборатории Томаса Ханта Моргана. На этих страницах представлены регулярные «каталоги» мутаций и библиографии литературы по дрозофилам. По мере развития компьютерной инфраструктуры в 80-х и 90-х годах эти информационные бюллетени уступили место и слились со списками рассылки в Интернете, которые в конечном итоге превратились в онлайн-ресурсы и данные. В 1992 году данные о генетике и геномике D. melanogaster и родственных видов были доступны в электронном виде через Интернет через финансируемые информационные группы FlyBase, BDGP (Berkeley Drosophila Genome Project) и EDGP (European Drosophila Genome Project).. Эти группы признали, что большинство типов данных геномных проектов и сообществ совпадают. Они решили, что было бы полезно представить научному сообществу комплексное представление данных. В октябре 1992 года Национальный центр исследования генома человека NIH профинансировал проект FlyBase с целью разработки, создания и выпуска базы данных генетической и молекулярной информации о Drosophila melanogaster. FlyBase также получает поддержку от Совета медицинских исследований, Лондон. В 1998 году консорциум FlyBase интегрировал информацию в единый сервер геномики дрозофилы. В настоящее время проект FlyBase осуществляется консорциумом исследователей дрозофилы и компьютерных ученых в Гарвардском университете, Кембриджском университете (Великобритания), Университете Индианы и Университете Нью-Мексико.

Содержание

FlyBase содержит полную аннотацию генома Drosophila melanogaster, которая обновляется несколько раз в год. Он также включает доступную для поиска библиографию исследований генетики дрозофилы за последнее столетие. Информация о текущих исследователях и частичная родословная отношений между текущими исследователями доступна для поиска на основе регистрации участвующего ученого (Найти человека ). На сайте также представлена ​​большая база данных изображений, иллюстрирующих полный геном, и несколько фильмов, подробно описывающих эмбриогенез (ImageBrowser ).

Стратегии поиска - отчеты по генам для всех двенадцати секвенированных геномов дрозофилы доступны в FlyBase. Есть четыре основных способа просмотра этих данных: Предварительно вычисленные файлы, BLAST, Gbrowse и страницы отчетов по генам. Файлы Gbrowse и предварительно вычисленные файлы предназначены для анализа всего генома, биоинформатики и сравнительной геномики. Страницы BLAST и отчетов о генах предназначены для определенного гена, белка или региона для всех видов.

При поиске цитологии доступны два основных инструмента. Используйте Cytosearch при поиске цитологически картированных генов или дефектов, которые не были молекулярно картированы в последовательности. Используйте Gbrowse при поиске молекулярно картированных последовательностей, вставок или зондов Affymetrix.

В FlyBase есть два основных инструмента запросов. Первый основной инструмент запросов называется Jump to Gene (J2G). Он находится в правом верхнем углу синей панели навигации на каждой странице FlyBase. Этот инструмент полезен, когда вы точно знаете, что ищете, и хотите перейти на страницу отчета с этими данными. Второй основной инструмент запросов называется QuickSearch. Он находится на домашней странице FlyBase. Этот инструмент наиболее полезен, когда вы хотите быстро найти что-то, о чем вы, возможно, мало знаете. Поиск можно проводить только внутри D. melanogaster или внутри всех видов. Данные, отличные от генов, можно искать с помощью меню «класс данных».

Сопутствующие исследования

Ниже приведены два примера исследований, связанных или использующих FlyBase:

  • Первое - это исследование экспрессируемых генов из alate (что означает «имеющий крылья») Toxoptera citricida, более известная как коричневая цитрусовая тля. Коричневая цитрусовая тля считается основным переносчиком вируса тристезы цитрусовых, серьезного патогена, наносящего ущерб цитрусовым отраслям во всем мире. Крылатая форма этой тли может летать на большие расстояния с ветром, что позволяет им распространять вирус тристезы цитрусовых в регионах выращивания цитрусовых. Чтобы лучше понять биологию коричневой цитрусовой тли и появление генов, экспрессируемых во время развития крыльев, исследователи предприняли крупномасштабный проект по 5'-концу секвенирования клонов кДНК крылатых тлей. Подобные крупномасштабные проекты секвенирования экспрессируемых тегов последовательности (EST) у других насекомых предоставили средство для ответа на биологические вопросы, касающиеся развития и физиологии. Несмотря на то, что в GenBank имеется постоянно растущая база данных EST от насекомых, большинство из них поступает от Drosophila melanogaster, а сравнительно немного - от тли. Исследователи смогли предоставить большой набор данных EST по крылатой (крылатой) коричневой цитрусовой тле и приступили к анализу этого ценного ресурса. Им удалось это сделать с помощью информации о Drosophila melanogaster в FlyBase. Идентичность предполагаемой последовательности определяли с помощью поиска BLAST. Совпадения последовательностей с оценками E-value ≤ -10 считались значимыми и классифицировались в соответствии с системой классификации Gene Ontology (GO) на основе аннотации 5 совпадений «наилучшего совпадения» в поисках BLASTX. Все совпадения D. melanogaster были каталогизированы с помощью FlyBase. Практически все эти совпадения «наилучшего совпадения» были охарактеризованы в отношении функционально аннотированных генов D. melanogaster с использованием FlyBase. Генетическая информация имеет решающее значение для углубления понимания биологии тли и будет играть важную роль в разработке будущих нехимических, генных стратегий борьбы с этими насекомыми-вредителями.
  • Улучшение генной онтологии дрозофилы Аннотация: Что генные продукты и где они это делают - важные вопросы для биологов. Проект Gene Ontology был основан 13 лет назад с целью согласованного обобщения этих данных в разных базах данных с использованием общего набора определенных словарных терминов. Они также кодируют отношения между терминами. Проект «Онтология генов» - это крупная инициатива в области биоинформатики, цель которой - стандартизировать представление генов и атрибутов генных продуктов для разных видов и баз данных. Проект также предоставляет данные аннотаций генных продуктов от членов консорциума GO. FlyBase была одним из трех членов-учредителей Консорциума Gene Ontology. Аннотация GO включает по крайней мере три компонента: термин GO, который описывает молекулярную функцию, биологическую роль или субклеточное расположение; «код свидетельства», который описывает тип анализа, используемый для поддержки термина GO; и указание ссылки на конкретную ссылку. Аннотация GO полезна как для мелкомасштабного, так и для крупномасштабного анализа. Он может дать первое указание на природу генного продукта и, в сочетании с кодами доказательств, напрямую указать на документы с соответствующими экспериментальными данными. Текущие приоритеты для аннотации: гомологи генов болезней человека, гены, которые высоко консервативны у разных видов, гены, участвующие в биохимических / сигнальных путях, и актуальные гены, которые, как было показано в недавних публикациях, представляют значительный интерес. FlyBase вносит в проект аннотации GO с момента его запуска в августе 2006 года. Аннотации GO появляются на странице Gene Report в FlyBase. Данные GO доступны для поиска в FlyBase с помощью TermLink и QueryBuilder. GO является динамичным и может меняться ежедневно, например, при добавлении новых терминов. Чтобы не отставать, FlyBase загружает новую версию GO каждые один или два выпуска FlyBase. Набор аннотаций GO передается в GOC одновременно с выпуском новой версии FlyBase.

См. Также

Примечания и ссылки

Внешние ссылки

Последняя правка сделана 2021-05-20 09:38:09
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте