Войти
 | |
|---|---|
| Содержимое | |
| Описание | Xenbase: База знаний модельного организма Xenopus. |
| Типы данных. захвачены | Литература, Нуклеотидная последовательность, последовательность РНК, последовательность белка, структура, геномика, морфолино, метаболические и сигнальные пути, геномы человека и других позвоночных, гены и заболевания человека, данные микрочипов и другой ген E. xpression, ресурсы протеомики, другая молекулярная биология, органеллы |
| организмы | Xenopus laevis и Xenopus tropicalis |
| Связаться с | |
| исследовательским центром | детской больницей Цинциннати, Университет Калгари |
| Лаборатория | Zorn lab, Vize lab |
| Первичное цитирование | PMID 29059324 |
| Дата выпуска | 1999 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.xenbase.org/ |
| URL-адрес загрузки | ftp://ftp.xenbase.org/pub/ |
| Инструменты | |
| Автономный | BLAST, JBrowse, GBrowse, Textpresso |
| Разное | |
| Лицензия | Общественное достояние |
| Выпуск данных. частота | Непрерывный |
| Версия | 4.x |
| Политика курирования | Профессионально курируемые |
| объекты, добавляемые в закладки. | Да |
. Xenbase является базой данных модельного организма (MOD), содержащий информационные ресурсы, а также геномные и биологические данные о лягушках Xenopus. Xenbase доступен с 1999 года и охватывает как X. laevis и X. tropicalis разновидности Xenopus. По состоянию на 2013 год все его сервисы работают на виртуальных машинах в частной облачной среде, что делает его одним из первых модов для этого. Помимо размещения данных и инструментов геномики, Xenbase поддерживает исследовательское сообщество Xenopus посредством профилей исследователей и лабораторий, а также сообщений о вакансиях и мероприятиях.
.
Xenbase работает в облачной среде. Его виртуальные машины работают в среде VMware vSphere на двух серверах с автоматической балансировкой нагрузки и отказоустойчивостью. Программное обеспечение Xenbase использует Java, JSP, JavaScript, AJAX, XML и CSS <17.>. Он также использует IBM WebSphere Application Server и базу данных IBM DB2. Те же аппаратные и программные платформы поддерживают Echinobase.
Xenopus модельный организм отвечает за большие объемы новых знаний по эмбриональному развитию и клеточной биологии. Xenopus обладает рядом уникальных экспериментальных преимуществ в качестве модели позвоночного животного. Первостепенное значение среди них - устойчивость ранних эмбрионов и их способность к микроинъекции и микрохирургии. Это делает их особенно привлекательной системой для тестирования эктопической активности генных продуктов и экспериментов с потерей функции с использованием антагонистических реагентов, таких как морфолино, доминантно-негативные и неоморфные белки. Морфолино представляют собой синтетические олигонуклеотиды, которые могут использоваться для ингибирования сплайсинга ядерной РНК или трансляции мРНК и являются обычным реагентом ингибирования генов в Xenopus, как ни миРНК, ни miRNA, как было показано, воспроизводимо функционирует в эмбрионах лягушки. Эмбрионы Xenopus развиваются очень быстро и образуют полный набор дифференцированных тканей в течение нескольких дней после оплодотворения, что позволяет быстро анализировать эффекты манипулирования экспрессией эмбрионального гена. Большой размер эмбрионов и способность к микроинъекции также делает их чрезвычайно подходящими для подходов с использованием микрочипов. Кроме того, эти же характеристики делают Xenopus одним из немногих модельных организмов позвоночных, пригодных для химических экранов. Xenbase предоставляет большую базу данных изображений, иллюстрирующих полный геном, фильмы, подробно описывающие эмбриогенез, и множество онлайн-инструментов, полезных для разработки и проведения экспериментов с использованием Xenopus.
Xenopus можно использовать для моделирования заболеваний человека, вызываемых общими генами. Xenbase поддерживает это, сопоставляя болезни Disease Ontology и OMIM с генами Xenopus и публикациями.
Xenbase предоставляет множество инструментов, полезных как для профессиональных исследований, так и для академического обучения. Ниже выделено несколько инструментов с кратким описанием. Для получения полной информации о предоставляемых инструментах пользователи могут обратиться к публикациям Xenbase. Подробное введение в использование Xenabse.
Нобелевская премия по медицине и физиологии была присуждена Джону Б. Гардону и Шинье Яманака 8 октября 2012 года. для ядерного репрограммирования в Xenopus.
Важность: Эксперименты Гурдона бросили вызов догме того времени, согласно которой ядро дифференцированной клетки предано своей судьбе (Пример: ядро клетки печени остается ядром клетки печени и не может вернуться в недифференцированное состояние).
В частности, эксперименты Джона Гэрдона показали, что зрелое или дифференцированное клеточное ядро может быть возвращено в его незрелую недифференцированную форму; это первый случай клонирования позвоночного животного.
Эксперимент : Гэрдон использовал технику, известную как перенос ядра, чтобы заменить убитое ядро яйца лягушки (Xenopus) ядром зрелой клетки (кишечного эпителия). Головастики, полученные из этих яиц, не выжили долго (после стадии гаструляции), однако дальнейшая трансформация ядер этих яиц Xenopus во второй набор яиц Xenopus привела к полностью развитым головастикам. Этот процесс (перенос ядер из клонированных клеток) называется последовательной трансплантацией.
Чтобы предоставить примеры того, как Xenbase можно использовать для облегчения академических исследований, ниже кратко описаны две исследовательские статьи.
В этой статье используются ресурсы Xenbase для создания и характеристики мутаций у Xenopus tropicalis. Года и др. Выполнили крупномасштабный предварительный генетический скрининг эмбрионов X. tropicalis с целью выявления новых мутаций (2006). Были отмечены дефекты, которые были разделены на 10 различных категорий, а именно: глаза, ухо, нервный гребень / пигмент, карликовые, осевые, кишечные, сердечно-сосудистые, голова, сердечно-сосудистая система плюс моторика и кровообращение. Дальнейшие исследования были проведены на мутанте Уайтхарта «wha», у которого нет нормальной циркулирующей крови. Страница ресурсов Xenopus Molecular Marker Resource была использована для разработки эксперимента с микрочипами, в котором сравнивали дикий тип (нормальная циркуляция) и мутантный мутант X. tropicalis «wha». Анализ данных микроматрицы показал, что 216 генов имели значительные изменения в экспрессии, причем гены, участвующие в гемоглобине и биосинтезе гема, были наиболее затронуты, что согласуется с наблюдением, что «wha» может играть роль в гематопоэзе.
В статье 2013 Suzuki et al. описывает использование относительно новой техники нокдауна гена у X. laevis. Традиционно антисмысловые морфолино олигонуклеотиды были методом выбора для изучения эффектов временного нокдауна гена у Xenopus.
По сравнению с морфолино, которые нарушают экспрессию генов, ингибируя механизм трансляции, TALEN нарушают экспрессию генов, связываясь с ДНК и вызывая двухцепочечные разрывы. Xenbase использовали для получения общедоступных последовательностей тирозиназы (tyr) и Pax6, необходимых для дизайна TALEN. Нокдаун как Pax6, так и tyr был высокоэффективным с использованием TALEN, предполагая, что нарушение гена с использованием TALEN может быть альтернативой или лучшим методом по сравнению с антисмысловыми морфолино.
