База данных модельных организмов

редактировать

Базы данных модельных организмов ( MOD) - это биологические базы данных или базы знаний, предназначенные для предоставления подробных биологических данных для интенсивно изучаемых модельных организмов. MOD позволяют исследователям легко находить справочную информацию о больших наборах генов, эффективно планировать эксперименты, комбинировать свои данные с существующими знаниями и строить новые гипотезы. Они позволяют пользователям анализировать результаты и интерпретировать наборы данных, а данные, которые они генерируют, все чаще используются для описания менее изученных видов. По возможности, MOD используют общие подходы к сбору и представлению биологической информации. Например, все MOD используют онтологию генов (GO) для описания функций, процессов и местоположения определенных генных продуктов в клетках. Также существуют проекты, позволяющие совместно использовать программное обеспечение для курирования, визуализации и запросов между различными модами. Однако организационное разнообразие и меняющиеся требования пользователей означают, что MOD часто требуются для настройки сбора, отображения и предоставления данных.

Типы данных и услуг

Базы данных модельных организмов интегрально генерируют, исходят и сопоставляют специфичную для видов информацию, сочетая экспертные знания с литературным подбором и биоинформатикой.

Услуги, предоставляемые биологическим исследовательским сообществам, включают:

  • Аннотации последовательности генома
    • Расположение генов и регуляторных участков в геноме
  • Функциональное лечение генных продуктов
    • Распознавать функции, выполняемые генным продуктом, просматривая различные данные, включая аннотации генной онтологии (GO), фенотипы, экспрессию генов, информацию о путях
  • Аннотации последовательности белка / РНК
  • Анатомическая информация
  • Складские центры
  • Ортология
Список баз данных модельных организмов
Распространенное имя Научное название Страница Википедии Ссылка на базу данных
пекарские дрожжи Saccharomyces cerevisiae База данных генома сахаромицетов SGD
Делящиеся дрожжи Schizosaccharomyces pombe PomBase PomBase
Когтистая лягушка Xenopus Xenbase Xenbase
Морские ежи, морские звезды и др. Иглокожие Echinobase Echinobase
Плодовая муха Drosophila melanogaster FlyBase FlyBase
Пчелы, осы, муравьи Перепончатокрылые База данных генома перепончатокрылых HGD
Мышь Mus musculus Информатика генома мыши MGI
Нематода Caenorhabditis elegans WormBase WormBase
Крыса Раттус норвегикус База данных генома крысы RGD
Социальная амеба Dictyostelium discoideum DictyBase dictyBase
Инфузорий Tetrahymena thermophila База данных генома тетрахимены TGD
Тале кресс Arabidopsis thaliana Информационный ресурс по арабидопсису ТАИР
Кукуруза Zea mays ssp. май - Кукуруза
Соя Глицин соя SoyBase SoyBase
Данио Данио Рерио Информационная сеть по рыбкам данио ZFIN
- грибковые микроорганизмы албиканс - CGD
- кишечная палочка EcoCyc EcoCyc
Сенная палочка Bacillus subtilis - Subti Wiki
использованная литература
Последняя правка сделана 2023-04-21 03:31:26
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте