Информационная сеть по рыбкам данио

ZFIN

Содержимое
Описание	База данных модельных организмов рыбок данио.
Организмы	Рыбы данио
Контакты
Исследовательский центр	Университет Орегона
Основное упоминание	Bradford al. (2011)
Дата выпуска	2010
Доступ
Веб-сайт	http://zfin.org

Информационная сеть Zebrafish (ZFIN ) - это онлайновая биологическая база данных с информацией о рыбках данио (Danio rerio). Рыбки данио - широко используемые модельные организмы для генетических, геномных и исследований развития, а ZFIN предоставляет интегрированный интерфейс для запросов и отображая большой объем данных, полученных в результате этого исследования. Чтобы облегчить использование рыбок данио в качестве модели биологии человека , ZFIN связывает эти данные с соответствующей информацией о других модельных организмах (например, мышь ) и базами данных болезней человека. Включены многочисленные ссылки на внешние базы данных последовательностей (например, GenBank ) и на браузеры генома. Данные о генном продукте, экспрессии гена и фенотипе аннотируются терминами из биомедицинских онтологий. ZFIN базируется в Университете штата Орегон в США, при финансовой поддержке Национальных институтов здравоохранения (NIH).

• 1 Содержание
• 2 Примечания и ссылки
• 3 Внешние ссылки
• 4 См. Также

ZFIN состоит из двух основных частей:

1. веб-сайт новостей и объявлений сообщества, а также биологических ресурсов, таких как лабораторные протоколы, руководство по номенклатуре генов и анатомическая информация
2. a реляционная база данных, содержащая биологические данные, которые курируются из научной литературы и непосредственно предоставленные исследовательскими лабораториями по рыбкам данио (например, высокопроизводительный анализ экспрессии генов Thisse).

Информация в ZFIN тесно связана с веб-ресурсами Международного ресурсного центра по рыбкам данио (ZIRC ), Китайский ресурсный центр по рыбам данио (CZRC ) и т. Д., Которые поддерживают и предоставляют исследовательские ресурсы, материалы и услуги, связанные с рыбками данио.

Интерфейс реляционной базы данных ZFIN предоставляет формы запросов и страницы отображения для следующих типов биологических данных:

• Гены, маркеры и клоны
• Экспрессия генов
• Антитела
• Выравнивание последовательностей (BLAST )
• Мутанты и трансгенные линии
• Анатомия
• Генетические карты

ZFIN также поддерживает базу данных связанных с рыбками данио публикаций, лабораторий, людей, и компании.

В дополнение к своим специализированным поисковым интерфейсам ZFIN предоставляет глобальный поиск по сайту, подобный Google.

Сообщество ZFIN вики дает данио исследователи возможность обмениваться информацией о лабораторных протоколах и антителах.

• ZFIN База данных модельных организмов рыбок данио
• Аннотация генома рыбок данио Vega
• FishMap: Обозреватель геномики сообщества рыбок данио поддерживается в Институте геномики и интегративной биологии
• Предварительный просмотр бета-версии GenomeWiki рыбок данио поддерживается в Институте Г. эномика и интегративная биология

• База червей
• Flybase
• Xenbase