Войти
| Содержимое | |
|---|---|
| Описание | SoyBase USDA-ARS генетика и геномная база данных сои |
| Типы данных. захвачены | Нуклеиновая кислота, Белок, Экспрессия, Метаболизм, Эпигенетика |
| Организмы | Глицин макс, Глицин соя (соя, соя, соя) |
| Связаться | |
| Исследовательский центр | USDA Служба сельскохозяйственных исследований |
| Лаборатория | Кукурузные насекомые и генетическое исследование сельскохозяйственных культур |
| Первичное цитирование | PMID 20008513 |
| Доступ | |
| Формат данных | Различный |
| Веб-сайт | soybase.org |
| Разное | |
| Лицензия | Общественное достояние - Правительство США |
| Ve rsioning | Нет |
| Выпуск данных. частота | Постоянно |
| Политика курирования | Профессионально курируемая |
SoyBase - это база данных, созданная Министерство сельского хозяйства США. Он содержит генетическую информацию о соевых бобах. Он включает генетические карты, информацию о менделевской генетике и молекулярные данные о генах и последовательностях. Он был запущен в 1990 году и находится в свободном доступе для частных лиц и организаций по всему миру.
SoyBase была создана Отделом исследования насекомых и генетики кукурузы (CICGRU) в Эймсе, штат Айова, в качестве центрального хранилища опубликованной информации сообщества генетиков сои. Первоначально база данных была сосредоточена на генетической информации, такой как карты генетического сцепления и другой мендальской информации. Генетические карты SoyBase представляют собой составленную вручную совокупность всех опубликованных картографических исследований и исследований QTL и, таким образом, обеспечивают представление маркеров и QTL на уровне видов.
В 2010 году была выпущена последовательность генома сои вместе с моделями генов и многими другими типами аннотаций генома, которые были интегрированы в SoyBase. Карты генетического сцепления SoyBase были неотъемлемой частью сборки генома сои.
В 2018 году база данных получала около 63000 запросов страниц от 2600 пользователей в месяц из 130 стран. Ежегодно к SoyBase получают доступ около 40 организаций в США и 82 зарубежных учебных заведения. SoyBase предоставляет данные правительственным организациям и юридическим лицам США и других стран.
Данные принимаются только от исходных генераторов. Пользователи, которые самостоятельно идентифицируют данные для включения в базу данных, могут связаться с SoyBase напрямую. Для упрощения включения данных в SoyBase доступен ряд шаблонов электронных таблиц на основе Excel.
Все данные в SoyBase доступны без ограничений. Предоставляется ряд инструментов для настройки и загрузки данных, а при необходимости можно запросить специальные подмножества данных у куратора SoyBase.
Панель инструментов SoyBase. Инструмент поиска базы данных SoyBase использует текстовое поле ввода для запросов. Результаты возвращаются в виде текста и дисплеев. Результаты отображают генетические (и геномные) данные сои с использованием Generic Model Organism Database (GMOD) программного обеспечения с открытым исходным кодом. Помимо SoyBase, объектов, идентифицируемых по точному лексическому совпадению с термином запроса, инструмент также использует онтологию, специфичную для сои, для идентификации биологически связанных объектов SoyBase.
Некоторые данные последовательности SoyBase и аннотации доступны через экземпляр InterMine (SoyMine), который является результатом сотрудничества с Проектом информационной системы бобовых культур.
Генетические карты содержат информацию о маркерах (SSR, RFLP, SNP и т. Д.), Генах, а также о двуродительской и общегеномной ассоциации. Исследование (GWAS) Локусы количественных признаков (QTL). Генетические карты сои отображаются с помощью программы просмотра сравнительных генетических карт CMap. Геномная последовательность сои и данные генной модели отображаются с помощью программы просмотра последовательностей GBrowse. Другие аннотации генома в этом средстве просмотра включают эпигенетические данные, такие как данные метилирования ДНК и экспрессии генов для различных штаммов сои, подвергнутых разным обработкам, и из разных тканей / сортов сои.. Метаболические данные и информация о биохимических путях отображаются с помощью Pathway Tools. Информация о метаболическом пути сои (SoyCyc) была получена в рамках проекта Plant Metabolic Network и использовалась для заполнения дисплеев PathwayTools.
