Войти
 | |
| Сокращенное название | SIB |
|---|---|
| Формирование | 30 марта 1998 г. ; 23 года назад ( 1998-03-30) |
| Тип | академический некоммерческий фонд |
| Главное управление | SIB Swiss Institute of Bioinformatics Quartier Sorge Batiment Amphipole 1015 Lausanne Switzerland |
| Область | Швейцария |
| Совместный исполнительный директор | Кристин Дуринкс и Рон Аппель |
| Интернет сайт | sib.swiss |
SIB Швейцарского Институт биоинформатики является академическим не некоммерческим фондом, который федераты биоинформатики деятельности по всей Швейцарии.
Институт был основан 30 марта 1998 года, и его миссия заключается в предоставлении основных ресурсов по биоинформатике национальному и международному сообществу исследователей наук о жизни в таких областях, как геномика, протеомика и системная биология, а также руководство и координация области биоинформатики в Швейцарии. В частности, он продвигает исследования, разрабатывает банки данных и компьютерные технологии, а также участвует в обучении и оказании услуг.
Кристин-Рон СИБ Первоначально институт был создан для обеспечения основы для стабильного долгосрочного финансирования как базы данных Swiss-Prot, так и швейцарского узла EMBnet. Swiss-Prot, в частности, пережила серьезный финансовый кризис в 1996 году, который привел к созданию SIB руководителей пяти исследовательских групп, работающих в области биоинформатики в Женеве и Лозанне, Рона Аппеля, Амоса Байроха, Филиппа Бухера, Виктора Йонжениля и Мануэля Пайча. После создания институт может подать заявку на финансирование в соответствии с законодательством Швейцарии, которое позволяет правительству финансировать до 50% расходов на жизненно важные исследовательские и учебные инфраструктуры.
Первым директором института был Виктор Йонгенель, а с 2001 по сентябрь 2007 года - Эрнест Фейтманс. С 1 октября 2007 года по июль 2018 года институт возглавлял Рон Аппель, один из его членов-основателей. С июля 2018 года SIB возглавляют Кристин Дуринкс и Рон Аппель в качестве совместных исполнительных директоров.
Швейцарский институт биоинформатики SIB - это федерация исследовательских групп с аффилированными биоинформатиками в 21 учреждении-партнере SIB, включая университеты Базеля, Берна, Фрибурга, Женевы, Лозанны, Лугано и Цюриха, Федеральные технологические институты в Лозанне и Цюрихе, Институт биомедицинских исследований Фридриха Мишера, Институт онкологических исследований в Беллинцоне и Женевская школа делового администрирования (HEG). Текущие исследовательские группы в SIB расположены в Базеле, Берне, Фрибурге, Женеве, Лозанне, Лугано, Цюрихе, Ивердоне, Веденсвиле, Беллинцоне и Давосе.
SIB объединяет более 70 исследовательских, сервисных и инфраструктурных групп, объединяя более 700 ученых в таких различных областях, как протеомика, транскриптомика, геномика, системная биология, структурная биоинформатика, эволюционная биоинформатика, моделирование, визуализация, биофизика, популяционная генетика и клиническая биоинформатика. SIB организует ежегодную международную научную встречу [BC] 2 Basel Computational Biology Conference.
Институт предлагает широкий спектр ресурсов для сообщества исследователей биологических наук, большинство из которых открыты и доступны через Expasy, портал ресурсов SIB по биоинформатике. Они включают:
SIB разрабатывает и поддерживает базы данных международного уровня, в том числе UniProtKB / Swiss-Prot (курируемая база данных последовательностей белков, обеспечивающая высокий уровень аннотации), neXtProt (платформа знаний о белках, ориентированная на человека), SWISS-MODEL Repository (трехмерные модели структуры белков), STRING (сети взаимодействия белков для системной биологии), SwissRegulon (общегеномные сети регуляции транскрипции), Eukaryotic Promoter Database ( EPD ), SWISS-2DPAGE (2D-база данных геля), WORLD-2DPAGE Repository (2D-хранилище гелей), PROSITE (протеин семейства и домены), MyHits (последовательности и мотивы белков), Bgee (база данных для поиска и сравнения паттернов экспрессии генов между видами животных), OpenFlu (база данных для вирусов гриппа человека и животных), ViralZone (портал для вирусных записей UniProtKB), GlycoSuiteDB ( база данных гликанов), SugarBindDB (база данных патогенов, связывающих сахар), OrthoDB (иерархический каталог эукариотических ортологов), miROrtho (каталог генов микроРНК животных), ImmunoDB (гены и семейства генов насекомых, связанные с иммунитетом) и Cellosaurus (ресурс знаний о клеточных линиях).
SIB разрабатывает и поставляет программное обеспечение для мирового сообщества исследователей биологических наук, такое как SWISS-MODEL (моделирование гомологии структуры белков), SwissDrugDesign (компьютерный дизайн лекарств), Melanie ( платформа для 2D-анализа гелей ), MSight ( визуализация и анализ ЖХ-МС). программное обеспечение ), OMA (матрица ортологии), V-pipe (конвейер вирусной геномики), DeepView / Swiss-PdbViewer (визуализация, моделирование и анализ белков) и утилиты Newick (высокопроизводительная обработка филогенетического дерева).
SIB управляет несколькими основными объектами биоинформатики, которые предоставляют информативную и статистическую поддержку, а также услуги и консультации для ученых-биологов, что позволяет им проводить свои исследовательские проекты и анализировать полученные данные. Были созданы основные объекты для исследований в области геномики, транскриптомики и протеомики. SIB также поддерживает Центр высокопроизводительных вычислений Vital-IT, который предоставляет вычислительные ресурсы, поддержку разработки и консультации для швейцарского сообщества медико-биологических наук как в академических кругах, так и в промышленности. Инфраструктура Vital-IT распределена по трем объектам: Университет Лозанны, EPFL и Университет Женевы. Вычислительные ресурсы и опыт в области биоинформатики также предоставляются в Базеле с sciCORE, Базельским центром вычислительной биологии.
Одним из приоритетов SIB является продвижение и координация образования в области биоинформатики. Члены SIB прямо или косвенно участвуют в ряде курсов по биоинформатике на всех уровнях образования - от средней школы до бакалавриата и магистратуры, а также в специализированной подготовке ученых-биологов. SIB также продвигает сеть подготовки докторов наук в области биоинформатики, которая открыта для аспирантов швейцарских высших учебных заведений. Эта сеть преследует две цели:
SIB также участвует в ознакомлении с биоинформатикой неспециалистов. Понимание растущего значения этой относительно недавней науки в современном обществе становится фундаментальным. Действительно, в не столь отдаленном будущем пациенты будут ссылаться на результаты, непосредственно полученные с помощью методов биоинформатики. С 2000 года, чтобы повысить осведомленность общественности, СИБ принял участие в многочисленных научных ярмарках, создал два онлайн-журнала, выставку под открытым небом, а в 2012 году - виртуальную выставку.
