Войти
EMBOSS - это бесплатный пакет для анализа программного обеспечения с открытым исходным кодом, разработанный для потребности сообщества пользователей молекулярной биологии и биоинформатики. Программное обеспечение автоматически обрабатывает данные в различных форматах и даже позволяет прозрачно извлекать данные о последовательностях из Интернета. Кроме того, поскольку пакет поставляется с обширными библиотеками, это платформа, позволяющая другим ученым разрабатывать и выпускать программное обеспечение в духе настоящего открытого исходного кода. EMBOSS также объединяет ряд доступных в настоящее время пакетов и инструментов для анализа последовательностей в единое целое.
EMBOSS - это аббревиатура от E uropean M olecular B iology O pen S программное обеспечение S uite. Европейская часть названия намекает на более широкий охват. Основные группы EMBOSS сотрудничают со многими другими группами для разработки новых приложений, которые нужны пользователям. Это было сделано с самого начала с EMBnet, Европейской сетью молекулярной биологии. EMBnet имеет множество узлов по всему миру, большинство из которых являются национальными службами биоинформатики. EMBnet имеет опыт программирования. В сентябре 1998 года был проведен первый семинар, когда 30 человек из EMBnet отправились в Hinxton, чтобы узнать о EMBOSS и обсудить дальнейшие шаги.
Пакет EMBOSS содержит множество приложений для выравнивание последовательностей, быстрый поиск в базе данных по образцам последовательностей, идентификация белковых мотивов (включая анализ домена) и многое другое.
Библиотеки AJAX и NUCLEUS выпускаются под Стандартной общественной лицензией GNU Library. Приложения EMBOSS выпускаются на условиях Стандартной общественной лицензии GNU.
| Группа | Описание |
|---|---|
| Acd | Утилиты Acd-файла |
| Согласование по выравниванию | Слияние последовательностей для достижения консенсуса |
| Различия в выравнивании | Поиск различия между последовательностями |
| точечные графики выравнивания | сравнения последовательностей точечных графиков |
| выравнивание глобальное | глобальное выравнивание последовательностей |
| выравнивание локальное | локальное выравнивание последовательностей |
| Множественное выравнивание | Множественное выравнивание последовательностей |
| Отображение | Отображение качества публикации |
| Редактировать | Редактирование последовательности |
| Кинетика фермента | Расчет кинетики фермента |
| Таблицы функций | Управление и отображение аннотации последовательности |
| HMM | Анализ скрытой марковской модели |
| Информация | Информация и общая помощь для пользователей |
| Меню | Интерфейс (-а) меню |
| 2-мерная структура ядра | Вторичная структура нуклеиновой кислоты |
| Использование нуклеиновых кодонов | Анализ использования кодонов |
| Нуклеиновый состав | Состав нуклеотидных последовательностей |
| Нуклеиновые CpG-островки | Обнаружение и анализ CpG-островков |
| Поиск нуклеиновых генов | Прогнозирование генов и других геномных особенностей |
| Нуклеиновые мотивы | Поиск мотивов нуклеиновых кислот |
| Нуклеиновые мутации | Мутация последовательности нуклеиновой кислоты |
| Нуклеиновые праймеры | Прогнозирование праймера |
| Нуклеиновые профили | Создание и поиск профиля нуклеиновой кислоты |
| Нуклеиновые повторы | Обнаружение повторений нуклеиновых кислот |
| Нуклеиновая рестрикция | Сайты рестрикционных ферментов в нуклеотидных последовательностях |
| Фолдинг нуклеиновой РНК | Методы и анализ фолдинга РНК |
| Нуклеиновая транскрипция | Факторы транскрипции, промоторы и предсказание терминатора |
| Нуклеиновая трансляция | Трансляция нуклеотидной последовательности в последовательность белка |
| Филогенетический консенсус | Филогенетический консенсусный метод |
| Филогенетический консенсус непрерывный символы | Филогенетические методы непрерывных символов |
| Филогенетические дискретные символы | Филогенетические дискретные методы символов |
| Филогенетические методы расстояний | Филогенетические методы матриц расстояний |
| Филогенетические частоты генов 63> | Филогенетические частотные методы генов |
| Филогенетические молекулярные последовательности | Филогенетические молекулярные последовательности методов |
| Филогенетические методы построения молекулярных последовательностей | Филогенетические методы построения дерева |
| 2-мерная структура белка | Вторичная структура протеина |
| Структура протеина 3d | Третья структура протеина |
| Состав протеина | Состав последовательностей протеина |
| Мотивы протеина | Поиск мотивов протеина |
| Мутация белка | Мутация последовательности белка |
| Профили белка | Создание и поиск профиля белка |
| Тест | Инструменты тестирования, не для общего использования |
| Утилиты создания базы данных | Установка базы данных |
| Утилиты индексирования базы данных | Индексирование базы данных |
| Утилиты разное | Утилиты |
