Войти
| Вирус с положительной РНК | |
|---|---|
 | |
| вирус гепатита C | |
| Классификация вирусов | |
| Группа: | Группа IV ((+) оцРНК ) |
| Царство: Тип: Класс | |
| Синонимы | |
| |
вирусы с положительной цепью РНК (+ ssRNA вирусы ) представляют собой группу родственных вирусов, которые имеют положительно-смысловые одноцепочечные геномы, состоящие из рибонуклеиновой кислоты. Геном с положительным смыслом может действовать как информационная РНК (мРНК) и может напрямую транслироваться в вирусные белки с помощью рибосом клетки-хозяина. РНК-вирусы с положительной цепью кодируют РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp), которая используется во время репликации генома для синтеза антигенома с отрицательным смыслом, который затем используется в качестве матрицы для создания нового положительного смысла. вирусный геном.
РНК-вирусы с положительной цепью подразделяются на типы Kitrinoviricota, Lenarviricota и Pisuviricota (в частности, классы Pisoniviricetes и Стелпавирикт ) все они находятся в королевстве Орторнавиры и царстве Рибовирия. Они монофилетичны и произошли от общего предка РНК-вируса. В системе классификации Балтимора вирусы + оцРНК относятся к группе IV.
Вирусы с положительной РНК составляют большую часть известных вирусов, включая многие патогены, такие как как гепацивирус C, вирус Западного Нила, вирус денге и SARS, MERS и SARS-CoV-2 коронавирусы, а также менее клинически серьезные патогены, такие как риновирусы, вызывающие простуду.
Положительная цепь Геномы РНК-вирусов обычно содержат относительно мало генов, обычно от трех до десяти, включая РНК-зависимую РНК-полимеразу. Коронавирусы имеют самые большие известные геномы РНК, от 27 до 32 килобаз в длину, и, вероятно, обладают механизмами репликации корректуры в виде e ксорибонуклеаза в неструктурном белке nsp14.
Вирусы с положительной цепью РНК имеют генетический материал, который может функционировать как геном, так и как информационная РНК ; он может быть непосредственно транслирован в белок в клетке-хозяине с помощью рибосом хозяина. Первые белки, которые экспрессируются после заражения, выполняют функции репликации генома; они рекрутируют вирусный геном с положительной цепью для вирусных репликационных комплексов, образованных в ассоциации с внутриклеточными мембранами. Эти комплексы содержат белки вирусного происхождения и происхождения из клеток-хозяев и могут быть связаны с мембранами различных органелл - часто грубого эндоплазматического ретикулума, но также включают мембраны, полученные из митохондрии, вакуоли, аппарат Гольджи, хлоропласты, пероксисомы, плазматические мембраны, мембраны аутофагосом и новые цитоплазматические отделения.
Репликация генома позитивно-смысловой РНК происходит через двухцепочечные промежуточные соединения РНК, и Целью репликации в этих мембранных инвагинациях может быть предотвращение клеточного ответа на присутствие дцРНК. Во многих случаях субгеномные РНК также создаются во время репликации. После заражения весь механизм трансляции клетки-хозяина может быть направлен на производство вирусных белков в результате очень высокого сродства к рибосомам внутреннего сайта входа в рибосомы вирусного генома (IRES) элементы; у некоторых вирусов, таких как полиовирус и риновирусы, нормальный синтез белка дополнительно нарушается вирусными протеазами, разрушающими компоненты, необходимые для инициации трансляции клеточной мРНК.
Все геномы вирусов с положительной цепью РНК кодируют РНК-зависимую РНК-полимеразу вирусный белок, который синтезирует РНК из матрицы РНК. Белки клетки-хозяина, рекрутируемые + ssRNA-вирусами во время репликации, включают РНК-связывающие белки, белки-шапероны и белки ремоделирования мембран и липидного синтеза, которые совместно участвуют в использовании секреторный путь клетки для репликации вируса.
Многочисленные вирусы с положительной цепью РНК могут подвергаться генетической рекомбинации, когда по крайней мере два вирусных генома присутствует в той же клетке-хозяине. Способность к рекомбинации среди патогенов вируса + оцРНК человека является обычным явлением. Рекомбинация РНК, по-видимому, является основной движущей силой в определении архитектуры генома и курса вирусной эволюции среди Picornaviridae (например, полиовируса). В Retroviridae (например, HIV ) повреждения генома, по-видимому, избегают во время обратной транскрипции за счет переключения цепей, формы рекомбинации. Рекомбинация происходит у Coronaviridae (например, SARS ). Рекомбинация в РНК-вирусах, по-видимому, является адаптацией для борьбы с повреждением генома. Рекомбинация также может происходить нечасто между + ssRNA вирусами одного и того же вида, но разных ветвей. Полученные рекомбинантные вирусы могут иногда вызывать вспышку инфекции у людей, как в случае SARS и MERS.
Вирусы с положительной цепью РНК распространены в растениях. В вирусах tombus и кармовирусах рекомбинация РНК часто происходит во время репликации. Способность РНК-зависимой РНК-полимеразы этих вирусов переключать матрицы РНК предполагает модель выбора копий рекомбинации РНК, которая может быть адаптивным механизмом для преодоления повреждений вирусного генома. Также сообщалось, что другие + оцРНК-вирусы растений способны к рекомбинации, такие как мозаика Брома бромовирус и вирус Синдбис.
Обнаружены вирусы с положительной цепью РНК в трех типах: Kitrinoviricota, Lenarviricota и Pisuviricota, каждый из которых отнесен к королевству Orthornavirae в царстве Riboviria. В системе классификации Балтимора, которая объединяет вирусы в группы на основе их способа синтеза мРНК, + ssRNA вирусы относятся к группе IV.
Первый тип + ssRNA - Kitrinoviricota. Тип содержит так называемые «альфавирус супергруппа» и «флавивирус супергруппа» наряду с различными другими вирусами с коротким геномом. Различают четыре класса в филуме: Alsuviricetes, супергруппа альфавирусов, которая содержит большое количество вирусов растений и вирусов членистоногих; Flasuviricetes, содержащий флавивирусы, Magsaviricetes, содержащий нодавирусы и; и Tolucaviricetes, который в основном содержит вирусы растений.
Lenarviricota является вторым типом + оцРНК. Он включает семейство Leviviridae, которое заражает прокариот, и явных потомков левивирусов, которые инфицируют эукариот. Тип делится на четыре класса: Allassoviricetes, который содержит левивирусы и их родственники, Amabiliviricetes, содержащий нарнавирусы и их родственники, Howeltoviricetes, содержащий митовирусы и их родственники, и Miaviricetes, который содержит вирусы ботурмии и их родственники. На основании филогенетического анализа RdRp все другие РНК-вирусы считаются составляющими сестринскую кладу по отношению к Lenarviricota.
Третий тип, содержащий + ssRNA вирусы, - это Pisuviricota, которую неофициально называют «супергруппой пикорнавирусов». Тип содержит большое количество эукариотических вирусов, которые, как известно, заражают животных, растения, грибы и протистов. Тип содержит три класса, два из которых содержат только вирусы + ssRNA: Pisoniviricetes, который содержит нидовирусы, пикорнавирусы и собеливирусы, и Stelpaviricetes, который содержит потивирусы и астровирусы. Третий класс - Duplopiviricetes, членами которого являются вирусы с двухцепочечной РНК, которые происходят от вирусов + ssRNA.
