Войти
| Nidovirales | |
|---|---|
 | |
| Жизненный цикл нидовирусов | |
Классификация вирусов  | |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Царство: | Рибовирия |
| Королевство: | Орторнавиры |
| Тип: | Pisuviricota |
| Класс: | Pisoniviricetes |
| Порядок : | Nidovirales |
Nidovirales - это группа окруженных, вирусов с положительной цепью РНК, которые инфицируют позвоночных и беспозвоночных. Организмы-хозяева включают млекопитающих, птиц, рептилий, земноводных, рыб, членистоногих, моллюски и гельминты. В заказ входят вирусы семейства Coronaviridae, Arteriviridae, Roniviridae и Mesoniviridae.
Member с вирусной оболочкой и положительно-смысловой, одноцепочечной РНК-генома, которая кэпирована и полиаденилирована. Нидовирусы названы в честь латинского nidus, что означает гнездо, поскольку все вирусы в этом порядке производят 3'-концевой вложенный набор субгеномных мРНК во время заражения.
Сравнение геномов и протеомов различных семейств нидовирусов Отряд Nidovirales состоит из вирусов, которые имеют геномы одноцепочечных РНК с положительным смыслом. Вирусы относятся к группе IV по балтиморской классификационной системе. В качестве геномов с положительным смыслом вирусы могут использовать некоторые белки клетки-хозяина во время репликации и экспрессии генов, которые происходят в цитоплазме клетки-хозяина.
Эта группа вирусов экспрессирует структурные белки отдельно от неструктурных. Структурные белки кодируются в 3 ’области генома и экспрессируются из набора субгеномных мРНК. Эти вирусы кодируют одну основную протеиназу и от одной до трех дополнительных протеиназ, которые в основном участвуют в экспрессии гена репликазы. Эти протеиназы также отвечают за активацию или инактивацию определенных белков в нужное время в жизненном цикле вируса, гарантируя, что репликация происходит в нужное время.
Многие белки были идентифицированы в геномах Nidovirales, но их функция еще не определена. Другие ферменты, которые могут присутствовать в геноме, включают папаин -подобные протеазы, активность связывания АДФ-рибозы / поли (АДФ-рибозы) или АДФ-рибоза 1 '' - фосфат-фосфатазы. и циклическая нуклеотидфосфодиэстераза.
Большинство, но не все субгеномные РНК нидовирусов содержат 5'-лидерную последовательность, происходящую от 5'-конца геномной РНК.
Сдвиг рамки, который генерирует ORF 1b сдвиг рамки, происходит в «скользкой» последовательности гептануклеотида UUUAAAC, расположенной перед стоп-кодоном ORF1a и предполагаемым псевдоузлом РНК структура.
Этот порядок вирусов можно отличить от других РНК-вирусов по совокупности семи консервативных доменов - 5'-TM2-3CLpro-TM3-RdRp-Zm-HEL1-NendoU-3 '- первые три кодируются в ORF1a, а остальные четыре - в ORF1b. TM2 и TM3 и трансмембранные домены; RdRp - РНК-полимераза; Zm представляет собой домен связывания Zn-кластера, слитый с геликазой (HEL1); 3CLpro представляет собой 3C-подобную протеазу ; и NendoU представляет собой уридилат -специфическую эндонуклеазу. 3CLpro имеет каталитическую диаду His - Cys и также известен как основная протеиназа коронавируса SARS (Mpro).
Дерево таксономии отряда Nidovirales Отряд Nidovirales можно разделить на две группы в зависимости от размера генома: с большими геномами (26,3–31,7 kilobases), в которую входят Coronaviridae и Roniviridae (большие нидовирусы) и вирусы с маленькими геномами (малые нидовирусы) - кладу, включающую отдаленно родственные Arteriviridae (12,7–15,7 kb). Большие нидовирусы кодируют как 2'-O- метилтрансферазу, так и 3'– 5 'экзорибонуклеазу (ExoN) - последнее очень необычно для РНК-вируса. Они также кодируют суперсемейство 1 геликазу, уридилат-специфичную эндонуклеазу (фермент, уникальный для нидовирусов) и несколько протеаз.
Выделяются следующие подотряды и семейства (-virineae обозначает подотряд, а -viridae обозначает семейства):
