Войти
Классификация вирусов - это процесс присвоения имен вирусам и помещая их в таксономическую систему, аналогичную системам классификации, используемым для клеточных организмов.
Вирусы в основном классифицируются по фенотипическим характеристикам, таким как морфология, тип нуклеиновой кислоты, способ репликации, организмы-хозяева и тип заболевания, которое они вызывают. За формальную таксономическую классификацию вирусов отвечает система Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV), хотя система Балтиморской классификации может использоваться для помещения вирусов в одну из семи групп. на основе их способа синтеза мРНК. Конкретные соглашения об именах и дальнейшие рекомендации по классификации изложены ICTV.
Был предложен каталог всех известных в мире вирусов, и в 2013 году были предприняты некоторые предварительные усилия.
Виды составляют основу любой биологической системы классификации. До 1982 года считалось, что вирусы нельзя сделать так, чтобы они соответствовали репродуктивной концепции видов Эрнста Майра, и поэтому не поддавались такому лечению. В 1982 году ICTV начал определять вид как «группу штаммов» с уникальными идентификационными качествами. В 1991 г. был принят более конкретный принцип, согласно которому вид вируса - это политетический класс вирусов, который составляет реплицирующуюся линию и занимает определенную экологическую нишу.
В июле 2013 г. определение ICTV видов изменено на следующее: «Вид - это монофилетическая группа вирусов, свойства которых можно отличить от свойств других видов по множеству критериев». Вирусы - это реальные физические сущности, созданные биологической эволюцией и генетикой, тогда как виды вирусов и высшие таксоны представляют собой абстрактные концепции, созданные рациональным мышлением и логикой. Таким образом, взаимоотношения вирусов и видов представляют собой переднюю линию соприкосновения между биологией и логикой.
Фактические используемые критерии зависят от таксона и могут быть непоследовательными (произвольные пороги сходства) или не связанными с происхождением (географией) на раз. Для многих этот вопрос еще не решен.
Сравнение таксономии вирусов 1991 и 2019 гг. По ICTV Международный комитет по таксономии вирусов начал разработку и внедрить правила присвоения имен и классификации вирусов в начале 1970-х годов, и эта работа продолжается до сих пор. ICTV - единственный орган, которому Международный союз микробиологических обществ поручено разработать, усовершенствовать и поддерживать универсальную таксономию вирусов. Эта система имеет много общих черт с системой классификации клеточных организмов, таких как структура таксона. Однако существуют некоторые различия, такие как универсальное использование курсива для всех таксономических названий, в отличие от Международного кодекса номенклатуры водорослей, грибов и растений и Международного кодекса зоологической номенклатуры.
Классификация вирусов начинается на уровне области и продолжается следующим образом, с таксономическими суффиксами в скобках:
В отличие от системы биномиальной номенклатуры, принятой для клеточных видов, существует в настоящее время нет стандартизированной формы для названий видов вирусов. В настоящее время ICTV требует, чтобы название вида содержало как можно меньше слов, оставаясь при этом отличным, и должно содержать не только слово «вирус» и имя хоста. Названия видов часто имеют форму вируса [болезни], особенно для высших растений и животных. В 2019 году ICTV опубликовал предложение о принятии более формализованной системы биномиальной номенклатуры названий видов вирусов, за которую должно проголосовать в 2020 году. Однако некоторые вирусологи позже возражали против возможного изменения системы именования, утверждая, что дебаты возникли, когда многие поле было занято из-за пандемии COVID-19.
По состоянию на 2019 год используются все уровни таксонов, кроме субрегиона, субрегиона и подкласса. Выделены четыре царства incertae sedis, один порядок incertae sedis, 24 семейства incertae sedis и три рода incertae sedis:
царства : Duplodnaviria, Monodnaviria, Riboviria и Varidnaviria
Порядок Incertae sedis : Ligamenvirales
Семейства Incertae sedis :
Incertae sedis роды : дельтавирус, диноднавирус, ризидиовирус классификация вирусов на основе Было высказано предположение, что сходство в сборке и структуре вирионов наблюдается для определенных вирусных групп, заражающих хозяев из разных доменов жизни (например, бактериальные теквирусы и эукариотические аденовирусы или прокариотические Caudovirales и эукариотические герпесвирусы) отражает эволюционные отношения между этими вирусами. Поэтому было предложено использовать структурную взаимосвязь между вирусами в качестве основы для определения таксонов более высокого уровня - вирусных линий на основе структуры - которые могли бы дополнить существующую схему классификации ICTV.Балтиморская классификация
Балтиморская классификация. Классификация вирусов основана на методе синтеза вирусной мРНК
Балтиморская классификация (впервые определена в 1971 г.) представляет собой систему классификации, которая помещает вирусы в одну из семи групп в зависимости от комбинации их нуклеиновая кислота (ДНК или РНК ), многонитевые (одноцепочечные или двухцепочечные), смысл и метод репликации. Названные в честь Дэвида Балтимора, лауреата Нобелевской премии биолога, эти группы обозначены римскими цифрами. Другие классификации определяются заболеванием, вызванным вирусом, или его морфологией, ни один из которых не является удовлетворительным из-за того, что разные вирусы вызывают одно и то же заболевание или выглядят очень похожими. Кроме того, вирусные структуры часто трудно определить под микроскопом. Классификация вирусов в соответствии с их геномом означает, что все вирусы данной категории будут вести себя аналогичным образом, что дает некоторое представление о том, как продолжить дальнейшие исследования. Вирусы можно отнести к одной из семи следующих групп:
Визуализация 7 групп вирусов в соответствии с Балтиморской классификацией Вирусы с ДНК геномом, за исключением ДНК rev Эти вирусы, которые транскрибируют, являются членами трех из четырех известных вирусных областей : дуплоднавирия, моноднавирия и вариднавирия. Но incertae sedis порядок Ligamenvirales и многие другие семейства и роды incertae sedis также используются для классификации ДНК-вирусов. Домены Duplodnaviria и Varidnaviria состоят из двухцепочечных ДНК-вирусов; другие вирусы с двухцепочечной ДНК - это incertae sedis. Домен Monodnaviria состоит из вирусов с одноцепочечной ДНК, которые обычно кодируют эндонуклеазу HUH ; другие вирусы с одноцепочечной ДНК - это incertae sedis.
| Семейство вирусов | Примеры (общеупотребительные названия) | Вирион. голый / с оболочкой | Капсид. Симметрия | Тип нуклеиновой кислоты | Группа |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. Adenoviridae | вирус гепатита собак, некоторые виды простуды | Naked | икосаэдрической | ds | I |
| 2. Papovaviridae | вирус JC, HPV | Naked | икосаэдрический | ds круговой | I |
| 3. Parvoviridae | Человеческий парвовирус B19, собачий парвовирус | Голый | Икосаэдрический | ss | II |
| 4. Herpesviridae | вирус простого герпеса, вирус ветряной оспы, цитомегаловирус, вирус Эпштейна – Барра | в оболочке | икосаэдрический | DS | I |
| 5. Poxviridae | вирус оспы, коровья оспа, вирус миксомы, оспа обезьян, вирус коровьей оспы | Комплексные оболочки | Комплекс | ds | I |
| 6. Anelloviridae | Torque teno virus | Голый | Икосаэдрический | SS круговой | II |
| 7. Pleolipoviridae | HHPV1, HRPV1 | Enveloped | ss / ds линейный / круговой | I / II |
Все вирусы, имеющие геном РНК и кодирующие РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp), являются членами королевства Orthornavirae, в области рибовирии.
Все вирусы, которые кодируют обратную транскриптазу (также известную как RT или РНК-зависимая ДНК-полимераза) являются членами класса Revtraviricetes в пределах типа Arterviricota, царства Pararnavirae и области Riboviria. Класс Blubervirales включает единственное семейство Hepadnaviridae вирусов с ДНК-ОТ (обратной транскрипцией); все остальные RT-вирусы являются членами класса Ortervirales.
| Семейство вирусов | Примеры (общепринятые названия) | Капсид. голый / покрытый оболочкой | капсид. Симметрия | Тип нуклеиновой кислоты | Группа |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. Retroviridae | ВИЧ | Оболочечная | димерная РНК | VI | |
| 2. Caulimoviridae | Caulimovirus, вирус опухших побегов какао (CSSV) | Naked | VII | ||
| 3. Hepadnaviridae | Вирус гепатита B | Обволакивающий | Икосаэдрический | круглый, частично ds | VII |
Холмс (1948) использовал систему Карла Линнея биномиальной номенклатуры для классификации вирусов на 3 группы в одном порядке,. Они размещаются следующим образом:
Следующие инфекционные агенты меньше вирусов и обладают лишь некоторыми из их свойств.
Сателлиты зависят от совместного инфицирования клетки-хозяина для продуктивного размножения. Их нуклеиновые кислоты имеют существенно отличные нуклеотидные последовательности либо от своего вируса-помощника, либо от хозяина. Когда сателлитный субвирусный агент кодирует белок оболочки, в который он инкапсулирован, его тогда называют сателлитным вирусом.
Сателлитные нуклеиновые кислоты напоминают сателлитные нуклеиновые кислоты тем, что они реплицируются с помощью вспомогательных вирусов. Однако они отличаются тем, что могут кодировать функции, которые могут способствовать успеху их вспомогательных вирусов; хотя их иногда считают геномными элементами своих вспомогательных вирусов, они не всегда обнаруживаются в составе их вспомогательных вирусов.
Дефектные мешающие частицы - это дефектные вирусы, которые утратили способность к репликации, за исключением присутствия вспомогательного вируса, который обычно родительский вирус. Они также могут влиять на вирус-помощник.
Прионы, названные по их описанию как «белковые инфекционные частицы», не содержат нуклеиновых кислот или вирусоподобные частицы. Они сопротивляются процедурам инактивации, которые обычно влияют на нуклеиновые кислоты.
Портал вирусов  | Wikispecies содержат информацию информация, связанная с вирусом |
