Alphaproteobacteria

редактировать
Класс бактерий

Alphaproteobacteria
Wolbachia.png
Просвечивающая электронная микрофотография Wolbachia в клетке насекомого.. Предоставлено: Публичная научная библиотека / Скотт О'Нил
Научная классификация e
Домен:Бактерии
Тип:Протеобактерии
Класс:Alphaproteobacteria. Garrity et al. 2006
Подклассы
  • La Scola et al. 2004
  • Rhodobacterales
  • Rhodospirillales
  • Sphingomonadales
  • Заказы incertae sedis
    • Harbison et al. 2017
        • Ueki et al. 2010
  • Genera incertae sedis
  • Alphaproteobacteria - это класс из бактерий в типе Протеобактерии (см. Также бактериальную таксономию ). Его члены очень разнообразны и имеют мало общего, но, тем не менее, имеют общего предка. Как и все Proteobacteria, его члены грамотрицательны, а некоторые из его внутриклеточных паразитарных членов не имеют пептидогликана и, следовательно, являются грамм-переменными.

    Содержание
    • 1 Характеристики
    • 2 Эволюция и геномика
    • 3 Филогения
    • 4 Естественная генетическая трансформация
    • 5 Ссылки
    • 6 Внешние ссылки
    Характеристики

    Alphaproteobacteria - это разнообразный таксон и включает несколько фототрофных родов, несколько родов, метаболизирующих C1-соединения (например, Methylobacterium spp.), Симбионты растений (например, Rhizobium spp.), эндосимбионты членистоногих (Wolbachia ) и внутриклеточные патогены (например, Rickettsia ). Более того, этот класс включает (как вымерший член) протомитохондрию, бактерию, которая была поглощена эукариотическим предком и дала начало митохондриям, которые являются органеллами в эукариотических клетках (см. эндосимбиотическая теория ). Технологический интерес представляет собой Rhizobium radiobacter (ранее Agrobacterium tumefaciens): ученые часто используют этот вид для переноса чужеродной ДНК в геномы растений. Аэробные аноксигенные фототрофные бактерии, такие как Pelagibacter ubique - это широко распространенные альфа-протеобактерии, которые могут составлять более 10% микробного сообщества открытого океана.

    Эволюция и геномика

    Существуют некоторые разногласия по филогенезу отрядов , особенно в отношении местонахождения Pelagibacterales, но в целом есть определенный консенсус. Разногласия происходят из-за большой разницы в содержании генов (например, оптимизация генома у Pelagibacter ubique) и большой разницы в GC-богатстве между членами нескольких порядков. В частности, Pelagibacterales, Rickettsiales и Holosporales содержат виды с геномами, богатыми AT. Утверждалось, что это может быть случай конвергентной эволюции, которая приведет к искусственной кластеризации. Однако некоторые исследования расходятся во мнениях.

    Кроме того, было обнаружено, что GC-содержание рибосомной РНК (традиционный филогенетический маркер для прокариот) мало отражает GC -содержание генома. Одним из примеров такой нетипичной декорреляции содержания GC рибосом с филогенезом является то, что члены Holosporales имеют гораздо более высокое содержание GC рибосом, чем представители Pelagibacterales и Rickettsiales, хотя они более тесно связаны с видами с высоким геномным содержанием GC, чем с представителями последних двух отрядов.

    Класс Alphaproteobacteria делится на три подкласса Magnetococcidae, Rickettsidae и Caulobacteridae. Базальная группа - это Magnetococcidae, которая состоит из большого разнообразия магнитотаксических бактерий, но описана только одна, Magnetococcus marinus. Rickettsidae состоит из внутриклеточных Rickettsiales и свободноживущих Pelagibacterales. Caulobacteridae состоит из Holosporales, Rhodospirillales, Sphingomonadales, Rhodobacterales, Caulobacterales, Kiloniellales, Kordiimonadales, Parvularculales и Sneathiellales.

    Сравнительный анализ секвенированных геномов также привел к открытию многих консервативных вставок-делеций (инделей) в широко распространенных белках и целых белки (т.е.), которые являются отличительными характеристиками либо всех Alphaproteobacteria, либо их различных основных порядков (а именно Rhizobiales, Rhodobacterales, Rhodospirillales, Rickettsiales, Sphingomonadales и Caulobacterales) и семейств (viz. Rickettsiaceae, Anaplasceriae, Brasilaceae, Brasilaceae, Brasilaceae, Brasilaceae, Brasilaceae, Brasiloscerae и Sp. Bartonellaceae).

    Эти молекулярные сигнатуры предоставляют новые средства для ограничения этих таксономических групп и для идентификации / отнесения новых видов к этим группам. Филогенетический анализ и консервативные индели в большом количестве других белков свидетельствуют о том, что Alphaproteobacteria разветвились позже, чем большинство других типов и классов бактерий, за исключением Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria.

    Филогения

    В настоящее время принятая таксономия - это на основе Списка прокариотических названий, стоящих в номенклатуре (LPSN) и Национального центра биотехнологической информации (NCBI), а филогения основана на 16S рРНК - на основе LTP версии 106, разработанной Проектом «Все виды живого дерева»

    ? ♠ (Уильямс и Риттенберг 1957) Hylemon et al. 1973

    ? ♠ Ли и др. 2007

    ? ♠ Kwon et al. 2005

    ?Magnetococcus marinus Bazylinski et al. 2012 (в печати)

    ?Micavibrio aeruginosavorus ♠ Lambina et al. 1983

    ? ♠ Cai 2010

    ?Pagnier et al. 2011

    ? ♠

    ? ♠ Ли 2006

    ? ♠

    ?Vibrio administatus Muir et al. 1990

    ?Muir et al. 1990

    Rhodospirillaceae 2

    Tistrella

    Rhodospirillaceae 3

    Rhodospirillaceae 4

    Maszenan et al. 2005

    Альбукерке и др. 2008

    Acetobacteraceae

    Rickettsiales [вкл. Митохондрия ]

    Sneathiella

    Sphingomonadaceae [вкл. Erythrobacteraceae, Asticcacaulis ]

    (Drews 1982) Imhoff et al. 1998

    Rhodospirillaceae 1 [вкл. Roseospirillum parvum, Terasakiella pusilla ]

    Rhizobiales [вкл. Caulobacteraceae, Rhodobacteraceae, Parvularcula ]

    Примечания:. ♠ Штаммы, обнаруженные в Национальном центре биотехнологической информации (NCBI), но не перечисленные в Списке имен прокариот, стоящих в номенклатуре (LSPN).

    Aquaspirillum теперь относится к Betaproteobacteria. Более новое дерево, основанное на 16S и 23S рРНК (и других данных), предоставлено Ferla et al. (2013) следующим образом:

    Схема филогении рибосомных РНК Alphaproteobacteria
    Magnetococcidae

    Magnetococcus marinus

    Caulobacteridae

    Rhodospirillales, Sphingomonadales

    Rhodospirillales <167doterace>, Rhizobiales и т. Д.

    Holosporales

    Rickettsidae
    Pelagibacterales
    Pelagibacteraceae

    Pelagibacter

    Подгруппы Ib, II, IIIa, IIIb, IV и V

    Rickettsiales

    Прото-митохондрии

    Anaplasmataceae

    Ehrlichia

    Anaplasma

    Wolbachia

    Neorickettsia

    Midichloriaceae

    Midichloria

    Rickettsiaceae <2302193193ickettsia кладограмма Rickettsidae была получена Ferla et al. из сравнения последовательностей рибосомных РНК 16S + 23S.
    Естественная генетическая трансформация

    Хотя было опубликовано лишь несколько исследований естественной генетической трансформации у Alphaproteobacteria, этот процесс был описан в Agrobacterium tumefaciens, Methylobacterium organophilum и Bradyrhizobium japonicum. Естественная генетическая трансформация - это половой процесс, включающий перенос ДНК от одной бактериальной клетки к другой через промежуточную среду и интеграцию донорной последовательности в геном реципиента посредством гомологичной рекомбинации.

    Ссылки
    Внешние ссылки
    Последняя правка сделана 2021-06-11 02:08:14
    Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
    Обратная связь: support@alphapedia.ru