Войти
| Pelagibacter ubique | |
|---|---|
 | |
| Научная классификация. (Candidatus ) | |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Proteobacteria |
| Класс: | Alphaproteobacteria |
| Подкласс: | Rickettsidae |
| Порядок: | Pelagibacterales |
| Семейство: | "Pelagibacteraceae " |
| Род: | Pelagibacter |
| Виды: | P. ubique |
| Биномиальное имя | |
| Candidatus Pelagibacter ubique . Rappé et al. 2002 | |
Pelagibacter, с единственным видом P. ubique был выделен в 2002 году и получил конкретное название, хотя он еще не был описан в соответствии с требованиями бактериологического кода . Это частый представитель клады SAR11 в филуме Alphaproteobacteria. Члены SAR11 - это очень доминирующие организмы, встречающиеся как в соленой, так и в пресной воде во всем мире - возможно, самые многочисленные бактерии в мире, и первоначально были известны только по их генам рРНК, которые были впервые идентифицированы в пробах окружающей среды из Саргассова моря в 1990 году лабораторией Стивена Джованнони на кафедре микробиологии Государственного университета Орегона, а затем обнаружены в океанах по всему миру. P. ubique и его родственники могут быть самыми многочисленными организмами в океане и, вполне возможно, самыми многочисленными бактериями во всем мире. Он может составлять около 25% всех клеток микробного планктона, а летом они могут составлять примерно половину клеток, присутствующих в поверхностных водах океана с умеренным климатом. Общая численность P. ubique и его родственников оценивается примерно в 2 × 10 микробов.
Он имеет форму стержня или полумесяца и является одной из самых маленьких известных самореплицирующихся клеток длиной 0,37–0,89 мкм и диаметром всего 0,12–0,20 мкм. Геном Pelagibacter занимает около 30% объема клетки. Это грамм отрицательного. Он рециркулирует растворенный органический углерод. Он претерпевает регулярные сезонные циклы обилия - летом достигает ~ 50% клеток в поверхностных водах умеренного пояса. Таким образом, он играет важную роль в углеродном цикле Земли.
Его открытие было предметом "Океаны микробов", эпизод 5 "Интимные незнакомцы: невидимая жизнь на Земле" PBS.
Несколько штаммов Pelagibacter ubique были выращены благодаря усовершенствованным методам выделения. Наиболее изученным штаммом является HTCC1062 (высокопроизводительный сбор культивирования).
Факторы, регулирующие популяции SAR11, все еще в значительной степени неизвестны. У них есть датчики для определения азота, фосфата и железа ограничения, а также очень необычное требование для восстановленных соединений серы. Предполагается, что они сформировались в результате эволюции в экосистеме с низким содержанием питательных веществ, такой как Саргассово море, где оно было впервые обнаружено.
Популяция клеток P. ubique может удваиваться каждые 29 часов, что довольно медленно, но они могут размножаться в условиях низкого содержания питательных веществ.
P. ubique можно выращивать на определенной искусственной среде с добавками восстановленной серы, глицина, пирувата и витаминов.
Геном штамма P. ubique HTCC1062 был полностью секвенирован в 2005 году, что показало, что P. ubique имеет самый маленький геном (1 308 759 п.н.) среди всех свободных живых организмов, кодирующий только 1354 открытых рамки считывания (всего 1389 генов). Единственные виды с меньшими геномами - это внутриклеточные симбионты и паразиты, такие как Mycoplasma genitalium или Nanoarchaeum equitans У него наименьшее количество открытых рамок считывания среди всех свободноживущих организмов и наименьшее межгенное происхождение. спейсеры, но он все еще имеет метаболические пути для всех 20 аминокислот и большинства кофакторов. Его геном был оптимизирован. Эта концепция оптимизации важна, потому что она снижает количество энергии, необходимой для репликации клеток. P. ubique экономит энергию за счет использования пар оснований A и T (≈70,3% от всех пар оснований), поскольку они содержат меньше азота - ресурса, который трудно усвоить организмам.
Некодирующие РНК были идентифицированы у P. ubique с помощью биоинформатического скрининга опубликованных геномных и метагеномных данных. Примеры нкРНК, обнаруженной в этих организмах, включают рибопереключатель SAM-V и другие цис-регуляторные элементы, такие как мотив rpsB. Другим примером важной нкРНК у P. ubique и других представителей клады SAR11 является консервативный, активируемый глицином рибосвитч на малатсинтазе, предположительно приводящий к «функциональной ауксотрофии» для глицина или предшественников глицина для достижения оптимального роста.
Обнаружено, что у него есть гены протеородопсина , которые помогают приводить в действие опосредованные светом протонные насосы. Незначительные различия возникают в экспрессии его последовательностей кодона, когда он подвергается световой или темной обработке. Больше генов окислительного фосфорилирования экспрессируется в темноте.
Название рода (Pelagibacter) происходит от латинского существительного мужского рода pelagus («море») в сочетании с суффиксом -bacter (палочка, бактерия), что означает «морская бактерия». Соединяющая гласная - это «i», а не «o», так как первый термин - это латинское «pelagus», а не греческое оригинальное πέλαγος (pelagos) (слово «пелагус» - греческое слово, используемое в Латинская поэзия, это существительное 2-го склонения с греческим неправильным именительным падежом множественного числа pelagē, а не pelagi). Название специфического эпитета (ubique) - латинское наречие, означающее «везде»; виды со статусом Candidatus не опубликованы на законных основаниях, поэтому не обязательно должны быть грамматически правильными, например иметь определенные эпитеты, которые должны быть прилагательными или существительными в приложении в именительном падеже, или существительными в родительном падеже согласно правилу 12c IBCN.
Термин «Candidatus» используется для обозначения предполагаемых видов, для которых отсутствие информации (см.) Не позволяет им быть утвержденными видами в соответствии с бактериологическим кодом, например, отложение в двух общедоступных хранилищах клеток или отсутствие анализа FAME, тогда как «Cadidatus Pelagibacter ubique» не входит в АТСС [1] и DSMZ [2], а также анализ липидов и хиноны.
HTTC1062 является типовым штаммом вида Pelagibacter ubique, который, в свою очередь, является типовым видом рода Pelagibacter, который, в свою очередь, является типовым родом клады SAR11 или семейства «Pelagibacteraceae».
В Nature в феврале 2013 г. сообщалось, что был обнаружен бактериофаг HTVC010P, атакующий P. ubique, и «это, вероятно, действительно самый распространенный организм на планете».
