Войти
Открытая рамка считывания 82 хромосомы 8 представляет собой белок, кодируемый у человека геном C8orf82 .
C8orf82 представляет собой ген, расположенный на минусовой цепи хромосомы 8 в вид Homo sapiens в локусе 8q24. Ген имеет длину 3400 оснований и содержит 3 экзона.
мРНК, продуцируемая геном C8orf82, имеет длину 1979 пар оснований с кодирующей последовательностью, которая начинается с основания 159. и заканчивается на основании 809. Согласно NCBI Gene альтернативных транскриптов или изоформ не существует. AceView перечисляет несколько альтернативных транскриптов и изоформ, существование которых не известно.
C8orf82 сохраняется среди беспозвоночных, рыб, рептилий, млекопитающих, и протисты. Не было обнаружено, что C8orf82 консервативен среди бактерий, архей, растений, грибов или трихоплакс. Домен с неизвестной функцией DUF4505, по-видимому, хорошо сохраняется среди большинства ортологов.
Ниже представлена таблица ортологов, полученных с помощью Blast.
| Обычное имя | Род и вид | Дата отклонения от человека (MYA) | Регистрационный номер | Длина последовательности (AA) | Идентичность последовательности для человека | Сходство последовательностей с людьми |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Шимпанзе | Пан троглодиты | 6,6 | NP_001233407 | 216 | 98% | 98% |
| Маленькая коричневая летучая мышь | Myotis lucifugus | 97,5 | XP_006107626 | 157 | 91% | 92% |
| Кабан | Sus scrofa | 97,5 | XP_013851838 | 269 | 53% | 56% |
| сапсан | Falco peregrinus | 320,5 | XP_013149891 | 205 | 70% | 76% |
| Бирманский питон | Python bivittatus | 320,5 | XP_007436434 | 201 | 64% | 75% |
| Японский геккон Шлегеля | Gekko japonicus | 320,5 | XP_015273778 | 214 | 65% | 74% |
| Cr ested ibis | Nipponia nippon | 320,5 | XP_009466919 | 168 | 66% | 72% |
| Голубь | Columba Ливия | 320,5 | XP_013226589 | 159 | 59% | 67% |
| Киви птица | Apteryx australis mantelli | 320,5 | XP_013800585 | 318 | 55% | 64% |
| Зеленая черепаха | Chelonia mydas | 320,5 | XP_007063392 | 188 | 52% | 64% |
| Слепая пещерная рыба | Astyanax mexicanus | 429,6 | XP_007255700 | 217 | 63% | 75% |
| треска черная | Notothenia coriiceps | 429,6 | XP_010788219 | 237 | 61% | 71% |
| Овчарка | Cyprinodon variegatus | 429.6 | XP_015227424 | 166 | 57% | 65% |
| Морской еж | Strongylocentrotus purpuratus | 747.8 | XP_784244 | 265 | 54% | 72 % |
| Бабочка-парусник | Papilio polytes | 847 | XP_013133745 | 166 | 52 | 72 |
| Медоносная пчела | Apis mellifera | 847 | XP_393829.2 | 220 | 50% | 64% |
| Клещ | Metaseiulus occidentalis | 847 | XP_003744318 | 211 | 42% | 60% |
| Губка | Amphimedon queenslandica | 936 | XP_003384611 | 215 | 47% | 62% |
| Простейшие | Tetrahymena thermophila | 1724,7 | XP_001015777.2 | 208 | 30% | 46% |
| Протист | Thecamonas trahens | ??? | XP_013760738 | 237 | 32% | 44% |
C8orf82 не принадлежит к конкретному семейству генов и не имеет других известных альтернативных изоформ сплайсинга. Это справедливо и для его самого дальнего предка.
Сравнение% аминокислотных изменений C8orf82 с течением времени с процентным соотношением цитохрома с и фибриногена. Сгенерировано с использованием данных из таблицы ортологов. На приведенном выше графике показано, как поведение процентного содержания аминокислот в C8orf82 со временем похоже на поведение фибриногена и значительно отличается от цитохрома c что указывает на очень медленную скорость изменения во времени.
Ниже приведен график, который отображает процентное изменение идентичности ортологов, перечисленных в таблице ортологов, на основе ортологов дат дивергенции.
Процентное изменение идентичности ортологов C8orf82 с течением времени в зависимости от даты дивергенции. Ген C8orf82 кодирует белок, называемый UPF0598, белок C8orf82 или просто C8orf82.
Белок состоит из 216 аминокислот длинный и содержит домен с неизвестной функцией DUF4505. Этот домен неизвестной функции также известен как pfam14956. Белок имеет молекулярную массу 23,8 кДа и изоэлектрическую точку 9,36.
изолейцин (0,5%) и <61 Было обнаружено, что>лизин (1,4%) в составе C8orf82 встречается с меньшей частотой по сравнению с другими нормальными белками человека, в то время как пролин (9,7%) и аргинин (10,6%) имеют несколько более высокая частота встречаемости.
Предсказанные посттрансляционные модификации на основе тестов ExPASy включают фосфорилирование сайты на нескольких серинах, треонинах и тирозинах. Кроме того, сульфатирование тирозина, сумоилирование, O-связанное гликозилирование, сайты присоединения O-ß-GlcNAc и NES мотив также был обнаружен.
Концептуальная трансляция белка C8orf82 UPF0598, показывающая посттрансляционные модификации и вторичную структуру. C8orf82 предположительно локализуется в пределах митохондрии с использованием анализа PSORT II. Результаты предсказания k-NN объясняют 60,9% митохондриальной локализации и 26,1% ядерной локализацией.
ETFA, как было показано, взаимодействуют с C8orf82 с использованием высокопроизводительной аффинной очистки масс-спектрометрия.
При использовании окрашивания антител большинство нормальных клеток показали умеренную цитоплазматическую и ядерную иммунореактивность. Сильное окрашивание наблюдали в плацентарных трофобластах. лимфоидные ткани, глиальные клетки и миоциты были слабо окрашены или отрицательны. Также был проведен анализ окрашивания раковых клеток, и результаты были следующими; большинство злокачественных клеток проявляли положительную реакцию от слабой до умеренной. Многие случаи злокачественных карциноидов и лимфом были отрицательными. Во всех этих испытаниях использовали только одно антитело (CAB034331). Данные
микроматрицы показали, что C8orf82 экспрессируется повсеместно.
Данные микроматрицы для C8orf82 в нормальных тканях человека. Профиль EST для C8orf82 также показывает повсеместную экспрессию.
Профиль EST для C8orf82 взят из Unigene. 