Войти
| CRS1_YhbY | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 структура раствора гипотетического белка sav1595 из золотистого стафилококка, предполагаемого белка, связывающего РНК | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | CRS1_YhbY | ||||||||
| Pfam | PF01985 | ||||||||
| InterPro | IPR001890 | ||||||||
| PROSITE | PDOC01005 | ||||||||
| SCOPe | 1jo0 / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
В молекулярной биологии домен CRM представляет собой приблизительно 100- аминокислоту РНК - связывающий домен. Название CRM (хлоропласт РНК сплайсинг и созревание рибосомы ) было предложено для отражения функций, установленных для четырех охарактеризованных членов семейства: Zea mays (кукуруза) CRS1, CAF1 и CAF2 белки и белок Escherichia coli YhbY. Белки, содержащие домен CRM, обнаружены у эубактерий, архей и растений. Домен CRM представлен как отдельный белок у архей и бактерий, а также в одно- и мульти- доменных белках у растений. Было высказано предположение, что прокариотические CRM белки существовали как белки, связанные с рибосомами, до расхождения архей и бактерий, и что они были включены в линию растений как РНК связывание модулей путем включения в различные белковые контексты. Предполагается, что домены CRM растения будут находиться не только в хлоропласте, но также в митохондрии и нуклео / цитоплазматическом компартменте. Разнообразие семейства доменов CRM у растений предполагает наличие разнообразного набора мишеней РНК.
Домен CRM представляет собой компактный альфа / бета-домен, состоящий из четырехцепочечного бета-листа и трех альфа-спирали с топологией альфа-бета-альфа-бета-альфа-бета-бета. Лицевая сторона бета-листа является основной, что соответствует роли в связывании РНК. Проксимальнее основной поверхности бета-листа находится другой фрагмент, который может способствовать распознаванию нуклеиновой кислоты. Соединяющая цепь бета1 и спираль альфа2 представляет собой петлю с мотивом из шести аминокислот, GxxG, фланкированного большими алифатическими остатками, внутри которых один «x» обычно представляет собой основной остаток.
Escherichia coli YhbY ассоциирован с субъединицами рибосомы до 50S , что подразумевает функцию сборки рибосом. GFP, слитый с однодоменным белком CRM из кукурузы, локализуется в ядрышке, что позволяет предположить, что аналогичная активность могла сохраняться в растениях. Было показано, что CRM-домен, содержащий белок, в хлоропластах растений функционирует в группах I и II интрон сплайсинга. Эксперименты in vitro с изолированным CRM-доменом кукурузы показали он должен обладать РНК-связывающей активностью. Эти и другие результаты предполагают, что домен CRM эволюционировал в контексте функции рибосом до расхождения архей и бактерий, что эта функция поддерживалась у существующих прокариот и что этот домен был задействован в качестве модуль связывания РНК во время эволюции геномов растений . YhbY имеет складку, аналогичную таковой у С-концевого домена трансляции фактора инициации 3 (IF3C), который связывает с 16S рРНК в 30S рибосоме.
