PDBsum

редактировать
PDBSum
Pdbsum logo.gif
Содержание
Описание Обзор структур, содержащихся в банке данных белков.
Типы данных захвачены Белковые структуры
Организмы все
Связаться с нами
Исследовательский центр Европейский институт биоинформатики (EBI)
Авторы Роман Ласковский и др. (1997)
Основное цитирование PMID   9433130
Доступ
Веб-сайт www.ebi.ac.uk / pdbsum /
Разное
Добавляемые в закладки объекты да

PDBsum - это база данных, которая предоставляет обзор содержимого каждой трехмерной макромолекулярной структуры, депонированной в банке данных белков. Первоначальная версия базы данных была разработана примерно в 1995 году Романом Ласковски и его сотрудниками из Университетского колледжа Лондона. С 2014 года PDBsum поддерживается Ласковски и его сотрудниками в лаборатории Джанет Торнтон в Европейском институте биоинформатики (EBI).

Каждая структура в базе данных PDBsum включает изображение структуры (основной вид, вид снизу и вид справа), молекулярные компоненты, содержащиеся в комплексе (структура), диаграмму ферментативных реакций, если это необходимо, функциональные назначения онтологии генов, одномерную последовательность, аннотированную Pfam и Назначение доменов InterPro, описание связанных молекул и графики, показывающие взаимодействия между белком и вторичной структурой, схематические диаграммы белок-белковых взаимодействий, анализ щелей, содержащихся в структуре, и ссылки на внешние базы данных. Программное обеспечение молекулярной графики RasMol и Jmol используется для обеспечения трехмерного изображения молекул и их взаимодействий в PDBsum.

С момента выпуска проекта « 1000 геномов» в октябре 2012 года все варианты отдельных аминокислот, идентифицированные в рамках проекта, были сопоставлены с соответствующими последовательностями белков в базе данных белков. Эти варианты также отображаются в PDBsum с перекрестной ссылкой на соответствующий идентификатор UniProt. PDBsum содержит ряд белковых структур, которые могут представлять интерес при разработке лекарств на основе структур. Одна ветвь PDBsum, известная как DrugPort, специализируется на этих моделях и связана с базой данных целевых препаратов DrugBank.

Смотрите также
Рекомендации
внешние ссылки
Последняя правка сделана 2023-03-27 05:14:32
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте