DrugBank

редактировать
DrugBank
Drugbank logo.svg
Содержимое
ОписаниеБаза данных лекарств
Типы данных. захваченныеХимические структуры, низкомолекулярные препараты, биотехнологические препараты, мишени для лекарств, переносчики лекарств, последовательности мишеней для лекарств, SNP мишеней для лекарств, метаболиты лекарств, описания лекарств, ассоциации болезней, данные о дозах, взаимодействия с пищей и лекарствами, побочные реакции на лекарства, фармакология, механизмы действия, метаболизм лекарств, химический синтез, данные о патентах и ​​ценах, химические свойства, номенклатура, синонимы, химическая таксономия, спектры ЯМР лекарств, спектры ГХ-МС лекарств, спектры ЖХ-МС лекарств
Связаться с
Исследовательский центр Университет Альберты и Центр инноваций Метаболомики
Лаборатория Доктор. Дэвид Уишарт
Основное упоминаниеDrugBank: исчерпывающий ресурс для открытия и исследования лекарств in silico.
Доступ
Веб-сайтwww.drugbank.ca
URL для загрузкиwww.drugbank.ca / downloads
Разное
Выпуск данных. периодичностьКаждые 2 года с ежемесячными исправлениями и обновлениями
Политика курированияКурируется вручную

База данных DrugBank представляет собой всеобъемлющую, свободно доступную онлайн-базу данных, содержащую информацию о наркотиках и целевых объектах. Как ресурс по биоинформатике и хеминформатике, DrugBank объединяет подробные данные о лекарствах (т.е. химические, фармакологические и фармацевтические) с исчерпывающей информацией о лекарствах (например, о последовательности, структуре и путях). DrugBank использовал контент из Википедии ; Википедия также часто ссылается на Drugbank, что создает потенциальные проблемы с циркулярной отчетностью.

Последний выпуск базы данных (версия 5.0) содержит 9591 запись о лекарствах, включая 2037 одобренных FDA низкомолекулярные препараты, 241 одобренный FDA биотехнологический (протеин / пептид ) препарат, 96 нутрицевтиков и более 6000 экспериментальных препаратов. Кроме того, 4270 последовательностей неизбыточных белков (т.е. мишень лекарственного средства / фермент / транспортер / носитель) связаны с этими записями лекарственного средства. Каждая запись DrugCard (рис. 1) содержит более 200 полей данных, причем половина информации посвящена данным о лекарствах / химических веществах, а другая половина - данным о лекарствах-мишенях или белках.

Четыре дополнительные базы данных, HMDB, T3DB, SMPDB и FooDB также являются частью общего набора метаболомических / хеминформатических баз данных. HMDB содержит эквивалентную информацию о более чем 40 000 метаболитов человека, T3DB содержит информацию о 3100 общих токсинах и загрязнителях окружающей среды, SMPDB содержит схемы метаболических путей почти 700 метаболических путей человека и пути распространения болезней, в то время как FooDB содержит эквивалентную информацию о ~ 28000 пищевых компонентов и пищевых добавках.

Содержание
  • 1 История версий
  • 2 Объем и доступ
  • 3 См. также
  • 4 Ссылки
История версий

Первая версия DrugBank была выпущена в 2006 году. Этот ранний выпуск содержал относительно скромную информацию о 841 маломолекулярных препаратах, одобренных FDA, и 113 биотехнологических препаратах. Он также включал информацию о 2133 мишенях для наркотиков. Вторая версия DrugBank была выпущена в 2009 году. Эта значительно расширенная и улучшенная версия базы данных включала 1344 утвержденных низкомолекулярных лекарственных средства и 123 биотехнологических препарата, а также 3037 уникальных лекарственных препаратов. Версия 2.0 также впервые включала изъятые наркотики и запрещенные наркотики, обширное взаимодействие пищевых продуктов и лекарств, а также ADMET (абсорбция, распределение, метаболизм, экскреция и токсичность) параметров. Версия 3.0 была выпущена в 2011 году. Эта версия содержала 1424 утвержденных низкомолекулярных препарата и 132 биотехнологических препарата, а также более 4000 уникальных лекарственных препаратов. Версия 3.0 также включала данные о транспортерах лекарств, данные о путях распространения лекарств, ценах на лекарства, данные о патентах и ​​производстве, а также данные о более чем 5000 экспериментальных лекарствах. Версия 4.0 была выпущена в 2014 году. Эта версия включала 1558 одобренных FDA низкомолекулярных препаратов, 155 биотехнологических препаратов и 4200 уникальных лекарственных мишеней. Версия 4.0 также включает обширную информацию о метаболитах лекарств (структурах и реакциях), систематике лекарств, спектрах лекарств, константах связывания лекарств и информации о синтезе лекарств. В таблице 1 представлена ​​более полная статистическая сводка истории развития DrugBank.

Таблица 1. Сравнение покрытия в DrugBank 1.0, 2.0, 3.0 и DrugBank 4.0.
Категория1.02.03.04.0
No. полей данных на DrugCard88108148208
No. типов поиска8121618
No. проиллюстрированных путей действия лекарств00168232
No. лекарств с метаболизирующими ферментами007621,037
No. метаболитов лекарственных средств структур0001,239
№ реакций обмена веществ0001,308
No. иллюстрированных путей метаболизма лекарственных средств00053
No. наркотиков с данными транспортера наркотиков00516623
No. лекарственных средств с данными таксономической классификации0006,713
No. эффектов лекарственных препаратов, связанных с SNP00113201
No. лекарств с данными о патентах / ценах / производителях001,2081,450
No. пищевых продуктов и лекарственных взаимодействий07141,0391,180
No. межлекарственных взаимодействий013,24213,79514,150
No. параметров ADMET (Caco-2, LogS)02768906,667
No. параметров QSAR на препарат561423
No. лекарств с данными константы связывания лекарство-мишень000791
No. препаратов со спектрами ЯМР000306
No. препаратов с МС спектрами000384
No. лекарств с информацией о химическом синтезе038381,285
No. одобренных FDA низкомолекулярных препаратов8411,3441,4241,558
No. биотехнологических препаратов113123132155
No. нутрицевтических препаратов61698287
No. изъятых наркотиков0576878
No. запрещенных наркотиков0188189190
No. экспериментальных препаратов2,8943,1165,2106,009
Общее количество экспериментальных и низкомолекулярных препаратов FDA3,7964,7746,6847,561
Общее количество экспериментальных препаратов и препаратов FDA (всех типов)3,90948976,8167,713
No. всех лекарств-мишеней (уникальные)2,1333,0374,3264,115
No. ферментов / носителей одобренных лекарственных препаратов (уникальные)00164245
No. всех лекарственных ферментов / носителей (уникальные)00169253
No. ссылок на внешние базы данных12183133
Объем и доступ

Все данные в DrugBank не -проприетарный или полученный из сторонних источников. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на исходный источник. Данные DrugBank доступны через общедоступный веб-интерфейс и загружаются.

Пользователи могут запрашивать DrugBank несколькими способами:

  • Поддерживаются простые текстовые запросы всего текстового компонента базы данных. Нажатие на кнопку «Обзор» генерирует табличный синопсис содержания DrugBank. Этот вид позволяет пользователям случайно прокручивать базу данных или повторно сортировать ее содержимое (рис. 2).
  • При нажатии на данную кнопку DrugCard отображается полное содержимое данных для соответствующего препарата. Здесь дается полное объяснение всех полей и источников DrugCard.
  • Кнопка PharmaBrowse позволяет пользователям просматривать лекарства, сгруппированные по их показаниям. Это особенно полезно для фармацевтов и врачей, а также для фармацевтов, ищущих потенциальных клиентов.
  • Кнопка ChemQuery позволяет пользователям рисовать (с помощью апплетов ChemAxon ) или писать (как SMILES строка) химическое соединение и для поиска в DrugBank химикатов, похожих или идентичных составу запроса (рис. 3).
  • Кнопка TextQuery поддерживает более сложный текстовый поиск (частичное совпадение слов, чувствительный к регистру, орфографические ошибки и т. Д.) Текстовой части DrugBank.
  • Кнопка SeqSearch позволяет пользователям выполнять поиск последовательностей BLAST (белков) для 18000 последовательностей содержится в DrugBank. Поддерживаются запросы BLAST как с одной, так и с несколькими последовательностями (т.е. весь протеом ).
  • Кнопка извлечения данных открывает простой в использовании инструмент поиска реляционного запроса, который позволяет пользователи могут выбирать или выполнять поиск по различным комбинациям подполей. Data Extractor - это наиболее сложный инструмент поиска для DrugBank.

Пользователи могут загружать выбранные текстовые компоненты и данные последовательности из DrugBank и отслеживать последние новости о DrugBank через регулярные новостные ленты на его веб-сайте, а также через Twitter и Facebook.

См. Также
Викиданные имеют свойство:
Ссылки
Последняя правка сделана 2021-05-18 04:42:20
Содержание доступно по лицензии CC BY-SA 3.0 (если не указано иное).
Обратная связь: support@alphapedia.ru
Соглашение
О проекте