Войти
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | База данных метаболомики |
| Типы данных захвачены | Структуры метаболитов человека, описания метаболитов, реакции метаболитов, ферменты и переносчики метаболитов, последовательности ферментов и транспортеров человека, метаболические пути человека, нормальные и аномальные концентрации метаболитов у людей, связанные заболевания, химические свойства, номенклатура, синонимы, химическая таксономия, спектры ЯМР метаболитов ГХ-МС-спектры метаболитов, ЖХ-МС-спектры метаболитов |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Альберты и Центр инноваций метаболомики |
| Лаборатория | Д-р Дэвид Вишарт |
| Первичное цитирование | HMDB: База данных метаболома человека. |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.hmdb.ca |
| Скачать URL | http://www.hmdb.ca/downloads |
| Разное | |
| Частота выпуска данных | Каждые 2 года с ежемесячными исправлениями и обновлениями |
| Политика курирования | Куратор вручную |
Database Human Метабол (HMDB) представляет собой комплексный, высококачественные, свободный доступ, онлайн база данных малых молекул метаболитов нашли в организме человека. Создано в рамках проекта « Метаболом человека », финансируемого Genome Canada. Одна из первых специализированных баз данных метаболомики, HMDB облегчает исследования в области метаболомики человека, включая идентификацию и характеристику метаболитов человека с помощью ЯМР-спектроскопии, GC-MS- спектрометрии и LC / MS- спектрометрии. Чтобы помочь в этом процессе открытия, HMDB содержит три вида данных: 1) химические данные, 2) клинические данные и 3) данные молекулярной биологии / биохимии (рис. 1-3). Химические данные включают 41 514 структур метаболитов с подробными описаниями, а также около 10 000 спектров ЯМР, ГХ-МС и ЖХ / МС.
Клинические данные включают информацию оgt; 10 000 концентрациях метаболитов- биожидкостей и информацию о концентрациях метаболитов более чем 600 различных заболеваний человека. Биохимические данные включают 5688 последовательностей белков (и ДНК ) и более 5000 биохимических реакций, связанных с этими записями метаболитов. Каждая запись метаболита в HMDB содержит более 110 полей данных, причем 2/3 информации посвящено химическим / клиническим данным, а другая 1/3 - ферментативным или биохимическим данным. Многие поля данных имеют гиперссылки на другие базы данных ( KEGG, MetaCyc, PubChem, Protein Data Bank, ChEBI, Swiss-Prot и GenBank ) и различные апплеты для просмотра структуры и пути. База данных HMDB поддерживает расширенный поиск по тексту, последовательности, спектру, химической структуре и реляционным запросам. Он широко используется в метаболомике, клинической химии, открытии биомаркеров и общем образовании по биохимии.
Четыре дополнительных базы данных, DrugBank, T3DB, SMPDB и FooDB, также являются частью набора баз данных HMDB. DrugBank содержит эквивалентную информацию о ~ 1600 лекарствах и их метаболитах, T3DB содержит информацию о 3100 общих токсинах и загрязнителях окружающей среды, SMPDB содержит схемы метаболических путей для 700 метаболических путей и болезней человека, а FooDB содержит эквивалентную информацию о ~ 28000 пищевых компонентах и пищевых добавках.
Первая версия HMDB была выпущена 1 января 2007 г., за ней последовали две последующие версии 1 января 2009 г. (версия 2.0), 1 августа 2009 г. (версия 2.5), 18 сентября 2012 г. (версия 3.0) и 1 января 2009 г. 2013 (версия 3.5), 2017 (версия 4.0). Подробная информация о каждой из основных версий HMDB (до версии 4.0) представлена в таблице 1.
| Функция базы данных или статус содержимого | HMDB (версия 1.0) | HMDB (версия 2.0) | HMDB (версия 3.0) | HMDB (версия 4.0) |
|---|---|---|---|---|
| Количество метаболитов | 2180 | 6 408 | 37 170 | 114 100 |
| Количество синонимов уникальных метаболитов | 27 700 | 43 882 | 152 364 | - |
| Количество соединений, связанных с заболеванием | 862 | 1 002 | 3948 | 22 605 |
| Количество соединений с данными о биожидкости или концентрации в тканях | 883 | 4 413 | 6,796 | - |
| Количество соединений со ссылками на химический синтез | 220 | 1,647 | 8 863 | 72 604 |
| Количество соединений с экспериментальными эталонными спектрами ЯМР 1H или 13C | 385 | 792 | 1,054 | 2 801 |
| Количество соединений с эталонными МС / МС спектрами | 390 | 799 | 1,249 | 1,544 |
| Количество соединений с эталонными эталонными данными ГХ-МС | 0 | 279 | 884 | 7 418 |
| Количество карт путей, ориентированных на человека | 26 год | 58 | 442 | - |
| Количество соединений в библиотеке метаболизма человека | 607 | 920 | 1,031 | - |
| Количество полей данных HMDB | 91 | 102 | 114 | 130 |
| 'Количество предсказанных молекулярных свойств | 2 | 2 | 10 | - |
Все данные в HMDB не являются собственностью или получены из сторонних источников. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и имеет явную ссылку на исходный источник. Данные HMDB доступны через общедоступный веб-интерфейс и загружаются.
