База данных структуры белков

В биологии база данных структуры белков - это база данных моделировали на основе различных экспериментально определенных белковых структур. Целью большинства баз данных о структуре белков является организация и аннотирование структур белков, предоставляя биологическому сообществу доступ к экспериментальным данным в удобной форме. Данные, включенные в базы данных структур белков, часто включают трехмерные координаты, а также экспериментальную информацию, такую ​​как размеры элементарной ячейки и углы для структур, определенных рентгеновской кристаллографией. Хотя в большинстве случаев, в данном случае белки или определения конкретной структуры белка также содержат информацию о последовательности, а некоторые базы данных даже предоставляют средства для выполнения запросов на основе последовательности, основным атрибутом базы данных структуры является структурная информация, тогда как последовательность базы данных сосредоточены на информации о последовательности и не содержат структурной информации для большинства записей. Базы данных структуры белков имеют решающее значение для многих усилий в вычислительной биологии, таких как дизайн лекарств на основе структуры, как при разработке используемых вычислительных методов, так и при предоставлении большого экспериментального набора данных, используемого некоторыми методами для обеспечения понимание функции белка.

Банк данных по белкам (PDB) был создан в 1971 году как центральный архив всех экспериментально определенных белков данные структуры. Сегодня PDB поддерживается международным консорциумом под общим названием Worldwide Protein Data Bank (wwPDB). Задача wwPDB - поддерживать единый архив макромолекулярных структурных данных, который является бесплатным и общедоступным для мирового сообщества.

Поскольку PDB передает данные в общественное достояние, эти данные использовались в различных других базах данных структуры белков.

Примеры баз данных структуры белков включают (в алфавитном порядке);

База данных макромолекулярных движений

описывает движения, которые происходят в белках и других макромолекулах, в частности, с использованием фильмов

Dynameomics

хранилище данных моделирования молекулярной динамики и анализа белков, представляющих все известные семейства белковых складок

JenaLib

Библиотека биологических макромолекул Йены нацелена на лучшее распространение информации о трехмерных структурах биополимеров с упором на визуализацию и анализ.

ModBase

база данных трехмерных моделей белков, рассчитанная сравнительное моделирование

OCA

база данных браузера для структуры / функции белков - OCA объединяет информацию из KEGG, OMIM, Pfam, PubMed, SCOP, SwissProt и др.

OPM

обеспечивает пространственные положения трехмерных структур белка относительно липидного бислоя .

PDB Lite

, производный от OCA, PDB Lite был предоставлен, чтобы максимально упростить поиск и просмотр макромолекула в PDB

PDBsum

обеспечивает обзор макромолекулярных структур в PDB, давая схематические диаграммы молекул в каждой структуре и взаимодействий между ними

PDBTM

Банк данных о белках Трансмембранные белки - выбор из PDB.

PDBWiki

аннотированная база знаний сообщества о биологических молекулярных структурах [1]

ProtCID

База данных общего интерфейса белков (ProtCID ) представляет собой базу данных аналогичных межбелковых интерфейсов в кристаллических структурах гомологичных белков.

Protein

база данных белков NIH, коллекция последовательностей из нескольких источников, включая переводы из аннотированные области кодирования в GenBank, RefSeq и, а также в записях из SwissProt, PIR, PRF и PDB

Proteopedia

совместная трехмерная энциклопедия белков и других молекул. Вики-сайт, содержащий страницу для каждой записи в PDB (>100 000 страниц) с представлением Jmol, в котором выделяются функциональные сайты и лиганды. Предлагает простой в использовании инструмент для создания сцен, поэтому вам не нужно изучать язык сценариев Jmol для создания настраиваемых молекулярных сцен. Пользовательские сцены легко присоединяются к «зеленым ссылкам» в описательном тексте, отображающем эти сцены в Jmol.

ProteinLounge

белковая база данных, которая включает визуальные изображения структуры белка. Также включает белковые пути и последовательности генов, включая другие инструменты.

SCOP

Структурная классификация белков [2] подробное и всестороннее описание структурных и эволюционных отношений между всеми белками, структура которых

SWISS-MODEL Repository

база данных аннотированных моделей белков, рассчитанных путем моделирования гомологии

TOPSAN

Open Protein Structure Annotation Network - вики-сайт, предназначенный для сбора, обмена и распространения информации о белках 3- размерные конструкции.