Войти
Список белков содержит большое количество информации о генах и белках. Проекты секвенирования генов и генома привели к созданию множества баз данных генов и попыткам систематизировать всю доступную информацию. Классификации могут быть основаны на структуре белка, как в базе данных CATH и в базе данных структурной классификации белков (SCOP). Список основан на биологических категориях, описанных в списке GO Slims для «анализа GOA и всего протеома». По мере необходимости вносятся изменения, но прилагаются усилия, чтобы эти категории «верхнего уровня» были ограничены в количестве.
Исходная версия GOA и анализ протеома в целом содержит много предложенных «синонимов» и подкатегорий для следующих категорий.
«Используется для аннотации генных продуктов, процесс которых неизвестен или не может быть выведен».
Белки с неизвестной биологической функцией можно разделить на категории в соответствии с критериями структуры белка (отличительными структурными доменами), исходным организмом или субклеточным расположением.
Белки с неизвестными функциями иногда можно разделить на категории в соответствии с их структурными особенностями, если они содержат распознаваемый белковый домен.
Если единственное, что известно о белке, это организм, который его продуцирует, то он может (в крайнем случае) получить классификацию по организму.
«Часть клетки, компонентом которой является продукт гена; для целей GO включает внеклеточную среду клеток; продукт гена может быть компонентом одной или нескольких частей клетки; этот термин включает продукты гена, которые являются частями макромолекулярных комплексов, по определению, что все члены комплекса обычно совместно очищаются во всех, кроме экстремальных условий ».
"Используется как место для хранения клеточных компонентов, точная локализация которых пока неизвестна или не была определена GO (последнее является основной причиной узлов иметь этого родителя); этот термин не следует использовать для аннотации генных продуктов ". См. Также термин «клеточный компонент неизвестен» (ниже).
«Используется для аннотации генных продуктов, локализация которых неизвестна или не может быть предположена». Рассмотрите возможность помещения таких белков в Структурные категории или категории организмов
«Основная структурная и функциональная единица всех организмов. Включает плазматическую мембрану и любые внешние инкапсулирующие структуры, такие как как клеточная стенка и клеточная оболочка ".
«Внешняя часть клеточной стенки и / или клеточной мембраны.». комментарий: Обратите внимание, что этот термин предназначен для аннотирования генных продуктов, которые прикреплены к плазматической мембране или клеточной стенке.
2 типа мембранных белков : «интегральные » (такие как ионные каналы ) и «периферические "
точный_синоним: "протоплазма ". "Живое содержимое клетки; вещество, содержащееся внутри (но не включая) плазматическую мембрану, обычно используется для исключения больших вакуолей и массы секреторного или проглоченного материала. У эукариот она включает ядро и цитоплазму ».. См. категорию« Органеллы » в Википедии.
« Все содержимое клетки, за исключением плазматической мембраны и ядра.. "
" Мембранно-ограниченная органелла эукариотических клеток, в которой размещены и реплицируются хромосомы. В большинстве клеток ядро содержит все хромосомы клетки, за исключением хромосом органеллы, и является местом синтеза и обработки РНК. У некоторых видов или специализированных типов клеток метаболизм РНК или репликация ДНК могут отсутствовать. "
точный синоним:" мембранная органелла ". " Двойной слой липидных молекул, который охватывает все клетки, а у эукариот - множество органелл; может быть одинарным или двойным липидным бислоем; также включает ассоциированные белки. ". См. категорию мембранной биологии в Википедии.. См. категорию мембранных белков в Википедии.. См. интегральная мембрана категория белков в Википедии.
«Структура, состоящая из очень длинной молекулы ДНК и связанных белков (например, гистонов), которая несет наследственную информацию».
точный_синоним: «внеклеточный». Обратите внимание, что этот термин предназначен для аннотирования генных продуктов, которые не прикреплены к поверхности клетки.. «Пространство, внешнее по отношению к самой внешней структуре клетки. Для клеток без внешних защитных или внешних инкапсулирующих структур это относится к пространству за пределами плазматической мембраны. Этот термин охватывает среду клетки-хозяина за пределами внутриклеточного паразита. "
" Структура, которая находится вне плазматической мембраны и окружает всю клетку. "
«Та часть многоклеточного организма, которая находится за пределами собственно клеток, обычно считается находящейся вне плазматических мембран и занятой жидкостью.»
» Элементарные активности, такие как катализ или связывание, описывающие действия генного продукта на молекулярном уровне. Данный генный продукт может проявлять одну или несколько молекулярных функций. ". Примечание : следующие четыре категории (ниже) являются общими категориями по умолчанию. Попробуйте найти более конкретные функциональные категории (далее ниже) для белков, чем эти общие категории.
«Те процессы, которые имеют непосредственное отношение к функционированию интегрированных живых единиц: клеток, тканей, органов и организмов»....
«Явление, отмеченное изменениями, которые приводят к определенному результату, опосредованному одним или несколькими генными продуктами».
«Процессы, которые выполняются на клеточном уровне, но не обязательно ограничиваются одной ячейкой. Например, сотовая связь происходит между более чем одной ячейкой, но происходит в на клеточном уровне ".
«Процессы, имеющие отношение к интегрированной функции клетки».
родственный_синоним: «Фермент активность». «Катализ биохимической реакции при физиологических температурах. В биологически катализируемых реакциях реагенты известны как субстратов, а катализаторами являются встречающиеся в природе макромолекулярные вещества, известные как ферменты. Ферменты обладают сайтами специфического связывания для субстратов и обычно полностью или в значительной степени состоят из белка, но РНК, обладающая каталитической активностью ( рибозим ) часто также считается ферментативным. ". Примечание : см. Википедию категория ферментов.
точный_синоним : «эстроген синтетаза». «Катализ реакции: RH + восстановленный флавопротеин + O2 = R-OH + окисленный флавопротеин + H2O».
Катализ движения вдоль полимерной молекулы, такой как микрофиламент или микротрубочка, в сочетании с гидролизом нуклеозидтрифосфата. Также включает прокариотические моторы.. Примечание : моторные белки миозин, кинезин и динеин также находятся в цитоскелете. категория.. См. статью Википедии Моторный белок и категорию моторных белков в Википедии.
«Катализ раскручивания дуплекса ДНК или РНК».
«Катализ интеграции ДНК, возможно, путем образования временной связи ДНК-белок».
«Ингибирование реакций, вызываемых двуокисью кислорода (O2) или пероксидами. Обычно антиоксидант эффективен, потому что сам по себе окисляется легче, чем защищаемое вещество. часто применяется к компонентам, которые могут улавливать свободные радикалы, тем самым нарушая цепную реакцию, которая обычно приводит к обширным биологическим повреждениям ».
«Процессы, которые вызывают многие химические изменения в живых организмах, включая анаболизм и катаболизм. Метаболические процессы обычно преобразуют небольшие молекулы, но также включают макромолекулярные процессы, такие как восстановление и репликация ДНК, и синтез и распад белка ». Обратите внимание, что метаболические процессы не включают в себя отдельные функции или процессы, такие как взаимодействия белок-белок, белок-нуклеиновые кислоты или взаимодействия рецептор-лиганд.
Химические реакции с участием макромолекул (больших молекул, включая белки, нуклеиновые кислоты и углеводы). См. Также: # катаболизм.
" Химические реакции с участием аминокислот, органических кислот, содержащих один или несколько аминокислотных заместителей, и соединений, полученных из аминокислот ».
«Химические реакции с участием азотистых оснований, нуклеозидов, нуклеотидов и нуклеиновых кислот».
«Энергозатратная часть метаболизма, в которой более простые вещества превращаются в более сложные, как при росте и других биосинтетических процессах».
точный_синоним: "распад". точный_синоним: "деградация". "Любой метаболический процесс, включающий расщепление сложных веществ на более мелкие продукты, включая расщепление углеродных соединений с высвобождение энергии для использования клеткой или организмом. ". Примечание : используйте #macromolecule метаболизм (выше) для белков, нуклеиновых кислот и углеводов.
«Катализ переноса фосфатной группы, обычно от АТФ, на молекулу субстрата».
«Катализ окислительно-восстановительной (окислительно-восстановительной) реакции; обратимая химическая реакция, при которой изменяется степень окисления атома или атомов в молекуле. Один субстрат действует как донор водорода или электронов и окисляется, в то время как другой действует как акцептор водорода или электронов и становится восстановленным ».
«Катализ переноса группы, например метильной группы, гликозильной группы, ацильной группы, фосфорсодержащих или других групп, от одного соединения (обычно рассматриваемого как донор) к другому соединению (обычно рассматриваемому как акцептор). Трансфераза - это систематическое название любого фермента EC класса 2. "
«Катализ гидролиза различных связей, например, C-O, C-N, C-C, фосфорно-ангидридных связей и т. Д. Гидролаза - это систематическое название любого фермента EC класса 3».
«Катализ расщепления CC, CO, CN и других связей другими способами, кроме гидролиза или окисления, или, наоборот, добавления группы к двойной связи. Они отличаются от другие ферменты в этих двух субстратах участвуют в одном направлении реакции, но только один в другом. При воздействии на один субстрат молекула удаляется, и это создает либо новую двойную связь, либо новое кольцо ». (EC: 4)
«Катализ геометрических или структурных изменений внутри одной молекулы. Изомераза - это систематическое название любого фермента класса 5 EC».
«Катализ лигирования двух веществ с сопутствующим разрывом дифосфатной связи, обычно в нуклеозидтрифосфате. Лигаза - это систематическое название любого фермента EC класса 6».
«Модулирует активность фермента.». точный_синоним: «модулятор фермента»
пространство имен: молекулярная функция def: «Опосредует передачу сигнала извне внутрь клетки с помощью иных средств, чем введение самой сигнальной молекулы в клетку».
«Действие молекулы, которое способствует структурной целостности комплекса или сборки внутри или вне клетки».
Цитоскелет состоит из белковых нитей в цитоплазме.
«Слой, состоящий в основном из белков (особенно коллагена) и гликозаминогликанов (в основном в виде протеогликанов), который формирует слой, лежащий в основе клеток, таких как эндотелиальные и эпителиальные. клетки. Белки секретируются ближайшими клетками. Так же, как и у многоклеточных животных, но не ограничиваясь ими.
«Селективное, часто стехиометрическое взаимодействие молекулы с одним или более специфические сайты на другой молекуле ». Для лигандов, которые связываются с рецепторами, передающими сигнал, следует учитывать термин« связывание рецептора »(активность рецептора, ниже)
«Объединение с внеклеточным или внутриклеточным мессенджером для инициирования изменения клеточной активности»
Википедия Категория рецепторов.
«Взаимодействие избирательно с любым белком или белковый комплекс (комплекс из двух или более белков, который может включать другие небелковые молекулы). «
« Взаимодействие селективно и нековалентно с липидом ». (GO: 0008289)
«Любой процесс, участвующий в управляемом движении клетки.». точный_синоним: «перемещение клетки». точный_синоним: «движение клетки» Примечание : также см. # двигательная активность (выше) для других белков, участвующих в подвижности клеток.
«Соединение двух липидных бислоев с образованием единой мембраны».
"Любой процесс, который опосредует взаимодействия между клеткой и ее окружением. Включает в себя такие взаимодействия, как передача сигналов или прикрепление между одной клеткой и другой клеткой, между клеткой и внеклеточным матриксом или между клеткой и любым другим аспектом ее окружающей среды ».
«Любой процесс, который модулирует частоту, скорость или степень биологического процесса. Биологические процессы регулируются многими способами; примеры включают контроль экспрессии генов, модификацию белков. или взаимодействие с белком или молекулой субстрата ».
«Биологический процесс, специально нацеленный на развитие организма с течением времени от исходного состояния (например, многоклеточное животное, пожилой взрослый или зрелый одноклеточный организм)». («процесс развития»).
"Процесс, при котором относительно неспециализированные клетки, например эмбриональные или регенеративные клетки, приобретают специализированные структурные и / или функциональные особенности, которые характеризуют клетки, ткани или органы зрелого организма или какой-то другой относительно стабильный этап жизненного цикла организма ».
«Изменение состояния или активности клетки или организма (с точки зрения движения, секреции, продукции ферментов, экспрессии генов и т. Д.) В результате восприятия стимула ".
"Конкретные действия или реакции организма в ответ на внешние или внутренние раздражители. Шаблонная активность всего организма в зависимости от некоторой комбинации внутреннего состояния этого организма и внешнего условия ».
«Специфическое нарушение процессов внутри клетки, так что ее жизненные функции заметно прекращаются, а не просто постепенно ухудшаются с течением времени, что приводит к гибель клеток ".
«Направленное движение веществ (таких как макромолекулы, небольшие молекулы, ионы) внутрь, из, внутри или между клетками».
«Обеспечивает направленное перемещение белков внутрь, из, внутри или между клетками».
«Обеспечивает направленное движение заряженных атомов или небольших заряженных молекул внутрь, из, внутри или между ячейками».
"Обеспечивает облегченную диффузию (посредством энергонезависимого процесса) путем прохождения через трансмембранную водную пору или канал без механизма, опосредованного носителем. Они не проявляют стереоспецифичность, но может быть специфичной для определенного молекулярного вида или класса молекул ».
точный синоним: «переносчик типа носителя». «Катализ переноса определенного вещества или родственной группы веществ с одной стороны мембраны на другую».
«Катализ стереоспецифического переноса субстрата через биологическую мембрану».
«Регулируемое высвобождение вещества клеткой или группой клеток».
«Обеспечивает направленное движение электронов внутрь, из, внутри или между клетками».
«Транспорт электронов от донора электронов к акцептору электронов». (перенос электронов)
«Конкретные процессы, которые генерируют способность одного организма вызывать болезнь у другого».. Обратите внимание, что этот термин не следует использовать для аннотирования генных продуктов которые участвуют в ответе хозяина на патогенез. Его следует использовать только для аннотирования тех генных продуктов, которые участвуют в создании патогенеза самим патогеном (вирулентность).
«Модулирует активность молекулярного шаперона».
«Селективно взаимодействует с любой нуклеиновой кислотой».
"Играет роль в регуляции транскрипции; может связываться с промоторной или энхансерной последовательностью ДНК или взаимодействовать с ДНК-связывающим фактором транскрипции.". Категория: Факторы транскрипции. Категория: корегуляторы транскрипции ; корегуляторы транскрипции например PELP-1 ; Коактиватор (генетика)
«Сборка и размещение структур в пространстве, внешнем по отношению к самой внешней структуре ячейки. Для клеток без внешних защитных или внешних инкапсулирующих структур это относится к пространству за пределами плазматической мембраны, а также охватывает среду клетки-хозяина вне внутриклеточного паразита ».. точный_синоним:« организация внеклеточной структуры и биогенез »
«Любое вещество, участвующее в инициации, активации, продолжении, репрессии или прекращении синтеза полипептидов на рибосоме».
