Войти
 | |
| Автор (ы) исходного текста | Сообщество Slicer |
|---|---|
| Стабильная версия | 4.10.2 / 22 мая 2019 г.; 17 месяцев назад (22.05.2019) |
| Написано на | C ++, Python, Qt |
| Операционная система | Linux, macOS, Windows |
| Размер | 200 МБ |
| Доступно на | английском |
| Типе | Научная визуализация и обработка изображений |
| Лицензия | в стиле BSD |
| Веб-сайт | www.slicer.org |
3D Slicer (Slicer ) - это бесплатный и открытый исходный код программный пакет для анализа изображений и научной визуализации. Слайсер используется во множестве медицинских приложений, включая аутизм, рассеянный склероз, системную красную волчанку, рак простаты, рак легких, рак груди, шизофрения, ортопедия биомеханика, ХОБЛ, сердечно-сосудистые заболевания и нейрохирургия.
3D Slicer - это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом (лицензия в стиле BSD), которое представляет собой гибкую модульную платформу для анализ и визуализация изображений. 3D Slicer расширен и позволяет разрабатывать как интерактивные, так и инструменты пакетной обработки для множества приложений.
3D Slicer обеспечивает совмещение изображения, обработку DTI (диффузная трактография), интерфейс с внешними устройствами для поддержки управления изображением, и GPU -enabled объемный рендеринг, среди других возможностей. 3D Slicer имеет модульную организацию, которая позволяет добавлять новые функции и предоставляет ряд общих функций, недоступных в конкурирующих инструментах.
Возможности интерактивной визуализации 3D Slicer включают возможность отображать произвольно ориентированные срезы изображений, создавать модели поверхностей из меток изображений и аппаратное ускорение объемного рендеринга. 3D Slicer также поддерживает богатый набор функций аннотации (контрольные точки и виджеты измерений, настраиваемые цветовые карты).
Возможности слайсера включают:
Слайсер скомпилирован для использования на нескольких вычислительных платформах, включая Windows, Linux и macOS.
Слайсер распространяется под Стиль BSD, бесплатная лицензия с открытым исходным кодом. Лицензия не имеет ограничений на использование программного обеспечения в академических или коммерческих проектах. Тем не менее, не делается никаких заявлений о том, что программное обеспечение полезно для какой-либо конкретной задачи. Ответственность за соблюдение местных правил и норм полностью лежит на пользователе. Слайсер не был официально одобрен для клинического использования FDA в США или каким-либо другим регулирующим органом в других странах.
Объемный рендеринг с аппаратным ускорением с драйверами nVidia (только в Windows и Linux).
Модуль ProstateNav для роботизированной биопсии простаты под контролем МРТ.
Слева: 3D-рендеринг. Справа: открытая система МРТ
Визуализация некоторых ОИ на основе атласа, соответствующих основным анатомическим трактам волокон. Атлас был предоставлен как часть загрузки DTI studio.
Данные высокого разрешения, полученные на магните 3 Тесла и подвергнутые последующей обработке с использованием процедуры автоматического отслеживания.
Создание и групповой анализ высокомерного атласа белого вещества: результат автоматической сегментации новых объектов.
Индивидуальное моделирование пациента с врожденным пороком сердца.
Слева: Трехмерная модель подразделений, поднимающих задний проход, включая лобковую кость и внутренние органы таза. Справа: та же модель без лобковой кости.
Кортикальные фрагменты, полученные из изображений SPGR, полученных от пациента с опухолью.
Интраоперационная колокализация с использованием изображений iMRI и программного обеспечения 3-D Slicer.
Slicer начался как проект магистерской диссертации между Лабораторией хирургического планирования в Бригаме и женской больнице и Лабораторией искусственного интеллекта Массачусетского технологического института в 1998 году. Была загружена версия 2 3D Slicer несколько тысяч раз. В 2007 году была выпущена полностью переработанная версия 3 Slicer. Следующий крупный рефакторинг Slicer был начат в 2009 году, в результате которого GUI Slicer был переведен с использования KWWidgets на Qt. Qt-enabled Slicer версии 4 был выпущен в 2011 году.
Программное обеспечение Slicer позволило провести множество исследований публикаций, направленных на улучшение анализа изображений.
. Этот значительный программный проект стал возможен благодаря участию нескольких крупномасштабных проектов, финансируемых NIH, включая NA-MIC, NAC, BIRN, CIMIT, Harvard Catalyst и NCIGT. сообщества. Финансовая поддержка поступает из нескольких федеральных источников финансирования, включая NCRR, NIBIB, NIH Roadmap, NCI, NSF и DOD.
Платформа слайсера предоставляет функции для сегментации, регистрации и трехмерной визуализации мультимодальных данных изображения, а также расширенного анализа изображений алгоритмы для тензорной диффузной визуализации, функциональной магнитно-резонансной томографии и лучевой терапии под визуальным контролем. Поддерживаются стандартные форматы файлов изображений , и приложение объединяет возможности интерфейса с программным обеспечением для биомедицинских исследований.
Слайсер использовался в различных клинических исследованиях. В исследованиях терапии под визуальным контролем Slicer часто используется для создания и визуализации наборов данных МРТ, которые доступны до и во время операции, чтобы обеспечить получение пространственных координат для отслеживания инструмента. Фактически, Slicer уже сыграл такую ключевую роль в управляемой изображениями терапии, что можно считать, что он растет вместе с этой областью, с 1998 года более 200 публикаций ссылаются на Slicer.
В дополнение к созданию 3D-моделей из обычные изображения МРТ, слайсер также использовался для представления информации, полученной из фМРТ (с использованием МРТ для оценки кровотока в головном мозге, связанного с нервной или активностью спинного мозга ), DTI (с использованием МРТ для измерения ограниченной диффузии воды в изображаемой ткани) и электрокардиография. Например, пакет DTI Slicer позволяет преобразовывать и анализировать изображения DTI. Результаты такого анализа могут быть объединены с результатами анализа морфологического МРТ, МР ангиограммы и фМРТ. Другие варианты использования Slicer включают палеонтологию и планирование нейрохирургии.
Ориентация разработчиков Slicer предлагает ресурсы для разработчиков, плохо знакомых с платформой. Разработка слайсера координируется в списке рассылки Sler-devel, а сводная статистика разработки доступна на Ohloh.
3D Slicer построен на VTK, графической библиотеке на основе конвейера, которая широко используется в научной визуализации и ITK, фреймворк, широко используемый для разработки сегментации изображения и совмещения изображений. В версии 4 основное приложение реализовано на C ++, а API доступен через оболочку Python для облегчения быстрой итеративной разработки и визуализации в прилагаемой консоли Python. Пользовательский интерфейс реализован на Qt и может быть расширен с использованием C ++ или Python.
Slicer поддерживает несколько типов модульной разработки. Полностью интерактивные пользовательские интерфейсы могут быть написаны на C ++ или Python. Программы командной строки на любом языке могут быть заключены в оболочку с использованием облегченной спецификации XML, на основе которой автоматически создается графический интерфейс.
Для модулей, которые не распространяются в основном приложении Slicer, доступна система для автоматической сборки и распространения для выборочной загрузки из Slicer. Этот механизм облегчает включение кода с лицензионными требованиями, отличными от разрешительной лицензии в стиле BSD, используемой для ядра слайсера.
В процессе сборки слайсера используется CMake для автоматической сборки необходимых и дополнительных библиотек (за исключением Qt). Основной цикл разработки включает в себя автоматическое тестирование, а также инкрементные и ночные сборки на всех платформах, контролируемые с помощью онлайн-панели.
 | На Викискладе есть материалы, связанные с 3DSlicer. |
