основная спираль-петля-спираль ДНК-связывающий домен | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Основной структурный мотив спираль – петля – спираль ARNT. Две α-спирали (синие) соединены короткой петлей (красный). | |||||||||||
Идентификаторы | |||||||||||
Условное обозначение | bHLH | ||||||||||
Pfam | PF00010 | ||||||||||
ИнтерПро | IPR001092 | ||||||||||
УМНЫЙ | SM00353 | ||||||||||
ПРОФИЛЬ | PDOC00038 | ||||||||||
SCOP2 | 1мд / СФЕРА / СУПФАМ | ||||||||||
CDD | cd00083 | ||||||||||
|
Базовая спираль-петля-спираль ( bHLH) представляет собой белок, структурный мотив, который характеризует один из крупнейших семейств димеризации факторов транскрипции.
Факторы транскрипции bHLH часто важны для развития или клеточной активности. Во-первых, BMAL1-Clock является основным транскрипционным комплексом в молекулярных циркадных часах. Другие гены, такие как c-Myc и HIF-1, связаны с раком из-за их влияния на рост клеток и метаболизм.
Мотив характеризуется двумя α-спиралями, соединенными петлей. В общем, факторы транскрипции, включающие этот домен, являются димерными, каждый с одной спиралью, содержащей основные аминокислотные остатки, которые облегчают связывание ДНК. Как правило, одна спираль меньше по размеру и из-за гибкости петли позволяет димеризоваться за счет сворачивания и упаковки по отношению к другой спирали. Более крупная спираль обычно содержит ДНК-связывающие области. Белки bHLH обычно связываются с консенсусной последовательностью, называемой E-box, CANNTG. Каноническим E-боксом является CACGTG ( палиндромный ), однако некоторые факторы транскрипции bHLH, особенно из семейства bHLH- PAS, связываются с родственными непалиндромными последовательностями, которые похожи на E-бокс. ТФ bHLH могут гомодимеризоваться или гетеродимеризоваться с другими ТФ bHLH и образовывать большое разнообразие димеров, каждый из которых имеет определенные функции.
Филогенетический анализ показал, что белки bHLH делятся на 6 основных групп, обозначенных буквами от A до F. Примеры факторов транскрипции, содержащих bHLH, включают:
Эти белки содержат два дополнительных домена PAS после домена bHLH.
Эти белки содержат дополнительный домен COE.
Поскольку многие факторы транскрипции bHLH являются гетеродимерными, их активность часто сильно регулируется димеризацией субъединиц. Экспрессия или доступность одной субъединицы часто контролируется, тогда как другая субъединица экспрессируется конститутивно. Многие из известных регуляторных белков, такие как белок Drosophila extramacrochaetae, имеют структуру спираль-петля-спираль, но не имеют основной области, что делает их неспособными связываться с ДНК самостоятельно. Однако они способны образовывать гетеродимеры с белками, имеющими структуру bHLH, и инактивировать их способность в качестве факторов транскрипции.
AHR ; AHRR ; ARNT ; ARNT2 ; ARNTL ; ARNTL2 ; ASCL1 ; ASCL2 ; ASCL3 ; ASCL4 ; ATOH1 ; ATOH7 ; ATOH8 ; BHLHB2 ; BHLHB3 ; BHLHB4 ; BHLHB5 ; BHLHB8 ; ЧАСЫ ; EPAS1 ; FERD3L ; FIGLA ; HAND1 ; HAND2 ; HES1 ; HES2 ; HES3 ; HES4 ; HES5 ; HES6 ; HES7 ; HEY1 ; HEY2 ; HIF1A ; ID1 ; ID2 ; ID3 ; ID4 ; KIAA2018 ; LYL1 ; МАШ1 ; MATH2 ; МАКС ; MESP1 ; MESP2 ; MIST1 ; MITF ; MLX ; MLXIP ; MLXIPL ; MNT ; МСК ; MSGN1 ; MXD1 ; MXD3 ; MXD4 ; MXI1 ; MYC ; MYCL1 ; MYCL2 ; MYCN ; MYF5 ; MYF6 ; MYOD1 ; МИОГ ; NCOA1 ; NCOA3 ; NEUROD1 ; NEUROD2 ; NEUROD4 ; NEUROD6 ; NEUROG1 ; NEUROG2 ; NEUROG3 ; NHLH1 ; NHLH2 ; NPAS1 ; НПАС2 ; НПАС3 ; NPAS4 ; OAF1 ; OLIG1 ; OLIG2 ; OLIG3 ; ПТФ1А ; SCL ; SCXB ; SIM1 ; SIM2 ; SOHLH1 ; SOHLH2 ; SREBF1 ; SREBF2 ; TAL1 ; TAL2 ; TCF12 ; TCF15 ; TCF21 ; TCF3 ; TCF4 ; TCFL5 ; TFAP4 ; TFE3 ; TFEB ; TFEC ; TWIST1 ; TWIST2 ; USF1 ; USF2 ;